斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析

研究旨在探讨生长激素释放激素基因(Growth hormone-releasing hormone,GHRH)对斑点叉尾(Ictalurus punctatus)生长性状的影响。采用DNA混池测序法筛选GHRH基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,使用SNa Pshot法将筛选到的SNPs多态性位点进行分型,并对这些位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在GHRH基因内含子区域共检测到4个SNPs位点,并成功地对3个位点进行了分型,3个位点间均不存在强连锁不平衡;3个SNPs位点在176尾斑点叉尾中形成了6种有效单倍型。关联分析表明SNP位点g.6301 G>A的AA基因型的体质量显著性地高于AG和GG型(P<0.05),比群体的平均体质量高14%。单倍型组合H1/H4和H1/H5个体的体质量和体长极显著性地高于其他单倍型组合(P<0.01),体质量比群体平均体质量分别高30%和15%,体长比群体平均体长分别高7%和6%。研究为斑点叉尾生长性状分子标记辅助选育和QTL定位提供了参考依据。

应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选

目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.0软件对HBG1-HBD基因间序列的SNP位点进行连锁不平衡分析,在此基础上构建HBG1-HBD基因间序列范围的单倍域及单倍型。用MEGA5.10软件对单倍型进行聚类分析,根据SNP之间的r2值挑选出可代表不同类型单倍型的tag SNP。结果在中国北京汉族人群中,HBG1-HBD基因间序列中共有2个单倍域(Block1和Block2),分别有7种和3种单倍型,发生频率均>1%。通过聚类分析将Block1的单倍型分为2组,可通过相互代表的11个tag SNP进行分组,11个SNP依次为:rs3813727、rs10837643、rs4320977、rs4283007、rs4402323、rs4910543、rs4910736、rs2105819、rs968857、rs968856、rs10768687。结论获得了中国北京汉族人群中HBG1-HBD基因间序列的单倍型及tag SNP,为研究HBG1-HBD基因间序列的单倍型与γ珠蛋白基因表达的相关性打下了基础。

绵羊MSTN基因内含子2和外显子3部分序列的SNP检测和单倍型分析

本研究采用PCR和直接测序的方法对我国9个地方绵羊品种和1个引入品种共计60个个体进行了MSTN基因内含子2和外显子3的SNP检测和单倍型分析。结果表明:在已测序的60个个体中共发现15个SNPs(A1937C、T1942G、C1956T、A1972C、A1990G、A2008C、A2011G、C2019T、A2025C、A2027C、T2085G、T2173C、C2198T、C2210T和C2213T),它们全部存在于内含子2。同时检测到12种单倍型,其中单倍型Ⅰ(CGTCGCGTCCGCTTT)和单倍型Ⅷ(ATCAAAACAATTCCC)是2种主要的单倍型(频率分别为12.25%和77.80%)。单倍型Ⅷ广泛分布于10个受试绵羊品种中,而肉用型品种、肉脂兼用型品种和肉毛兼用型品种的所有个体均属此种单倍型且为纯合子,推测单倍型Ⅷ可能与绵羊的产肉性能有关。

鸡lmbr1基因外显子16的SNP检测和单倍型分析

外显子16是鸡lmbr1基因最大的外显子,本研究进行了该外显子在丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡间的SNP检测和单倍型分析。研究表明,鸡lmbr1外显子16的PCR-SSCP基因型在两个品种间的分布存在明显差异,测序从24个个体中检测到4个变异位点,其中T32C变异在两个品种间存在明显差异,丝羽乌骨鸡均含有32T(纯合的TT或杂合的TC),白洛克肉鸡在T32C位点都为纯合的CC;单倍型分析从24个个体中检测到5种单倍型,丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的单倍型存在明显的差异,hap1和hap2是丝羽乌骨鸡的特异性单倍型,hap5是白洛克肉鸡的特异性单倍型,hap3和hap4主要存在于白洛克肉鸡中,在丝羽乌骨鸡中的比例极少。

利用生物信息学方法挑选MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点

目的:为考察汉族人群MCPH1基因与原发性小头畸形病的关系,利用生物信息学方法挑选汉族人群中的MCPH1基因标签单核苷酸多态性(tag-SNPs)位点。方法:利用NCBI数据库,确定MCPHl基因研究范围:利用Hapmap数据库获取汉族人群的MCPHl基因SNPs数据;应用Haploview4.2对MCPH1基因进行连锁不平衡分析;在D′值95%可信区间内构建单倍域(haplotype block):根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP。结果:在汉族人群中,MCPH1全基因范围内共构建35个单倍域,挑选出122个标签SNPs,确定了各个单倍域内的代表单倍型。结论:汉族人群MCPH1基因的122个SNPs位点是较具代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并作为汉族人群MCPHl基因与原发性小头畸形病的关联研究。

尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析

β_2-微球蛋白(β_2-microglobulin,β_2m)作为MHCⅠ类分子的亚基,在鱼类的免疫系统中发挥重要作用。实验采用直接测序法从P0代尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的β_2m基因组序列中筛选到30个SNPs,其中1个SNP位于5?UTR,16个SNPs位于外显子区域(15个非同义突变位点,1个同义突变位点),9个SNPs位于内含子区域,4个SNPs位于3?UTR。利用snapshot分型法对F1代的102尾易感群体和102尾抗病群体进行基因分型,并通过Popgen32和PIC-CALC软件统计分析尼罗罗非鱼β_2m基因序列的SNPs的He、Ho、Ne和PIC等遗传参数,表明易感群体中7个SNPs属于中度多态水平(0.25<PIC<0.5),抗病群体中25个SNPs属于中度多态水平(0.25<PIC<0.5)。采用SPSS 23.0软件分析了30个SNPs在F1代2个群体中的基因型频率和等位基因频率,分析其与链球菌抗性或易感性状之间的相关性。结果表明:24个SNPs的基因型和等位基因频率与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性/易感性状显著相关(P<0.05)。通过连锁不平衡分析发现30个SNPs构成4个单倍块和14种单倍型。其中,4个单倍型与无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05),4个单倍型与易感性状显著相关(P<0.05)。标签SNP分析发现,单倍块2中的4个SNPs和单倍块3中的13个SNPs彼此之间高度连锁(r^2>0.9),这意味着我们在β_2m基因中发现2个ht SNPs。研究筛选到的与链球菌抗性/易感性状相关的SNP位点及单倍型具有辅助尼罗罗非鱼抗链球菌病品种选育的潜力。

鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异对血清IgG含量的影响

旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异（Copy number variation，CNV）对血清IgG含量的影响。采用鸡60KSNP芯片对995只北京油鸡进行分型，同时测定80日龄IgG含量。分别采用PennCNV、Haploview 4．1和PHASE 2．0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析。

鸡16号染色体SNP单倍型和CNV影响血清IgG含量

中国农业科学院北京畜牧兽医研究所的研究人员探讨了鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异（CNV）对血清IgG含量的影响。结果发现，该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区。Block／（59984-73717bp）单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型，其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1．45倍（P〈0．05）；

INCENP基因功能性单倍型可调控启动子活性并影响公牛精液品质

为研究内着丝粒蛋白(Inner centromere protein,INCENP)基因启动子区单核苷酸多态性(SNPs)与精液品质的相关性,本文利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测了250头中国荷斯坦公牛INCENP基因的基因型。在INCENP基因启动子区鉴定出两个SNPs(g.-556 G>T,rs 136823901和g.-692 C>T,rs 211010999),发现了3种单倍型(CG、TT、TG)。分析两个SNP位点的基因型频率和等位基因频率,各SNP及单倍型组合与中国荷斯坦公牛精液品质的相关性,结果表明SNP位点g.-556 G>T GT基因型个体的鲜精活力显著高于GG基因型个体(P<0.05),单倍型组合H1H1(CCGG)、H1H3(CTGT)、H2H3(TTGT)和H3H3(TTTT)个体的鲜精活力和冻精解冻后活力均显著高于H1H2个体(P<0.05)。为进一步研究g.-556 G>T和g.-692 C>T影响精液品质的可能机理,本文将3种单倍型质粒分别转染小鼠睾丸间质细胞(MLTC-1),结果显示含TG单倍型的载体荧光素酶活性最高。由此推测,g.-556 G>T和g.-692 C>T为启动子区功能性突变位点,可通过调节启动子活性来调控INCENP基因表达,进而影响精液品质。

单倍型分析及其在全基因组关联分析中的研究进展

单倍型中含有丰富的连锁不平衡信息,单倍型分析在定位疾病和性状有关的基因方面具有更好的功效。利用基因分型技术能得到大量的单核苷酸多态性标记(SNP)数据,单倍型分析能利用大量的SNP信息来揭示和探究复杂性状的遗传机制,在全基因组关联分析(GWAS)中也扮演着重要角色。该文就单倍型分析的相关概念、原理和方法、相关软件和在GWAS中的应用加以综述。

猪抗酶1基因核心启动子区鉴定及单倍型转录活性比较

通过双荧光素酶报告基因载体系统检测猪抗酶1(AZ1)基因启动子转录活性,分析蓝塘和长白猪群体AZ1基因启动子SNP及单倍型,在此基础上比较不同单倍型转录活性。结果表明:-453/+79为核心启动子区;在2个群体中检测到AZ1基因启动子8个SNPs,分别为-713 T>C、-584 A>C、-476 G>A、-365 T>C、-348 C>T、-294 G>C、-288 T>G和-234 T>C,蓝塘猪群体具有更丰富的单核苷酸多态性,而长白猪群体仅在-288座位存在GG和GT 2种基因型,其他7个SNPs均为纯合状态;蓝塘猪群体LTH1单倍型(TAGCCGTC,-713/-234)频率为0.526,为蓝塘猪优势单倍型,其次为LTH2(TAGCCGTT),频率为0.166;长白猪群体优势单倍型为Landrace-H(TAGTCGGT),频率为0.939。LTH1转录活性高于LTH2和Landrace-H,推测-234 T>C、-365 T>C和-288 T>G座位是造成不同单倍型转录活性差异的原因。

牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs检测及与生长性状的关联分析

研究牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs与生长性状的关系,寻找与牦牛生长性状相关的分子标记。采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD1基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。结果发现,SMAD1在第1外显子上存在5个突变位点,其中,g.35084C>T、g.35111C>T和g.35333G>A均存在2种基因型,g.35171G>A和g.35312C>T均存在3种基因型。连锁不平衡分析发现5个位点间不存在强的连锁不平衡效应,单倍型分析发现存在6种不同的单倍型,其中单倍型Hap3的发生频率最高。关联性分析表明,g.35084C>T位点与胸围显著相关,g.35111C>T位点与体斜长、胸围显著相关,g.35171G>A和g.35312C>T位点与体质量、体高、体斜长和胸围显著相关,g.35333G>A位点与胸围、体高显著相关。通过基因型组合发现,4种组合单倍型均与牦牛生长性状有着显著或极显著相关,且H3H6可能是影响牦牛生长性状的最优组合单倍型。综上所述,牦牛SMAD1基因第1外显子多态性丰富,且与部分生长性状显著关联,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。

晋汾白猪ApoA5基因单倍型与体重和肉质性状的相关性分析

试验旨在探究晋汾白猪载脂蛋白A5(apolipoprotein A5,ApoA5)基因的单倍型与体重和肉质性状的相关性。选取180头晋汾白猪为研究群体,利用PCR技术检测ApoA5基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),并采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡程度;筛选非完全连锁的SNP位点,构建不同的ApoA5基因单倍型,统计不同单倍型的基因频率,并通过SPSS软件分析不同ApoA5基因单倍型与晋汾白猪体重和肉质性状的相关性,鉴定优良性状的ApoA5基因单倍型。结果显示,晋汾白猪ApoA5基因共检测到21个SNPs位点,其中5个完全连锁单倍型块,分别包含5、2、3、4和2个SNPs位点;另外10个非完全连锁的标签SNP组合成不同的ApoA5基因单倍型,其中Hap 1的基因频率最高,达到46.7%,远高于其他单倍型;ApoA5基因单倍型与晋汾白猪的初生重、断奶重、6月龄体重、肌内脂肪含量、剪切力和滴水损失均具有明显的相关性,而与pH24 h没有明显的相关性;ApoA5基因Hap 11晋汾白猪的初生重、断奶重、6月龄体重和肌内脂肪含量均最高,且剪切力最低,滴水损失也相对较低;Hap 6的初生重最低;Hap 2的断奶重和6月龄体重均最低;Hap 3的肌内脂肪含量最低,剪切力最高;Hap 10的滴水损失最高。晋汾白猪ApoA5基因Hap 11属于优良性状单倍型,是一个具有优良性状的分子标记,可以用于晋汾白猪的分子育种,提高选种效率。

最大节约原则下单倍型推导问题的实用算法(英文)

在疾病的易感基因研究和药物反应实验中,常常需要知道单倍型,而不仅仅是基因型数据.但是直接通过生物学实验手段来测定单倍型在时间和成本上消耗过大,所以在实验室里往往仅测得基因型,而通过一些计算手段来推导出单倍型.不同于Clark著名的单倍型推导模型,Gusfield和Wang等人提出了一种通过基因型样本推导单倍型的新模型.这种模型试图按照最大节约原则去寻找可以解释基因型样本的最小单倍型集合.这种基于节约原则的模型克服了Clark模型的一些缺陷.提出了节约原则模型的一个多项式时间的贪心算法以及一种把贪心策略和分支限界策略集合在统一框架下的复合算法.相对于Wang原来提出的分支限界完全算法,贪心的近似算法运行快得多,而且同时保持了比较准确的推导结果.新的复合算法也是一种完全算法.实验结果表明,与原来的分支限界算法相比,复合算法可以极大地提高运行效率以及可应用的实例规模.

中华绒螯蟹MIH基因SNP位点筛选及其与生长性状的关联分析

为明确蜕皮抑制激素基因(MIH)对中华绒螯蟹的生长调控机制,本研究选取100只中华绒螯蟹幼蟹个体,分析幼蟹MIH基因的单核苷酸多态性(SNP)位点及基因型,并对与生长指标相关的多态性位点进行连锁不平衡和单倍型分析,进一步明确多态性位点单倍型与生长性状之间的相关性。结果显示,在中华绒螯蟹幼蟹MIH基因中共筛选鉴定出5个SNP位点,其中3个位点(C640G、C2529T和G2595T)与中华绒螯蟹生长性状具有相关性;3个相关位点中共检测到5种单倍型,其中H1单倍型(GCG)的占比最高(68.8%),为优势单倍型;H3单倍型(GTT)个体的生长性状指标最高,显著高于H2单倍型(CCG)。本研究得到的中华绒螯蟹MIH基因上3个与生长性状相关的SNP位点,可作为候选分子标记用于中华绒螯蟹优质品种选育。

优质鸡MEF2A基因的SNPs检测及其与屠体性状的相关研究

为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,SNP3)。关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响。最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B2B2个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05)。双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合。H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低。初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记。

荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明:SNP1对乳蛋白率有显著影响(P<0.05);SNP2对产奶量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量、乳蛋白量有显著影响(P<0.05);单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量有显著影响(P<0.05)。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合(P<0.01)。结果提示:STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。

Myf5基因8个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析

旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9种单倍型。最小二乘分析结果显示,在生长性状方面,单倍型组合H1H5对8和12周龄体重影响显著(P<0.05),单倍型组合H2H6则对12和14周龄体重影响显著(P<0.05);在繁殖性状方面,单倍型组合H1H5在开产体重上为优势单倍型组合,显著高于单倍型组合H1H4和H2H4(P<0.05),极显著高于单倍型组合H1H3(P<0.01)。就300d蛋重均值来说,单倍型组合H1H3为劣势单倍型组合;对300d的产蛋数数据分析显示,单倍型组合H1H3的300d产蛋数极显著高于H1H4(P<0.01)。因此,京海黄鸡Myf5基因外显子的多态性对其生长和繁殖性状都有一定影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供了参考资料。

狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析

旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269G>T、g.295C>T、g.325T>G、g.518G>A、g.608C>A和g.846G>A),它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体(25只)在6个位点全部为纯合子基因型,依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型,而北极狐属的所有个体(33只)在这6个位点则均为另一种纯合子基因型,依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型:单倍型Ⅰ(H1:GCTGCG)和单倍型Ⅱ(H2:TTGAAA),分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型Ⅰ(H1)分布于狐属3个狐种的所有受试个体中,单倍型Ⅱ(H2)分布于北极狐属两个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与狐狸毛色的明显关联性,但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。

利用生物信息学技术挑选TLR2基因标签单核苷酸多态性位点

目的利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点。方法利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP;最后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型。结果在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013A/G、19216T/C、22215G/T)。同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型。结论中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013A/G、19216T/C、22215G/T)是最有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究。