基于Web的CML化学结构搜索方法初探

化学标记语言CML已得到广泛应用，目前web上存在着大量的以CML表示的化学结构信息，google、百度等Web搜索引擎只能实现对文本的检索，无法实现对化学结构的检索。本文在分析CML特点的基础上，介绍了提取与验证web上CML表示的化学结构信息的方法。利用Daylight公司的THOR—Merlin化学信息数据库系统，提出一种化学结构搜索引擎的设计方案。

基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现

设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCI(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。

分布式多线程并行处理技术在大规模化学结构检索数据库系统中的应用

提出以分布式、多线程并行处理技术实现基于甲骨文数据库管理系统的高效大规模化学结构检索数据库系统的方法;以相同的结构搜索算法和不同的模块组合机制分别构建了单机单线程、单机多线程、分布式单线程和分布式多线程4种不同的化学结构检索数据库系统,并在4种不同的实现方案下对同一组化学结构分别做了结构检索实验。结果表明:在4种实现方案中,分布式多线程并行处理方法的检索效率最高,稳定性也很好(与其他3种实现方法相同)。该方法已成功应用于微芯公司开发的TASS(Target Activity and Structure System)软件系统中。

基于J2EE的中药有效成分化合物数据库的研究与构建(英文)

基于J2EE研究并建立了中药有效成分化合物数据库。该数据库包含了化合物的诸多信息,包括英文名称、物理化学性质、药理活性数据、分子式、分子量、CAS登记号以及其二维化学结构。通过XML作为数据交换格式导出了存储在Word表格中的有效成分化合物数据,并基于ISIS Base构建了中药有效成分化合物数据库。基于该数据库可进行数据挖掘,进而可在中药和西药之间、中药药效和有效成分之间进行关联规则、聚类分析等研究。

基于Web的化学结构搜索法的研究

设计了在数据库中化学结构的存储方式,并在系统分析化学结构在计算机中的不同描述法的基础上,提出了一种基于Web的化学结构搜索法。该方法由Robot抓取Web文档中的化学结构信息,利用Oracle建立化学结构数据库,通过建立化学结构的索引,实现对化学结构的全结构、子结构、结构相似性检索。

确定化学结构的索引码构造

我们总结了描述确定化学结构的6种属性,并以此设计了一种索引码,用于确定结构的筛选和检索。这种索引码对应于每种属性,形成不同的检索限制条件,可单独使用,也可联合使用,得到一个确定结构候选集,这个集合保证了后继精确匹配所要求的时间、效率和准确性。完成了通过索引码进行检索的单机版和网络版的编程工作并进行了测试。