应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位

本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16SrDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16SrRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+G平均含量为28.3%。以序列差异比值为横坐标,以碱基转换数和颠换数为纵坐标作散点图,结果表明颠换多于转换,且随着差异程度的增加,转换明显出现了饱和。以蚱总科的日本蚱Tetrixjaponica和卡尖顶蚱Teredoruscarmichaeli作外群,用ME、等权MP、加权MP及贝叶斯法重建系统发生树。分子系统树表明,斑腿蝗科并非是一单系群,该科的切翅蝗亚科与稻蝗亚科也均不是一单系群;卵翅蝗、伪稻蝗和稻蝗三者有很近的亲缘关系;支持将黑蝗亚科和秃蝗亚科合为一个亚科——秃蝗亚科;现行的稻蝗亚科并非一单系群,而是一多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的斑腿蝗科的分类体系有很大的不同。

基于16SrDNA序列探讨中国剑角蝗科的单系性及其六属的系统发育关系(英文)

在中国学者夏凯龄的分类系统中,剑角蝗科Acrididae一直被看作是单系群,包含6个亚科。但是,近年来的研究对其单系性争议较大。为探讨其单系性和剑角蝗属等6属的系统发育关系,我们测定了剑角蝗科14种蝗虫的16S rRNA基因部分序列,并从GenBank中下载了1种蝗虫的同源序列。以蚱科的2个种作外群,用NJ、MP及ML法重建系统发生树。由三棵分子系统树中得出的系统发生关系与中国的分类系统差别较大,都不支持剑角蝗科是单系群,但与国外Kevan的系统相一致,提示我们国内的分类系统亟待修改和完善。长腹蝗亚科与斑腿蝗科的亲缘关系要近于与剑角蝗科的其他种类的关系。另外,尽管所测的红足剑角蝗和上海剑角蝗的16S rDNA的片段序列完全相同,我们仍不能断定二者是同一个物种[动物学报52 (2) : 302 -308 , 2006]。

长脚蟹科首个线粒体基因组测定及系统发育分析

【目的】从线粒体基因组水平探究长脚蟹科(Goneplacidae)在短尾次目(Brachyura)中的进化地位,为更好地理解短尾次目分类及演化起源提供理论依据。【方法】以泥脚毛隆背蟹(Entricoplax vestita)为长脚蟹科代表种,测定分析其线粒体基因组全序列特征,并从GenBank下载短尾次目科级阶元代表种的线粒体基因组全序列,然后基于13个蛋白编码基因串联序列,采用PhyloSuite同时构建短尾次目贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML)。【结果】泥脚毛隆背蟹线粒体基因组全长为15716 bp,共编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个r RNA基因;基因组碱基组成为:A(占34.9%)、T(占37.7%)、G(占17.0%)和C(占10.5%),表现出明显的AT偏好性(占72.6%);AT偏倚和GC偏倚均为负值,分别为-0.039和-0.237。所有蛋白编码基因均以ATN为起始密码子;除COII、COIII和Cyt b基因以T为不完全终止密码子外,其余基因均以TAA或TAG终止;除tRNA-Ser1基因二级结构缺少DHU臂外,其他tRNA基因均能形成典型的三叶草结构;2个r RNA基因均由轻链编码,其中,12S rRNA长度为825 bp(位于tRNA-Val与控制区间),16S rRNA长度为1330 bp(位于t RNA-Leu1与tRNA-Val间)。基于13个蛋白编码基因核苷酸序列构建的短尾次目贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML)均显示,长脚蟹科和团扇蟹科(Oziidae)的亲缘关系最近,二者互为姐妹支,再与武蟹科(Panopeidae)和扇蟹科(Xanthidae)聚在一起;蜘蛛蟹科(Majidae)和人面蟹科(Homolidae)为非单系群;馒头蟹总科(Calappoidea)、方蟹总科(Grapsoidea)和沙蟹总科(Ocypodoidea)的非单系性也得到有力支持。【结论】长脚蟹科线粒体基因组与短尾次目祖先型线粒体基因组共享同一基因排序,与十足目祖先型线粒体基因组相比仅tRNA-F-ND5-H基因排序突变成tRNA-H-F-ND5基因排序。长脚蟹科与团扇蟹科的亲缘关系最近,二者拥有最近的共同祖先,同时进一步佐证了蜘蛛蟹科、人面蟹科及馒头蟹总科、方蟹总科和沙蟹总科的非单系性。

基于Cyt b基因的网翅蝗科系统发生重建(英文)

研究测定了蝗总科25种蝗虫的线粒体Cyt b部分序列,并从GenBank中下载了19种蝗亚目昆虫的Cyt b基因相应序列片段。本文目的是要建立网翅蝗科的系统发育关系并说明网翅蝗科在蝗总科中的分类地位。以瘤锥蝗科的云南蝗Yunnanites coriacea和长额橄蝗Tagasta marginella作为外群,用MP法和贝叶斯法重建系统发生树。比对后的序列长度是384 bp,包括167个简约信息位点。A+T平均含量为70.7%,C+G 平均含量29.3%。分子系统树表明:网翅蝗科并不是一个单系群。网翅蝗亚科和竹蝗亚科并非单系群。现存的雏蝗属并非单系群,应该是多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的网翅蝗科分类体系有很大的不同。

外群选择对隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)系统重建的影响(英文)

外群用于给树附根和推断祖先性状状态。通常,来自内群的姐妹群中的多个分类单元被共同选择作为外群。为了在经验上验证这一方法,我们采用了3种外群选择策略:姐妹群中的单一分类单元,姐妹群中的多个分类单元和连续姐妹群中的多个分类单元。以隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)的系统发育重建为例,我们评估了这3种策略对树拓扑结构的影响,包括最大似然树、最大简约树和贝叶斯树。初步结果表明:相比其他两种策略,采用姐妹群中的多个分类单元作为外群更有利于系统发育重建得到现已被广泛认可的隧蜂科系统发育关系;相比最大似然法和贝叶斯法,虽然隧蜂科系统发育关系没有被很好地解决,但最大简约法在不同外群选择策略下得到了较为一致的拓扑结构。

双尾虫系统进化的初步探讨

双尾虫系统发生问题目前备受学者的关注。作为六足总纲中内、外颚亚纲的过渡类群 ,双尾虫是否单系性及其系统地位的确定是争论的焦点 ,也是解决六足总纲高级阶元系统发生关系的一个关键。文中综述了多年来双尾虫形态学和解剖学方面研究所引发的争议和达成的共识 ,并对近几年该方面分子系统学的工作进行了总结和初步探讨。

原尾纲高级阶元系统学的分子佐证

作为一类重要的低等六足动物,原尾虫的系统学仍然存在争议,文中测定分析了10种原尾虫(涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属)的18SrDNA全序列(约2000bp)和28SrDNA部分序列(约400bp).以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Bayesian分析(BI)构建了分子系统树,所获结果显著支持原尾虫的单系性;支持蚖目和古蚖目的单系性;华蚖科和富蚖科位于蚖目和古蚖目之外,并且两科各自独立,

鳃虱科(甲壳动物亚门,等足目)种间系统发育支序分析

本文选择鳃虱科Bopyridae的47个形态学性状,利用PAUP软件,以支序分析方法对中国海域鳃虱科22属38种进行种间系统发育关系研究。支序分析结果较好地反映了鳃虱科内姐妹群的关系。根据分析结果,鳃虱科中较早分出的物种为假鳃虱亚科巨鳃虱属中的日本巨鳃虱Gigantione ishigakiensis;较晚分化出来的物种是背腹虱亚科腹虱属的日本腹虱Athelges takanoshi mensis和假盖腹虱属的日本假盖腹虱Pseudostegias setoensis,种间姐妹群关系为:假鳃虱亚科中偏寄居蟹鳃虱属的球足偏寄居蟹鳃虱Asymmetrione globifera与仿偏寄居蟹鳃虱属的疣缘仿偏寄居蟹鳃虱Parasymmetrione tuberculineata为姐妹群,假鳃虱亚科扁蝼蛄虾鳃虱属中的卵圆扁蝼蛄虾鳃虱Gyge ovalis与福建扁蝼蛄虾鳃虱Gyge fujianensis为一对姐妹群,蟹鳃虱亚科指突鳃虱属中的霍氏指突鳃虱Dactylokepon halthuisi与蝼蛄虾鳃虱属的双突蝼蛄虾鳃虱Upogebione bidigitatus为一对姐妹群,多疣蟹鳃虱属的分节多疣蟹鳃虱Onkokepon articulatus与北部湾多疣蟹鳃虱O.beibuensis为一对姐妹群,异节蟹鳃虱属的单异节蟹鳃虱Allokepon monody与长尾异节蟹鳃虱A.longicauda为一对姐妹群。

鲤科鱼类Angel相关元件的鉴定及其系统发育意义

Angel相关元件属于微型反向重复转座元件(MITEs)的一个家族．我们在鲤科雅罗鱼系鱼类的生长激素基因内含子2序列中分离并鉴定了这类元件,而在鲃系的直系同源位点上没有发现,从而为雅罗鱼系的单系性提供了新证据．这类元件可能是在雅罗鱼系与鲃系分歧后插入到雅罗鱼系的共同祖先中的．较高的序列变异及相对广泛的物种分布表明生长激素基因中的Angel相关元件是一类古老的转座子,大约26 Ma前可能已经在雅罗鱼系共同祖先中出现．

鳃虱科(甲壳动物亚门,等足目)属间系统发育关系支序分析

选择鳃虱科Bopyridae的47个形态学性状,利用PAUP软件,以支序分析方法对中国海域鳃虱科24属进行属间系统发育关系研究。支序分析结果较好地反映了鳃虱科内姐妹群的关系。根据分析结果,假鳃虱亚科中的巨鳃虱属Gigantione是鳃虱科中较早分出的一支,而背腹虱亚科中的仿腹虱属Parathelges和腹虱属Athelges则为较晚分化出来的;褐虾鳃虱亚科的褐虾鳃虱属Argeia盖腹虾鳃虱属Stegoalpheon和真虾鳃虱亚科的深海鳃虱属Bathygyge聚为一支,成为一对姐妹群;蟹鳃虱亚科的单系性得到分析结果的支持,假鳃虱亚科的单系性则不被支持。