一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等 位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段 中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。 结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂 蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检 测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在LPL基因第2内含子中发现了+13557G→A多态性。经分析确定 出-421G/+13557G/+15222A、-421A/+13557G/+15222A、-421G/+13557G/+15222G、-421G/+ 13557A/+15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个 SNP进行单倍型构建的新策略。

广西壮族和汉族人群白细胞介素-18基因单核苷酸多态性及单倍型分析

目的了解白细胞介素-18(IL-18)基因启动子-137G/C,-607C/A多态性及单倍型在广西地区壮族及汉族人群中的分布频率,比较其在不同种族间分布的差异。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术和DNA测序法检测160名壮族人和150名汉族人的IL-18基因-137G/C,607C/A多态性,比较两组IL-18基因型、等位基因及单倍型的分布频率;并结合文献进行不同种族间的比较分析。结果在广西壮族及汉族人群中IL-18基因单核苷酸多态性及单倍型的分布频率差异均无显著性(P>0·05),但与欧洲人群比较,IL-18基因单核苷酸多态性及单倍型的分布频率均差异有显著性(P<0·05)。结论在广西地区壮族及汉族人群中存在IL-18基因多态性,其基因单核苷酸多态性及单倍型的分布频率差异均无显著性,但与其他种族人群比较差异有显著性,这种差异可能是导致一些疾病在不同种族间的发病率和临床表现存在显著不同的因素之一。

重庆地区汉族人群MDR1基因单核苷酸多态性及单倍型分析

目的:研究重庆地区汉族人群多药耐药基因1(MDR1)C1236T,G2677A/T,C3435T单核苷酸多态性(SNP)及单倍型的频率.方法:采用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性(PCR-RELP)方法,对重庆地区196(男112,女84)名没有亲缘关系的汉族健康个体MDR1基因C1236T,G2677T/A,C3435T等3个SNPs位点进行基因分型.用SHEsis软件分析MDR1基因的连锁不平衡及单倍型频率.结果:重庆地区汉族人群中C1236T位点、等位基因频率1236C为33.7%,1236T为66.3%;G2677T/A位点、等位基因频率2677G为44.4%,2677T为43.1%,2677A为12.5%;C3435T位点、等位基因频率3435C为56.4%,3435T为43.6%.重庆地区汉族人群中MDR1基因1236-2677-3435位点构成的3种主要单倍型率(频率>10%)TTT为31.1%,TGC为21.7%,CGC为15.5%.结论:重庆地区汉族人群MDR1基因C1236T,G2677T/A,C3435T等3个SNPs位点的基因型频率、等位基因频率和单倍型频率,为研究该地区MDR1基因单核苷酸多态性与药物效果、药物毒副作用以及疾病易感性之间的相关性提供依据.

广东汉族人群TLR9基因单核苷酸多态性及其单倍型(英文)

采用PCR扩增和直接测序法对191例健康且无血缘关系的广东汉族人群筛查了TLR9全基因序列,包括调控区、5′非翻译区、第1,2外显子、内含子及3′非翻译区上所有的单核苷酸多态性(SNP)位点.共检出五个SNP位点,分别为调控区的-1 486 T/C和-1 421 C/T、内含子区的+1174 A/G、第2外显子的+1 387 T/C和+2848 G/A,其中-1421 C/T和+1 387 T/C为首次发现的新位点.连锁不平衡分析表明-486 T/C,1174 A/G以及2848 G/A之间存在紧密连锁,并且涵盖了整个基因区域,形成了一个单倍域.在此基础上运用Hhase软件构建了TLR9基因的单倍型,共得到七种单倍型并模拟了它们可能的分布频率.进一步的中性检验表明TLR9基因在广东汉族人群中符合中性进化模式.

新疆维、汉人群CD14基因单核苷酸多态性的连锁不平衡和单倍型分析

目的研究CD14基因-159-、1359r、s2569192 3个单核苷酸多态性(SNP)的发生频率在新疆维吾尔族(维族)、汉族人群是否存在连锁不平衡关系及其单倍型组成。方法应用SNaPshot SNP分型技术对新疆地区维族、汉族300例(维、汉族各150例)健康个体CD14基因-159C/T-、1359T/Gr、s2569192G/C 3个SNP位点进行基因分型,分析3个位点间的连锁不平衡关系,计算它们构成的单倍型。结果 CD14基因-159C/T-、1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点基因型频率分布符合H-W平衡。新疆维族和汉族的等位基因发生频率差异无统计学意义(P>0.05)。通过对这3个SNP位点两两间进行连锁不平衡分析,发现连锁不平衡系数|D’|值都为1。3个SNP主要组成4种单倍型:TGC、CTC、CGG、CGC,维、汉族单倍型频率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论新疆地区维、汉人群CD14基因-159C/T-、1359T/Gr、s2569192G/C 3个SNP位点呈完全连锁不平衡。TGC是维、汉族人群的主要单倍型。为新疆地区维、汉族人群CD14基因3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与CD14相关疾病单倍型奠定了基础。

P-选择素基因单核苷酸多态性及单倍型与冠心病的相关性研究

目的:研究P-选择素(P-selectin)基因单核苷酸多态性及其单倍型与冠心病易感性之间的关系。方法:以210例冠心病患者和220例健康对照者为研究对象,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法对P-selectin基因-1969G/A和-1817T/C单核苷酸多态性进行基因分型。结果:P-selectin基因-1969G/A多态性在冠心病组和正常人群中的分布差异无统计学意义(P>0.05),而P-selectin基因-1817T/C多态性在两组人群中的分布差异有统计学意义(P<0.05),等位基因频率的相对风险分析发现,-1817C等位基因携带者患冠心病的风险是T等位基因的1.547倍(OR=1.547,95%CI:1.170-2.045,P=0.002);联合基因型分析发现,P-selectin的-1969A/-1817C基因单倍型携带者频率在冠心病组中显著高于对照组(P<0.05)。与对照组比较,-1969A/-1817C基因单倍型携带者显著增加了冠心病的发病风险(OR=2.134,95%CI:1.273～3.576,P=0.003)。结论:P-selectin基因-1817T/C多态性和-1969A/-1817C单倍型与冠心病的发病具有相关性,其中-1817C等位基因可能是冠心病的遗传易感基因。

江苏地区汉族儿童多药耐药基因3个单核苷酸多态性位点的单倍型研究

目的分析江苏汉族人群多药耐药基因-1(MDR1)的单核甘酸多态(12外显子1236C→T突变、21外显子2677G→T/A突变、26外显子3435C→T突变)及其构成的单倍型分布。方法通过多重单碱基延伸反应(SNaPshotSNP分型技术)对江苏地区170名健康儿童的MDR1C1236T、G2677T/A、C3435T的SNP位点进行基因分型,统计各基因型频率。UNPHASED软件对MDR1的SNPs(C1236T-G2677T/A-C3435T)进行单倍型分析。结果在170例儿童中,等位基因1236T、2677T、2677A、3435T频率分别为63.5%、37.4%、17.0%和35.0%。基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(HWE),差异无统计学意义(P>0.05)。MDR1的1236、2677、3435三个位点间(C1236T-G2677T/A-C3435T)存在连锁不平衡性,以TTT(31.8%)、TGC(25.3%)、CGC(17.7%)和CAC(16.2%)四种单倍型为主。结论江苏地区汉族人群MDR1的单核甘酸多态及单倍型分布具有自己的特点。在临床应用相关药物时,进行基因型及单倍型检测,将有助于指导临床个体化用药。

单核苷酸多态性和单倍型与儿童精神疾病关系的研究进展

近些年来儿童精神疾病越来越引起社会学者及精神病学家的重视,相关的发病因素、临床表现、预后转归及治疗的研究也日益增多,而对于遗传因素在儿童精神疾病发生发展中的作用是这些研究中的热点之一,有关单核苷酸多态性和单倍型的研究技术是目前遗传学研究的前沿技术之一,本文就近年来单核苷酸多态性和单倍型研究技术在儿童精神疾病研究中的应用进行综述。

应用单核苷酸多态性技术筛查2型糖尿病易感基因

目的利用单核苷酸多态性(SNP)标记熏在中国北方汉族2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)内寻找疾病易感基因位点以及与疾病相关的单倍型。方法通过公共SNP数据库和对样本库全基因测序寻找SNP位点的途径,在定位区域内选择了33个候选基因中的124个SNP位点,用测序法对236例北方汉族散发2型糖尿病患者及152例正常对照个体进行SNP基因分型及病例-对照关联分析,并对具显著性差异的SNP位点进行单倍型分析。结果124个SNP位点中有4个SNP位点的分布频率在病例组和正常对照组存在显著差异穴P<0.05雪,分别为sAC基因中的rs203849(P=0.005,OR=1.60)和rs203826(P=0.016,OR=1.60),PANK4基因中的rs7535528(P=0.028,OR=1.45)和CASP9基因中的rs884363(P=0.043,OR=1.37)。在这4个SNP位点构成的组合型中发现,有2种组合型的频率分布在病例组与对照组之间差异有显著性穴P<0.001雪。此外,对sAC基因的单倍型分析发现,有4种单倍型与疾病发生相关。结论sAC、PANK4和CASP9基因为中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因,这3个基因可能在2型糖尿病易感性上有协同作用。

利用生物信息学技术挑选TLR2基因标签单核苷酸多态性位点

目的利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点。方法利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP;最后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型。结果在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013A/G、19216T/C、22215G/T)。同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型。结论中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013A/G、19216T/C、22215G/T)是最有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究。

内皮固有型一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性与冠心病的相关性研究

探讨内皮固有型一氧化氮合酶(ecNOS)基因的单核苷酸多态性(SNP)与冠心病(CAD)的相关性。提取107例CAD患者和132名健康对照者外周血有核细胞DNA,应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测ecNOS基因的2个标签SNP(tag SNP)rs7830和rs3918188。结果发现CAD组rs7830的CC基因型频率和C等位基因频率明显低于健康对照组(P<0.05)。两组rs3918188的基因型频率及等位基因频率无统计学差异(P>0.05)。通过对2个SNP进行单倍型分析发现,CAD组和健康对照组的单倍型频率具有统计学差异(P<0.05)。结果提示ecNOS基因rs7830多态性变异及由rs7830和rs3918188构建的CA、AA单倍型是CAD的遗传危险因素。

内皮固有型一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性与2型糖尿病的相关性

目的探讨内皮固有型一氧化氮合酶(endothelial constitutive nitric oxide synthase,ecNOS)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的相关性。方法提取210例T2DM患者和196例健康对照者外周血有核细胞DNA,应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测ecNOS基因的2个标签SNP(tagSNP)rs7830和rs3918188。结果 T2DM组rs7830的CC基因型频率和C等位基因频率明显低于健康对照组(P<0.05)。两组rs3918188的基因型频率及等位基因频率无统计学差异(P>0.05)。通过对2个SNP进行单倍型构建分析发现,T2DM组和健康对照组的单倍型频率无统计学差异(P>0.05)。结论 ecNOS基因rs7830多态性变异是T2DM的遗传危险因素。

中国汉族2型糖尿病患者血管紧张素原基因单核苷酸多态性分析研究

目的 观察中国汉族人群血管紧张素原（AGT）基因5个单核苷酸多态性（SNP）与2型糖尿病（T2DM）的相关性.方法 应用荧光标记单碱基延伸及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测AGT基因rs3889728,rs2478523,rs1926722,rs7539020和rs2493132的基因型.结果 T2DM组rs2478523的CT基因型频率（0.382 vs 0.505）显著低于对照组（Z=5.664,P=0.017）,而TT型频率（0.435 vs 0.307）显著高于对照组（Z=6.389,P=0.012）.余4个SNP的基因型和5个SNP的等位基因频率两组间差异无统计学意义（Z=0.001～3.041,P值均〉0.05）.根据连锁不平衡水平,由rs3889728,rs1926722和rs7539020构建的单倍型频率在两组间差异无统计学意义（P值均〉0.05）.结论 AGT基因的rs2478523多态性可能是中国汉族人群T2DM的遗传易感因素.

利用生物信息学方法挑选MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点

目的:为考察汉族人群MCPH1基因与原发性小头畸形病的关系,利用生物信息学方法挑选汉族人群中的MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点。方法:利用NCBI数据库,确定MCPHl基因研究范围:利用Hapmap数据库获取汉族人群的MCPHl基因SNPs数据;应用Haploview4.2对MCPH1基因进行连锁不平衡分析;在D′值95%可信区间内构建单倍域(haplotype block):根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP。结果:在汉族人群中,MCPH1全基因范围内共构建35个单倍域,挑选出122个标签SNPs,确定了各个单倍域内的代表单倍型。结论:汉族人群MCPH1基因的122个SNPs位点是较具代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并作为汉族人群MCPHl基因与原发性小头畸形病的关联研究。

血管紧张素Ⅱ1型受体3个单核苷酸多态性与冠心病的相关性分析

目的观察中国汉族人群血管紧张素II 1型受体(AT1R)基因3个单核苷酸多态性(SNP)与冠心病(CAD)的相关性。方法提取2011年1月~2013年10月就诊于火箭军总医院的192例CAD患者和189例健康对照者外周血白细胞DNA和RNA,设计引物,应用荧光标记单碱基延伸及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测AT1R基因rs6801836,rs2675511和rs5182的基因型。结果对照组和CAD组间3个SNP的基因型频率和等位基因频率差异无统计学意义(x^2=0.047~2.226,P值均>0.()5);由相互连锁的rs6801836和rs5182构成的单倍型以TT型为主,各单倍型频率在两组间差异无统计学意义(x^2=0.025~1.020,P值均>0.05)。结论研究中AT1R基因的3个SNP与CAD的易感性无关。

不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用ClustalX软件对其变异位点进行分析;运用Dnasp 5.0、Network 4.6及Arlequin version 3.0软件进行单倍型多态性与遗传分化分析;利用PhyML 3.0及Mega 5.0软件对白纹伊蚊的种系发育关系进行分析。【结果】所获全部样本的18S rRNA和cox 1基因序列长度均为489和1004 bp。白纹伊蚊18S rRNA基因序列中共存在30个变异位点,17个单倍型(A1~A17,Hd=0.9149),其中单倍型A5为最古老的单倍型,白纹伊蚊18S rRNA的基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.05614、0.24001和0.792;白纹伊蚊的cox 1基因序列中共存在2个变异位点,3个单倍型(B1~B3,Hd=0.1908),其中单倍型B1为最古老的单倍型,白纹伊蚊cox 1基因的Gst、Fst和Nm分别为0.05000、0.04762和4.999。系统发育树中,来源于怀化地区的30只白纹伊蚊均分别处于2个发育树的一个分支。【结论】来源于湖南怀化地区的白纹伊蚊个体和种群之间存在一定程度基因变异和单倍型多态性现象,但各单倍型及其个体之间具有较近的亲缘关系,且两种群白纹伊蚊个体间发生了较为频繁的基因交流,未出现遗传分化。

小麦TaPK7基因单核苷酸多态性与抗旱性的关系

以抗旱性不同的45份六倍体小麦和5份小麦的二倍体近缘种为材料,通过测序检测TaPK7基因的单核苷酸多态性,研究了TaPK7基因多态性与抗旱性的关系,旨在为发掘利用小麦抗旱基因资源奠定基础。50份材料TaPK7序列总长220448bp,其中有64个SNP和9个InDel,二者的频率分别为1SNP/3445bp和1InDel/24494bp。编码区的核苷酸多样性π值小于非编码区,可能是由于编码区承受的选择压力较大。同义突变(Ka)与非同义突变(Ks)比值是0.415,表明该基因受负向选择影响,属于相对保守基因。在编码区检测到16个单核苷酸突变,多存在于抗旱材料中。共检测到21种单倍型,其中5种为强抗旱材料单倍型,2种为干旱极敏感材料单倍型,11种中等抗旱材料单倍型,另外3种单倍型中同时包括抗旱材料和干旱敏感材料,初步揭示了TaPK7基因的单核苷酸多态性与抗旱性相关。

大口黑鲈肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性位点的筛选及其与生长性状关联性分析

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8box和Octamer(+)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高、体宽和眼间距的均值均高于其它双倍型,而双倍型D5在体重、体长、体高、体宽和眼间距的均值均低于其它双倍型,双倍型D2与D5之间在5个主要生长性状均存在差异显著(P<0.05),推测双倍型D2对生长性状起正相关,而双倍型D5与大口黑鲈的生长性状呈负相关,因此推断MSTN基因突变位点双倍型D2与D5可作为大口黑鲈生长性状的两个标记位点,用其分子标记位点来辅助大口黑鲈育种工作以期加快育种进程。

小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单核苷酸多态性分析及其定位

【目的】小麦果聚糖合成酶基因6-SFT是果聚糖合成过程中的关键酶基因,研究6-SFT-A的多态性,分析其与小麦苗期抗旱性的关系,并进行遗传定位。【方法】以苗期抗旱性不同的30份六倍体小麦和4份小麦A基因组供体种乌拉尔图小麦为材料,通过直接测序分析6-SFT-A的单核苷酸多态性(SNP)及其与抗旱性的关系;开发基因分子标记,利用RIL群体(偃展1号×内乡188)对该基因进行遗传定位。【结果】在30份六倍体小麦材料中检测到14个核苷酸多态性位点,包括13个SNP和1个InDel,平均234 bp检测到一个多态性位点,仅在1 727和1 781 bp 2个位点检测到非同义突变;在4份乌拉尔图小麦中检测到28个SNP和4个InDel,其频率明显高于普通小麦。该基因的内含子1、2、3和外显子3为变异富集区,其它区域变异较小,外显子2变异最小,π值为0。34份材料分为3种单倍型,HaplⅠ主要包括中等抗旱材料和水敏感材料,HaplⅢ中主要包括强抗旱材料和中等抗旱材料。利用RIL群体将该基因定位于染色体4A的标记Xcwm-27与Xwpt688之间,遗传距离分别为5.3和7.9 cM。【结论】单倍型分析表明,小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单倍型与小麦苗期抗旱性有一定的相关性。