2015—2022年河南省食品和临床鼠伤寒沙门菌及单相鼠伤寒沙门菌的耐药特征比较分析

目的 了解2015-2022年河南省临床和食品来源的鼠伤寒沙门菌和单相鼠伤寒沙门菌的流行情况和耐药特征。方法 对2015-2022年河南省食品和临床分离的399株鼠伤寒沙门菌疑似菌株进行血清复核和药敏实验,采用血清凝集法和多重荧光PCR方法进行血清分型,采用微量肉汤稀释法进行抗生素药物的敏感试验,耐药性比较采用χ^(2)检验。结果 399株鼠伤寒沙门菌疑似菌株中包含单相鼠伤寒沙门菌225株(56.39%),鼠伤寒沙门菌174株。两种沙门菌对氨苄西林、氯霉素和四环素的耐药率较高,均达到50%以上。2017年开始出现对亚胺培南和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑的耐药菌株,单相鼠伤寒沙门菌对氨苄西林和庆大霉素的耐药率高于鼠伤寒沙门菌,差异有显著性(P<0.05)。鼠伤寒沙门菌对头孢唑啉的耐药率高于单相鼠伤寒沙门菌,差异有显著性(P<0.05),两种沙门菌对3类及以上抗生素耐药率达到60%以上,共同多重优势耐药谱为耐氨苄西林-氯霉素-甲氧苄啶/磺胺甲噁唑-四环素。结论 单相鼠伤寒沙门菌检出率略高于鼠伤寒沙门菌,成为河南省鼠伤寒沙门菌临床分离株的优势血清型,两种沙门菌均普遍耐药且多重耐药现象严重,应加强监测单相鼠伤寒沙门菌的耐药情况和食品来源鼠伤寒沙门菌的检出情况,防止菌株进一步扩散。

临沂市人源单相鼠伤寒沙门菌耐药基因及分子分型特征分析

目的 了解临沂市人源单相鼠伤寒沙门菌的耐药基因携带情况及分子分型情况,为监测和预防单相鼠伤寒沙门菌感染提供参考。方法 收集2017-2022年27株临沂市人源单相鼠伤寒沙门菌(来自腹泻患者粪便)进行全基因组测序,基于测序数据进行耐药基因预测及分类分析,与公共数据库中的23株单相鼠伤寒沙门菌基因组数据共同进行多位点序列分型(MLST)和核心基因组序列分型(cgMLST)分型分析,以NC_003197基因组为参考序列鉴定所有基因组的单核苷酸多态性(SNP)位点,构建基于SNP位点的系统发育树。结果 27株临沂菌株共预测到9类36种不同的耐药基因,其中携带率较高的耐药基因是aac(6′)-Iaa(27/27)、aph(6)-Id(24/27)、aph(3'')-Ib(23/27)、blaTEM-1B(16/27)、sul2(20/27)、tet(B)(18/27)及qnrS1(10/27),同时携带3类或3类以上耐药基因的菌株占92.59%。多位点序列分型显示27株临沂菌株均为ST34型,分为12个cgMLST型,其中2246331298为优势型别,在23株公共数据库菌株中未发现相同的cgMLST型别。27株临沂菌株与10株ST34型及另外两株ST7832型、ST2379型公共数据库菌株聚集于一个分支内,该分支内26株临沂菌株聚集成簇。结论 临沂市单相鼠伤寒沙门菌耐药严重,菌株呈现明显的遗传多样性,存在潜在暴发的风险。

广西壮族自治区玉林市健康人携带单相鼠伤寒沙门菌耐药及分子遗传特征研究

目的了解广西壮族自治区玉林市健康人携带的单相鼠伤寒沙门菌的耐药情况及菌株间的同源性。方法对2021—2022年分离自健康饮食从业人群的147株单相鼠伤寒沙门菌进行血清学鉴定,采用微量肉汤稀释法进行16种药物的敏感性试验,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型及聚类分析,同时进行全基因组测序及多位点序列分型分析。结果单相鼠伤寒沙门菌普遍耐药,耐药菌株占98.64%,对链霉素的耐药率最高(96.60%),其次为氨苄西林和四环素(均为91.16%)。多重耐药率高达85.71%,主要耐药谱为氨苄西林–链霉素–四环素三重耐药。147株菌分为132种PFGE带型,研究发现成簇菌株存在,但菌株基因组遗传差异较大。核心基因组进化树分析提示存在3起聚集。多位点序列分型显示,序列型ST34占绝对优势(96.60%)。结论玉林市健康人携带单相鼠伤寒沙门菌耐药严重,菌株具有明显的遗传多样性,存在潜在暴发风险,提示应加强重点人群健康监测及暴露危险因素的调查,降低该耐药新血清型沙门菌扩散风险。

猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学分析

旨在探究鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学特征。采用Illumina NovaSeq 6000平台对91株河南省猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-分离菌进行全基因组测序,通过生物信息学分析,进行其血清型的预测、多位点序列的分型以及质粒类型、耐药基因和毒力基因分析。结果表明,在河南省猪产业链中沙门菌4,[5],12:i:-的流行率(1.58%,50/3173)已经超过鼠伤寒沙门菌的流行率(1.29%,41/3173);91株沙门菌的序列型分为ST34(71.42%,65/91)和ST19(28.57%,26/91);鼠伤寒沙门菌/ST34菌株和4,[5],12:i:-/ST34菌株都是IncHI2A_1、IncHI2_1和Col440I_1质粒的偏好宿主;沙门菌血清型4,[5],12:i:-携带率较高的耐药基因是blaTEM-1B_1(72%)、tet(B)_2(90%)、sul2_3(66%)、blaOXA-1_1(34%)等;相比鼠伤寒沙门菌菌株,沙门菌血清型4,[5],12:i:-菌株中质粒的携带率更高,且携带更多种类的耐药基因和毒力基因。本研究首次证实,河南省猪产业链中沙门菌血清型4,[5],12:i:-的流行已经超过鼠伤寒沙门菌,在一定程度上解释了该血清型在河南省病人中主要流行的原因。

一起鼠伤寒沙门菌单相变异株引起的食源性疾病事件病原学分析

目的:对一起食源性疾病事件进行溯源调查和病原学分析。方法:结合流行病学调查结果共采集24份可疑食品及器具涂抹样本和17份患者粪便样本。对粪便样本采用Realtime PCR方法筛查病原,并开展流调样本的分离培养。对分离株进行血清学鉴定、PFGE分子分型、药敏试验和全基因组测序,根据全基因组测序数据预测分离株血清型、ST型别、耐药基因及毒力基因携带情况。结果:Realtime PCR结果提示粪便样本沙门菌基因检测阳性,流调样本分离培养得到7株沙门菌,均来源于患者粪便,经多种血清分型试验证实为鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-。PFGE分子分型试验显示7株沙门菌带型完全一致。基于WGS测序数据预测引起该事件的致病菌为ST34型鼠伤寒沙门菌单相变异株;该分离株对氨苄西林、四环素、链霉素、多西环素及米诺环素耐药,携带aac(6’)-Iaa、aph(6)-Id、aph(3’’)-Ib、blaTEM-1B、sul2及tet(B)6个耐药基因;共注释110个毒力基因,其中101个毒力基因与沙门菌属致病阶段中的附着、侵袭和巨噬细胞内存活相关,未比对出与系统传播有关毒力基因。结论:本次食源性疾病事件是由鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-感染引起,全基因组测序技术为食源性疾病事件的处理提供了更多的病原学信息。

单相鼠伤寒沙门菌污染巧克力产品所致多国暴发事件对我国食源性致病菌污染风险管理的启示

食品产业高度工业化导致的食源性疾病暴发呈跨国界、跨区域、进展快、难预测等特点,造成严重的疾病和经济负担。自2021年12月以来,欧洲多国报告了疑似食用受污染巧克力产品的ST34型单相鼠伤寒沙门菌聚集性感染病例。经回溯性调查,比利时涉事工厂的酪乳管道高度疑似为本次单相鼠伤寒沙门菌污染的源头,此次事件为我国食源性致病菌污染风险管理提供了借鉴和参考。本文梳理了此次单相鼠伤寒沙门菌污染巧克力产品所致暴发事件的过程和特点,分析单相鼠伤寒沙门菌的特征以及巧克力产品生产过程中的微生物管理措施,并基于本次暴发事件系统论述我国食品企业工业化快速发展过程中的食源性致病菌污染风险管理建议及对策,以期为我国食源性疾病暴发事件的防控、预测预警提供科学技术支撑。

河南省人源产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株的分子特征研究

目的分析河南省腹泻病例粪便标本中产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的鼠伤寒沙门菌单相变异株耐药情况,并研究其分子学特征。方法对河南省腹泻粪便中分离的124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌,通过肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验并筛选产ESBLs菌株;PCR方法检测β-内酰胺酶编码基因携带情况,采用质粒接合试验分析耐药基因的水平转移情况,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行亲缘关系分析。结果124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌耐药严重,其中有16株为产ESBLs菌株。16株产ESBLs菌株均携带CTX-M型耐药基因,并检测出OXA型和TEM型耐药基因;其中9株菌可将CTX-M基因通过质粒转移到大肠埃希菌J53,药敏分析发现其他抗生素的耐药性可以发生共转移。16株产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌经XbaⅠ酶切后共分为14种带型,无明显的优势带型。结论检出产ESBLs的鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌基因型具有多样性,耐药基因可通过接合性质粒在不同菌属间播散。

贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株的CRISPR基因型和遗传多样性研究

目的了解贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株规律的成簇间隔短回文重复序列(CRISPR)的基因型及遗传多样性,为贵州省沙门菌病的预防控制提供依据。方法对分离自2013—2018年贵州省7个市(州)的71株疑似鼠伤寒沙门菌单相变异株进行系统生化鉴定及血清分型,结合双重PCR法确定疑似菌株为鼠伤寒沙门菌单相变异株。提取鼠伤寒沙门菌单相变异株的DNA作为模板,进行CRISPR1和CRISPR2的PCR扩增,将阳性扩增产物进一步测序,获得菌株的CRISPR1和CRISPR2间隔序列,根据间隔序列的组成,确定CRISPR基因型,并使用Bionumerics软件对菌株进行遗传多样性分析。结果71株疑似鼠伤寒沙门菌单相变异菌株经系统生化鉴定、血清分型及双重PCR法鉴定为鼠伤寒沙门菌单相变异株,经CRISPR1和CRISPR2两个位点的PCR扩增和产物测序,71株菌共检测到163个间隔序列,其中CRISPR1有102个,CRISPR2有61个。联合CRISPR1和CRISPR2两个位点的间隔序列进行分析,发现71株菌被分为33个CRISPR基因型(TSTs),其中TST11和TST1为贵州省的优势基因型,分别占总菌株数的25.35%和12.68%。71株菌经Bionumerics软件聚类分析后被分为A、B、C、D 4个簇,A簇包含的菌株最多,B簇包含的基因型最多,不同来源的3株参考株独立成簇,D簇包含7个TSTs基因型。结论贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株具有优势的CRISPR基因型和遗传多样性的特点,可能有其他的感染来源。

河南省腹泻患者中鼠伤寒沙门菌单相变异株的分子流行特征研究

目的了解河南省腹泻患者中鼠伤寒沙门菌单相变异株的分布及其分子学特征。方法对我省监测到的历史鼠伤寒沙门菌进行血清学复核,使用双重PCR法鉴定第2相鞭毛缺失菌株并对其进行脉冲场凝胶电泳分析。结果1576株沙门菌中有401株鼠伤寒沙门菌,经双重PCR方法鉴定出113株鼠伤寒沙门菌单相变异株,分别占沙门菌和鼠伤寒沙门菌的7.17%和28.18%,其中79.64%(90例)来源于<2岁的婴幼儿。113株鼠伤寒沙门菌单相变异株经XbaⅠ酶切后,共分为88种带型,各带型包含菌株数为1~5株,带型相似度在58%~100%,带型无明显的地域、时间聚集特征。结论河南省腹泻患者中鼠伤寒沙门菌单相变异株检出率较高,且人群分布不均,分子分型表现出较大的多样性,没有形成较大规模的流行。

2021年广西腹泻病人来源的鼠伤寒沙门菌及其单相变种比较分析

目的通过研究比较2021年广西壮族自治区腹泻病人来源的鼠伤寒沙门菌及其单相变体1,4,[5],12∶i∶-(S.1,4,[5],12∶i∶-)流行特征与耐药情况,更好地了解鼠伤寒沙门菌及其单相变体多重耐药克隆的流行病学及其在传播的潜力。方法对来自病例监测分离的276株鼠伤寒沙门菌用血清凝集方法进行第一次分型,当第二项鞭毛抗原诱导三次后依然不凝集,再用多重PCR的方法进行第二次分型,用微量肉汤稀释法进行药敏试验。结果经多重PCR确认为鼠伤寒沙门菌单相变体的有201株(72.8%),鼠伤寒沙门菌75株。鼠伤寒沙门菌对磺胺类药物、氯霉素的耐药率显著高于鼠伤寒沙门菌单相变体(P<0.05)。鼠伤寒沙门菌单相变体对氨苄西林、头孢噻肟、萘啶酸、庆大霉素、四环素5种抗生素的耐药率显著高于鼠伤寒沙门菌(P<0.05)。两种沙门菌对3类及以上抗生素耐药率达到79%以上,共同多重优势耐药谱为耐氨苄西林、氯霉素、甲氧苄啶/磺胺甲唑和四环素。结论鼠伤寒沙门菌单相变体已经超过鼠伤寒沙门菌成为广西壮族自治区腹泻病人中最优势的血清型。两种沙门菌耐药情况不容乐观,特别是多重耐药菌株的快速增加。需要有针对性地加强对食源性鼠伤寒沙门菌和鼠伤寒沙门菌单相变体进行耐药监测,揭示其耐药性的潜在决定因素,并展开有效的干预措施。