目的:基于网络药理学探讨“兰州方”治疗急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的药理机制。方法:通过中药系统药理学与分析平台(traditional Chinese medicine systems phar macology database,TCMSP)收集“兰州方”的活性...目的:基于网络药理学探讨“兰州方”治疗急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的药理机制。方法:通过中药系统药理学与分析平台(traditional Chinese medicine systems phar macology database,TCMSP)收集“兰州方”的活性成分及对应作用靶点。从Disgenet、Drugbank、NCBI、OMIM、Pharmgkb和TTD疾病数据库中收集AML的相关靶点。使用Cytoscape软件建立“兰州方”治疗AML的有效成分及对应靶点的网络,探寻药物主要活性成分,并利用CytoNCA和CytoHubba插件寻找治疗作用的核心基因。通过基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析“兰州方”治疗AML起作用的主要功能和通路,通过分子对接验证化合物与靶蛋白的亲和性。结果:“兰州方”中共有139种与AML相关的有效化合物。6个疾病数据库中共收集到348个AML疾病相关基因,其中有39个“兰州方”作用于AML的靶基因。“兰州方”中Quercetin、Luteolin、Kaempferol、Naringenin、Diosgenin可能是治疗AML的主要活性成分。治疗作用影响的核心基因有MAPK3、STAT3、TP53、VEGFA、HIF1A、IL1B、CXCL8和PTGS2。GO分析发现“兰州方”治疗AML的基因功能主要富集在血管生成、活性氧代谢过程、对有毒物质的反应及代谢过程等。KEGG分析发现主要通路富集在铂类药物抵抗、癌症中的miRNA、PI3K-Akt通路、HIF-1通路、癌症中的转录失调、VEGF信号通路、NF-kappa B信号通路等。分子对接结果显示“兰州方”中多种化合物与疾病相关靶点PTGS2具有良好的亲和性。结论:“兰州方”通过“多种药物,多个靶点”的模式治疗AML。展开更多
基于数据挖掘川贝母治疗肺系疾病的核心中药和基于网络药理学探讨“川贝母-人参”治疗肺系疾病之支气管哮喘的作用机制。通过数据处理软件,利用统计学方法对所收集的含贝母肺系疾病中药组方进行频数统计、关联规则分析和聚类分析。并利...基于数据挖掘川贝母治疗肺系疾病的核心中药和基于网络药理学探讨“川贝母-人参”治疗肺系疾病之支气管哮喘的作用机制。通过数据处理软件,利用统计学方法对所收集的含贝母肺系疾病中药组方进行频数统计、关联规则分析和聚类分析。并利用网络药理学知识对核心药对治疗肺系典型疾病支气管哮喘进行靶点收集筛选、基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,最后利用分子对接验证。共筛选出含贝母处方420个,涉及中药463味;高频药物有甘草、杏仁等;聚类分析可得8类;高频核心二联药物组合有“川贝母-阿胶”“川贝母-人参”等,三联药物组合包括“川贝母-天冬-麦冬”“川贝母-天冬-甘草”等,四联药物组合“川贝母-桑白皮-桔梗-甘草”“川贝母-桑白皮-杏仁-甘草”等;由于阿胶为动物药材,则分析“川贝母-人参”药对治疗作为治疗支气管哮喘这一典型肺系疾病的核心药对,其中Hub靶点包括“AKT1”“PTGS2”等;核心活性成分包括“beta-sitosterol”“kaempferol”等;预测跟脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化、弓形虫病、糖尿病并发症中的高级糖基化终末产物-受体(advanced glycation end products-receptor for AGE,AGE-RAGE)信号通路有关,在分子对接中高频活性药物成分Fumarine与疾病靶点的PTGS2最为紧密。基于统计学方法和网络药理学技术,川贝母常与人参等配伍使用治疗肺系疾病,且药物的活性成分会利用相关AKT1等靶点和脂质和动脉粥样硬化等通路起到治疗作用;本研究揭示了含川贝母治疗肺系疾病方剂潜在的一些规律,为进一步开放川贝母组方药物提供了思路。展开更多
文摘目的:基于网络药理学探讨“兰州方”治疗急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的药理机制。方法:通过中药系统药理学与分析平台(traditional Chinese medicine systems phar macology database,TCMSP)收集“兰州方”的活性成分及对应作用靶点。从Disgenet、Drugbank、NCBI、OMIM、Pharmgkb和TTD疾病数据库中收集AML的相关靶点。使用Cytoscape软件建立“兰州方”治疗AML的有效成分及对应靶点的网络,探寻药物主要活性成分,并利用CytoNCA和CytoHubba插件寻找治疗作用的核心基因。通过基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析“兰州方”治疗AML起作用的主要功能和通路,通过分子对接验证化合物与靶蛋白的亲和性。结果:“兰州方”中共有139种与AML相关的有效化合物。6个疾病数据库中共收集到348个AML疾病相关基因,其中有39个“兰州方”作用于AML的靶基因。“兰州方”中Quercetin、Luteolin、Kaempferol、Naringenin、Diosgenin可能是治疗AML的主要活性成分。治疗作用影响的核心基因有MAPK3、STAT3、TP53、VEGFA、HIF1A、IL1B、CXCL8和PTGS2。GO分析发现“兰州方”治疗AML的基因功能主要富集在血管生成、活性氧代谢过程、对有毒物质的反应及代谢过程等。KEGG分析发现主要通路富集在铂类药物抵抗、癌症中的miRNA、PI3K-Akt通路、HIF-1通路、癌症中的转录失调、VEGF信号通路、NF-kappa B信号通路等。分子对接结果显示“兰州方”中多种化合物与疾病相关靶点PTGS2具有良好的亲和性。结论:“兰州方”通过“多种药物,多个靶点”的模式治疗AML。
文摘基于数据挖掘川贝母治疗肺系疾病的核心中药和基于网络药理学探讨“川贝母-人参”治疗肺系疾病之支气管哮喘的作用机制。通过数据处理软件,利用统计学方法对所收集的含贝母肺系疾病中药组方进行频数统计、关联规则分析和聚类分析。并利用网络药理学知识对核心药对治疗肺系典型疾病支气管哮喘进行靶点收集筛选、基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,最后利用分子对接验证。共筛选出含贝母处方420个,涉及中药463味;高频药物有甘草、杏仁等;聚类分析可得8类;高频核心二联药物组合有“川贝母-阿胶”“川贝母-人参”等,三联药物组合包括“川贝母-天冬-麦冬”“川贝母-天冬-甘草”等,四联药物组合“川贝母-桑白皮-桔梗-甘草”“川贝母-桑白皮-杏仁-甘草”等;由于阿胶为动物药材,则分析“川贝母-人参”药对治疗作为治疗支气管哮喘这一典型肺系疾病的核心药对,其中Hub靶点包括“AKT1”“PTGS2”等;核心活性成分包括“beta-sitosterol”“kaempferol”等;预测跟脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化、弓形虫病、糖尿病并发症中的高级糖基化终末产物-受体(advanced glycation end products-receptor for AGE,AGE-RAGE)信号通路有关,在分子对接中高频活性药物成分Fumarine与疾病靶点的PTGS2最为紧密。基于统计学方法和网络药理学技术,川贝母常与人参等配伍使用治疗肺系疾病,且药物的活性成分会利用相关AKT1等靶点和脂质和动脉粥样硬化等通路起到治疗作用;本研究揭示了含川贝母治疗肺系疾病方剂潜在的一些规律,为进一步开放川贝母组方药物提供了思路。
文摘目的通过网络药理学、分子对接筛选潜在靶点,通过生物实验验证筛选结果。探讨大豆苷元体内代谢物雌马酚辅助治疗急性髓系白血病(acute myelocytic leukemia,AML)的潜在作用机制。方法通过TCMSP、SwissTargetPredictaion、PharmMapper数据库筛选雌马酚潜在作用靶点,通过GeneCards、OMIM及TTD数据库检索AML疾病靶点,并与药物潜在靶点分析检索共同靶点。通过String数据库构建蛋白互作网络,使用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)与京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,根据富集结果选择合适靶点进行分子对接。细胞增殖实验验证雌马酚在急性白血病细胞OCIAML3中IC_(50),蛋白免疫印迹实验(Western blot,WB)验证雌马酚对相关蛋白表达及其磷酸化水平影响。结果通过网络药理学的初步筛选与预测,雌马酚治疗AML涉及多靶点、多通路,筛选出主要通路为PI3K-Akt-mTOR信号通路。雌马酚在急性髓系白血病细胞OCI-AML3中IC_(50)为13.07μmol/L。同时,雌马酚不影响PI3K、Akt、mTOR蛋白表达水平变化,但能有效下调PI3K、Akt、mTOR磷酸化水平。结论雌马酚通过PI3K-Akt-mTOR信号通路调节蛋白磷酸化水平,抑制OCI-AML3细胞生长,达到治疗AML的效果。
