基于熵值的冠心病基因网络模块划分方法评价与模块功能相似度分析

目的解决网络模块划分方法优选问题,并对划分结果进行功能解析和评价。方法利用多种常用模块划分方法,包括MCLi QUE,Cluster one,NCMine,PEWCC,Fuzzifier cluster,Community cluster,Connected component cluster,MCL cluster,MCODE cluster,Spectral clusters of protein sequences和AP等,对冠心病基因网络进行模块划分,通过网络结构熵值计算进行评价,优选出一种方法进行划分模块。基于基因功能富集分析对模块的通路功能进行富集,并利用杰卡德相似指数分析方法,对模块与总网络的功能进行比较和分析。结果用MCODE cluster方法划分出11个模块,网络熵值为4.33637,在几种方法中熵值最小,最适于冠心病基因网络模块的识别。基于基因功能富集分析和杰卡德相似指数分析方法,发现11个模块能涵盖冠心病相关通路中的38条,覆盖率达到73.1%。其中,模块3,4和7能用较少的基因富集到较多的功能。结论网络信息熵可以为模块划分方法的评价提供一种可行方案。划分后的模块可以代表原疾病网络的大部分功能,并在功能富集上有一定优势,对进一步简化和理解疾病网络具有实际意义。

一种改进的基因功能相似度计算方法

近年来,基于基因本体比较基因之间的功能相似度成为一个研究热点。当前,基因功能相似度计算方法可以分为2种类型:逐对(pair-wise)比较法和成组(group-wise)比较法。然而,由于基因本体注释数据的丰度问题,造成大量的基因具有相同的本体注释数据,从而导致基因功能相似度计算方法的结果存在偏差。本文提出一种改进的基因功能相似度计算方法,对注释集合的语义信息量进行归一化,达到准确度量基因之间的功能相似度的目的。实验结果表明:本文提出的方法可以消除相同注释对基因功能相似度计算方法的影响,且在测试平台上获得非常优秀的结果。

基于TRIZ及功能类比的产品概念设计创新

介绍了类比源设计与功能类比作用原理,从两者作用原理及发明问题求解理论(Theory of inventive problem solving,TRIZ)的相关性描述得到启发,提出基于TRIZ的类比源设计求解过程模型。首先,借助于所建立的产品功能结构模型,找出用户需求与产品各功能之间的关联性。其次,将用户需求权重值赋予相关的产品各分功能,从而得到产品功能相似度矩阵,再利用Matlab工具对该矩阵进行标准化,这有利于类比源设计与待设计问题之间相关性的定量化表示。最后,构建出一种基于TRIZ及功能类比的概念设计过程模型。以紫外光油烟净化机为例,对其功能类比源设计的功能相似度进行分析,并利用有效价值分析法对所获得的功能原理解方案进行评价,验证了所构建模型的正确性。

考虑竞争优势差异的弱势制造商以旧换新定价策略研究

以旧换新需求(如手机)不仅受价格的影响,还受产品功能相似度的影响。研究了需求受产品功能相似度和价格影响下竞争优势处于弱势的制造商以旧换新定价决策问题。构建了两阶段以旧换新模型,给出了最优价格及其条件,并分析了竞争优势、产品功能相似度对制造商最优价格和最优利润的影响。研究表明:弱势制造商将产品功能设计得与强势制造商相似会带来价格的增加和蚕食效应,但并不总会获益;受竞争优势和设计成本的影响,弱势制造商设计功能相似产品对最优利润的影响存在不同的情景。

一种基于层次聚类的子系统划分方法研究

信息领域中常常会涉及到子系统的划分问题,而U/C矩阵法是信息系统划分的一种常用方法,但是系统的复杂性以及人为的参与常常导致子系统划分产生低效率、不确定性以及错误划分等问题。因此深入剖析了系统与子系统、子系统与功能、功能与数据等之间的关系与性质,通过对U/C矩阵按照功能相似度进行层次聚类,并引入结构熵和Hpal熵来对聚类形成的子系统进行度量,给出了具体的计算公式,提出了一种新的划分子系统的方法,将原本需要人为参与的事情转变为通过计算来完成。同时,实现了一个原型系统来对所提出的方法进行验证,并给出了具体实例。

本体驱动的地理信息服务发现模型研究

引入地理信息服务本体的概念,提出了本体驱动的地理信息服务发现模型,研究了地理信息服务的多级匹配算法,通过量化地理信息服务的功能相似度和信誉相似度,根据待选服务和服务请求之间的相似度阈值,对服务进行匹配和筛选。设计了本体驱动的地理信息服务注册中心,从查全率、查准率、响应时间、副本负载等指标对本体驱动的地理信息服务发现进行了测试。结果证明,该模型具有查全率和查准率高、动态负载平衡等特点。