中国人群非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的单核苷酸多态性遗传度

目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应。对GWAS汇总数据进行质量控制,标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1%、P值在0~1、SNP正负链明确等。利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度,采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度,并评估不同分区内的富集度,分析工具为LDSC (v1.0.1)软件。结果:纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据,490 593个SNP通过质量控制,被纳入到SNP遗传度的计算中。观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95%CI:0.28~0.82),由于观测样本患病率较高,按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95%CI:0.19~0.55)。SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03)。结论:基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度,同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集,提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素。

建立6种近交系大鼠遗传质量检测及品系鉴别的单核苷酸多态性组合

目的 筛选出均匀分布在大鼠染色体上的单核苷酸多态性(SNP)位点,建立常用近交系大鼠遗传质量检测及品系鉴别方法。方法 在文献中获得SNP共141个,利用Ensembl数据库中获取的信息筛选出在BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种大鼠品系中呈现多态性的SNP位点,并从中优化出均匀分布各染色体且包含品系特异性SNP的最佳位点组合。通过PCR扩增技术和Sanger测序方法对组合位点用于常用近交系大鼠遗传质量检测和品系鉴别的效果进行验证。结果 优化出了在各品系内表现单态性、品系间呈多态性的40个SNP标记。其中包含可以用于品系鉴别的特异性位点:4个BN大鼠特异性位点,3个F344大鼠特异性位点,2个GK大鼠特异性位点,2个LEW大鼠特异性位点和1个SHR大鼠特异性位点。分别利用BN、F344、LEW、SHR和WKY大鼠的DNA混合样本对优化出的40个位点进行验证,结果与网站数据一致。结论 成功建立了常用近交系大鼠遗传质量检测及品系鉴别的SNP组合。

山东汉族人群ADD2基因rs3755351位点单核苷酸多态性与重度子痫前期遗传易感性的关系

目的研究山东汉族人群内收蛋白2(ADD2)基因rs3755351位点单核苷酸多态性与重度子痫前期遗传易感性的关系。方法选取山东地区1184例重度子痫前期病人(病例组)和1421例健康对照者(对照组)作为研究对象,将病例组病人进一步分为早发型重度子痫前期(EOSP)和晚发型重度子痫前期(LOSP)两个亚组。提取外周血DNA,采用TaqMan探针PCR技术检测ADD2基因rs3755351位点基因型分布和等位基因频率。结果病例组ADD2基因rs3755351位点AA、AC、CC基因型的频率分别为10.81%、43.67%和45.52%,A、C等位基因的频率分别为32.64%和67.36%,与对照组相比,差异均无统计学意义(P>0.05)。EOSP组与对照组相比较,rs3755351位点的等位基因频率差异有显著性(χ^(2)=6.394,P<0.05),但基因型频率差异无统计学意义(P>0.05)。EOSP组与LOSP组、LOSP组与对照组比较,rs3755351位点的基因型和等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05)。结论山东汉族人群ADD2基因rs3755351位点的单核苷酸多态性可能与子痫前期的严重程度有关,该基因是EOSP的易感基因之一。

基于单核苷酸多态性微阵列分析技术对染色体片段缺失孕妇引产选择的指导价值分析

目的分析单核苷酸多态性微阵列(SNP-array)技术诊断胎儿染色体缺失的敏感性与准确性,探讨其在孕妇引产选择上的临床指导价值。方法回顾性选取萍乡市妇幼保健院2020年1月至2022年5月接受孕检的有产前诊断指征如高龄、不良妊娠史、超声检查异常的1007例孕妇的临床资料,所有孕妇均行染色体核型检测,同时进行SNP-array技术完成胎儿产前遗传学诊断,根据诊断结果为孕妇提供染色体缺失对子女成长发育的危害的相关知识,由父母进行引产或继续妊娠选择。以染色体核型检测结果为金标准,计算SNP-array技术诊断胎儿染色体异常的敏感度与准确度,分析SNP-array技术对染色体片段缺失诊断的临床价值和孕妇引产选择的指导价值。结果经染色体核型检测共73例(7.25%)胎儿检测出染色体异常。SNP-array技术诊断确认共108例(10.72%)胎儿检测出染色体异常,其中26例(2.58%)为染色体片段缺失。26例染色体片段缺失案例中引产15例,继续妊娠并产出子女11例。SNP-array检测染色体异常准确度为91.36%、敏感度为64.38%、特异度为93.47%,Kappa值=0.474。在染色体片段缺失的诊断上,SNP-array技术检测准确度为97.91%、敏感度为100.00%、特异度为97.90%,Kappa值=0.317。结论SNP-array技术产前遗传学诊断胎儿染色体片段缺失,指导孕妇引产结局较传统染色体核型检测良好,在提高妊娠结局上具有较高临床价值,但一致性和敏感性较差,无法单独替代染色体核型检测,临床上宜将两种检查方法联合使用以提高诊断质量。

基于多重PCR-LDR技术建立近交系大鼠单核苷酸多态性遗传检测方案

目的建立一套基于多重PCR-连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)技术的近交系大鼠单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)检测方案。方法在5个品系的SPF级近交系大鼠1~20号常染色体和X染色体上共选取40个大鼠SNP位点,将SNP位点随机分为4组,构建基于多重PCR-LDR技术的近交系大鼠4组SNP位点基因检测方案。采用本方案检测国内另两家大鼠供应商的9个常用大鼠品系。最后,通过第三方实验室对不同DNA聚合酶的扩增效果进行比对,验证本方案的可行性。结果用所构建的近交系大鼠SNP遗传检测方案测试5个大鼠品系时,各样本的所有位点均得到了良好的扩增结果。采用本方案检测国内另两家大鼠供应商的9个常用大鼠品系时也得到了良好的扩增结果,40个SNP位点在每个近交系大鼠中均为纯合。用3种来源不同的DNA聚合酶同时检测相同大鼠DNA样本的结果显示,Multiplex PCR Kit、AmpliTaq Gold^(TM)360 DNA聚合酶、PlatinumⅡTaq热启动DNA聚合酶在第1~3组SNP位点均有扩增产物的电泳峰,其中PlatinumⅡTaq热启动DNA聚合酶在第4组SNP位点中少了一个扩增产物的电泳峰。另外,不同实验室间的比对结果显示,相同扩增体系的检测结果一致。结论基于多重PCR-LDR技术成功建立了一套覆盖所有常染色体与X染色体的大鼠SNP检测方案,该方法的稳定性和重复性俱佳。

11q24.1单核苷酸多态性与高度近视遗传易感性相关研究

目的:研究中国大学生高度近视遗传易感性与11q24.1染色体上4个单核苷酸多态性的相关性。方法:收集经常近距离作业的中国大学生血液样本(254例),分为高度近视组(42例)、低中度近视组(61例)和无近视眼的对照组(151例),利用基因分型技术分析位于11q24.1染色体4个单核苷酸rs577948,rs11218544,rs10892819,rs11218553的SNPs位点的等位基因突变频率,利用卡方检验检测其与三组样本之间的差异及相关性。结果:大学生高度近视组一个单核苷酸SNP位点即11q24.1染色体区域rs577948的变异与正常对照组和低中度近视组有显著差异(P=2.28×10-7)。结论:轻度近视和无近视的中国大学生遗传易感性和4个SNPs均无明显关联,且两组之间亦无显著差异。大学生中高度近视人群11q24.1染色体区域rs577948位点A→G变异与高度近视遗传易感性密切相关。

双生子儿童体型相关指标的遗传度及与DRD 3基因单核苷酸多态性的相关性分析

为探讨遗传与环境因素对双生子儿童体型相关指标的相对效应,初步了解多巴胺D 3受体基因(dopamine D 3 receptor,DRD 3)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)对其发育的影响,对160对4~12岁双生子儿童的身高、体重、腰围、臀围进行测量,计算体质指数(body mass index,BMI)和腰臀比(waist-hip ratio,WHR)。从口腔拭子中提取全基因组DNA,采用SNaPshot技术对DRD 3基因4个SNP位点进行检测;运用MX软件拟合最佳结构方程模型,估算各指标遗传度;运用广义估计方程模型分析各指标与DRD 3基因SNP的相关性。结果发现:(1)各指标拟合的最佳结构方程模型均为ACE,校正年龄后,除女生臀围(学龄前22%,学龄70%)外,其余各指标遗传度均为学龄前期(男生身高92%、体重93%、BMI 92%、腰围86%、臀围86%、WHR 71%,女生身高92%、体重90%、BMI 92%、腰围86%、WHR 51%)不同程度高于学龄期(男生身高73%、体重70%、BMI 64%、腰围54%、臀围70%、WHR 43%,女生身高73%、体重47%、BMI 61%、腰围27%、WHR 43%);学龄前期体重、臀围及WHR,学龄期体重、BMI、腰围等指标遗传度存在一定的性别差异;(2)体重分别与rs 167771、rs 226082存在相关(P<0.05),身高与rs 324029存在相关(P<0.05),腰围与rs 167771存在相关(P<0.05),臀围与rs 226082存在相关(P<0.01),WHR分别与rs 324029、rs 167771、rs 226082存在相关(P<0.05)。研究结果表明:遗传和环境因素对儿童体型发育均有影响,但遗传效应可能存在一定的发育阶段和性别差异;DRD 3基因rs 324029、rs 167771、rs 226082与双生子儿童体型发育可能存在一定相关性。

鸭脂联素基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

以昆山麻鸭、樱桃谷鸭、高邮鸭、荆江麻鸭、金定鸭,山麻鸭、龙白鸭和白羽番鸭8个鸭品种为实验材料,根据鸭脂联素基因开放阅读框序列设计5对引物,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同品种群体进行群体遗传学分析。结果发现引物4扩增片段上共存有7个单碱基突变,第430、457、523处的G-A、A-G、T-C单碱基突变导致第144、153、175个氨基酸分别由丙氨酸(A)变为苏氨酸(T)、异亮氨酸(I)变为缬氨酸(V)、酪氨酸(Y)变为组氨酸(H);而C507T,T540C,C576T和C597T4个单碱基突变为沉默突变。鸭群中表现出AA、AB、AC、BB、BC、CC、DD、DE8种基因型。8种基因型在8个鸭品种间分布存在极显著的差异(P<0.01)。除金定鸭外,其他品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传分析表明金定鸭的纯合度最高,高邮鸭最低,其他各群体的纯合度较相近;金定鸭为低度多态,高邮鸭为高度多态,其他品种为中度多态。表明鸭脂联素基因不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与脂肪性状的相关性。

单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用

单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少 ,其结果使连锁不平衡 (linkagedise quilibrium ,LD)增加 ,这有利于目的基因座上SNP单元型 (haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合。

植物的单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是基因组中最常见的遗传多态性,在遗传学研究的许多方面具有重要的作用。综述了单核苷酸多态性的发现、特点及其应用等方面对植物SNP的研究进展,并展望其在作物遗传育种中的应用前景。

广西百色地区壮族妇女脂联素基因单核苷酸多态性与骨密度的关系

目的探讨脂联素(APN)基因5个单核苷酸多态性(SNPs)与广西百色地区壮族妇女骨矿物质密度(BMD)的关系。方法选取壮族女性239例跟骨骨量减少患者(LBM)和83例正常骨量组(NBM)进行病例对照研究,采用多重单碱基延伸SNP分型技术对壮族女性脂联素基因的5个位点(rs1063539、rs12495941、rs266729、rs3774261及rs710445)进行了基因分型,采用法国生产的Osteospace干式超声骨密度仪测量右侧跟骨超声振幅衰减(BUA)。结果仅rs1063539、rs12495941、rs266729及rs710445多态性分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05)。除rs3774261在骨量正常组的分布不符合Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)之外,其余位点在正常组和骨量减少组基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。其中,只有rs1063539基因型在NOR和LBM组差异存在显著性(P=0.003),CG基因型者在LBM组人数明显多于GG型(P<0.01)。调整年龄、体重、身高及体质指数后,以5个多态性位点作为自变量的多元Logistic回归显示,仅rs1063539多态性与跟骨BUA相关性有统计学意义(adjusted OR=3.210,95%CI:1.631～6.137,P=0.001),并独立于骨量减少的传统危险因素。结论APN基因第3外显子rs1063539多态性与壮族女性BMD有一定关联,其中GG型对BMD具有一定的保护作用,CG型是BMD降低的危险因素。rs12495941、rs266729、rs3774261及rs710445多态性与壮族女性BMD无相关性。

单核苷酸多态性微阵列芯片在早期自然流产绒毛组织遗传学分析中的应用

目的:探索单核苷酸多态性(SNP)微阵列技术在流产组织遗传学分析中的应用价值。方法:收集2013年10月至2016年6月浙江大学医学院附属妇产科医院不明原因早期自然流产的861例患者的绒毛组织,采用SNP芯片技术对流产绒毛组织的全基因组DNA拷贝数变异进行检测。结果:SNP芯片成功检测所有绒毛组织,成功率为100%。染色体异常检出率为51.10%(440/861),包括染色体非整倍体358份(41.58%),其分布于除1号染色体外所有染色体;三倍体21份(2.44%);单倍体1份(0.12%);单一位点缺失或重复37份(4.30%),其中25例缺失或重复片段小于10 Mb,对其中6例致病性不明确的病例进行夫妇芯片验证,结果显示4份为新发突变,2份遗传自夫妇一方;同时具有两位点缺失或重复23份(2.67%),对其中17份结合夫妇芯片及染色体核型、荧光原位杂交验证,发现新发突变6份,夫妇存在小片段平衡结构异常11份。结论:SNP微阵列芯片可对流产绒毛组织进行相对全面的遗传学分析,发现引起流产的各种遗传因素。

不同性别类型黄瓜ACC合酶基因的单核苷酸多态性标记和酶切扩增长度多态性标记

黄瓜的性别分化与乙烯密切相关,1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶.根据ACC合酶基因家族的保守序列设计PCR引物,从8个不同性别类型(雌雄同株、强雌性和全雌性)黄瓜品种中克隆了长度为1188bp的ACC合酶基因(CS-ACS2)片段(GenBank登记号为:DQ115884～DQ115886和DQ115875～DQ115879).经测序分析,3个雌雄同株性别类型品种的序列完全相同.与之相比,5个强雌性和全雌性品种中存在8个单核苷酸多态性(SNPs)标记,SNPs标记为4个A←→G和4个T←→C之间的转换.在8个SNPs中,有1个SNP位于内含子区域,其余7个SNPs都位于外显子区域.在7个位于外显子区域的SNPs中,有3个为非编码区的SNPs,4个为cSNPs.而在4个cSNPs中,有3个导致了编码的氨基酸序列改变.研究结果表明,与雌雄同株性别类型相比,雌性系中均存在单核苷酸的变异,这提示ACC合酶基因CS-ACS2的单核苷酸变异可能与黄瓜雌性系的发生形成有关.另一方面,根据SNP多态性还发展了一个酶切扩增长度多态性(CAPS)标记C-MT700.利用CAPS标记C-MT700能将强雌性优良品种MT-705与其他黄瓜品种相区别,该标记在黄瓜育种生产上具有一定的应用价值.此外,研究获得的SNPs标记和CAPS标记丰富了黄瓜的分子标记种类.

单核苷酸多态性及其在水产动物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性(SNPs)是广泛存在于基因组中的一类由单个碱基转换或颠换引起的DNA序列多态性。它是继限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)之后的新一代分子标记,已广泛应用于构建遗传连锁图谱、QTL定位、关联分析及研究群体遗传结构与亲缘关系等方面。本文主要介绍了SNPs的概念、特点及检测SNPs的主要方法,综述了SNPs在水产动物遗传育种中的研究进展,以期将SNPs更广泛地应用于水产动物群体遗传、分子标记辅助育种和生物进化等研究领域。

宁夏滩羊种公羊单核苷酸多态性与遗传进化分析

为了分析宁夏滩羊主产区种公羊遗传分化情况,加强滩羊定向选育力度,充分开发利用优良品种的遗传特性,试验根据国际绵羊基因组联合会(ISGC)公布的用于亲缘鉴定的突变中,精心挑选7组单核苷酸多态性(SNPs)设计特异性引物,对3个种羊场的190只个体进行扩增测序,并利用生物信息分析软件对搜寻的SNPs进行遗传演变分析。结果表明:7个核心SNPs位点差异极显著(P<0.001),5个SNPs位点(DU206327_107、DU271929_382、DU480434_533、DU471913_499、DU444709_372)为种公滩羊的亲缘鉴定的SNPs标记组合,且3个场区的种公羊之间存在亲缘关系。说明尽管3个种羊场之间存在不同程度的基因变异,但遗传进化相对稳定。

HLA-DRB1单核苷酸多态性与重度子痫前期遗传易感性的关系

目的探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅱ类基因DRB1 rs3135388、rs2213586及rs2308765位点单核苷酸多态性与孕产妇重度子痫前期遗传易感性的关系。方法选取重度子痫前期产妇60例(子痫组)、正常足月妊娠产妇100例(对照组)作为研究对象。收集两组研究对象的外周血,提取DNA经聚合酶链式反应(PCR)扩增后,对HLA-DRB1基因rs3135388、rs2213586及rs2308765位点进行直接测序,并进行基因型及等位基因频率分析。结果未发现HLA-DRB1基因rs2308765位点的单核苷酸多态性。两组rs3135388和rs2213586位点的基因型及等位基因频率分布比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论HLA-DRB1基因rs3135388、rs2213586及rs2308765位点的单核苷酸多态性可能与重度子痫前期的遗传易感性无相关性。

广西百色地区壮族男性人群骨密度与脂联素基因单核苷酸多态性的关系

背景:脂联素可在骨代谢中发挥重要作用。目的:观察脂联素基因单核苷酸多态性与广西百色地区壮族男性骨密度的关系。方法:选取广西百色地区壮族男性跟骨骨量减少患者,采用单碱基延伸的单核苷酸多态性分型技术对广西百色地区302例壮族男性的脂联素基因的5个单核苷酸多态性位点(rs1063539、rs12495941、rs266729和rs3774261)进行了基因分型。结果与结论:以5个多态性位点作为自变量的多元Logistic回归检测结果显示,仅rs3774261多态性与跟骨超声振幅衰减显著相关(OR=1.948,95%CI:1.184～3.203,P<0.01),并独立于骨量减少的传统危险因素。对基因型进行纯合子与杂合子合并后的协方差分析显示,仅rs3774261的AG+GG与AA基因型的跟骨超声振幅衰减值差异有显著性意义(P<0.05),AG+GG型对骨密度具有一定的保护作用,AA型是骨密度降低的危险因素。结果证实,脂联素基因第2内含子rs3774261位点多态性与中国百色地区壮族男性骨密度有一定关联。

单核苷酸多态性(SNP)分子标记在小麦遗传育种中的研究进展

为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了近几年SNP标记在小麦遗传图谱的构建、作物育种、全基因组关联分析、遗传多样性和物种进化等方面的研究进展;最后提出可开发不同作物的高通量SNP芯片使SNP的研究向高通量化、全基因组发展,以及培育具有良好面制品感官特性的小麦新品种。

单核苷酸多态性分析在近交系大鼠遗传检测中的应用

目的研究SNP在近交系大鼠遗传检测中的应用。方法 选取大鼠20号染色体MHC所在P12区上的9个SNP位点,应用新建立的高保真酶特异性检测SNP基因分型技术对五种常用近交系大鼠(BN、F344、WKY、LEW、SHR)和两种新培育近交系大鼠(MIJ和HFJ)进行SNP多态性分析。结果五种常用近交系的SNP检测结果与Rat Genome Database网站提供的基因型数据一致,并检测确立了新品系的SNP基因型。同时绘制出七种近交系大鼠在该9个SNP位点的遗传扩增图谱。结论运用所筛选的9个SNP位点进行大鼠多态性分析,能够快速、可靠地对BN、F344、WKY、LEW、SHR及MIJ、HFJ进行遗传监测。

传统的荧光原位杂交与单核苷酸多态性微阵列技术在植入前遗传学诊断中的比较

【目的】对染色体易位携带者的植入前遗传学诊断(PGD),随机的采用传统荧光原位杂交技术结合卵裂球活检并新鲜周期移植的策略,或单核苷酸多态性微阵列技术结合滋养外胚层活检并冷冻周期移植的策略,对两种策略的诊断结果及妊娠结局进行比较,以选择最佳的诊断策略。【方法】回顾性的分析了2012年4月至2014年6月,染色体易位携带者行PGD的183个周期资料,其中91个FISH-PGD周期采用D3卵裂球活检并新鲜周期移植的策略,记为FISH组、92个SNPPGD周期采用滋养外胚层活检并冷冻周期移植的策略,记为SNP组。将两组方法的诊断结果及妊娠结局进行比较。【结果】SNP组的无胚胎移植周期低于FISH组,差异有统计学意义;诊断正常率SNP组为33.8%,高于FISH组,两者间差异有统计学意义;移植周期临床妊娠率方面,SNP组高于FISH组而早期流产/胎停率则低于FISH组。【结论】SNP-PGD的滋养外胚层活检结合冷冻周期移植的策略有助于获得更好的临床妊娠结局。