基于分子碎片化学空间的智能分子定向生成框架

分子定向生成能以超低人力、财力、时间成本高速推动新物质的发现和设计,因此被广泛应用于分离溶剂、反应溶剂、催化剂、功能材料、药物等分子的设计与优化。提出了一种基于分子碎片化学空间的功能驱动分子智能生成框架,以分子的功能指标为生成方向,以分子“骨架-装饰物”集合为基础,以结构碎片的化学空间为搜索范围,推动分子定向生成,深度挖掘具有潜力的新分子结构。通过生成类药性分子的案例演示,该框架能从较小的优异分子集(644)出发,最终生成五倍数量的同等级别优异分子(3158),表明该生成框架能够高效地进化出大量全新且优异的分子。该框架可结合实际化工过程中的功能目标和约束,推动过程尺度的绿色溶剂等全新最优化设计。

结构分析理论在地球化学空间场不均匀性分析中的应用

论述了应用结构分析理论对地球化学空间场进行不均匀性分析的理论依据、研究步骤和方法 .以塔北某工区作为实验区 ,着重对研究区地学时空场的连续性、各向异性和区域不均匀性进行了研究 ,并结合研究区的地质背景和指标的浓度等值线分布进行了系统分析 .

透骨消痛胶囊防治骨性关节炎的化学空间分析

目的从化学空间角度探讨透骨消痛胶囊防治骨性关节炎的作用机制。方法运用计算机方法对透骨消痛胶囊中分子组成的数据集及药物分子/类药分子数据集进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果透骨消痛胶囊中分子与药物分子/类药分子在化学空间有较好的重叠。结论本方法直观地揭示了透骨消痛胶囊防治骨性关节炎的重要意义。

从化学空间角度看独活寄生汤治疗骨性关节炎的多靶点作用

目的从化学空间角度探讨独活寄生汤治疗骨性关节炎的多靶点作用。方法采用计算机处理,对独活寄生汤中的分子集和MDDR数据库中骨性关节炎靶酶抑制剂的分子集进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行描述,用主成分分析法将多维化学空间映射到二维空间上以得到更直观的图像。结果来源于独活寄生汤和MDDR数据库中骨性关节炎靶酶抑制剂的分子集存在绝大部分相同的化学空间,且前者拥有更大的附加区域,显示出多样性。结论通过化学空间方法直观地揭示了独活寄生汤存在的多靶点效应。

海桐皮汤治疗骨性关节炎的化学空间及多靶点效应分析

目的:从化学空间角度探讨海桐皮汤治疗骨性关节炎的多靶点作用。方法:运用计算机方法对海桐皮汤中分子组成的数据库及药物分子/类药分子数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果:海桐皮汤中分子有良好的多样性,既有类药性质,也是天然产物化合物的一个特殊的子集。结论:本方法直观地揭示了复方海桐皮汤的多靶点效应,对于解释复方的协同效应有重要意义。

都庞岭-铜山岭-九嶷山地区区域地球化学空间分带与岩体-地层-成矿作用的关系

都庞岭—铜山岭—九嶷山地区位于南岭成矿带,是华南地区重要的成矿区带,通过研究该区的区域地球化学空间分带与岩体-地层-成矿作用的关系,发现该地区Sn/W、Pb/Zn、(Pb+Zn)/(W+Sn)、W+Sn+Mo+Bi+Be、Cu+Pb+Zn+Cd+Ag、Au+Ag+As+Sb等参数变化趋势与钨锡铅锌矿化对应良好,元素分布与地质特征、矿化类型及规模密切相关,对于进一步开展该区成矿模式及找矿模型的研究具有重要指导意义。

化学空间能力构成研究

从国内外现有的空间能力理论入手,通过梳理空间能力的研究成果,提取一般空间能力的构成要素。继而结合现有的化学空间能力构成理论,基于对一般空间能力的归纳和总结,提出了化学空间能力的构成模型。化学空间能力主要由化学空间知觉能力、化学空间关系能力、化学空间想象能力、化学空间操作能力、化学空间建构能力五种能力构成。

从化学空间探讨荣筋拈痛方补肝肾强筋骨和祛风湿止痹痛的作用

目的:从化学空间探讨荣筋拈痛方补肝肾强筋骨和祛风湿止痹痛的作用。方法:将荣筋拈痛方分为补肝肾强筋骨药组和祛风湿止痹痛药组,建立其化合物的分子数据集;搜索Drug Bank数据库中骨关节炎治疗相关的刺激关节软骨中蛋白多糖合成以及抗炎镇痛药物,建立其各自的药物分子集。依托定量构效关系平台,分析补肝肾强筋骨药组和刺激关节软骨中蛋白多糖合成药物分子数据集、祛风湿止痹痛药组和抗炎镇痛药物分子数据集的化学空间。结果:荣筋拈痛方分子具有分散的化学空间,且补肝肾强筋骨药物部分化合物与刺激关节软骨中蛋白多糖合成的药物具有相同或相近的化学空间,祛风湿止痹痛药物部分化合物与抗炎镇痛的药物具有相同或相近的化学空间。结论:荣筋拈痛方治疗骨关节炎具有广谱的作用特点,其中,补肝肾强筋骨药物可能具有刺激关节软骨中蛋白多糖合成的作用,而祛风湿止痹痛药物可能具有抗炎镇痛的作用。

基于化学空间和分子对接探讨人参在治疗骨关节炎中发挥抗炎镇痛作用的可行性

目的:探讨人参在治疗骨关节炎(OA)中发挥抗炎镇痛作用的可行性。方法:从中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)中筛选人参中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的成分,从活性化合物专家网站中检索OA疼痛密切相关白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的抑制剂,在Discovery studio(DS)模拟平台,分别建立人参和抑制剂分子数据集;在定量构效关系(DS QSAR)模块下,计算和分析两分子数据集的化学空间,两数据集中的化合物在空间上距离越近,代表具有相似作用的可能性越大。以IL-1β、IL-6、TNF-α为OA抗炎镇痛的治疗靶点,从蛋白质数据库(RCSB PDB)中下载其与配体的复合物结构,代码分别为6Y8M、1ALU和2AZ5,在DS LigandFit中,研究人参分子数据集中化合物与抗炎镇痛靶点IL-1β、IL-6、TNF-α之间的相互作用,从中筛选出比蛋白与各自原配体作用的DOCK-SCORE高的化合物,视为人参抗炎镇痛的活性成分。结果:人参分子数据集含有化学成分22个,抑制剂分子数据集含有化学成分26个;在三维化学空间中,人参和抑制剂分子数据集中化合物均聚集在后背部,且距离较近,具有相似的化学空间,意味着可能具有相似的作用;以IL-1β、IL-6和TNF-α与各自原配体的DOCK-SCORE为阈值,从人参中筛选出抗炎镇痛的潜在活性化合物有11个,分别为脱氧三尖杉酯碱(Deoxyharringtonine)、石竹胺(Dianthramine)、苏齐内酯(Suchilactone)、花生四烯酸(Arachidonate)、山柰酚(Kaempferol)、人参皂苷Rg5(Ginsenoside Rg5)、人参皂苷Rh2(Ginsenoside Rh2)、五味子酯乙(Gomisin B)、苯代南蛇碱(Celabenzine)、菊黄质(Chrysanthemaxanthin)和5-苯甲酰基-4-乙酰基锥序南蛇藤呋喃四醇(Malkangunin)。结论:综合分析人参的化学空间及其存在抗炎镇痛的活性成分,认为人参在治疗OA方面具有抗炎镇痛的作用,本研究可为健脾法在OA临床治疗中的应用提供新依据。

高中生化学空间能力发展水平探查

化学空间能力既是培养学生认知思维的必要条件,又是满足学生终身发展的需要.文章阐述了空间能力的内涵,基于CHC理论对高中化学空间能力的因素进行解构,并由低到高将其分为4个水平,据此考查了我国高中生化学空间能力的发展状况,最终探讨了促进化学新课程改革的有效措施.

中药方剂网络与中药化学空间的构建与分析

目的构建中药方剂网络与中药化学空间,在此基础上进行中药方剂网络与化学空间性质的分析,对中药配伍禁忌理论给出解释。方法利用复杂网络技术,通过Pajek和ORA等软件构建中药方剂网络,并对该方剂网络进行网络直径、平均距离、聚类系数、平均度数等网络性质的分析。在化学空间理论基础上,通过描述符计算、重心处理、空间降维等步骤构建中药化学空间,并计算和分析该中药化学空间的空间距离等性质。在以上构建的中药方剂网络和中药化学空间的基础上,对中药"十八反十九畏"药对的性质进行分析。结果中药方剂网络是一个具有部分无标度性质的复杂网络,并且也兼具小世界网络的特性。中药化学空间的化学离散性质与中药的整体性保持一致。通过网络路径分析和化学空间距离测量,数据分析结果与中药"十八反十九畏"药对性质相符。结论中药配伍禁忌理论得到方剂网络和化学空间理论的支持,具有一定的科学基础。该试验为中药配伍禁忌理论的研究提供了新的思路。

龙岩市某铁锰矿区土壤重金属地球化学空间分布特征与来源分析

采集了龙岩市某铁锰矿区基岩-不同层位土壤配套样品,测试了其中重金属Pb、Cd和As含量,采用普通克里金插值法,研究了土壤中3种重金属元素的地球化学空间分布特征,分析了Pb、Cd和As的来源.结果表明,研究区地处汇水盆地中,高含量Pb和As主要分布于工作区西部靠近露天采场的区域,中部两支河流交汇处及东部废石堆附近,而Cd大面积集中于西部露天采场周边及选矿厂附近.从水平剖面看,3种重金属在土壤各层位高值区域的含量变化整体表现为随着与矿区水平距离的增加而逐渐降低的趋势.从垂向剖面看,重金属在不同层位土壤间的相关度高.Pb、Cd和As在西部距离露天采场较近的区域,含量随深度增加呈先升高再降低的趋势.在其他高值区域,3种重金属含量随深度增加而降低.不同层位土壤Pb和As含量与花岗岩、闪长岩中的含量均呈显著正相关关系,Pb和As继承了矿床及其周边母岩的特性.研究区重金属As虽受到矿山开采等人为影响,但影响程度不高.部分点位母质(岩)自身具有较高含量的重金属,同时,土壤中重金属Pb和Cd的含量显著高于岩石含量,甚至远远超过土壤风险筛选值,受工矿业、交通运输和农业生产等人类活动影响较大,存在点源污染,需关注其对农产品质量安全、农作物生长及土壤生态环境可能产生的风险.

中草药有效成分化合物的化学空间分析

运用计算机方法对中药有效成分化合物的数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果表明,中草药有效成分共有良好的多样性,既有类药性质,也是天然产物化合物的一个特殊的子集,对进一步的研究工作有重要意义。

化学的空间思维及其教学

化学空间思维对了解物质的基本结构单元的空间关系及空间效应,包括基本结构单元间相互作用、基本结构单元对物质宏观性质的影响,以及宏观层面的晶体形状等问题有重要作用。界定了空间、空间思维、化学的空间思维,研究了化学空间思维发展的历史脉络,分析了化学教材中涉及化学空间的内容分布情况,讨论了化学空间思维的教学策略思路、化学空间思维的测量及训练方法。

化学空间应用于中医药领域的研究进展

总结和分析中医药领域化学空间研究的常用数据库资源和计算工具,梳理化学空间在中医药方剂配伍规律、中药有效成分的筛选、中药复方的药效、多靶点研究和中药复方的作用机制等方面的应用现状,发现目前相关研究主要集中在中药及中药复方的药效和多靶点研究上,其中对骨关节炎、类风湿关节炎的研究较多,现有研究进一步明确了中药/中药复方治疗疾病的药效和靶点,但仍缺少一个包含所有中药主要成分、中药复方的功效主治等数据的数据库,同时也需要进一步明确中药的主要药效分子和主要靶点。

锑(Ⅲ)配合物的合成及其空间立体化学

含锑(Ⅲ)配合物涉及到许多化学及生物化学的过程,特别是它的一些配合物具有一定的抗癌、杀菌等生物功能,其空间结构的多样性也一直吸引着人们的注意力。本文按照含O供电子配体,含N供电子配体和含S供电子配体分类,系统地综述了各类锑(Ⅲ)配合物的合成方法及表征手段,介绍了锑(Ⅲ)配合物的分子结构及其晶体学参数和配位环境中孤电子对空间化学活性,展望了锑的生物无机配合物的合成与应用前景。

基于正交试验与化学子空间法研究中药重楼中甾体皂甙的提取工艺

UV analytical method for the extraction liquid of the steroidal saponin from chinese medicine rhizoma paridis has been established by using the chemical subspace invariant to linear transformation method and the characteristics of the UV spectra.Based on the orthogonal test of L16(45),the five factors for the extraction of steroidal saponin from Yunnan rhizoma paridis,including the extraction time,the concentration of ethanol solution and its volumn,the time of heating reflux and the times of extraction,have been optimized according to the extraction ratio.The extraction ratio for the optimized extraction is up to 11.49%.It also has been proved that the time of heating reflux is the most important factor.

实验空间化学研究展望

将空间化学与材料科学、场化学和航天航空技术相结合，开辟空间化学新的研究方向，即实验空间化学，这是本文的宗旨。本文详叙了问题的由来，学科思想的萌生，学科建设的可行性和新的交叉学科的重大理论意义及其潜在的应用前景。

实验空间化学──材料科学、场化学与空间化学的交叉

实验空间化学──材料科学、场化学与空间化学的交叉ＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＳｐａｃｅＣｈｅｍｉｓｔｒｙ──ＡｎＩｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐｌｉｎｅｏｆＭａｔｅｒｉａｌｓＳｃｉｅｎｃｅ，ＦｉｅｌｄＣｈｅｍｉｓｔｒｙａｎｄＳｐａｃｅＣｈｅｍｉｓｔｒｙ￥／／萧小月...