咖啡叶锈病菌单管巢式PCR检测体系的建立与应用

由专性寄生菌咖啡驼孢锈菌(Hemileia vastatrix)引起的咖啡叶锈病是小粒种咖啡生产中的一种毁灭性病害,建立高效、准确的分子检测技术对于该病害的快速鉴定与监测具有重要意义。本研究基于咖啡叶锈病菌ITS序列保守区域设计该病原菌的单管巢式引物对,通过单因素试验筛选外引物与内引物退火温度后,进一步对单管巢式PCR检测反应体系的内、外引物浓度、dNTPs浓度、以及rTaq酶用量等4个关键因素进行正交优化试验,从而建立高效的单管巢式PCR检测反应体系。结果表明,咖啡叶锈病菌单管巢式PCR外引物HvF1/HvR1、内引物HvF2/HvR2的最佳退火温度分别为63℃与52℃。正交试验显示,在20μL的反应体系中各组分的最佳含量分别为:10×rTaq Buffer 2.5μL,2.5 mmol/L dNTPs 3.2μL,rTaq DNA Polymerase(5 U/μL)1.8μL,7μmol/L的HvF2/HvR2各1μL,1nmol/L的HvF1/HvR1各1μL,模板DNA1μL,ddH207.5μL。所建立的单管巢式PCR检测体系具有高度特异性,能从含有咖啡叶锈病菌DNA模板中检测出特异性条带,而其他供试的非咖啡叶锈病菌DNA模板中扩增不出任何条带。该检测技术体系的最低检测限为5 fg/μL,是普通PCR灵敏度的100倍。采集的22份早期疑似病样经检测鉴定均含有咖啡驼孢锈菌。本试验建立的单管巢式检测技术可用于咖啡叶锈病菌的快速鉴定,可用于病害监测预警。

甘蔗褐锈病菌单管巢式PCR检测体系的建立

由黑顶柄锈菌(Puccinia melanocephala Sydow)引起的甘蔗褐锈病是甘蔗生产中较为严重的叶部病害之一。建立该病原菌的高效检测与特异性鉴定技术体系,对于该病害的监测、预警以及及时采取必要的防治措施均具有重要的意义。为此,本文基于甘蔗褐锈病菌ITS序列保守区域位点设计了该病原菌的单管巢式PCR引物对,对外内引物退火温度、外内引物浓度比两个方面进行筛选与优化,并对所建立的单管巢式PCR检测体系的特异性和灵敏度进行了分析。结果表明,所设计的甘蔗褐锈病菌单管巢式PCR外引物PmF1/R1、内引物PmF2/R2的退火温度分别为63℃与52℃,以及外引物PmF1/R1与内引物PmF2/R2最佳终浓度比例为0.5 pmol/L∶0.5μmol/L时,单管巢氏PCR检测体系较佳。所建立的甘蔗褐锈病菌单管巢式PCR检测体系仅从含有甘蔗褐锈病菌DNA模板中检测出预期大小的特异性条带,而从含甘蔗黄锈病菌、咖啡驼孢锈菌、鸡蛋花鞘锈菌、葡萄层锈病菌、甘蔗黑穗病菌、橡胶炭疽病菌、咖啡褐斑病菌、稻瘟病菌、剑麻茎腐病菌的DNA中并未扩增出任何条带。通过模板梯度稀释法证实,所建立的单管巢氏PCR检测体系的最低检测限为10 fg/μL,是普通PCR灵敏度的1000倍。田间19份疑似病样单管巢式PCR检测结果,有18份样品DNA中含有甘蔗褐锈病菌。本检测方法可以用于甘蔗褐锈病病原菌的快速诊断及其病害监测,为该病害预测、预报提供技术支持。

食用精炼大豆油DNA提取及单管巢式PCR检测

设计了针对转基因Roundup Ready大豆外源基因扩增的内外2对引物,分别位于CaMV35s启动子,CTP基因,CP4EPSPS基因区域,并成功对精炼大豆油中的外源基因进行单管巢式PCR检测。结果表明,用改良试剂盒法和冷冻干燥法提取大豆油中的DNA均可以满足单管巢式PCR检测要求;单管巢式PCR扩增对内外引物的Tm值有特殊要求,外引物的退火温度高于内引物。本实验建立的精炼大豆油转基因成分的单管巢式PCR检测方法特异性强,灵敏度高且快速方便。

单管巢式PCR结合测序技术检测HBV YMDD突变

目的为了进一步提高HBV低载量标本YMDD突变检测灵敏度,建立一种快速检测方法。方法分别采用单管巢式PCR、双管巢式PCR和单管PCR对临床选择的35例标本进行PCR扩增,然后进行Sanger测序验证,对几种方法进行比较。结果实验结果显示,单管巢式PCR和双管巢式PCR的吻合度一致,阳性率均为[91.4%(32/35)],而单管PCR的阳性率[54.3%(19/35)]显著低于单管巢式PCR和双管巢式PCR,差异有统计学意义(P<0.05)。结论单管巢式PCR不仅能够显著提高HBV YMDD突变检测灵敏度,而且相比于双管巢式PCR,具有显著降低污染、缩短实验时间的优点,为一种高效、安全的检测方法。

猪圆环病毒2型单管巢式PCR检测方法建立

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus 2,PCV2)是引起断奶仔猪多系统衰竭综合征的主要病原体。为建立一种灵敏度更高且特异性更强的分子检测技术,研究建立一种猪圆环病毒2型单管巢式PCR检测技术。首先利用梯度PCR方法验证内外引物的最佳退火温度;再利用正交试验设计的方法对单管巢式PCR反应体系的内外引物浓度、Ex Taq酶用量等相关因素进行优化。结果表明,当外引物PCV2-P1/P3退火温度为64.4℃,内引物PCV2-1/2退火温度为54.4℃,通过正交试验最终筛选出的最佳反应体系(25μL)为:2×Taq PCR Mastermix 10μL,100μmol/L的内引物PCV2-1/2各1μL,10μmol/L的外引物PCV2-P1/P3各0.2μL,模板DNA 2.5μL,ddH_(2)O 10.1μL。上述反应体系仅对猪圆环病毒2型扩增出特异性目的条带,具有高度特异性,最低检测下限针对猪圆环病毒2型DBN-SX07株目的基因的最低DNA模板量为0.6×10^(-6) ng、ZJ/c株目的基因的最低DNA模板量为0.6×10^(-3) ng。研究建立的猪圆环病毒2型单管巢式PCR检测方法可以有效针对猪圆环病毒2型特异性检测。

猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法的建立及应用

根据GenBank上发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列(登录号U88565)设计合成2对引物,建立了猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法,经酶切分析、单管巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定,并与血涂片染色镜检、常规PCR进行了比较。结果:扩增的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(U88565)同源性为96%;特异性试验表明,设计的引物不能扩增弓形虫、链球菌、大肠杆菌、葡萄球菌及羊附红细胞体等病原体;敏感性试验表明,单管巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.116 fg的标准模板DNA。通过对75份血液样本的检测表明,建立的单管巢式PCR方法明显优于血涂片染色镜检法及常规PCR方法,具有较高的敏感性和实用性。本试验建立的单管巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等优点,为猪附红细胞体的检测提供了一种新型、可靠的诊断技术。

应用单管半巢式PCR技术筛查转基因食品

建立转基因作物中常见的两种外源调控元件的单管半巢式聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法,为转基因食品的筛选检测提供一种快速、精确的方法。针对6种转基因作物中Ca MV35S启动子和NOS终止子的一致性核苷酸序列,分别设计巢式PCR的内、外引物,在测试不同引物组合的扩增效率基础上,建立Ca MV35S启动子和NOS终止子的单管半巢式PCR方法。结果表明,上述方法对两种转基因成分具有良好的特异性,检测灵敏度分别为0.01%和0.05%,显著优于常规PCR方法。该方法具有便捷、准确、灵敏等特点,适合筛查食品中的转基因成分。

单管巢式实时PCR检测麻风杆菌方法的建立及初步应用

目的：明确单管巢式实时 PCR 检测麻风杆菌的特异性、灵敏性和重复性。方法：以麻风杆菌 hsp18基因为靶基因设计引物和探针，建立单管巢式实时 PCR 方法检测麻风杆菌并与抗酸染色及普通 PCR 进行特异性和灵敏性的比较。结果：单管巢式实时 PCR 检测下限为2.1 fg 质粒 DNA，普通PCR 为21 fg 质粒 DNA，敏感性高10倍；与8种非麻风杆菌无交叉反应；批内相对标准偏差（RSD）为0.24％~1.08％，批间 RSD 为0.09％~2.8％。对比检测54例麻风疑似标本中，抗酸染色、普通 PCR 和单管巢式实时 PCR 的敏感性分别为81.3％（26/32）、87.5％（28/32）和96.9％（31/32）。结论：单管巢式实时 PCR 特异性强、敏感性高且重复性好。

单管半巢式PCR法检测梅毒螺旋体的分析探讨

目的探讨单管半巢式PCR法检测梅毒螺旋体的适用性；方法对我院2009年6月至2010年6月收治的梅毒患者89例应用单管半巢式PCR进行检测分析；同时相应地用ELISA法进行检测。结果TP—ELISA方法检出率为91．01％（81／89），单管半巢式PCR方法检出率为31．46％（28／89）；TP—ELlSA法和单管半巢式PCR法检测的结果比较，差异有统计学意义（P〈005）；结论单管半巢式PCR法检测血液样本梅毒螺旋体还需要做进一步研究探讨。

正交试验在优化大豆油转基因成分检测反应体系中的应用

采用正交设计的方法对大豆油转基因成分单管巢式PCR检测反应体系的5因素(内引物浓度、外引物浓度、DNA模板用量、Taq酶用量和Mg2+浓度)在4水平上进行优化试验,优化结果采用电泳图进行直观分析,在反应体系得到优化的基础上分别对内外引物的Tm值进行梯度PCR,筛选最佳退火温度。结果表明,单管巢式PCR中内外引物的浓度差对反应结果影响最大,内引物与外引物的比例为60倍时反应条带最清晰且无非特异性条带,单管巢式PCR扩增对内外引物的Tm值有特殊要求,外引物的退火温度高于内引物。试验采用正交试验优化的单管巢式PCR反应体系特异性强,灵敏度高且快速方便。