基于蛋白质相互作用网络挖掘物种内的功能相似蛋白质

本文基于图论(graph theory)思想挖掘功能相似蛋白质。将蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI)转化为图,使用1-hop方法把相互作用网络拆分为子图。应用最短路径法,依次把拆分得到的每一个子图与所有子图进行两两比对,寻找最优比对结果,挖掘物种内有相似功能的蛋白质。应用该方法对构建的人类蛋白质相互作用网络进行比对,共挖掘到1081对功能相似蛋白质。该方法的特点是数据量偏小、较可靠。计算结果中还出现了一些序列相似度较低、用序列比对的方法难以挖掘到的功能相似蛋白质。通过对结果的分析可以发现,趋同进化和同源有时很难区分。本实验的全部数据、程序和结果可在网站http://bina.biositemap.com上查询。