单核苷酸多态性检测分析技术

单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记已经广泛用于基因作图、疾病相关性分析、群体遗传学及药物研究等领域。文中系统地介绍了目前国内外主要的SNP检测技术,任何一种SNP的检测方法都可将之看成由两部分组成,即区分SNP位点的原理方法和数据的检测分析手段,文章对这两部分做了较详细的介绍,并对SNP检测技术的发展进行了展望。

单核苷酸多态性检测技术的研究进展

单核苷酸多态性是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的一种DNA序列多态性。因其具有密度高,遗传稳定,易于进行自动化、规模化分析等优势它已成为第三代分子标记,因此其检测技术也在近几年得到了快速的发展。将对未知单核苷酸突变位点的检测方法和已知单核苷酸突变位点的检测方法这两部分的研究进展作一综述。

单核苷酸多态性检测技术概述

单核苷酸多态性(SNP)是最普遍的遗传变异,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。本文概述SNP的检测和分析技术的研究进展,并展望SNP分型技术的前景。

纳米磁珠技术在单核苷酸多态性检测中的应用现状

单核苷酸多态性(SNP)是指在进化过程中,由基因组核苷酸的变异引起的DNA序列差异。SNP是导致遗传性疾病和肿瘤的重要原因之一,可以作为遗传性疾病、肿瘤等的早期临床检测指标,对疾病的及时发现和治疗具有重要的意义。纳米磁珠技术是一种新型生物技术,具有固相化试剂特有的优点以及生物免疫反应的特异性,因此在生物医学工程中得到了越来越广泛的应用。

通用TaqMan探针技术在apoE基因3937T/C单核苷酸多态性检测中的应用

目的 建立一种基于通用TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR方法 ,用于检测apoE基因第四外显子上的一个单核苷酸多态性 (SNP)位点 (3937T/C)。方法 应用PCR RFLP分型方法建立apoE 3937T/C多态性分析的参考样本 ,同时对部分样本进行PCR产物直接测序以验证PCR RFLP分型结果。选择一对能够有效区分 3937T/C多态性的等位基因特异的上游引物 ,配对进行通用TaqMan探针实时PCR扩增 ,然后通过比较两个平行反应达到阈值时所经历的循环数 (Ct)的大小 ,对apoE 3937T/C多态性进行区分。结果 建立的基于通用TaqMan探针技术的实时荧光PCR方法 ,用于apoE基因第四外显子上 3937T/CSNP分析 ,检测结果与PCR RFLP方法、DNA测序法结果完全一致。结论 在进行PCR扩增条件优化的前提下 ,应用通用TaqMan探针对PCR进行全程监测是可行而且是非常经济的 ;基于通用TaqMan探针技术的等位基因特异的实时荧光PCR方法敏感、简单、快速 ,可实现对apoE基因 3937T/C单核苷酸多态性的快速检测 。

单核苷酸多态性的研究技术

本文在对人类基因组单核苷酸多态性 (SNP)的概念做简要说明的基础上 ,系统地介绍 14种检测分析SNP的技术和方法的原理、操作要点及其优缺点。

单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性(single nuc leotide polymorph ism,SNP)的研究已成为人类后基因组时代的主要内容之一。因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。文章系统地介绍了最新发展的几种SNP检测技术的原理和检测平台,详细阐述了等位基因特异性杂交、内切酶酶切技术、引物延伸法、寡核苷酸连接反应等SNP检测原理,以及平板读数仪、基因芯片、微球阵列技术和质谱仪等检测平台,并对SNP高通量检测技术的发展进行了展望。

单核苷酸多态性检测技术研究进展

单核苷酸多态性(SNP)是个体中最普遍的遗传变异,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP作为第三代遗传标记,具有遗传稳定性强、数量多、分布广等特点,被广泛应用于群体遗传学、疾病相关基因定位研究中,并在疾病的早期诊断、预防、治疗,研究遗传因素对药物代谢的影响,指导药物临床使用等方面发挥重要的作用。鉴于此,建立适合各级平台应用的准确、高效、稳定的SNP分型技术十分必要。目前SNP检测与分析技术众多,在原理上差别很大,适用范围也不尽相同。本文综述了目前临床应用较广的SNP分型方法,简要介绍了各种技术的检测原理和优缺点,并对SNP分型技术前景进行了展望。

单核苷酸多态性检测方法研究概述及其应用

单核苷酸多态性(SNP)作为第3代分子标记有着广阔的应用前景。本文从单核苷酸多态性(SNP)的概念、分类、特点、检测技术等方面进行了概述,论述了单核苷酸多态性在高密度遗传图谱构建、性状作图、病害关联性分析、标记辅助育种等方面的应用,为单核苷酸多态性的研究提供理论依据。

安顺地区受检妇女中高危型人乳头瘤状病毒的检出及单核苷酸多态性特征

目的 探讨安顺地区受检妇女中高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)的检出及单核苷酸基因多态性(SNP)特征。方法 采集10 774例行HPV分型检测妇女的宫颈脱落细胞为细胞标本来源,选取其中HR-HPV阳性且有组织病理学活检指征的298例受检者的宫颈组织为组织标本来源,采用聚合酶链式反应(PCR)体外扩增和反向点杂交相结合检测宫颈脱落细胞的HPV基因分型,进一步采用SnapGene、MEGA11分析HPV52、HPV58型的SNP,采用苏木精-伊红(HE)染色判定宫颈组织的宫颈病变级别。结果 受检妇女中HR-HPV以单一感染为主、阳性率为20.36%,HR-HPV感染亚型主要为HPV52、HPV16、HPV58、HPV53及HPV51;宫颈病变中HR-HPV优势型别为HPV16、HPV52、HPV58、HPV18及HPV33;SNP和进化树分析发现,HPV52型E6和E7区SNP点分别有7个(其中A125T、A294G是新的突变位点,G350T、A379G突变率最高)和3个(其中T666C是新的突变位点,C751T、A801G突变率最高)、且HPV 52型均分布于B谱系,HPV58型E6、E7区SNP点分别有3个和8个、突变位点最高的是T744G、且HPV58型均分布于A谱系。结论 安顺地区受检妇女主要HPV阳性型别为HPV52、HPV16及HPV58型,宫颈病变中主要优势型别为HPV16、HPV52及HPV58型,且HPV52、HPV58有其特定的SNP。

单核苷酸多态性分析技术在2型糖尿病易感基因研究中的应用特点

目的:总结单核苷酸多态性分析技术在2型糖尿病易感基因研究中的应用成果。资料来源:应用计算机检索2000-01/2006-10Pubmed数据库与2型糖尿病易感基因相关的文献,检索词“type2diabetes,susceptibility gene”,并限定语种为“English”。同时检索2000-01/2006-10CNKI数据库相关文献,检索词“SNP,检测方法”,并限定语种为中文。同时手工检索相关书籍。资料选择:主要纳取实用性强和技术较新的单核苷酸多态性检测方法以及其在2型糖尿病易感基因研究中的具体应用。排除重复文献。资料提炼:对选择的文献进一步查找全文,共提炼出28篇文章进行综述,其中8篇中文文献,20篇英文文献。资料综合:2型糖尿病属于复杂遗传病,探索其基因基础,可为新的治疗方案提供资料。单核苷酸多态性分析技术可观察2型糖尿病与特殊的等位基因、基因型以及单倍体之间的关系,在研究易感基因方面有重要作用。而目前常用的单核苷酸多态性分析技术有:直接测序技术、限制性片段长度多态性分析技术、TaqMan探针技术、质谱分析法、基因芯片技术、分子信标技术、变性高效液相色谱技术、连接酶检测反应技术和多靶点液相芯片法技术等。结论:单核苷酸多态性分析技术作为易感基因研究的新技术,其应用日益广泛和深入。人们已发现一些基因的单核苷酸多态性位点的多态性可能与2型糖尿病的发生密切相关。所以,如何选择合适的单核苷酸多态性分析技术对糖尿病的易感基因进行深入研究是至关重要的。

基因突变和单核苷酸多态性分析技术新进展

基因突变和单核苷酸多态性分析是确定生物性状与某种遗传变异的关系、探讨生物物种内基因的差异、了解生物种间亲缘和进化的关键技术 ,对生物群体遗传学、生物分类学研究都有着重要的理论意义和实用价值 .对近2 0年来基因突变和单核苷酸多态性检测技术及应用的研究进展进行了全面概述 ,特别对 2 0世纪 90年代发展起来的几种最新技术进行了详细介绍 ,并展望了这些技术在农业上的应用前景 .

血小板特异抗原的基因定型:单核苷酸多态性的检测技术

在许多不同临床情况下,人们需要对病人的血小板特异性(人类血小板)抗原(HPA)进行准确定型,血液服务机构也需要备有已HPA定型的单采血小板供者和全血供者的名单,以帮助已被HPA同种免疫的病人。现报道有6种临床相关的HPA同种抗原系统,而且很多HPA同种抗原其等位基因频率的分布具高度不对称性或者有极低的免疫原性。某些已被很好鉴定的双等位基因系统如Gov还未被包括在HPA命名法内,但包含在本综述内。生物化学的研究使人们清楚认识了HPA抗原所在的血小板膜蛋白,在过去的十年里,人们对编码这些蛋白的基因进行了克隆,还发现新鲜血小板中含有多量的mRNA,这使人们得以揭示HPA的分子基础。所有的(除1个以外)双等位基因血小板特异性同种抗原均是基于DNA序列的单核苷酸多态性(SNP),它导致所编码的蛋白质的一级结构的单个氨基酸取代。同种抗原的遗传基础的揭示使得以聚合酶链式反应为基础、用基因组DNA进行HPA基因定型的技术得以充分发展。本综述讨论了HPA同种抗原的遗传基础、最常用的基因定型技术及其缺点和未来的发展。

人类基因组的单核苷酸多态性及其研究进展

对单核苷酸多态性(SNP)的概念及特性作了简要说明,介绍了14种检测SNP的方法,讨论了各种方法的原理及优缺点,并对目前SNP在遗传图的绘制、遗传病致病基因的搜寻、药物设计及法医学等方面的应用及其研究进展进行了综述。引用文献29篇。

广西百色地区壮族妇女脂联素基因单核苷酸多态性与骨密度的关系

目的探讨脂联素(APN)基因5个单核苷酸多态性(SNPs)与广西百色地区壮族妇女骨矿物质密度(BMD)的关系。方法选取壮族女性239例跟骨骨量减少患者(LBM)和83例正常骨量组(NBM)进行病例对照研究,采用多重单碱基延伸SNP分型技术对壮族女性脂联素基因的5个位点(rs1063539、rs12495941、rs266729、rs3774261及rs710445)进行了基因分型,采用法国生产的Osteospace干式超声骨密度仪测量右侧跟骨超声振幅衰减(BUA)。结果仅rs1063539、rs12495941、rs266729及rs710445多态性分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05)。除rs3774261在骨量正常组的分布不符合Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)之外,其余位点在正常组和骨量减少组基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。其中,只有rs1063539基因型在NOR和LBM组差异存在显著性(P=0.003),CG基因型者在LBM组人数明显多于GG型(P<0.01)。调整年龄、体重、身高及体质指数后,以5个多态性位点作为自变量的多元Logistic回归显示,仅rs1063539多态性与跟骨BUA相关性有统计学意义(adjusted OR=3.210,95%CI:1.631～6.137,P=0.001),并独立于骨量减少的传统危险因素。结论APN基因第3外显子rs1063539多态性与壮族女性BMD有一定关联,其中GG型对BMD具有一定的保护作用,CG型是BMD降低的危险因素。rs12495941、rs266729、rs3774261及rs710445多态性与壮族女性BMD无相关性。

单核苷酸多态性（SNP）在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的 利用单核苷酸多态性（SNP）位点构建多重聚合酶链反应和链接酶反应（PCR-LDR）方案,为近交系小鼠的遗传检测提供一种快速、简便的方法.方法 在SNP公共数据库中挑选51个SNP位点,该51个位点分布于每条常染色体和性染色体,共分为5组,进行多重PCR-LDR方案构建,并将该方案作为遗传质量检测方法对采集的7个近交系样本进行检测.结果 在送检的7个近交系小鼠样本中,纯合度都为100％,相同来源相同品系小鼠的遗传背景一致,但在不同单位的近交系小鼠中,某些SNP位点有差异,CBA/Ca/BK1和CBA/JSlac在a9、a10、b5、b9、c1、c12、e1、e2位点的遗传检测结果不同,C57BL/6/BK1和C57BL/6JS1ac在c7、c10位点的遗传检测结果不同.另外,两家公司各有5个位点在所有品系中基因型相同,因此有效位点数各为46个.结论 构建的多重PCR-LDR方案能有效对两家动物生产单位的近交系小鼠进行检测,可用于常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,有利于大规模遗传质量检测和品系鉴定.

单核苷酸多态性及其在生物医学中的应用进展

单核苷酸多态性 (SNP)是继限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星多态性标记之后的新一代遗传标记系统 ,具有密度高、遗传稳定、分析易自动化等特点。SNP可通过电泳、PCR、酶切、杂交及测序等方法检测 ,已广泛应用于基因作图、群体遗传学、疾病相关性分析及药物研究等领域。本文综述了近几年SNP在生物医学领域的应用进展。

广西壮族女性碱性成纤维生长因子基因单核苷酸多态性与骨质疏松

背景:有研究表明碱性成纤维生长因子在骨修复中发挥重要作用,但其基因多态性与骨质疏松和骨代谢的关系至今少有报道。目的:观察碱性成纤维生长因子基因5个单核苷酸多态性与广西百色地区壮族女性骨密度的关系。方法:选取239例跟骨骨量减少患者和83例骨量正常者进行病例-对照研究。采用单碱基延伸的单核苷酸多态性分型技术对广西百色地区322例壮族女性的脂联素基因的5个位点(rs12644427,rs3789138,rs308379,rs308442和rs3747676)进行了基因分型,采用Osteospace干式超声骨密度仪测量右侧跟骨超声振幅衰减。结果与结论:rs12644427,rs3789138,rs308379,rs308442和rs3747676多态性分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05)。以5个多态性位点作为自变量的多元Logistic回归显示仅rs308379多态性与跟骨骨量减少显著相关(OR=2.123,95%CI:1.004-4.491,P=0.049)。结果说明碱性成纤维生长因子基因第1内含子rs308379多态性与壮族女性骨密度可能有一定关联,其中AA型可能对骨密度具有一定的保护作用,TT型是骨密度降低的危险因素。rs308442,rs12644427,rs3789138及rs3747676多态性与壮族女性骨密度无相关性。

单核苷酸多态性研究进展

人类是一个具有基因多态性的群体,单核苷酸多态性是人类基因组中最常见的多态性表现形式,它是基因组DNA序列中单个核苷酸的改变,充分反映了个体间的遗传差异,决定了个体对疾病的遗传易患性以及对药物的敏感性,作为人类基因组中数目最多且稳定的多态性标记的单核苷酸多态性,正成为常见疾病及药物遗传学研究的重要工具,对单核苷酸多态性研究及认识的深入将最终导致人类在疾病预防、诊断和治疗领域的巨大变革。