目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2...目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。展开更多
目的:利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和巨噬细胞炎症反应模型,基于通路水平阐释补肺健脾方干预慢性阻塞性肺疾病的配伍机制。方法:利用LPS诱导巨噬细胞建立炎症反应模型,分别给予补肺健脾方的12味中药干预,利用...目的:利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和巨噬细胞炎症反应模型,基于通路水平阐释补肺健脾方干预慢性阻塞性肺疾病的配伍机制。方法:利用LPS诱导巨噬细胞建立炎症反应模型,分别给予补肺健脾方的12味中药干预,利用Illumina高通量测序平台得到基因表达谱数据。采用GSEA方法鉴定巨噬细胞炎症反应相关通路,通过富集评分(normalized enrichment score,NES)筛选中药干预后显著回调的通路,揭示补肺健脾方及其配伍的干预机制。结果:与对照组比较,模型组筛选到244条显著扰动通路(GSEA,FDR<0.05)。以得到的显著扰动通路为对象,补肺健脾方所含中药显著回调通路的NES为-1041.56,其中补肺配伍的为-71.25,健脾配伍的为-17.45,温肾配伍的为-211.42,止咳化痰配伍的为-363.94,活血通络配伍的为-377.5;补肺健脾方可显著回调214条通路(逆转率为87.70%),其中补肺配伍的为43条,健脾配伍的为19条,温肾配伍的为133条,止咳化痰配伍的为142条,活血通络配伍的为187条,逆转率分别为17.62%、7.79%、54.51%、58.20%、76.64%。Positive regulation of interleukin 1 production等7条通路在5个配伍中均被显著回调。Mitotic cell cycle arrest等通路在补肺配伍中特异回调。Response to acetylcholine通路在健脾配伍中特异回调。Negative regulation of viral entry into host cell等通路在温肾配伍中特异回调。Negative regulation of leukocyte chemotaxis等通路在止咳化痰配伍中特异回调。Negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors等通路在活血通络配伍中特异回调。结论:补肺健脾方各配伍回调炎症反应相关通路的强度及数量均依次为活血通络、止咳化痰、温肾、补肺、健脾配伍。补肺健脾方可通过各配伍回调positive regulation of interleukin 1 production等共性通路及negative regulation of leukocyte chemotaxis等特异性通路干预炎症反应。展开更多
文摘目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。
文摘目的:利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和巨噬细胞炎症反应模型,基于通路水平阐释补肺健脾方干预慢性阻塞性肺疾病的配伍机制。方法:利用LPS诱导巨噬细胞建立炎症反应模型,分别给予补肺健脾方的12味中药干预,利用Illumina高通量测序平台得到基因表达谱数据。采用GSEA方法鉴定巨噬细胞炎症反应相关通路,通过富集评分(normalized enrichment score,NES)筛选中药干预后显著回调的通路,揭示补肺健脾方及其配伍的干预机制。结果:与对照组比较,模型组筛选到244条显著扰动通路(GSEA,FDR<0.05)。以得到的显著扰动通路为对象,补肺健脾方所含中药显著回调通路的NES为-1041.56,其中补肺配伍的为-71.25,健脾配伍的为-17.45,温肾配伍的为-211.42,止咳化痰配伍的为-363.94,活血通络配伍的为-377.5;补肺健脾方可显著回调214条通路(逆转率为87.70%),其中补肺配伍的为43条,健脾配伍的为19条,温肾配伍的为133条,止咳化痰配伍的为142条,活血通络配伍的为187条,逆转率分别为17.62%、7.79%、54.51%、58.20%、76.64%。Positive regulation of interleukin 1 production等7条通路在5个配伍中均被显著回调。Mitotic cell cycle arrest等通路在补肺配伍中特异回调。Response to acetylcholine通路在健脾配伍中特异回调。Negative regulation of viral entry into host cell等通路在温肾配伍中特异回调。Negative regulation of leukocyte chemotaxis等通路在止咳化痰配伍中特异回调。Negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors等通路在活血通络配伍中特异回调。结论:补肺健脾方各配伍回调炎症反应相关通路的强度及数量均依次为活血通络、止咳化痰、温肾、补肺、健脾配伍。补肺健脾方可通过各配伍回调positive regulation of interleukin 1 production等共性通路及negative regulation of leukocyte chemotaxis等特异性通路干预炎症反应。
