湘西地区吕氏泰勒虫的单倍型多样性及种系发育关系分析

为探究湘西地区吕氏泰勒虫的单倍型多样性及其种系发育关系,以采自于湘西地区的16株羊源吕氏泰勒虫为研究对象,PCR扩增其核糖体18S rRNA、线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因序列,并分析其单倍型多态性及种系发育关系。结果表明,湘西地区吕氏泰勒虫核糖体18S rRNA基因序列的长度为384 bp,含9个变异位点、7个单倍型(A1—A7),单倍型多样性Hd为0.775;cox1基因序列的长度为1 092 bp,存在2个变异位点、4个单倍型(B1—B4),单倍型多样性Hd为0.625;在18S rRNA+cox1重组的基因序列中,共含有11个变异位点、10个单倍型(C1—C10),单倍型多样性Hd为0.925;其中,A1、A4、B1、B3、B4、C1、C8与C9均为古老单倍型。系统发育分析结果显示,供试的16株羊源吕氏泰勒虫均处于系统发育树的同一分支上。这说明来自于湘西地区的16株羊源吕氏泰勒虫之间尽管存在一定程度的基因变异现象和单倍型多样性,但它们之间存在共同古老的单倍型,表明其个体之间和单倍型之间均具有较近的亲缘关系,未出现遗传分化。

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.

致病疫霉ATP6基因单倍型与地理因素的相关性分析

致病疫霉(Phytophthora infestans)是马铃薯晚疫病的病原菌,对世界马铃薯的生产造成严重影响。ATP6编码ATP合酶α亚基的第6个亚单位,对ATP合酶的功能及生物的生存生殖至关重要。本研究对来自我国7个群体140株马铃薯晚疫病菌的ATP6基因进行核苷酸序列及其遗传结构和地理因素(海拔、经度和年平均气温)的相关分析。结果表明:7个群体中只有2种单倍型Hapl-1和Hapl-2,其中Hapl-1在群体中所占比例与当地的海拔呈显著正相关,与年平均气温和经度呈显著负相关,而Hapl-2在群体中的比例与当地的海拔、年平均气温和经度的相关正好与Hapl-1相反。群体间的遗传分化度(FST)与群体间直线距离呈显著正相关(r=0.659,P=0.001)。本研究表明,马铃薯致病疫霉ATP6基因单倍型分布和群体地理因素之间具有显著相关关系,该结果为了解致病疫霉的进化趋势和致病疫霉的防治提供了理论依据。

香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究

试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D-Loop区全长序列为1 231~1 233 bp,A、T、C、G碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中单一多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失。遗传多样性分析发现,单倍型多样度为0.814,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,保种效果较好,具有一定的选育空间。经Tajima Test检测发现,Tajima’s D值为0.39378,检验结果不显著(P>0.10),符合中性突变。聚类分析结果显示,香炉山鸡与红色原鸡聚为一支,说明香炉山鸡起源于红色原鸡;在分支内部又有4个分支,说明香炉山鸡存在多个母系起源。研究结果可为香炉山鸡种质资源保护与开发利用提供一定的参考数据。

基于SSU rDNA序列的网状车轮虫群体遗传结构及多样性研究

基于SSU rDNA序列对当前分布于我国的网状车轮虫(Trichodina reticulata Hirschman&Partsch,1955)的群体遗传结构与多样性进行了研究。遗传结构研究结果表明:20个样本共检测到9个单倍型,含4个共享单倍型与5个特有单倍型,其中鲫来源的Hap3是最大的共享单倍型;草鱼来源的Hap8和小黄黝鱼来源的Hap9暂被视为湖北武汉和西藏地区各自特有的单倍型;同时推测鲫来源的单倍型Hap1为祖先单倍型。结合ML系统发育树分析推测,在多宿主的进化历程中,鲫寄生的网状车轮虫可能是分化最早的群体,且草鱼寄生的网状车轮虫在起源上来自于鲫。遗传多样性结果显示,所有群体均呈现较高的单倍型多样性(Hd≥0.5)与较低的核苷酸多样性(P_(i)<0.005),且鲫来源的单倍型多样性显著高于草鱼来源,但核苷酸多样性(P_(i))明显低于后者。遗传分化(F_(st))与基因流(N_(m))研究结果表明,Group A(鲫来源)与Group B(草鱼来源)群体间相对独立且已经达到了极度分化程度,群体内基因层面的交流较少。综合中性检验与核苷酸单倍型错配分析认为,Group A(鲫来源)未发生过种群扩张,Group B(草鱼来源)则存在过早期的种群扩张历史。

山东汉族人群37个Y-STR基因座多态性与突变调查

Y染色体具有男性特有、父系遗传的特点,相比常染色体遗传标记有其独特的优点。Y-STR具有非重组、单倍型父系遗传的特征,近年被广泛应用于家系排查、混合斑男性成分检测检验中,已成为公安机关侦破案件的重要手段之一[1]。Y染色体分为拟常染色体区和非重组区,拟常染色区常与X染色体发生重组。

3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。

环境因子对中国柽柳遗传变异的影响

分别以核糖体DNA(nuclear ribosomal DNA,nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer regions,ITS)和两条叶绿体DNA(chloroplast DNA,cpDNA)片段—trnL-trnF,rps 16为分子标记,研究了20个自然分布的中国柽柳群体遗传变异与环境因子和地理距离间的相关性。结果表明:ITS序列(616 bp)中共发现了10个多态位点,定义了11种单倍型;总核苷酸多样性和总单倍型多样性分别为2.170和0.814。两个cpDNA分子标记片段的拼接序列(1542 bp)中共发现了14个多态位点,定义了16种单倍型,总核苷酸多样性和总单倍型多样性分别为0.500和0.586。ITS遗传多样性与地理、气候和土壤因子间相关性分析显示:海拔、温度和经度是影响中国柽柳群体遗传变异的主要因素。在低海拔、温暖和靠海近的湿润东部群体,ITS遗传多样性较高。而cpDNA的遗传变异与各种环境因子间没有显著的相关性。Mantel检测发现中国柽柳ITS的遗传变异与地理距离显著正相关,而cpDNA的遗传变异没有显著的地理渐变趋势,该结果进一步揭示了中国柽柳强大的种子流在降低群体间遗传分化上发挥了重要作用。

铜川汉族人群38个Y-STR基因座多态性调查

Y染色体上的短串联重复序列(Y chromosome short tandem repeats,Y-STRs)在法医鉴定,尤其是混合斑中男性成分的检测分析和家系排查中具有重要作用。随着Y-STR试剂盒的不断推出和数据库的建立,国内外针对不同地区和群体的Y-STR多态性研究日益增多,而有关铜川汉族Y-STR研究鲜有报道。基于此,采用Yfiler TM Platinum复合扩增试剂盒对陕西铜川汉族669名无关男性个体进行38个Y-STR基因座遗传多态性调查,并探索铜川地区汉族与其他群体之间的遗传关系。调查共检出657种单倍型,单倍型多样性和识别能力分别为0.999937345和0.9821。38个Y-STR基因座共检出428个等位基因,基因多样性值在0.1089(DYS645)~0.9699(DYS385)。群体遗传分析中,多维尺度分析(multi-dimensional scaling,MDS)和系统发育树分析结果显示铜川汉族与其他地区的汉族群体遗传距离更近。综上,研究结果中38个Y-STR基因座在铜川汉族群体中具有较高的遗传多态性,适合铜川地区法庭科学应用。

广西汉族群体36个Y-STR基因座多态性分析

目的分析广西汉族群体36个Y-STR的单倍型分布,并评价其法医学应用价值。方法采集广西汉族629名无亲缘关系的健康男性个体的血样,应用SureID■ PathFinder荧光检测试剂盒复合扩增36个Y-STR基因座。结果在629例样本中,有4种单倍型观察到2次,621种单倍型观察到1次;36个Y-STR的单倍型多样性、匹配概率、分辨能力分别为0.9999797、0.0016100、0.9936407。结论36个Y-STR在广西汉族群体中具有较好的单倍型多样性和分辨能力。

20个RM Y-STR基因座在四川汉族人群中的多态性和突变率研究

目的 探索20个快速突变Y染色体短串联重复序列(rapidly mutating Y-chromosomal short tandem repeats,RM Y-STRs)在四川汉族人群中的适用性。方法 采用两个RM Y-STR复合扩增体系(RM1:DYF404S1、DYF399S1、DYS547、DYS526a/b、DYS626、DYF403S1a/b、DYS612,RM2:DYS1003、DYS1007、DYR88、DYS712、DYS711、DYS724、DYF1002,共14个RM Y-STR基因座)及Y41SE-v1.2(包括DYS627、DYS576、DYF387S1、DYS518、DYS570、DYS449共6个RM Y-STR基因座,30个普通Y-STR和1个Indel基因座)对200例无关男性及260对父子进行扩增分型,调查并比较20个RM YSTR和30个普通Y-STR基因座在四川汉族人群中的多态性及突变率。结果 在200例无关男性中20个RM Y-STR基因座基因多样性(gene diversity, GD)在0.791 0至0.997 5之间,存在200种单倍型,单倍型多样性(haplotype diversity, HD)为1,识别能力(discriminative capacity, DC)为1。Y41SE-v1.2(30 Y-STRs)发现198种单倍型,有4例共享两种单倍型,单倍型多样性为0.999 9,识别能力为0.99。260对父子中,20个RM Y-STR基因座共发现68次突变,等位基因重复增加略多于减少(1.19∶1),突变率范围<3.85×10-3(95%CI:0.00~1.41×10-2)至2.69×10-2(95%CI:1.09×10-2~5.47×10-2),平均突变率1.19×10-2(95%CI:9.20×10-3~1.51×10-2)。20个RM Y-STR基因座和Y41SE-v1.2(30 Y-STRs)分别可区分22.3%和13.8%的父子对。结论 20个RM Y-STR基因座在四川汉族人群中有较高基因和单倍型多样性及父子对区分率,在四川汉族人群中的应用具有较大潜力。

湖南汉族人群50个Y-STR基因位点多态性与突变调查

目的调查研究50个Y-STR基因座在湖南汉族人群中的遗传多态性与突变情况。方法采用AGCU Y37、AGCU Y SUPP 2种复合扩增试剂盒对湖南汉族人群922名无关男性个体、985对父子对血样进行50个Y-STR基因座分型的检测,并计算群体遗传学参数与突变情况。结果本次调查共检出915种单倍型,其中7种出现2次。总体单倍型多样性和识别能力分别为0.999983513和0.9924。50个基因座共检出540个等位基因,基因多样性值在0.0951(DYS645)~0.9544(DYS385a/b)。985对父子在49239次等位基因传递中共观察到165对父子发生了179次突变,平均突变率为3.6×10^-3(95%CI 3.1~4.2×10^-3)。其中一步突变175次(97.8%),两步突变3次(1.7%),三步突变1次(0.6%)。结论本研究的50个Y-STR基因座中大多数在湖南汉族人群中具有较高的遗传多态性,适合法医学应用。高突变率基因座对于同一父系不同男性个体之间的区分,在法医学中也具有潜在的应用价值。

湛江汉族38个Y-STR基因座的遗传多态性分析

随机采集211名湛江汉族男性个体血样,采用DeepTyper Y41试剂盒扩增试剂盒进行基因分型,直接计算得出等位基因频率和单倍型频率,通过Fudan Y-database 3软件推测各样本的Y-SNP单倍群。结果显示,共检出340个等位基因,基因多样性在0.0919~0.9595,单倍型多样性为0.99999999985。群体遗传比较中与海南、广东、湖北汉族人群的遗传距离更近。单倍群预测中推测其属于C、D、N、O、Q等东亚常见单倍群。主成分分析表明与南方汉族和苗瑶语人群最接近。综上,38个Y-STR基因座在湛江汉族中具较高遗传多态性,适合该地区的法庭科学应用。

我国云南、海南恶性疟原虫顶端膜抗原1基因结构域Ⅲ多态性分析

目的 分析中国云南、海南两省恶性疟原虫顶端膜抗原1（apical membrane antigen 1,AMA-1）（Ⅲ）多态性.方法 收集海南、云南感染恶性疟原虫患者的血液187份,提取血样基因组DNA.设计两对引物扩增AMA-1（Ⅲ）基因,将PCR产物进行测序,分析其单倍型多样性.结果 187份样品中的AMA-1（Ⅲ）基因有23种单倍型,云南株有21种,海南株7种,海南有2种单倍型未在云南株中发现,云南株单倍型多样性高于海南株.AMA-1（Ⅲ）基因有9个多态位点,云南株有3份样品451位氨基酸残基的同义突变,云南、海南这些位点每种突变出现的比例不同.结论 恶性疟原虫AMA-1（Ⅲ）基因多态性在云南、海南两省各有其特点,对此结构域的群体遗传多样性分析可为针对此区域疟疾疫苗的设计提供有价值的信息.