目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶...目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶点PPI网络,运用Cytoscape3.7.1软件构建“半夏-附子药对活性成分-冠心病-靶点-通络”网络,随后使用R语言脚本进行GO和KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果半夏-附子药对活性成分16个,与半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的相关靶点有35个,35个靶点富集在57个GO term上,同时富集在75条KEGG信号转导通路上;KEGG富集P值最显著的信号转导通路为Lipid and atherosclerosis;进一步分析提示了,半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病的核心靶点可能为AKT1、FOS、MMP9和PTGS2,其关键有效成分为baicalein、cavidine和deltoin。结论本研究初步揭示了半夏-附子药对活性成分通过调控Lipid and atherosclerosis信号转导通路而拮抗冠心病,为半夏-附子药对抗冠心病的物质基础及分子机制的进一步研究奠定了理论基础。展开更多
目的运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪-半夏”药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法通过文献查找及TCMSP数据库筛选“黄芪-半夏”药对主要成分及作用靶点,在GeneCards、PharmGKB、DrugBank、OMIM数据库获取NSCLC相关靶...目的运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪-半夏”药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法通过文献查找及TCMSP数据库筛选“黄芪-半夏”药对主要成分及作用靶点,在GeneCards、PharmGKB、DrugBank、OMIM数据库获取NSCLC相关靶点,利用Cytoscape软件分别构建“中药-成分-靶点”“中药-成分-靶点-疾病”相互作用网络;运用STRING数据库构建蛋白互作网络,并根据拓扑学参数筛选“黄芪-半夏”药对治疗NSCLC的关键靶点;对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析,并构建“成分-靶点-通路”网络图,运用Auto Dock Vina 1.1.2将得到的主要活性成分与关键靶点进行分子对接,运用PyMOL软件进行结果可视化。结果共获得“黄芪-半夏”药对有效成分33个,作用于227个潜在靶点,NSCLC靶点1253个,拓扑分析得到关键靶点97个,其中度值≥中位数的靶点有48个,包括TP53、AKT1、CASP3、JUN等。GO功能富集分析得到生物过程主要涉及细胞因子介导的信号通路,基因表达的正向调控,RNA聚合酶II启动子转录的正调控;KEGG通路富集分析主要包括Pathways in cancer通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt通路等,分子对接结果显示,“黄芪-半夏”药对主要活性化合物与5个核心靶点的结合能力皆良好。结论“黄芪-半夏”药对可能通过槲皮素、山奈酚、黄芩素等主要活性成分,作用于TP53、AKT1、CASP3、JUN、VEGFA等相关靶点,干预Pathways in cancer、肿瘤坏死因子、PI3K-Akt等信号通路,协同产生调控肿瘤细胞周期、介导肿瘤细胞凋亡、抑制其增殖分化及转移等来防治NSCLC。展开更多
文摘目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶点PPI网络,运用Cytoscape3.7.1软件构建“半夏-附子药对活性成分-冠心病-靶点-通络”网络,随后使用R语言脚本进行GO和KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果半夏-附子药对活性成分16个,与半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的相关靶点有35个,35个靶点富集在57个GO term上,同时富集在75条KEGG信号转导通路上;KEGG富集P值最显著的信号转导通路为Lipid and atherosclerosis;进一步分析提示了,半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病的核心靶点可能为AKT1、FOS、MMP9和PTGS2,其关键有效成分为baicalein、cavidine和deltoin。结论本研究初步揭示了半夏-附子药对活性成分通过调控Lipid and atherosclerosis信号转导通路而拮抗冠心病,为半夏-附子药对抗冠心病的物质基础及分子机制的进一步研究奠定了理论基础。
文摘目的运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪-半夏”药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法通过文献查找及TCMSP数据库筛选“黄芪-半夏”药对主要成分及作用靶点,在GeneCards、PharmGKB、DrugBank、OMIM数据库获取NSCLC相关靶点,利用Cytoscape软件分别构建“中药-成分-靶点”“中药-成分-靶点-疾病”相互作用网络;运用STRING数据库构建蛋白互作网络,并根据拓扑学参数筛选“黄芪-半夏”药对治疗NSCLC的关键靶点;对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析,并构建“成分-靶点-通路”网络图,运用Auto Dock Vina 1.1.2将得到的主要活性成分与关键靶点进行分子对接,运用PyMOL软件进行结果可视化。结果共获得“黄芪-半夏”药对有效成分33个,作用于227个潜在靶点,NSCLC靶点1253个,拓扑分析得到关键靶点97个,其中度值≥中位数的靶点有48个,包括TP53、AKT1、CASP3、JUN等。GO功能富集分析得到生物过程主要涉及细胞因子介导的信号通路,基因表达的正向调控,RNA聚合酶II启动子转录的正调控;KEGG通路富集分析主要包括Pathways in cancer通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt通路等,分子对接结果显示,“黄芪-半夏”药对主要活性化合物与5个核心靶点的结合能力皆良好。结论“黄芪-半夏”药对可能通过槲皮素、山奈酚、黄芩素等主要活性成分,作用于TP53、AKT1、CASP3、JUN、VEGFA等相关靶点,干预Pathways in cancer、肿瘤坏死因子、PI3K-Akt等信号通路,协同产生调控肿瘤细胞周期、介导肿瘤细胞凋亡、抑制其增殖分化及转移等来防治NSCLC。