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新城疫病毒P/V/W基因编码产物功能结构域的分析及定位 被引量:4
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作者 仇旭升 孟春春 +3 位作者 于洋 陈鸿军 于圣青 丁铲 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期191-196,207,共7页
NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码3种病毒蛋白P、V和W。为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置,对这3种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行生物信息学分析。分别设计针对基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class Ⅰ NDV毒... NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码3种病毒蛋白P、V和W。为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置,对这3种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行生物信息学分析。分别设计针对基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class Ⅰ NDV毒株P基因的引物。RT-PCR获得5种基因型NDV P基因的正确序列。通过核苷酸序列预测P基因表达产物的氨基酸序列,并进行二级结构预测和三级结构模拟。将SV5 V蛋白空间结构作为模板,从而分析获得了NDVP/V/W基因编码产物的二级结构以及部分空间结构。综合各种分析数据,预测P蛋白辅助N蛋白折叠的结构域位于N端前50 aa内;介导P蛋白四聚体形成的coiled-coil结构位于221-290 aa范围内;介导P蛋白与基因组的作用的X结构域位于291-392 aa范围内。V蛋白的C端结构域的编码区域位于P蛋白132-239 aa编码区域内。 展开更多
关键词 新城疫病毒 P蛋白 V蛋白 生物信息学 功能结构域
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核受体辅活化子PNRC与孤儿核受体SF1的相互作用有赖于SF1的AF-2功能结构域 被引量:3
2
作者 陈彬 陈敏 +2 位作者 陈健 李渝萍 周度金 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期379-383,共5页
核受体辅活化子PNRC(proline richnuclearreceptorcoregulatoryprotein ,富含脯氨酸的核受体辅调节蛋白 )可通过含SH3结合模体的PNRC2 78 30 0区域与孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroido genicfactor 1,SF1)相互作用 .激活功能 2 (act... 核受体辅活化子PNRC(proline richnuclearreceptorcoregulatoryprotein ,富含脯氨酸的核受体辅调节蛋白 )可通过含SH3结合模体的PNRC2 78 30 0区域与孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroido genicfactor 1,SF1)相互作用 .激活功能 2 (activationfunction 2 ,AF 2 )结构域在核受体配体依赖性转录激活中发挥了重要作用 ,为探讨AF 2结构域在SF1转录激活中的作用机制 ,采用酵母双杂合分析、缺失突变技术和瞬时转染等研究方法考察了AF 2结构域对SF1反式激活功能及SF1与PNRC相互作用的影响 .SF1的反式激活功能有赖于AF 2结构域 ,其机制是SF1AF 2结构域的突变严重影响了SF1与PNRC的有效相互作用 ,并消除了PNRC对SF1反式激活功能的辅激活作用 .结果表明 ,SF1与PNRC的相互作用有赖于AF 展开更多
关键词 核受体辅活化子PNRC 孤儿核受体SF1 相互作用 AF-2功能结构域
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耐热碱性磷酸酯酶的功能结构域的定位 被引量:3
3
作者 季朝能 盛小禹 +2 位作者 姜涛 金 毛裕民 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期80-84,共5页
为了确定耐热碱性磷酸酯酶 (TAPND2 7)发挥活性所必需的功能结构域 ,通过 PCR介导的诱变缺失 ,得到了 N端分别缺失 8、1 6、2 5个氨基酸的 3个缺失体 p TAPN8、p TAPN1 6和p TAPN2 5以及 C端分别缺失 1 0和 30个氨基酸的两个缺失体 p TA... 为了确定耐热碱性磷酸酯酶 (TAPND2 7)发挥活性所必需的功能结构域 ,通过 PCR介导的诱变缺失 ,得到了 N端分别缺失 8、1 6、2 5个氨基酸的 3个缺失体 p TAPN8、p TAPN1 6和p TAPN2 5以及 C端分别缺失 1 0和 30个氨基酸的两个缺失体 p TAPC1 0和 p TAPC30 .经表达和活性测定 ,发现 p TAPN8和 TAPC1 0保持了较高的活性而其余 3个缺失体则失去酶活性 .据此 ,TAPND2 7的活性区域被定位在 8~ 465氨基酸之间 .在分离纯化的基础上测定了一些酶学性质 .发现 TAPN8和 TAPC1 0的比活没有大的改变 ,Tm 下降了 5.5℃ ;TAPN8的最适反应温度上升了1 0℃ .结果提示了 N端和 C端的这些氨基酸残基对热稳定性有一定的贡献 ,N端氨基酸残基还对酶的亲热性有贡献 . 展开更多
关键词 耐热碱性磷酸酯酶 功能结构域 定位 热稳定性
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CD163分子胞外区功能结构域在PRRSV感染PAM细胞中的作用 被引量:2
4
作者 张莹莹 郭嘉 +5 位作者 冯延 马思续 刘中原 冯亚琼 张留君 夏平安 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期873-877,共5页
目的研究猪CD163分子胞外区功能结构域在PRRSV感染PAM细胞中的作用。方法将实验室保存的PET-CD163-P1、PET-CD163-P2、PET-CD163-P3及PET-CD163-P4重组质粒转化到表达菌BL21(DE3)中,以最佳IPTG诱导表达的时间和最适诱导表达的浓度,大量... 目的研究猪CD163分子胞外区功能结构域在PRRSV感染PAM细胞中的作用。方法将实验室保存的PET-CD163-P1、PET-CD163-P2、PET-CD163-P3及PET-CD163-P4重组质粒转化到表达菌BL21(DE3)中,以最佳IPTG诱导表达的时间和最适诱导表达的浓度,大量诱导表达CD163-P1、CD163-P2、CD163-P3和CD163-P4重组蛋白,并用不同浓度的尿素洗涤纯化重组蛋白,然后用紫外分光光度计测定蛋白浓度。用不加血清的1640营养液将各重组蛋白稀释为2.0、1.0、0.5、0.25、0.125 mg/ml 5个不同的质量浓度,再分别与等体积的200个TCID_(50)/0.1 ml PRRSV病毒充分混匀后放置于37℃培养箱作用1 h,后用于感染PAM细胞,补加营养液作用48 h,同时设置单纯PRRSV感染对照组,用已建立的绝对荧光定量PCR方法检测感染细胞中PRRSV的拷贝数,并用Graph Pad Prism 5软件对所得到的数据进行处理。结果 CD163各片段不同稀释度的结构域重组蛋白与PRRSV混合作用感染48 h后,PRRSV的拷贝数均明显低于PRRSV单纯感染PAM细胞组的拷贝数,并且重组蛋白质量浓度越高,竞争结合抑制作用越明显。其中,CD163-P1片段各个质量浓度的结构域重组蛋白的竞争结合抑制作用相比其它片段更明显。结论 CD163各片段不同稀释度的结构域重组蛋白与PAM细胞上的CD163受体胞外区结构域在与PRRSV结合时存在竞争作用,该竞争结合使PRRSV的增殖明显降低,并且CD163-P1结构域片段可能在参与PRRSV感染PAM细胞中发挥主要作用。 展开更多
关键词 CD163 功能结构域 重组蛋白 PRRSV 竞争结合
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新城疫病毒HN基因功能结构域的原核表达 被引量:3
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作者 俞宁 张兆敏 岳华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第8期89-92,共4页
本研究对新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株sc05的HN基因进行了克隆、序列测定,在此基础上将其C端功能结构域76-571aa片段亚克隆到pET32a(+)表达载体上,构建重组表达质粒pET32a-HN,鉴定正确后转化进BL21plysS(DE3)细胞,筛... 本研究对新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株sc05的HN基因进行了克隆、序列测定,在此基础上将其C端功能结构域76-571aa片段亚克隆到pET32a(+)表达载体上,构建重组表达质粒pET32a-HN,鉴定正确后转化进BL21plysS(DE3)细胞,筛选出阳性克隆,用1mmol/L IPTG诱导表达,并对表达产物进行鉴定。SDS-PAGE电泳结果显示,HN基因功能结构域片段在BL21plysS(DE3)细胞中实现融合表达,表达产物大小约为76ku,Western blotting试验证实其能与NDV阳性血清反应。本研究为进一步研究HN蛋白功能结构域的免疫原性和研制鸡新城疫HN基因工程疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 NDV HN基因 克隆 功能结构域 原核表达
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耐热碱性磷酸酶功能结构域的进一步定位 被引量:1
6
作者 郁锋 许晓风 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期89-94,共6页
为了进一步精确定位耐热碱性磷酸酶 (TAP)的功能结构域和建立酶功能结构域定位的有效方法 ,在对TAP进行序列相容性比对及二级结构统计预测的基础上 ,以二级结构单元的完整性为依据对其功能结构域进行定位 .TAP的功能结构域在 35~ 4 76... 为了进一步精确定位耐热碱性磷酸酶 (TAP)的功能结构域和建立酶功能结构域定位的有效方法 ,在对TAP进行序列相容性比对及二级结构统计预测的基础上 ,以二级结构单元的完整性为依据对其功能结构域进行定位 .TAP的功能结构域在 35~ 4 76氨基酸之间 ,记为TAPN3 4C2 5(TAP的N端去掉 34个氨基酸而C端去掉 2 5个氨基酸 ) ,比盛小禹等定位的少 15个氨基酸 .克隆、表达实验结果证明了TAPN3 4C2 5的酶学活性 ,其最适反应温度为 72℃ ,比TAPND2 7(N端去除了 2 7个信号肽氨基酸的TAP)上升了 7℃ ,而最高耐受温度为 83℃ ,比TAPND2 7下降了 16℃ .实验结果表明 ,以二级结构预测结果进行酶功能结构域定位是一种更为精确的方法 . 展开更多
关键词 耐热碱性磷酸酶 功能结构域 序列相容性比对 二级结构统计预测
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人源CBX7功能结构域的重组表达与纯化
7
作者 胡温温 ALTAF Simair +3 位作者 吕缜一 陈婷 张云龙 陆昌瑞 《生命科学研究》 CAS CSCD 2019年第2期92-99,共8页
CBX7(chromobox 7)在细胞寿命延长和癌症发生中起着重要的调控作用。然而,获取足量的全长CBX7蛋白并用于结构研究极为艰难。实验阐述了CBX7功能结构域CBX7(aa 145~227)重组表达载体构建的详细过程。同时,通过Ni-NTA亲和层析对融合目的... CBX7(chromobox 7)在细胞寿命延长和癌症发生中起着重要的调控作用。然而,获取足量的全长CBX7蛋白并用于结构研究极为艰难。实验阐述了CBX7功能结构域CBX7(aa 145~227)重组表达载体构建的详细过程。同时,通过Ni-NTA亲和层析对融合目的蛋白进行了纯化,并利用SDS-PAGE及Western-blot进行了鉴定分析。纯化后的融合蛋白样品通过离子交换和分子筛层析进一步分离剩余杂质。本实验得到的高浓度CBX7蛋白可用于结晶,为后续CBX7的结构和功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 人源CBX7 功能结构域 蛋白质表达 蛋白质纯化 肿瘤抑制
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不同未知功能结构域蛋白家族(DUFs)基因在植物中的生物学功能 被引量:17
8
作者 罗成科 肖国举 李明 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期153-158,共6页
未知功能结构域蛋白家族(domains of unknown function protein families,DUFs)是一大群并未表征功能的蛋白家族,其蛋白结构中包含至少一个高度保守的DUF结构域。在众多的DUFs蛋白家族中存在一些植物特有的DUFs蛋白家族,其参与调控植物... 未知功能结构域蛋白家族(domains of unknown function protein families,DUFs)是一大群并未表征功能的蛋白家族,其蛋白结构中包含至少一个高度保守的DUF结构域。在众多的DUFs蛋白家族中存在一些植物特有的DUFs蛋白家族,其参与调控植物生长发育、植物对病虫害的防御反应和植物对非生物胁迫的应答反应等生物学过程。本文对近几年关于植物DUFs基因参与上述生物学功能方面的研究进行了综述,旨在为未知功能基因的挖掘及其调控机制的阐明提供基础资料。 展开更多
关键词 未知功能结构域蛋白家族(DUFs) 基因表达 植物 生物学功能
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Deafl的功能结构域分析和预测 被引量:1
9
作者 盛德乔 《医学分子生物学杂志》 CAS CSCD 2011年第5期433-436,共4页
目的分析转录因子Deafl的功能结构域并预测其功能。方法利用现有的数据库和软件对Deafl的转录因子结构域,核定位信号及和输出信号进行分析和预测。结果Deafl含有一个保守的SAND结构域及一个能介导蛋白质一蛋白质相互作用的MYND结构域... 目的分析转录因子Deafl的功能结构域并预测其功能。方法利用现有的数据库和软件对Deafl的转录因子结构域,核定位信号及和输出信号进行分析和预测。结果Deafl含有一个保守的SAND结构域及一个能介导蛋白质一蛋白质相互作用的MYND结构域;有核定位信号和核输出信号;在其N端还有一个富含丙氨酸结构域。结论Deafl除有典型转录因子必需的功能结构域之外,可能还有不止一个结构域能介导与其它蛋白质因子的相互作用,这对Deafl调控外周组织抗原表达至关重要。 展开更多
关键词 Deaf1 转录因子 功能结构域
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济宁青山羊雌激素β受体基因同源性比较与主要功能结构域预测分析
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作者 刘海港 王春阳 +5 位作者 李宝全 侯秋玲 黄丽波 窦文文 井维芳 郭慧君 《畜牧与兽医》 北大核心 2012年第S1期248-249,共2页
比较我国优良地方品种——济宁青山羊β雌激素受体(ERβ)的基因序列与其它动物间的同源性,分析其功能性结构基团氨基酸变异,阐释其生物学意义。根据NCBI发布的绵羊ERβ基因序列设计两对引物,使用RT-PCR方法扩增、鉴定、测序,并用DNAsta... 比较我国优良地方品种——济宁青山羊β雌激素受体(ERβ)的基因序列与其它动物间的同源性,分析其功能性结构基团氨基酸变异,阐释其生物学意义。根据NCBI发布的绵羊ERβ基因序列设计两对引物,使用RT-PCR方法扩增、鉴定、测序,并用DNAstar软件对其进行比对,预测分析其抗原区域、二级结构、蛋白质骨架柔性区域、表面可及性区域氨基酸组成及三级结构。研究发现,扩增得到了两段长度为640 bp和981 bp的ERβ目的基因片段。 展开更多
关键词 济宁青山羊 蛋白质骨架 预测分析 基因序列 基因同源性 功能结构域 雌激素受体 氨基酸组成 二级结构 基因片段
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M6P/IGF2R11-15结构域介导了CREG对VSMC的生物学功能
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作者 栾波 韩雅玲 +3 位作者 郭鹏 闫承慧 郭亮 康建 《岭南心血管病杂志》 2011年第S1期235-235,共1页
目的本室前期研究提示M6P/IGF2R参与了CREG生物学效应的调控。本研究将着重阐明M6P/IGF2R各结构域在介导CREG对VSMC生物学功能中的作用,以及CREG蛋白分子中糖基化结构对其生物学效应的影响。方法 (1)构建真核表达载体,利用NTA-Ni柱亲和... 目的本室前期研究提示M6P/IGF2R参与了CREG生物学效应的调控。本研究将着重阐明M6P/IGF2R各结构域在介导CREG对VSMC生物学功能中的作用,以及CREG蛋白分子中糖基化结构对其生物学效应的影响。方法 (1)构建真核表达载体,利用NTA-Ni柱亲和层析方法制备获得野生型wtCREG和去糖基化型mCREG蛋白,糖酐酶切和Western鉴定;(2)观察wt/mCREG蛋白对VSMC增殖、迁移、分化的影响;应用抗体阻断实验、免疫荧光双染色和免疫共沉淀法分析CREG蛋白是否与M6P/IGF2R直接结合;(3)构建原核表达载体,制备获得M6P/IGF2R结构域蛋白。Ellisa分析M6P/IGF2R各结构域与wt/mCREG的亲和力。应用竞争结合实验分析各结构域介导wt/mCREG蛋白生物学功能。结果 (1)wtCREG是糖基化蛋白,糖酐酶切后分子量由30KD变为25KD,而mCREG为去糖基化蛋白,糖酐酶切后分子量无变化,为25KD;(2)wt/mCREG蛋白均抑制VSMC迁移、增殖和分泌细胞外基质,促进其分化;wtCREG效应强于mCREG:wt/mCREG蛋白与M6P/IGF2R存在直接结合。(3)wtCREG蛋白与M6P/IGF2R7~10、11~15结构域具有高结合力,mCREG蛋白与11~15结构域存在高亲和力。wtCREG与第7~10结构域结合可以被M6P阻断。第11~15结构域片段阻断wtCREG和mCREG生物学效应,第7~10结构域仅阻断wtCREG蛋白的生物学效应。结论 CREG通过细胞膜表面M6P/IGF2R蛋白抑制VSMC的增殖、迁移、分泌细胞外基质,促进其分化。其作用与其分子中糖基化结构无关,糖基化可以增强CREG的生物学功能,M6P/IGF2R第11~15号结构域是CREG功能结构域。 展开更多
关键词 功能结构域 生物学功能 生物学效应 去糖基化 糖基化蛋白 细胞外基质 酶切 直接结合 亲和力 增殖
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灰葡萄孢蛋白激发子BcGs1诱导番茄抗病性及功能结构域鉴定 被引量:2
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作者 杨晨宇 梁颖博 +2 位作者 贾慧慧 邱德文 杨秀芬 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期612-618,共7页
病原菌与植物互作过程中分泌的细胞壁降解酶具有致病和激发植物免疫的双重功能。BcGs1是从灰葡萄孢菌代谢物中分离的葡聚糖-1,4-α糖苷酶,能激发番茄和烟草的免疫防御反应,提高抗病性。BcGs1包含糖苷水解酶家族15(GH15)和糖结合模块家族... 病原菌与植物互作过程中分泌的细胞壁降解酶具有致病和激发植物免疫的双重功能。BcGs1是从灰葡萄孢菌代谢物中分离的葡聚糖-1,4-α糖苷酶,能激发番茄和烟草的免疫防御反应,提高抗病性。BcGs1包含糖苷水解酶家族15(GH15)和糖结合模块家族20(CBM20)两个结构域,其激发植物防御反应的作用方式及功能结构域尚不清楚。本文测定了BcGs1不同诱导时间对提高番茄抗灰葡萄孢菌的效果、体外糖苷酶活性,并比较了BcGs1不同结构域截短蛋白与全长蛋白引起细胞坏死活性的差异。结果表明,BcGs1蛋白诱导番茄72 h可将灰葡萄孢菌引起的病斑面积减少23.25%;BcGs1能水解淀粉和海带多糖,但不能水解羟甲基纤维素和微晶纤维素;BcGs1全长、GH15和CBM20截短蛋白均能在烟草细胞中正常瞬时表达,但表达GH15的烟草叶片枯斑面积明显小于表达全长蛋白BcGs1的枯斑面积,表达CBM20截短蛋白的叶片没有产生枯斑反应;为了进一步明确截短蛋白GH15和全长蛋白BcGs1激发烟草细胞坏死活性的差异,用大肠杆菌表达并获得了纯化的重组蛋白GH15,叶片浸润法测定结果表明,截断蛋白GH15的细胞坏死活性仍然低于BcGs1全长蛋白的坏死活性,说明BcGs1诱导烟草细胞坏死活性需要GH15和CBM20结构域的共同参与。本文研究结果为进一步探讨BcGs1诱导植物抗病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 灰葡萄孢 激发子BcGs1 抗病性 细胞坏死 功能结构域
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Perilipin5基因功能结构域载体的构建及亚细胞定位分析 被引量:1
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作者 李航 赵振广 +3 位作者 卢晓朝 刘芳 李青 潘树义 《现代生物医学进展》 CAS 2014年第5期805-810,共6页
目的:依据perilipin5的功能结构域,构建含perilipin5截断体的真核表达载体,并研究它们的亚细胞定位。方法:以小鼠肝脏cDNA文库为模板,PCR扩增出perilipin5的全长及功能结构域,将之分别装载入真核表达载体PCMV5中,并引入HA标签。酶切和... 目的:依据perilipin5的功能结构域,构建含perilipin5截断体的真核表达载体,并研究它们的亚细胞定位。方法:以小鼠肝脏cDNA文库为模板,PCR扩增出perilipin5的全长及功能结构域,将之分别装载入真核表达载体PCMV5中,并引入HA标签。酶切和测序鉴定,脂质体法将构建的质粒转染293T细胞,Western blot验证表达,免疫荧光检测标记HA,于荧光显微镜下观察perilipin5各结构域的亚细胞定位。结果:构建的质粒序列正确,转染细胞后可检测到HA-perilipin5融合蛋白的表达,免疫荧光显示含有1-188aa结构域的perilipin5截断体可定位于脂滴表面,1-188aa一旦缺失perilipin5的截断体则弥散于胞内。结论:包含perilipin5功能结构域的真核表达载体构建成功,perilipin5的1-188aa与其脂滴定位密切相关。 展开更多
关键词 perilipin5 功能结构域 脂滴 亚细胞定位
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真核生物中锌指蛋白的结构与功能 被引量:35
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作者 李晓波 张俊武 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期206-211,共6页
真核生物中的许多蛋白质分子包含锌指结构区,这类蛋白称为锌指蛋白.锌指蛋白因其包含特殊的指状结构,在对DNA、蛋白质和RNA的识别和结合中起重要作用.许多锌指蛋白的锌指结构域包含能与DNA特异结合的区域,并与某些效应结构域(如KRAB、S... 真核生物中的许多蛋白质分子包含锌指结构区,这类蛋白称为锌指蛋白.锌指蛋白因其包含特殊的指状结构,在对DNA、蛋白质和RNA的识别和结合中起重要作用.许多锌指蛋白的锌指结构域包含能与DNA特异结合的区域,并与某些效应结构域(如KRAB、SCAN、BTB/POZ、SNAG、SANT和PLAG等)相连,这类锌指蛋白常作为转录因子起作用,可调控靶基因的转录.一些锌指蛋白包含蛋白质识别结构域(如LIM锌指、MYND锌指、PHD锌指和RING锌指等),它们能够特异地介导蛋白质之间的相互作用,因此被称作蛋白适配器.此外,某些锌指蛋白还可以结合RNA,起转录后调控作用.本文就锌指蛋白与DNA、RNA以及蛋白质分子间的相互作用作一综述. 展开更多
关键词 锌指蛋白 功能结构域 转录因子 蛋白质适配器 RNA结合
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MFG-E8作为外泌体载体蛋白的作用与功能 被引量:1
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作者 黎智康 刘晨雪璇 +2 位作者 谭楚敏 熊盛 谢秋玲 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期288-294,共7页
构建MFG-E8全长和截短体的重组质粒,分析各截短体蛋白能否将目的蛋白带到外泌体上并确定其位置,以探讨MFG-E8各结构域功能及其作为外泌体上载体蛋白的效率。利用PCR扩增出带有信号肽的MFG-E8及其截短体基因,与EGFP基因连接,构建7种重组... 构建MFG-E8全长和截短体的重组质粒,分析各截短体蛋白能否将目的蛋白带到外泌体上并确定其位置,以探讨MFG-E8各结构域功能及其作为外泌体上载体蛋白的效率。利用PCR扩增出带有信号肽的MFG-E8及其截短体基因,与EGFP基因连接,构建7种重组质粒。之后PEI介导瞬转HEK293F细胞进行表达,利用EGFP的荧光,通过Western blot和激光共聚焦显微镜检测蛋白表达情况及其在胞内的位置。同时提取转染细胞分泌的外泌体,通过Western blot和电镜检测重组蛋白在外泌体中的情况。最后将含有重组蛋白的外泌体转染293T细胞,荧光显微镜观察外泌体将重组蛋白带入受体细胞中的情况。结果表明,成功构建MFG-E8全长及截短体重组质粒并在HEK293F细胞中表达,各重组蛋白在胞内均有表达,其中EGF-L表达量最高,C2最低,细胞上清中只能检测到EGF-L、C1、EC1的表达。转染细胞分泌的外泌体只检测到MFG-E8、EC1和C1C2三种蛋白。含有这3种蛋白的外泌体转染HEK293T细胞,3组细胞均有荧光,其中MFG-E8-EGFP的外泌体效果最好。MFG-E8能够作为蛋白载体将目的蛋白带到外泌体膜上,其C1、C2结构域对该过程至关重要,EGF-L的存在可以促进蛋白表达。 展开更多
关键词 乳脂肪球表皮生长因子Ⅷ(MFG-E8) 截短体 外泌体 载体蛋白 结构域功能
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E3泛素连接酶RNF165在A亚群禽白血病病毒复制中的作用 被引量:1
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作者 王兴明 王后坤 +3 位作者 陈雪阳 方春 梁雄燕 杨玉莹 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3781-3789,共9页
【目的】探明鸡源环指蛋白165(ring finger protein 165,RNF165)在A亚群禽白血病病毒(ALV-A)复制中的作用,为进一步研究鸡源RNF165对ALV-A致病性的影响提供参考。【方法】将ALV-A接种于DF-1细胞和1日龄雏鸡,通过Western blotting和实时... 【目的】探明鸡源环指蛋白165(ring finger protein 165,RNF165)在A亚群禽白血病病毒(ALV-A)复制中的作用,为进一步研究鸡源RNF165对ALV-A致病性的影响提供参考。【方法】将ALV-A接种于DF-1细胞和1日龄雏鸡,通过Western blotting和实时荧光定量PCR方法分别从体外和体内两个方面验证ALV-A对宿主RNF165表达的影响;参考已公布的RNF165基因序列设计过表达引物,通过PCR扩增RNF165基因,将其克隆至真核表达载体pcDNA3.1;将验证表达的重组质粒转染DF-1细胞,1 d后接种ALV-A,使用Western blotting检测过表达RNF165对病毒复制的影响;最后设计突变引物,构建RNF165功能结构域突变质粒,将过表达质粒和突变质粒分别转染DF-1细胞,1 d后接种ALV-A,Western blotting测定gp85蛋白表达差异。【结果】ALV-A感染DF-1细胞后未能检测到内源性的RNF165蛋白,但基因转录水平较对照组明显下调(P<0.01)。在体内试验中,与对照组相比,感染病毒雏鸡肝脏中RNF165基因和蛋白表达水平均有所下调(P<0.01);通过PCR成功扩增到大小为1068 bp的目的片段并成功克隆至pcDNA3.1,Western blotting结果显示,在39 ku处出现目的条带,RNF165过表达后促进了病毒复制;测序结果显示,成功构建出功能结构域突变质粒,与过表达质粒组相比,RNF165突变质粒组病毒的复制水平受到显著抑制。【结论】ALV-A感染抑制DF-1细胞和雏鸡肝脏RNF165的表达,在体外试验中,过表达RNF165会促进ALV-A的复制,且这种影响与其保守结构域有关。 展开更多
关键词 环指蛋白165 A亚群禽白血病病毒(ALV-A) 病毒复制 功能结构域突变
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辣椒DUF966基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 韩晓文 韩硕 +4 位作者 朱永兴 王飞 高升华 刘奕清 尹军良 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1341-1351,共11页
【目的】鉴定辣椒DUF966基因家族成员,并分析其表达模式,为揭示该家族基因对辣椒生长发育和逆境响应的调控机制及辣椒抗逆育种提供理论参考。【方法】从Pfam数据库下载DUF966(PF06136)的隐马尔可夫模型种子序列,并以拟南芥和水稻DUF966... 【目的】鉴定辣椒DUF966基因家族成员,并分析其表达模式,为揭示该家族基因对辣椒生长发育和逆境响应的调控机制及辣椒抗逆育种提供理论参考。【方法】从Pfam数据库下载DUF966(PF06136)的隐马尔可夫模型种子序列,并以拟南芥和水稻DUF966家族蛋白序列作为参考序列,从辣椒基因组中鉴定出DUF966家族成员,利用生物信息学方法对其基因结构、保守基序、蛋白质特征、启动子顺式作用元件及miRNA和DUF966基因家族间的靶向关系进行系统分析,并利用转录组数据分析辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育及不同激素和胁迫处理下的表达模式。【结果】共鉴定到7个辣椒DUF966基因家族成员,将其命名为CaDUF966-1~CaDUF966-7。将辣椒DUF966基因家族成员分为3个亚群,其中,Ca DUF996-2和Ca DUF996-7属于I亚群,Ca DUF996-3和Ca DUF996-5属于II亚群,CaDUF996-1、CaDUF996-4和CaDUF996-6属于III亚群。7个CaDUF966s基因分布在1、2、6、11和12号染色体上。7个CaDUF966s基因含有2~5个内含子,外显子数为3~6个。所有CaDUF966s均为亲水的不稳定蛋白,亚细胞定位于细胞核内,共含有20个Motif(Motif 1~Motif 20),同一亚群CaDUF966s蛋白含有的Motif越相似。除CaDUF966-3蛋白外,其余6个CaDUF966s蛋白的二级结构和三维结构相似,均以无规则卷曲所占比例较大(36.31%~51.80%),以β-转角所占比例较小(8.56%~10.71%)。基于非同义替换率/同义替换率的比值(Ka/Ks)分析发现,DUF966基因家族成员在辣椒品种间和茄科物种间高度保守,同源基因对的Ka/Ks均小于1.000,表明其在进化过程中经历了强烈的纯化选择压力。7个CaDUF966s基因启动子区域共含有17个生物和非生物胁迫相关顺式作用元件、7个生长发育相关顺式作用元件及10个植物激素反应相关顺式作用元件。7个CaDUF966s基因具有明显的组织和时空特异性,说明CaDUF966s基因参与辣椒的生长发育和胁迫响应。9个miRNA通过切割作用靶向CaDUF966-3和CaDUF966-6基因,5个miRNA靶向CaDUF966-6基因,4个miRNA靶向CaDUF966-3基因。【结论】7个辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育过程及响应生物和非生物胁迫过程中具有调控作用。 展开更多
关键词 辣椒 未知功能结构域的蛋白家族(DUFs) 鉴定 系统发育分析 表达分析
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水稻OsMDH基因的克隆及其生物信息学分析 被引量:1
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作者 彭波 孙晓宇 +6 位作者 张庆茜 彭娟 娄安琪 孙艳芳 庞瑞华 周伟 汪全秀 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第2期243-248,共6页
水稻(Oryza sativa L.)OsAAP6基因是控制水稻种子蛋白质含量的主效数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)基因,对水稻品质性状产生重要影响,而OsMDH蛋白能够与OsAAP6基因发生相互作用。利用生物信息学策略对OsMDH蛋白的理化性质... 水稻(Oryza sativa L.)OsAAP6基因是控制水稻种子蛋白质含量的主效数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)基因,对水稻品质性状产生重要影响,而OsMDH蛋白能够与OsAAP6基因发生相互作用。利用生物信息学策略对OsMDH蛋白的理化性质、蛋白结构及功能进行预测,探究OsMDH基因的生物学功能。结果表明:水稻OsMDH基因的编码区(coding sequence,CDS)区长999 bp,编码332个氨基酸;编码蛋白为疏水蛋白且不存在信号结构,包含两个跨膜结构。通过蛋白互作分析,发现OsMDH可能与柠檬酸合酶、延胡索酸酶等发生相互作用,参与三羧酸循环过程。 展开更多
关键词 水稻 OsMDH基因 结构域功能 生物信息学分析
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番茄花青素合成关键酶基因的序列与进化分析 被引量:6
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作者 张佳慧 胡利宗 +1 位作者 杨同文 朱自学 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1292-1301,共10页
为了研究花青素在植物生长发育与响应外界环境中的作用,本研究利用生物信息学手段首次系统剖析了番茄花青素合成途径中11种关键酶基因的序列与进化特征。序列分析显示:同类关键酶具有相似的基因结构特征,其中Sl CHI、Sl F3'5'H... 为了研究花青素在植物生长发育与响应外界环境中的作用,本研究利用生物信息学手段首次系统剖析了番茄花青素合成途径中11种关键酶基因的序列与进化特征。序列分析显示:同类关键酶具有相似的基因结构特征,其中Sl CHI、Sl F3'5'H和Sl PAL基因的外显子个数高度保守;同类关键酶的功能结构域和保守基序组成模式高度保守,但C4H、F3'H和F3'5'H酶分享p450结构域和相似的保守基序组成模式,ANS和F3H分享同样结构域和相似的保守基序组成模式。系统进化树分析显示,番茄27个花青素合成关键酶被分为8个类群,其中C4H/F3'H/F3'5'H类群能被进一步分为3个亚类群,ANS/F3H类群能被进一步分为2个亚类群。选择压力检测显示,除PAL和ANS基因受正选择作用外,剩余的9种关键酶均受到功能限制作用,未鉴定到正选择位点(P<0.05)。研究结果为进一步研究番茄及其它植物花青素合成关键酶基因的功能及其关键氨基酸位点提供理论参考。 展开更多
关键词 花青素 正选择 番茄 生物信息学 功能结构域
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甘薯等8种植物JAZ1基因的生物信息学分析 被引量:3
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作者 杨冬静 孙厚俊 +4 位作者 谢逸萍 张成玲 马居奎 李宗芸 马代夫 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期1021-1027,共7页
JAZ(Jasmonate ZIM-domain)蛋白是植物中茉莉酸信号调控途径中重要的负调控因子,它在调控植物发育、营养生长、衰老、抗盐、抗旱以及抗病等过程中起着至关重要的作用。为了对甘薯等JAZ1基因的生物信息学进行分析并对其功能进行预测,本... JAZ(Jasmonate ZIM-domain)蛋白是植物中茉莉酸信号调控途径中重要的负调控因子,它在调控植物发育、营养生长、衰老、抗盐、抗旱以及抗病等过程中起着至关重要的作用。为了对甘薯等JAZ1基因的生物信息学进行分析并对其功能进行预测,本研究以NCBI数据库中收集的8种植物JAZ1蛋白氨基酸序列为试验数据来源,采用系列生物信息学分析软件对甘薯等8种JAZ1蛋白的氨基酸组成及其理化性质、蛋白质亲疏水性、磷酸化位点、二级结构元件和含量、跨膜结构域、信号肽、蛋白质亚细胞定位、功能结构域进行预测和分析,并对8种植物JAZ1蛋白氨基酸序列进行多重比较和蛋白质系统进化树进行构建和分析。结果表明,8种植物JAZ1蛋白的氨基酸残基数目介于180~294;相对分子量介于19815670~31550050;理论等电点均为碱性等电点;8种植物JAZ1蛋白的主要氨基酸为丝氨酸、脯氨酸、赖氨酸和苏氨酸;稳定性预测结果表明8种植物JAZ1蛋白均为非稳定性蛋白质;磷酸化位点预测分析结果表明8种植物JAZ1蛋白磷酸化位点数量最多为丝氨酸,其次为苏氨酸;根据亲疏水性预测分析结果推测8种植物JAZ1蛋白均为亲水性蛋白质;信号肽和跨膜结构域预测结果显示这些蛋白质均为非分泌蛋白质不具有信号肽,没有明显的跨膜结构域;JAZ1蛋白二级结构元件主要为不规则卷曲,其次为α-螺旋和延伸链;亚细胞定位预测结果显示该蛋白质主要定位于细胞核;结构域预测结果表明供试8种植物JAZ1蛋白均含有JAZ蛋白家族典型的TIFY和CCT_2功能结构域;氨基酸序列多重比对和蛋白质系统进化树分析结果表明甘薯JAZ1与长春花JAZ1亲缘关系最近。本研究可为甘薯JAZ1基因功能研究和甘薯性状定向改良奠定理论基础。 展开更多
关键词 甘薯 JAZ1 磷酸化位点 功能结构域 亚细胞定位.
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