基于网络药理学探究半夏-陈皮-茯苓治疗帕金森病的机制

目的:基于网络药理学探究半夏-陈皮-茯苓治疗帕金森病的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取药物有效成分并预测靶点。获取2D结构图,并录入Phrammarpper数据库获得成分靶点。使用PharmGKb数据库、GeneCard数据库、DrugBank数据库、Therapeutic Target Database数据库预测疾病靶点。使用Venny 2.1在线制作平台获取药物疾病交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。使用R语言和Cytoscape软件中CytoNCA APP获取核心靶点。通过R语言中BiocManager包和OrgDb包等和R Studio软件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。使用Cytoscape软件建立“药物-成分-靶点-通路”网络关系图。结果:获得药物核心成分8个,核心靶点11个。GO富集共得到1 959条项目,包括生物进程1 731条、细胞组分80条、分子功能148条。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集结果主要包括磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase, PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、环磷酸腺苷(Cyclic Adenosine Monophosphate,cAMP)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)、白细胞介素(Interleukin,IL)-17、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等信号通路。结论:半夏-陈皮-茯苓具有多种成分、多个靶点、多条通路治疗帕金森病的特点,为治疗帕金森病提供了基础研究。

基于网络药理学研究半夏-陈皮-茯苓角药治疗胃癌的分子生物学机制

目的 采用生物信息技术研究半夏-陈皮-茯苓角药治疗胃癌的分子生物学机制。方法 在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索半夏-陈皮-茯苓角药的全部有效成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD、PharmGkb基因库检索胃癌的相关疾病基因,通过R软件绘制疾病-成分Venn图,在利用String数据库生成半夏-陈皮-茯苓角药的PPI网络,最后对核心靶点进行GO和KEGG通路分析。结果 限定筛选条件为OB≥30%、DL≥0.18共得到32个活性化合物,其中半夏13、陈皮5、茯苓14,筛选得到半夏-陈皮-茯苓角药的潜在靶点228个,关键靶点共13个,GO生物过程分析显示参与氧化应激的反应、突触膜、G蛋白偶联的胺受体活性等过程。KEGG结果表明半夏-陈皮-茯苓角药可能通过乙型肝炎、人类免疫缺陷病毒感染、卡波氏肉瘤相关疱疹病毒感染cAMP信号通路、前列腺癌、雌激素信号通路、丙型肝炎等通路调节胃癌。结论 半夏-陈皮-茯苓角药通过调节HIF1A、GSK3B、MAPK8、CASP、CDK2等相关靶点的表达,从而调控细胞凋亡、调控氧化应激等多个方面发挥治疗胃癌的作用。