半巢式RT-Realtime PCR检测马铃薯Y病毒脉坏死株系

马铃薯Y病毒脉坏死株系(Potato virusY,PVYn)是马铃薯中一个非常重要的病毒病害。本文根据PVYn基因组中RNA依赖的RNA聚合酶基因序列保守区域,设计合成了3条巢式PCR引物和1条TaqMAN荧光探针,建立了半巢式RT-Realtime PCR检测PVYn的新方法。该方法采用E.Z.N.ATM快速提取植物总RNA,并有机地结合了巢式PCR和TaqMAN探针检测技术。第二步半巢式RT-Realtime PCR既是对第一步信号的进一步放大,也是对第一步PCR产物的确认,因此,检测的准确性、灵敏度比巢式PCR、Real time PCR等方法高。实验结果表明,该方法检测灵敏度可达4fg/μL植物总RNA。

半巢式RT-Realtime PCR检测南芥菜花叶病毒

根据南芥菜花叶病毒(Ar MV)外壳蛋白(CP)基因的保守序列,设计合成了3条巢式PCR引物和1条Taq MAN荧光探针,建立了半巢式RT-Realtime PCR检测Ar MV的新方法。该方法有机地结合了巢式PCR和Taq MAN探针检测技术。第二步半巢式-RT-Realtime PCR既是对第一步信号的进一步放大,也是对第一步PCR产物的确认,因此,检测的准确性、灵敏度比巢式PCR、Realtime PCR等方法高。结果表明:该方法检测灵敏度可达0.06 fg/μL植物总RNA。

半巢式RT-Realtime PCR检测番茄丛矮病毒

番茄丛矮病毒(ToBSV)是我国进境植物检疫对象,也是进境种子苗木等必检项目。该病毒能侵染番茄、曼陀罗、葡萄、豇豆等20余科120余种植物。该研究根据ToBSV全基因组中p33蛋白基因,设计引物和Taq Man探针,建立了半巢式实时PCR检测ToBSV的新方法。该研究巧妙地融合了巢式PCR和Taq Man探针技术,第二步半巢式-RT-Realtime PCR既进一步放大了第一步检测信号,也是对第一步PCR产物的确认,与单一的巢式PCR或Realtime PCR等方法相比其检测的准确性、灵敏度更高。该方法检测灵敏度可达50 fg/μL植物总RNA。

半巢式RT-Realtime PCR方法检测藜草花叶病毒

[目的]根据藜草花叶病毒(SoMV)全基因组中多聚蛋白质基因序列保守区,分别设计2套TaqMAN探针和引物,建立半巢式实时荧光PCR检测SoMV的新方法。[方法]提取病毒核酸进行反转录操作合成cDNA,依据设计好的2套TaqMAN探针和引物,分别进行实时荧光PCR特异性与灵敏度检测,并进行2套引物探针的扩增效率对比试验。[结果]方法特异性强,灵敏度高达0.4 fg/μL植物总RNA,2套引物探针的扩增效率试验对比结果显示扩增效率几乎完全一样。[结论]该方法适用于藜草花叶病毒的检疫鉴定。

刍议活动性肺结核早期检验中半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法的应用研究

目的评估半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法在活动性肺结核早期检验中的应用效能。方法选取2022年9月—2023年9月于平邑县结核病防治所就诊的90例疑似肺结核患者为研究对象,采用Xpert MTB/RIF技术、涂片抗酸染色法检验及简单法固体培养法同时检测90例疑似肺结核患者痰标本,对检测结果进行比较。结果以固体培养结果作为金标准,痰培养阳性率85.56%,阴性率14.44%。Xpert MTB/RIF阳性率84.44%、阴性率15.56%。涂片抗酸染色法检验阳性率48.88%、阴性率51.11%。Xpert MTB/RIF检验的灵敏度97.40%、准确度96.67%、阳性预测值98.68%以及阴性预测值85.71%均高于涂片抗酸染色法检验50.64%、52.22%、88.64%、17.39%,差异有统计学意义(χ^(2)=43.768、46.722、5.922、22.546,P均<0.05)。结论与涂片抗酸染色法相比,在活动性肺结核早期检验中采用半巢式全自动实时荧光定量PCR检测(Xpert MTB/RIF)的应用效能更高。

应用半巢式PCR检测我国北方一些蜱种中的查菲埃立克体

目的 :了解我国北方一些蜱种中是否携带查菲埃立克体 (Ehrlichiachaffeensis,简写为EC)。方法 :应用半巢式PCR检测蜱的带菌率 ,利用 16SrRNA基因测序方法鉴定所测序列。结果 :从内蒙古莫尔道嘎林业局采集的全沟硬蜱和森林革蜱中扩增出查菲埃立克体的 16SrRNA基因 ,阳性率分别是 39.0 6 %和 10 .0 0 % ;并从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中也测到相同的序列 ,最小阳性率分别为 5.79%和 1.6 7%。对莫尔道嘎采集的蜱标本进行 12 2 0bp的EC16SrRNA基因分析 ,结果与美国 1株查菲埃立克体 (GenBankU2 350 3)的相应序列只差 1个碱基。结论 :所使用的两套半巢式PCR扩增引物 。

半巢式RT-PCR检测进口大豆中菜豆荚斑驳病毒的研究

菜豆荚斑驳病毒（Bean pod mottle virus，BPMV）在美国东部和南部的大豆产区广泛分布。该病毒能够造成3％～52％的产量损失并使大豆品质降低，目前我国未见其分布。针对进口大豆种子的植物病毒检测，本文建立了半巢式RTPCR技术检测BPMV的方法。该方法采用Trizol快速提取大豆种子病毒总RNA，并根据BPMV的外壳蛋白编码基因设计特异性引物，经第一轮RT—PCR和第二轮半巢式PCR扩增．分别得到275bp和196bp大小的特异性基因片段。半巢式RT—PCR扩增产物的测序表明，该产物序列与BPMV的外壳蛋白编码基因存在91％～95％的高度同源性。检测灵敏度比较研究显示，DAS—ELISA与RT—PCR的检测灵敏度相近，半巢式RT—PCR的检测灵敏度比这2种方法高出10^3倍以上。

痕量及微量转基因大米成分半巢式PCR检测方法的建立

采用半巢式PCR技术建立了食品中痕量及微量转基因大米成分的检测方法。根据大米内源SPS基因以及转基因大米Bt63含有的外源Cry1A(b)/Cry1A(c)融合基因和Btc基因,分别设计了6对普通与半巢式PCR引物。扩增结果显示,针对理论DNA浓度的检测灵敏度,普通PCR扩增灵敏度为1ng/μl左右,半巢式PCR扩增灵敏度达到10-3～10-4ng/μl,半巢式PCR比普通PCR方法提高了103～104倍;在质量百分比的检测灵敏度方面,普通PCR方法扩增灵敏度在0.1%～1%之间,半巢式PCR方法的检测灵敏度能够达到0.001%～0.01%,半巢式PCR比普通PCR方法要提高10倍以上。在实际样品的检测中,速冻汤圆、婴儿米粉及芝士小圆饼等食品经普通PCR扩增,其内源SPS基因条带模糊或未扩增到,进一步采用半巢式PCR扩增后,能够得到清晰明亮的特异性条带。所有样品均未扩增到外源Cry1A(b)/Cry1A(c)和Btc基因。

应用单管半巢式PCR技术筛查转基因食品

建立转基因作物中常见的两种外源调控元件的单管半巢式聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法,为转基因食品的筛选检测提供一种快速、精确的方法。针对6种转基因作物中Ca MV35S启动子和NOS终止子的一致性核苷酸序列,分别设计巢式PCR的内、外引物,在测试不同引物组合的扩增效率基础上,建立Ca MV35S启动子和NOS终止子的单管半巢式PCR方法。结果表明,上述方法对两种转基因成分具有良好的特异性,检测灵敏度分别为0.01%和0.05%,显著优于常规PCR方法。该方法具有便捷、准确、灵敏等特点,适合筛查食品中的转基因成分。

弓形虫半巢式PCR检测方法的建立

根据GenBank上公布的弓形虫RH株的P30基因(X14080)设计了3条特异性引物P1、P2和P3,建立了半巢式PCR检测体系,并将P1和P3的扩增产物克隆到pUCm-T载体上进行测序。结果表明,该体系能够扩增出约250 bp的片段,P1和P3能扩增出约500 bp的片段,克隆到pUCm-T载体上的504 bp片段与P30基因(X14080)的序列同源性为99.8%。该PCR检测体系特异性强,在健康猪血液、猪链球菌、多杀性巴氏杆菌、胸膜肺炎放线杆菌和猪圆环病毒DNA上未扩增出条带;敏感性高,最低检测为18 fg。该检测体系的成功构建为猪弓形虫的检测和流行病学调查提供了有力的技术支持。

用半巢式PCR检测无创性标本诊断卡氏肺孢子虫肺炎的实验研究

目的无创性诊断卡氏肺施子虫肺炎。方法采用一对半引物进行半巢式DHFR－PCR检测实验大鼠无创性标本——支气管液、血清及活检标本——肺及肝脏组织中的卡氏肺孢子虫DNA。结果从59只经病理学检查证实的卡氏肺孢子虫肺炎大鼠中采集到的上述4种标本，卡氏肺孢子虫DNA的半巢式DHFR－PCR检出率分别为72.7％（32／44），37.3％（22／59），94．9％（56／59）和36．4％（8／22），而DHFR－PCR的检出率则仅为25％，13．6％，71．2％和9．1％。12只轻度感染的PCP大鼠的无创性标本中卡氏肺孢子虫DNA的检出率由刚提高至41．7％。正常鼠标本及各种病原体对照的半巢式DHFR－PCR均为阴性。结论用半巢式DHFR－PCR无创性地诊断大鼠卡氏肺孢子虫肺炎具有敏感、特异、省时、省力等优点；本文在血和肝中检出卡氏肺孢子虫DNA，提示在卡氏肺孢子虫肺炎大鼠模型中存在虫血症和肺外卡氏肺孢子虫感染。

猪附红细胞体半巢式PCR诊断方法的建立

目的为能够更加准确、敏感的检测出猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M.suis),本试验建立一种新的诊断方法—半巢式聚合酶链反应(hemi-nested Polymerase Chain Reaction,hemi-nested PCR)。方法利用Oligo 6.0和Primer 5.0软件设计筛选出合适的PCR引物,经酶切分析和半巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定。同时与普通PCR诊断方法进行比较。结果测得的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(AJ504999)同源性为100%。特异性试验结果表明本实验设计的PCR引物不能从弓形虫、链球菌、大肠杆菌、猪肺炎支原体和猪伪狂犬病病毒的基因组DNA中扩增出条带。通过敏感性试验,半巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.12fg的标准模板DNA。通过与普通PCR比较,证明本试验建立的半巢式PCR更具敏感性和实用性。结论本试验建立的半巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等特点,为猪附红细胞体的检测提供了一种可靠的诊断方法。

烟粉虱中甘薯双生病毒(sweepoviruses)半巢式PCR快速检测技术的建立与应用

甘薯双生病毒(sweepoviruses)是侵染甘薯的一类重要病毒,通过烟粉虱以持久方式传播,我国甘薯上至少存在8种甘薯双生病毒。本研究根据我国已报道的8种甘薯双生病毒基因组保守区设计了一组引物,建立了单头烟粉虱中甘薯双生病毒的半巢式PCR快速检测方法。特异性和灵敏性分析结果表明,半巢式PCR具有较高的特异性和灵敏性,以8种不同甘薯双生病毒重组质粒为模板时,该方法能同时检测出8种甘薯双生病毒,且半巢式PCR方法的灵敏性比常规PCR高10~10000倍。对烟粉虱的检测结果表明,该方法能稳定地从单头烟粉虱中检测出甘薯双生病毒。该方法具有经济、快速,灵敏性、特异性和稳定性均较好等优点。

快速检测细菌并革兰分型的半巢式聚合酶链反应及其初步应用

目的以半巢式聚合酶链反应(PCR)检测细菌及作革兰阴、阳性分型,并与细菌培养法比较。方法以细菌16SrRNA基因为靶序列,采用一对通用引物(pm1,pm3)和一条革兰阴性型特异性引物(pm2),以半巢式PCR方法扩增实验室保留菌株的DNA并作出革兰染色分型;以人类外周血白细胞基因组DNA、HBVDNA阳性血清以及白假丝酵母菌为对照,检测此方法的特异性;采用倍比稀释菌液作敏感性实验;与细菌培养法比较,验证此方法检测临床标本的敏感性。结果对17个实验室保留菌株进行检测,以通用引物对作第1次PCR均得到371bp长度的DNA片段;再以革兰阴性菌特异引物对(pm2,pm3)作第2次PCR,9种阴性菌均得到353bp的DNA片段,而8种阳性菌未被扩增。特异性实验表明,此通用引物与人类基因组DNA、真菌及病毒无交叉反应。敏感性实验表明,采用半巢式PCR可检测出3个CFU的细菌。对120份临床标本检测,半巢式PCR检测阳性率(29.2%)显著高于细菌培养法检测阳性率(17.5%)。结论此半巢式PCR检测细菌方法,具有特异、敏感、快速的特点,并能对细菌进行革兰阴性、阳性分型,可用于临床感染性疾病的初步诊断。

半巢式RT-PCR法检测呼吸道合胞病毒

目的 建立快速、敏感、特异的人呼吸道合胞病毒 (Respiratorysyncytialvirus ,RSV)检测方法。 方法 根据RSVF基因的保守序列设计 3条引物 ,建立半巢式RT -PCR(semi-nestedRT -PCR)检测方法。用该方法检测12 5例患急性下呼吸道感染的婴幼儿的鼻咽吸引物 (nasopharyngealaspirates,NPA)标本 ,同时对标本进行病毒分离和直接免疫荧光法检测。结果 该半巢式RT -PCR灵敏度为 0 .1TCID50 ,用该方法在 12 5例标本中共检出RSV阳性标本 6 3例 ,阳性率 5 0 .4 %。结论 建立快速、敏感、特异的RSV半巢式RT -PCR检测方法 。

痕量转基因油菜籽成分的半巢式PCR检测

建立了痕量转基因油菜籽成分的半巢式PCR(Semi-nested PCR)检测方法,灵敏度比常规PCR提高了100倍。该方法通过改良CTAB法提取并纯化得到不同梯度浓度的DNA模板溶液。设计了4个外源基因的特异性半巢式PCR引物,以油菜籽磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因(PEP)为内标准基因,对油菜籽混合样品中外源FMV35S启动子、GOX、BARSTAR和BARNASE基因进行了检测,灵敏度达到0.001%。

猪圆环病毒3型半巢式PCR方法的建立和应用

为建立快速检测猪圆环病毒3型(PCV-3)的方法,以Gen Bank上登陆的我国PCV-3全基因组为参考毒株,设计3条引物,建立了PCV-3半巢式PCR诊断方法。本方法可以扩增出大小为249 bp的特异性条带,与预期大小一致,而猪圆环病毒1型和2型、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒等对照样品均未扩增出特异性条带。将PCV-3的阳性DNA稀释后作为模板,发现半巢式PCR的检测极限可以达到5×10^(-3)μg/m L。对临床80份样品进行检测,发现半巢式PCR的阳性检出率可以达到27.5%(22/80),而常规PCR的检出率仅为6.25%(5/80)。检测结果表明,本文建立的半巢式PCR方法较为准确、特异和敏感,适用于PCV-3的快速检测和流行病学调查。

应用半巢式PCR检测喉鳞癌中bcl-2基因的重排

目的 探讨bcl 2基因在喉鳞癌中可能的发病机理。方法 采用半巢式 (semi nested)多聚合酶链反应 (polymerasechainreaction ,PCR)方法检测 6 0例喉鳞癌新鲜或冰冻组织中bcl 2的基因重排。结果 检出 37例存在bcl 2 /JH融合基因 ,重排率为 6 1 7% ,33例发生于主要断裂区 (majorbreakpointregion ,mbr) ,4例发生在次要断裂区 (minorclusterregion ,mcr)。Bcl 2 /JH基因重排率重度吸烟者较轻度和非吸烟者为高 (P <0 0 5 ) ,而与喉鳞癌的临床分期、病理分化程度和颈淋巴结转移无关(P >0 0 5 )。结论 bcl 2

限制性内切酶结合半巢式PCR法检测人肝癌P16抑癌基因启动子区甲基化研究

目的建立甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法,研究原发性肝癌P 16基因启动子区甲基化状态。方法针对P 16基因启动子区富含CpG的序列,设计3条引物,进行半巢式降落PCR扩增,检测原发性肝癌P 16基因启动子区甲基化状态;并将P 16基因启动子区340 bp片段克隆到pM D 18-T载体,E.coli JM 109扩增此质粒后经CpG甲基化酶M.S ssⅠ处理,再用Hp aⅡ酶切验证获得P 16基因启动子区甲基化阳性的质粒P 16Pm+并进行特异性和灵敏度实验。以此甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法检测40例人原发性肝癌和3例正常人肝组织DNA样品的P 16基因启动子区甲基化状态。结果所采用的Hp aⅡ酶切后半巢式PCR方法的特异性强,灵敏度达100 fg;对40例人原发性肝癌组织DNA样品P 16基因的启动子区甲基化状态检测显示甲基化阳性率为30%(12/40),3例正常人肝组织均为阴性(0/3)。结论P 16抑癌基因启动子区甲基化可能与肝癌发生发展有关。本实验方法简便、成本低廉,并有高度的特异性与灵敏度,在大规模检查中有实际应用价值。

半巢式PCR和PCR-RFLP法诊断耐青霉素肺炎链球菌的比较

目的评价半巢式PCR和PCR-RFLP法用于诊断肺炎链球菌青霉素耐药性的价值。方法收集130株肺炎链球菌临床分离株和50株健康人定植株,琼脂稀释法测定青霉素最低抑菌浓度(MIC),半巢式PCR、PCR-RFLP法测定对青霉素耐药性。结果健康人定植株均对青霉素敏感,临床分离株青霉素敏感率、中介率、耐药率分别为25.4%、23.1%和51.5%;当MIC为0.25～0.5μg/ml时,半巢式PCR法检测青霉素耐药性的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为86.7%、98.6%、86.7%和98.6%;当MIC≥1μg/ml时,对应值分别为96.2%、97.6%、97.4%和96.4%。而PCR-RFLP法诊断中介株的敏感性仅34.2%;诊断耐药株的阳性预测值仅67.5%。结论半巢式PCR法优于PCR-RFLP法,可用于对耐青霉素肺炎链球菌的快速检测;PCR-RFLP敏感性不高,可用于分子流行病学分析。