基于改进的有效区域基因选择与跨模态语义挖掘的图像属性标注

图像属性标注是一种更细化的图像标注,它能缩小认知与特征间“语义鸿沟”.现有研究多基于单特征且未挖掘属性蕴含的深层语义,故无法准确刻画图像内容.改进有效区域基因选择算法融合图像特征,并设计迁移学习策略,实现材质属性标注;基于判别相关分析挖掘特征间跨模态语义,以改进相对属性模型,标注材质属性蕴含的深层语义-实用属性.实验表明:材质属性标注精准度达63.11%,较最强基线提升1.97%;实用属性标注精准度达59.15%,较最强基线提升2.85%;层次化的标注结果能全面刻画图像内容.

猪MHCⅡ类区域基因研究进展

本文综述了国内外有关猪MHCⅡ类基因的研究进展 ,特别是对Ⅱ类区域基因的结构、功能、类型、多态及分型方法。

猪MHCⅠ类区域基因及其分型研究进展

猪MHCⅠ类区域的基因可分为Ia ,Ib及Ic三类基因 ,其中Ia共发现 7个基因 ,Ib为 3个 ,Ic为 2个 ,不同类型的基因有着相似的结构 ,具有不同程度的同源性。对Ⅰ类基因分型 ,血清学分型共得到 74个单倍型 ,分子学分型结果变化较大 ,其中有一个已分为 7个血清学型的Ⅰ类等位基因 ,经特定酶切后确认得到了 7个等位基因的图谱。

表观遗传因子在不同基因组区域的分布模式研究

应用人类CD4阳性T细胞表观遗传因子高通量定位、DNA甲基化修饰和基因表达谱数据,对基因启动子、外显子和内含子区域间的表观遗传因子分布模式进行了分析;同时,研究了不同基因组区域基因表达状态与表观遗传因子分布模式的内在关系,并应用功能富集分析阐释了表观遗传因子协同调控模式与基因功能的相关性.结果表明:DNA甲基化等表观遗传因子的分布模式在启动子、外显子和内含子区域间存在显著差异,并且表观遗传因子分布模式与基因表达状态密切相关.DNA甲基化与其他表观遗传因子间存在组合调控,拥有特定调控模式的相关基因与人类CD4阳性T细胞所行使的免疫系统过程、免疫应答、白细胞活性和淋巴细胞活性等生物学功能显著相关.

Ras相关区域家族7基因在食管鳞状细胞癌中的表达及其临床意义

目的:检测人食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中Ras相关区域家族7(Ras-association domain family 7,RASSF7)基因的mRNA、蛋白表达情况及其甲基化状态,探究RASSF7在ESCC发生发展中的作用。方法:组织标本取自河北医科大学第四医院2011—2012年间手术切除的69例ESCC原发灶组织及癌旁组织。分别应用RT-PCR及甲基化特异性PCR(methylation specific polymerase chain reaction,MSP)方法检测DNA甲基转移酶抑制剂5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-aza-2’-deoxycitydine,5-Aza-dC)处理前后的4株食管癌细胞系(TE13、T.Tn、YES-2、Ec109)和69例病灶组织及其癌旁组织中RASSF7 mRNA表达水平及甲基化状态,应用免疫组织化学方法检测69例ESCC组织及相应癌旁组织中RASSF7的蛋白表达。结果:RASSF7基因在TE13、T.Tn、YES-2细胞系中表达阳性,在Ec109细胞系中表达缺失;经5-Aza-dC处理后,RASSF7在TE13、T.Tn、YES-2细胞中表达下调,在Ec109细胞中表达阳性。5-Aza-dC处理前后4株食管癌细胞系中均未检测到RASSF7的甲基化。人ESCC组织中RASSF7的mRNA相对表达量(0.63±0.08 vs 0.42±0.20,P<0.01)与蛋白表达阳性率[81.2%(56/69)vs 53.6%(37/69),P<0.01]均显著高于相应癌旁组织,且均与患者的淋巴结转移情况及分化程度有关(P<0.05或P<0.01),与TNM分期、年龄和性别无关(均P>0.05)。ESCC组织和相应癌旁组织中均未检测到RASSF7的甲基化。结论:4株食管癌细胞系、人ESCC组织和癌旁组织中RASSF7基因的表达差异与RASSF7本身甲基化状态无关,ESCC组织中RASSF7的高表达可能参与了ESCC的发生及转移。

Ras相关区域家族1A基因在喉癌及喉角化症组织中的表达及临床意义

目的探讨Ras相关区域家族1A基因(Ras association domain family 1A,RASSF1A)的表达与喉癌发生发展的关系。方法收集喉角化症组织43例、喉鳞癌组织31例作为实验组,取冷冻新鲜尸头正常声带黏膜8例作为正常对照组,用免疫组织化学方法检测各组组织的RASSF1A蛋白表达情况并进行分析比较。结果正常喉黏膜、喉角化症及喉鳞状细胞癌组织中RASSF1A阳性细胞表达率分别为58.25%±8.8%、47.22%±2.25%和21.36%±10.98%,喉鳞状细胞癌组织中RASSF1A的表达强度低于喉角化症及正常喉粘膜组织,差异均有统计学意义(P<0.05),喉角化症与正常喉黏膜组织中的RASSF1A阳性表达率差异无统计学意义(P>0.05)。在I^IV期喉癌组织中RASSF1A的表达强度逐渐降低,差异有统计学意义(P<0.05),而高分化、中分化及低分化癌组织中RASSF1A阳性细胞表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 RASSFlA表达降低可能与喉鳞状细胞癌的发生发展有关,对鉴别癌前病变与喉癌具有一定意义。

食管癌和贲门癌抑癌基因Ras相关区域家族1A单核苷酸多态性检测

目的：探讨河南林州食管癌高发区食管鳞癌和贲门癌患者编码抑癌基因Ras相关区域家族1A（RASSF1A）第133位氨基酸的单核苷酸多态性。方法：采用聚合酶链反应-限制性片断长度多态方法,检测112例食管鳞状细胞癌、116例贲门腺癌患者和235名对照组RASSF1A基因型分布。结果：食管癌患者RASSF1A基因（Ser133Ala）多态位点的基因型分布与正常对照组差异无统计学意义,但在贲门癌患者中差异有统计学意义（P〈0.05）。Ala/Ser＋Ser/Ser基因型增加贲门癌的发生危险（OR值=2.06,95%CI=1.09-3.97,P=0.02）。结论RASSF1A第133位氨基酸的单核苷酸多态改变与贲门癌的发生有关,与食管鳞癌的发生无关。

中国汉族人群维生素D受体基因3'区域单核苷酸多态性与前列腺癌基因危险性的关系(英文)

背景:前列腺癌发病率有显著的种族差异,近来已有研究报告显示维生素D受体基因(vitaminDreceptorgene,VDRG)多态性与前列腺癌的发病危险性有关,但大多集中在高发病的欧美人群。目的:研究低发病的中国汉族人群VDRG单核苷酸多态性(singlenu-cleotidepolymorphism,SNP)与前列腺癌的关系,探讨前列腺癌发病种族差异的原因。设计:非随机对照研究。地点和对象:329受试者(103例前列腺癌患者、112例前列腺增生及114例对照者)外周血标本,采集自北京大学第一医院。所有受试者来自北方地区的汉族人群,均知情同意。干预:收集中国北方地区汉族人群103例前列腺癌患者、112例前列腺增生及114例对照者外周血标本,应用基于PCR的限制性酶切片段长度多态(restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)和变性高效液相色谱(denaturinghighperformanceliquidchromatography,DH-PLC)方法,检测VDRG3'区域三个单核苷酸多态位点TaqI,BsmI和ApaI,并对该位点SNP分布进行分析。主要观察指标:VDRG3'区域三个单核苷酸多态位点TaqI,BsmI和ApaI在病例与对照组中的分布,VDRGSNP分布与中国汉族人群前列腺癌发病危险及疾病进展的关系。结果:VDRG3'区域三个SNP位点基因型和等位基因在北方地区汉族前列腺癌患者及对照中的分布频率无显著差异(P>0.

中国人群β纤维蛋白原基因启动子区域单核苷酸多态性与冠心病的关系

目的:在中国人群中检测β纤维蛋白原基因启动子区域的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs),并探讨其与冠心病发病的关系。方法:应用PCR直接测序技术检测β纤维蛋白原基因启动子区域序列,结合多重SNaPshot反应在224例冠心病病人和164名健康对照者中对所检测的SNPs进行基因分型并统计分析。结果:在β纤维蛋白原基因启动子区域发现5个SNPs,其中β鄄993(C/T)多态为首次报道,β鄄249(C/T)多态的基因型分布在冠心病组(C/C=55、C/T=105、T/T=64)和对照组(C/C=21、C/T=83、T/T=60)相比差异有显著性(χ2=8.847,P=0.012),冠心病组的C等位基因频率显著高于对照组(分别为0.48和0.38,P=0.006)。结论:在中国人群中,β纤维蛋白原基因β鄄249(C/T)多态性可能与冠心病的发病有关。

组合优化多种预测基因区域的PSO算法

针对不同基因预测工具可能分别预测不同的基因区域,为充分利用各种工具的优点而求最大概率基因区域的问题,提出了使用PSO算法组合优化多种预测基因区域的算法。分析基因区域的读框限定和分段组合等特点,着重介绍适合PSO算法的基因区域表示和区域组合微粒表示的数学模型;分预测基因区域概率和组合区域概率计算两个步骤,详细叙述PSO算法目标函数的计算方法;简要描述算法的更新等式和步骤,并分析说明该算法可以克服时间复杂度和空间复杂度随着基因工具的数量指数增长的缺点。

儿童孤独症与5-羟色胺转运体基因连锁多态性区域的关联性研究

目的:探讨汉族人群中5-羟色胺转运体基因连锁多态性区域(5-HTTLPR)与儿童孤独症(CA)的相关性。方法:采用病例对照研究、聚合酶链反应(PCR)的方法对中国汉族CA患儿与5-HTTL-PR的关联性进行研究。以健康儿童作对照。结果:中国汉族CA患者的5-HTTLPR分布与对照组差异无显著性,但CA组5-HTTLPR纯合子基因型的频率显著高于对照组;5-HTTLPR的基因型与CA的躯体运动因子显著相关。结论:5-HTTLPR与CA的主要症状存在显著关联;5-HTTLPR的纯合子基因型和等位基因L可能增加了CA的患病危险。

淋巴瘤中RAS相关区域家族5A基因启动子区甲基化状态及其mRNA表达与患者临床表现的关系

目的:探讨RAS相关区域家族5A(Ras-association domain family 5A,RASSF5A)基因在淋巴瘤患者及正常人外周血中DNA甲基化和mRNA表达状态,并研究其与患者临床表现的关系。方法:应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)及RT-PCR方法检测河北医科大学第四附属医院2013年10月至2015年3月收治的弥漫性大B细胞淋巴瘤患者74例、T细胞淋巴瘤患者42例及健康志愿者42人的外周血中RASSF5A基因甲基化及mRNA表达状态。分析其与临床表现之间的关系。结果:RASSF5A在弥漫性大B细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤中的甲基化率分别为64.9%(48/74)和73.8%(31/42),明显高于正常人的7.1%(3/42)(P<0.05);而其mRNA表达量分别为0.54±0.17和0.52±0.18,均低于正常人的0.86±0.10(P<0.05)。弥漫性大B细胞淋巴瘤中RASSF5A基因启动子甲基化阳性的mRNA相对表达量(0.51±0.18)低于甲基化阴性的mRNA表达量(0.60±0.17)(P<0.05)。T细胞淋巴瘤中RASSF5A基因启动子甲基化阳性的mRNA相对表达量(0.50±0.15)低于甲基化阴性的mRNA表达量(0.63±0.12)(P<0.05)。RASSF5A基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的甲基化率与患者的LDH、IPI评分及Ki67相关(P<0.05);RASSF5A基因在T细胞淋巴瘤中的甲基化率与患者的临床分期、结外累及及Ki-67相关(P<0.05)。RASSF5A基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤中mRNA的表达量与患者的IPI评分及结外累及相关(P<0.05);RASSF5A基因在T细胞淋巴瘤中mRNA的表达量与患者的临床分期和结外累及相关(P<0.05)。结论:RASSF5A基因启动子甲基化可能是弥漫性大B细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤发生的机制之一,mRNA表达沉默可能是表观遗传学机制之一。RASSF5A基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤中主要可能起抑癌基因的作用,与淋巴瘤的侵袭性、恶性进程及预后有关。

基于区域文化基因图谱的包装设计认同感提升研究

将区域文化基因图谱运用于包装设计中提升受众对包装的认同感。通过对相关研究的文献回顾,论述区域文化基因图谱提升包装认同感的可行性,并从满足消费者对包装的视觉体验、文化想象、环保责任等方面入手,分析运用文化基因图谱提高包装认同感的思路;进而以滇西北悬鱼构件文化为题材,绘制其文化基因图谱,并将该图谱运用于包装设计实践案例中,探索区域文化基因图谱在包装设计中的实践运用及其对包装认同感提升的具体方法。经理论分析及实践案例得出,通过区域文化基因图谱增强了包装身份识别,提供了更优质的信息体验,促进了包装的可持续利用。区域文化基因图谱可以成为增强包装设计认同感的有效工具,滇西北悬鱼文化基因图谱突出地展现了中国悬鱼文化基因的遗传及演进,能够被大众所识别;图谱特征适用于满足现代包装设计的多种需求;结合现代包装的设计要求,提取其基因进化图谱并运用于包装设计当中可以与目标受众建立联系,使产品更具审美性、文化性和地方身份识别性,从而提升受众群体对包装的认同感。

不同类型细胞在Oct4和Nanog基因启动子区域的甲基化水平

目的探讨不同分化细胞及诱导多功能干细胞(i PSCs)的甲基化水平。方法由包皮和毛囊标本获取表皮黑色素细胞(EMC)、耐受胰酶消化的表皮黑色素细胞(TE-EMC)、表皮角质形成细胞(EKC)、毛囊角质形成细胞(FKC)。将携带3因子(Oct4、Klf-4和C-myc)、4因子(Oct4、Klf-4、C-myc、Sox-2)的慢病毒分别转染EMC而获得3因子和4因子转染i PSCs(3F-iPSCs和4F-iPSCs)。采用亚硫酸氢盐测序PCR法检测6种细胞在Oct4和Nanog基因位点的甲基化程度。结果在Oct4基因位点,EMC的甲基化率高于3F-iPSCs和4F-iPSCs(均P <0. 05),其他细胞与EMC甲基化率的比较差异均无统计学意义(均P> 0. 05)。在Nanog基因位点,EMC的甲基化率均高于TE-EMC、FKC、3F-iPSCs和4F-iPSCs(均P <0. 05),EKC的甲基化率高于FKC(P <0. 05)。结论与起始EMC比较,Nanog位点TE-EMC、FKC、3F-iPSCs和4F-iPSCs的甲基化程度降低,两种i PSCs的甲基化程度相似。细胞甲基化程度可能与其来源、形态、分化程度有关。

髓母细胞瘤患者血浆Ras相关区域家族1A基因甲基化的意义

目的探讨髓母细胞瘤(MB)患者血浆逆转录病毒相关序列(RAS)家族1A(RASSF1A)基因启动子甲基化的临床意义。方法收集82例MB患者的血浆和肿瘤标本,采用甲基化特异性聚合酶链式反应(PCR)方法,检测血浆和肿瘤组织的RASSF1A启动子甲基化状况,并分析其与临床病理特征的关系。同期收集43例幕下良性病变患者的肿瘤组织和血液标本以及19例健康体检者的血浆作为对照。结果 49份MB瘤组织中呈RASSF1A基因甲基化阳性,检出率为59.76%。40份血浆呈RASSF1A基因启动子甲基化阳性,检出率为48.78%。血浆中甲基化频率与MB组织中甲基化频率显著相关(r=0.868,P<0.001)。检测血浆中RASSF1A基因甲基化的敏感性为97.50%,特异性为76.19%,RASSF1A基因甲基化与MB分子生物学分型、临床分期相关(P<0.01),与患者年龄、性别、肿瘤部位和病理类型无相关性(P>0.05)。同期收集的幕下良性病变患者的肿瘤组织与血浆中、以及健康体检者的血浆中均为未检出该基因甲基化。结论血浆中RASSF1A基因甲基化频率不仅与MB组织中的甲基化频率显著相关,还与MB分子生物学分型、临床分期具有相关性。

白细胞介素-1α基因启动子区域C-889T多态与冠心病的相关性

目的:研究白细胞介素-1α(interleukin-1α,IL-1α)基因启动子区域-889位C→T多态与冠心病(CH D)的相关性。方法:运用M ALDI-TOF质谱检测技术,对上海地区94例血压正常的CH D患者和100名健康对照者进行C-889T多态基因分型。结果:C-889T多态的基因型分布在CH D组(CC=83、CT=11)和对照组(76、24)间差异有显著性(P=0.026)。C、T等位基因频率与对照组相比差异亦有显著性(94.15%、5.85%/88.00%、22.00%,P=0.035)。在多支病变组中,C-889T多态的基因型分布及其等位基因频率与对照组相比差异均有显著性(46、5/76、24,P=0.036;95.10%、4.90%/88.00%、22.00%,P=0.048)。结论:IL-1α基因启动子区域的C-889T多态可能是血压正常人群CH D发病的一个遗传性危险因素,并且还可能与冠状动脉粥样硬化的病变程度相关。