人类基因组计划和人类基因组单体型图计划：口腔医学的机遇、挑战与对策思考

人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的实施与逐步完成,构建起一张精度更高信息更完整的多人种遗传多态图谱,有望破译人类遗传密码,实现疾病的分子诊断与个体化治疗。本文简要在回顾人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的建立过程、目标和已获得成果的基础上,提出口腔医学领域通过人才培养模式的改进,多学科交叉联合,加强国家口腔医学研究基地的建设,启动口腔医学领域国家重大基础研究计划4个方面的应对策略,以迎接挑战。

国际人类基因组单体型图计划

国际人类基因组单体型图计划(theinternationalHapMapproject)是一项旨在构建人类DNA序列中多态位点的常见模式图,即单体型图(简称HapMap),并免费向公众开放全部数据的国际性合作研究计划。HapMap的预期成果将成为研究人员确定对人类健康和疾病以及对药物和环境的反应有影响的相关序列变异的关键信息,并有助于加速相关诊断工具的发展,有效增强科学家对介入治疗的靶点进行选择的能力。

人类基因组计划和人类基因组单体型图计划：口腔医学的机遇、挑战与对策思考

人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的实施与逐步完成,构建起一张精度更高信息更完整的多人种遗传多态图谱,有望破译人类遗传密码,实现疾病的分子诊断与个体化治疗。本文简要在回顾人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的建立过程、目标和已获得成果的基础上,提出口腔医学领域通过人才培养模式的改进,多学科交叉联合,加强国家口腔医学研究基地的建设,启动口腔医学领域国家重大基础研究计划4个方面的应对策略,以迎接挑战。

人类基因组单体型图计划的新进展

本文对国际人类基因组单体型图计划的最新研究成果作简要介绍。

人类基因组单体型图在人类常见病相关性基因研究中的应用与展望

人类基因组单体型图是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式图,其预期成果将成为人们确定对人类健康和疾病,以及对药物和环境反应有影响的相关基因的关键信息,并有助于加速相关诊断工具的开发。本文将就人类基因组单体型图在人类常见病相关性基因研究中的应用进行综述。

人类基因组单体型图计划及其“中国卷”

国际人类基因组单体型图计划是针对亚、非、欧裔全基因组中的一百万或更多的单核苷酸序列差异位点进行测定和分析,构建出整合了人类遗传多态信息的每条染色体的“单体型图”,为疾病相关的基因研究提供全球共享的最基本数据。在这一多国参与的重大国际合作项目中,中国将做出10％的贡献,其具体内容为构建3号、21号染色体和8号染色体短臂的单体型图以及提供一半的亚洲样品。中国团队确定的平台技术有基于引物延伸方法的Sequenom的质谱检测系统和PerkinElmer的荧光偏振检测系统以及基于分子杂交原理的Illumina的光纤磁珠检测系统。

人类基因组单体型图计划及其意义

人类基因组单体型图计划自提出以来一直是学术界讨论的热点问题之一,其目标是构建人 类DNA序列中多态位点的常见模式,即单体型图(haplotype map),简称HapMap。HapMap将成为人们 确定对人类健康和疾病,以及对药物和环境反应有影响的相关基因的关键信息。本文将从单核苷酸多 态性(single nucleotide polymorphism,SNP)入手,逐步解析构建人类基因组单体型图的基本概念、基本 理论及经典实验,并对其应用价值进行评价。

单体型推断问题与配对图(英文)

纯节俭型单体型推断(PPHI)问题是这样一类单体型推断问题给定n个基因型向量,要求寻找n对单体型,使得每一个基因型刚好由其中一对单体型组合生成,并且这2n个单体型中所含的不同单体型数目最小.u-限制单体型推断(u-PPHI)问题是一类特殊的纯节俭型单体型推断问题,要求每一个单体型至多可以用于分解u个基因型.PPHI和u-PPHI问题都是NP-困难的.文中首先介绍了配对图的概念,并通过配对图将两类问题转化为图论问题;然后分别给出了两类问题的近似算法;最后,专门讨论了当u=2时的2-PPHI问题,并在配对图上给出了相应的算法.

国际人类基因组单体型图计划取得新进展

据新华社信息，第六次国际人类基因组单体型图计划战略会议在东京闭幕，参加会议的中国科学院在整个项目中承担10％的任务，并负责提供一半的亚裔样品。来自北京、上海、香港三地的研究机构共同参加了人类基因组单体型图计划“中国卷”的绘制工作，目前进展顺利。

国际人类基因组单体型图计划“中国卷”的最新进展

国际人类基因组单体型图计划是科学家在完成人类基因组序列图谱之后的又一大壮举，加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国六国科学家参加了这个项目。中国作为唯一的发展中国家在整个项目中承担百分之十的任务，即构建三号、二十一号染色体和八号染色体短臂的单体型图，同时，还提供一半的亚裔样品。

中国科学家开始绘制10%人类基因组单体型图

继成功绘制人类基因组测序“中国卷”和水稻基因图谱后,来自北京、香港、台湾等地的中国科学家将携手绘制国际人类基因组单体型图计划的“中国卷”部分。这意味着我国将直接获得大量中华民族基因组多态性信息,为进一步研究我国各人群群体的基因组多态性及其对疾病、药物的反应差异打下坚实基础,从而继续巩固在基因组学领域的世界领先地位。

国际人类基因组单体型图计划取得阶段性成果

据近期出版的《自然》杂志报道，由多国科学家参与的国际人类基因组单体型图计划（HapMap）研究日前取得阶段性成果。科学家们公布的第一阶段人类基因组单体型图主要描述了人类基因组中最常见差异的图谱，这对于人们认识疾病和人类进化研究将产生进一步的促进作用。

“国际人类基因组单体型图计划”的成就

“人类基因组计划”刚刚宣告完成。2005年10月26日，由加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国六个国家的科学家组成的国际HapMap协作组在《自然》杂志发表报告宣布，“国际人类基因组单体型图计划”（简称HapMap）第一期工作已经完成，初步绘制出首张人类DNA序列中变异基因片段的遗传图谱。该图成为人类诸如哮喘、糖尿病、癌症和心脏病等常见疾病相关基因研究中的一个里程碑，并已推动这些研究的进一步深入。

人类基因组单体型研究在疾病遗传学分析中的意义

随着人类基因组单体型图计划的顺利进行,单体型研究已经逐步应用于疾病研究的各个方面。本文将介绍单体型研究的基本特点和意义,以及目前它在一些常见复杂性疾病遗传学分析中的应用。

利用HapMap数据发现人类基因组中正选择的“候选区域”

人类基因组国际单体型图计划(The International Haplotype Map Project,HapMap)旨在构建全基因组范围的常见遗传变异数据库,为复杂性疾病、人类进化和其它遗传学研究提供基础数据。此研究基于HapMap计划第Ⅰ期数据,通过群体基因组学策略对亚、欧、非人群中的正选择信号进行扫描。在基因组范围建立了一个包含多层次信息(基因、窗口、大型区域)的正选择图谱。研究表明:人类基因组中存在一定程度的正选择,正选择的"候选窗口"占总筛查窗口的～5%;基因组中的正选择信号集中于某些特定的染色体区域;确定了62个可能受到强正选择的大型区域,以及区域内相应的88个受到强正选择的"候选基因"。研究还发现人群特异的选择在人群的分化过程中发挥了重要的作用。此研究将为后续的人类进化和自然选择研究提供新的线索。

HapMap是什么?

单核苷酸多态性（SNPs）是引起人类不同个体间序列差异的最常见形式,且SNPs是用于关联分析的遗传标记.国际人类基因组单体型图计划（简称HapMap计划）收集了270个祖先分别来自非洲、亚洲和欧洲的四个群体的样本,测序得到了超过1百万个SNPs,平均约3000个碱基一个SNP.HapMap计划的第二阶段旨在增加已测序SNPs的密度至每1000个碱基一个SNP.de Bakker以及Zeggini所在的两个小组利用实验数据和模拟数据发现,利用目前HapMap提供的信息能够筛选出250,000～500,000个SNPs,大约占所有常见多态（次要等位基因频率大于5%）的70～80%.

藏族人群15号染色体中心粒区域基因的高精度连锁不平衡和单体型图谱及其与汉族人群的比较

遗传多态性及其对基因功能的影响是目前基因组学研究的热点之一.随着国际单体型图计划(InternationalHapMapProject)数据的公布和超高通量基因型鉴定平台的出现,利用全基因组关联分析法(genome-wideassociationapproach)进行复杂性状/疾病的遗传变异的研究将很快成为现实.尽管这一方法的检测效能已得到广泛认同,但是这一研究对揭示群体遗传差异程度的要求及怎样才能最好的运用这些信息去进行研究仍为争论的热点.为了探讨这个问题,在50例藏族志愿者中对15号染色体中心粒区域的7个基因进行了测序,鉴定了该区域中的单核苷酸多态性(SNP)、SNP频率、标签SNP(tagSNP)、连锁不平衡(LD)结构和单体型组成,并将以上数据和汉族人群进行了比较.同时还对藏汉两个群体的遗传差异进行了量化分析.结果显示,藏汉两个群体间这一区域在总体上无显著的遗传差异,但某些等位基因频率存在显著的不同,而等位基因频率是构建单体型和选择标签SNP的决定因素之一.在总体上,和汉族相比这一区域藏族人群连锁不平衡区域较长而遗传差异较小.本研究结果为藏汉两群体间具有很近的亲缘关系提供了遗传学上的证据,并支持所有群体从根本上是同等的观点,同时也提示在复杂性状/疾病的研究中需要考虑群体间的差异,特别是等位基因频率的差别.本研究所获数据不仅有助于对藏族该区域基因组结构的理解,而且还对以藏族同胞为研究对象的在这一基因组节段及其所含基因所进行的研究提供了有用的工具.