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水稻单片段替换系群体的建立及QTL定位 被引量:5
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作者 阿克沙 张桂权 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第4期565-567,共3页
水稻中许多重要的农艺性状属数量性状 ,由多基因 (QTL)控制。研究QTL的遗传特性和遗传效应对于培育高产和稳产的水稻品种具有十分重要的意义。本研究以 6个优良的品种为供体亲本 ,以华粳籼 74为轮回亲本 ,通过微卫星标记辅助回交选择培... 水稻中许多重要的农艺性状属数量性状 ,由多基因 (QTL)控制。研究QTL的遗传特性和遗传效应对于培育高产和稳产的水稻品种具有十分重要的意义。本研究以 6个优良的品种为供体亲本 ,以华粳籼 74为轮回亲本 ,通过微卫星标记辅助回交选择培育了一批单片段替换系 ,随后利用所培育的单片段替换系进行了QTL分析和基因定位。主要结果有 :1、利用 2 5 8个微卫星标记对 6个供体亲本和轮回亲本间的多态性进行了筛选。 6个供体亲本与轮回亲本间的多态率在 32 98%至 6 0 78%之间 ,平均 4 7 81% ,粳型供体亲本比籼型供体亲本的多态性要高。2、随着回交代数的增加 ,植株所含的替换片段数逐渐减少。在BC2 F1、BC3F1、BC3F2 和BC3F3代 ,平均每个植株携带有 12 5 0、 5 98、 1 6 9和 1 4 6个替换片段。替换片段的平均长度也随回交和自交代数的增加而逐渐变短。在BC2 F1、BC3F1、BC3F2 和BC3F3代 ,替换片段的平均长度分别为 2 5 4 3cM、2 2 38cM、 2 0 78cM和 18 15cM。回交世代替换片段变短的速率 (11 99% )比自交世代变短速率(7 15 % )要快。在BC2 F1、BC3F1、BC3F2 和BC3F3代 ,轮回亲本基因组的恢复率分别为 82 2 4 %、92 5 5 %、 98 0 4 %和 98 5 2 %。3、在BC3F2 和BC3F3代 ,共选育出 111个单片段替换系 ,其? 展开更多
关键词 水稻 片段替换系群体 QTL 数量性状位点 分子标记辅助选择
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水稻单片段替换系群体的建立及QTL分析 被引量:5
2
作者 何风华 张桂权 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第4期562-564,共3页
农作物大多数性状都是由多基因控制的数量性状 ,对数量性状基因座 (quantitativetraitloci,QTL)进行鉴定和定位对作物遗传育种具有重要意义。单片段替换系 (singlesegmentsubstitutionlines ,SSSL)消除了遗传背景的干扰 ,是用于QTL分析... 农作物大多数性状都是由多基因控制的数量性状 ,对数量性状基因座 (quantitativetraitloci,QTL)进行鉴定和定位对作物遗传育种具有重要意义。单片段替换系 (singlesegmentsubstitutionlines ,SSSL)消除了遗传背景的干扰 ,是用于QTL分析的重要试验材料。本研究以 6个水稻品种为供体 ,利用回交和微卫星标记辅助选择相结合的方法 ,建立了以华粳籼 74为遗传背景的水稻单片段替换系群体 ,并选用其中的 5 9个单片段替换系对水稻 2 4个重要农艺性状的QTL进行了鉴定 ;还利用一个单片段替换系的次级分离群体对抽穗期基因Hd - 3- 1进行了定位。主要试验结果如下 :1对供体亲本苏御糯、IR6 4、IRAT2 6 1、成龙水晶米、Lemont和IAPAR9与华粳籼 74之间的微卫星标记多态性进行了检测 ,6个供体亲本与华粳籼 74之间的多态率分别为 5 6 33%、 34 93%、 5 9 31%、33 19%、 5 5 90 %和 5 6 5 5 %。2对回交的遗传效应进行了分析 ,在BC2 F1和BC3F1单株中检出替换片段的平均数分别为 8 93个和4 37个 ,在BC2 F1和BC3F1单株中检出替换片段的平均长度分别为 32 2 3cM和 2 7 6 3cM ,BC2 F1和BC3F1受体亲本基因组的回复率分别为 81 5 5 %和 92 32 %。3建立了 118个以华粳籼 74为遗传背景的单片段替换系 ,其中包括 展开更多
关键词 水稻 片段替换系群体 QTL 数量性状位点 遗传育种 分子标记技术
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单病种群体管理的实践与发展
3
作者 张晓乙 赵金顺 +2 位作者 王胜 李战胜 陈小伟 《中国农村卫生》 2022年第11期30-32,共3页
2021年潍坊市先后承担国家卫健委国家级和山东省医改办省级基层卫生健康综合试验区建设任务,创新性提出单病种群体管理理论。经过一年多的探索,单病种群体管理在实践不断发展丰富,目前已在3个县市区、4个病种先行先试的基础上在潍坊市... 2021年潍坊市先后承担国家卫健委国家级和山东省医改办省级基层卫生健康综合试验区建设任务,创新性提出单病种群体管理理论。经过一年多的探索,单病种群体管理在实践不断发展丰富,目前已在3个县市区、4个病种先行先试的基础上在潍坊市全面推广,通过打造一个平台,创新三个角色,完善三项机制,推进六个转变,实现单病种群体管理由60个病种逐步扩大到100种基层常见病,初步建立起全链条、全生命周期的健康管理新模式。 展开更多
关键词 病种群体管理 整合型 实践 发展
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单病种群体管理设计思路研究
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作者 张晓乙 赵金顺 +2 位作者 王胜 李战胜 陈小伟 《中国农村卫生》 2022年第4期10-13,共4页
单病种群体管理是针对疾病人群的健康管理,主要是把二级预防、三级预防与临床医疗、疾病康复整合成一个过程,把二、三级医疗机构的临床医生与基层医疗卫生机构的家庭医生、专科医生整合在一起,把患有同一种疾病的患者作为一个群体进行... 单病种群体管理是针对疾病人群的健康管理,主要是把二级预防、三级预防与临床医疗、疾病康复整合成一个过程,把二、三级医疗机构的临床医生与基层医疗卫生机构的家庭医生、专科医生整合在一起,把患有同一种疾病的患者作为一个群体进行管理。通过单病种群体管理,探索整合型医疗卫生服务体系的实现路径,创新分级诊疗制度实现形式。 展开更多
关键词 病种群体管理 疾病人群健康管理 设计思路 研究
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基于演化博弈论的网络信息传播群体行为分析 被引量:3
5
作者 郭艳燕 童向荣 +1 位作者 张楠 王莹洁 《智能系统学报》 CSCD 北大核心 2016年第4期487-495,共9页
以网络信息传播为背景,针对网络信息传播群体,对群体的静态结构和动态行为进行抽象和分析。以前期使用经典博弈论来分析传播个体行为的研究为基础,建立符合网络信息传播特性的演化博弈模型来刻画网络信息传播群体的交互行为,采用有限理... 以网络信息传播为背景,针对网络信息传播群体,对群体的静态结构和动态行为进行抽象和分析。以前期使用经典博弈论来分析传播个体行为的研究为基础,建立符合网络信息传播特性的演化博弈模型来刻画网络信息传播群体的交互行为,采用有限理性Agent来模拟真实网络信息传播环境下的信息传播者,使用演化稳定策略和复制者动态对网络信息传播单群体的行为进行静态和动态均衡的分析,并通过计算验证了网络信息传播群体的稳定结构与群体行为的动态均衡具有很强的关联性。 展开更多
关键词 演化博弈论 演化稳定策略 复制者动态 有限理性 AGENT 单群体 动态均衡
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基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号
6
作者 马烨 刘玉强 +4 位作者 吴煜伟 李广祯 冯雪燕 刁淑琪 高亚辉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3438-3446,共9页
[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended h... [目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)和固定分化指数F ST统计量(fixation index)两种方法进行全基因组选择信号检测。取两种方法各前0.1%位点的交集作为候选位点,分别向上、下游延伸200 kb作为潜在受选择区域。通过富集分析进一步探索选择信号的生物学功能。[结果]使用XP-EHH和F ST两种方法共检测到633个潜在受选择位点,获得633个潜在区域,共注释到133个基因。数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)富集分析发现,不同体型中国地方猪之间的选择信号与肉质和胴体性状相关;染色质状态富集结果发现,不同体型中国地方猪群体之间的差异组织为内脏、消化系统和小脑。GO功能和KEGG通路富集分析发现16个基因在6个功能条目(P<0.05,count>3)上显著富集,主要集中在生长代谢相关通路,其中ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2作为候选基因主要富集于脂肪酸合成与代谢、肌肉生长发育等信号通路。[结论]本研究采用两种选择信号检测方法对不同体型的中国地方猪进行了分析,筛选到一系列候选位点和基因,重点挖掘了参与猪生长发育的候选基因,如ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2。 展开更多
关键词 中国地方猪 选择信号 全基因组重测序 群体扩展倍型纯合(XP-EHH) 固定分化指数(F ST)
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基于温带和热带玉米群体全基因组F_(ST)和XP-EHH的选择信号检测 被引量:5
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作者 杨宇昕 邹枨 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期579-590,共12页
【目的】玉米起源于热带地区,经过自然和人工选择,广泛的种植于温带地区。开花是玉米生长发育的中心环节,也是热带玉米向温带环境种植的主要适应性性状。鉴定玉米在驯化过程中出现的受选择基因区段,并进一步挖掘开花候选基因,为玉米的... 【目的】玉米起源于热带地区,经过自然和人工选择,广泛的种植于温带地区。开花是玉米生长发育的中心环节,也是热带玉米向温带环境种植的主要适应性性状。鉴定玉米在驯化过程中出现的受选择基因区段,并进一步挖掘开花候选基因,为玉米的群体改良、开花遗传机理解析提供数据支撑。【方法】首先单独分析30份温带玉米自交系和21份热带玉米自交系的单倍型数据,通过过滤高缺失和等位基因频率较低的变异位点,得到高质量的SNP(single nucleotide polymorphism)标记,利用SnpEff软件对温带和热带玉米群体的基因组多态性位点进行了功能预测。其次过滤得到同时存在于温带和热带玉米的高质量SNP标记,对温带和热带玉米的基因型数据进行主成分分析(principle component analysis,PCA)以确定其群体结构,之后利用群体分化指数(fixationindex,F_(ST))和群体间扩展单倍型纯合度(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)法分析温带和热带玉米群体间的选择信号分布情况,选择F_(ST)和XP-EHH值的top 1%为阈值,筛选得到受选择位点。通过对SNP进行功能注释得到温热带玉米群体受到选择的基因。利用agriGO工具对候选驯化基因进行功能富集分析。利用相关的生物信息学数据库对候选基因进行功能注释,进一步鉴定玉米驯化过程中的开花候选基因。【结果】通过对温热带玉米群体的高测序深度的SNP进行分析,发现热带玉米群体的SNP数目为14 123 408个,温带玉米群体的SNP数目为8 791 673个,鉴定到的SNP主要分布于基因间区。2个群体中均存在的SNP标记数目是204 752个。主成分分析表明温带和热带玉米可以显著的分为两个类群。F_(ST)选择信号的top 1%是0.3593,共鉴定到557个候选驯化基因,XP-EHH选择信号法的top 1%是3.2681,共鉴定到1 913个候选基因。鉴定到多个候选基因与玉米的开花调控密切相关,包括ZmCCT9、COL1、GRMZM2G387528。如ZmCCT9抑制开花基因ZCN8的表达,导致玉米在长日照环境下出现晚花表型,是一个重要的开花调控基因;COL1与开花促进因子FT蛋白互作,加速玉米开花以适应长日照环境;GRMZM2G387528的功能注释揭示该基因是一个光敏色素互作因子,与光周期基因ZmphyB1互作。【结论】热带玉米群体具有更高的遗传多态性,筛选到一系列参与了热带玉米和温带玉米的分化候选基因,并且重点挖掘了参与其中的玉米开花调控相关基因。 展开更多
关键词 玉米 选择信号 群体分化指数 群体间扩展倍型纯合度 开花基因
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基于多群协同人工鱼群算法的分类规则提取算法 被引量:8
8
作者 戴上平 姬盈利 +1 位作者 王华 金鹏 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2012年第5期1676-1679,共4页
在对基本人工鱼群算法原理分析的基础上,提出了一种多群协同人工鱼群算法用于实现对连续空间变量的分类规则提取问题。定义了基于规则支持度与置信度的规则评价函数,构造了人工鱼在规则提取应用中的特定编码及相关概念的计算公式,给出... 在对基本人工鱼群算法原理分析的基础上,提出了一种多群协同人工鱼群算法用于实现对连续空间变量的分类规则提取问题。定义了基于规则支持度与置信度的规则评价函数,构造了人工鱼在规则提取应用中的特定编码及相关概念的计算公式,给出了该算法的具体实现步骤,并用VC++软件编程实现。最后对Iris和Wine数据集进行测试实验,并与单群体鱼群算法及多种群微粒群算法进行比较。仿真结果表明,该算法能够快速提取分类精度较高的分类规则,因此利用该算法解决连续变量分类规则提取的相关问题是可行且有效的。 展开更多
关键词 群体人工鱼群 分类规则 协同 单群体人工鱼群算法 多种群微粒群算法
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虚拟科技创新团队知识转移稳定性研究——基于演化博弈视角 被引量:8
9
作者 张宝生 王晓红 《运筹与管理》 CSCD 北大核心 2011年第5期169-175,共7页
虚拟科技创新团队作为一种优势资源的有效整合机制和从事创新性工作的知识密集型组织,知识的有效转移和持续流动是其成功的关键。本文运用演化博弈论的方法,将转移效应、制度因素、成本损失等影响知识转移的主要因素作为研究问题的关注... 虚拟科技创新团队作为一种优势资源的有效整合机制和从事创新性工作的知识密集型组织,知识的有效转移和持续流动是其成功的关键。本文运用演化博弈论的方法,将转移效应、制度因素、成本损失等影响知识转移的主要因素作为研究问题的关注角度,以知识转移效用函数为切入点,对虚拟科技创新团队知识转移的条件进行分析,系统研究了团队内部知识转移的稳定性、持续性以及演化趋势,并在此基础上提出了改善虚拟科技创新团队知识转移的对策建议。 展开更多
关键词 知识管理 知识转移稳定性 演化博弈论 虚拟科技创新团队 单群体模拟者动态模型
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演化博弈视角下农村相互保险公司的稳定性分析
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作者 肖祎平 刘新卫 张恒 《商业时代》 北大核心 2013年第28期59-60,共2页
为了评析相互机制在我国农村保险体系中的适用性及稳定性,本文基于前人理论成果运用演化博弈论视角下的单群体复制动态模型,对我国农村地区的相互制保险公司进行了稳定性分析,在此基础上提出相关建议:深化信息披露程度并增强相互保险公... 为了评析相互机制在我国农村保险体系中的适用性及稳定性,本文基于前人理论成果运用演化博弈论视角下的单群体复制动态模型,对我国农村地区的相互制保险公司进行了稳定性分析,在此基础上提出相关建议:深化信息披露程度并增强相互保险公司的信用支撑功能;建立科学合理、符合我国农村参保客观需求的相互保险机制;强化相互保险公司内部治理力度并完善其外部治理渠道。 展开更多
关键词 农村相互制保险 稳定性 博弈论 单群体复制动态模型
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双孢蘑菇SSR分子标记开发及其在遗传多样性分析中的应用 被引量:8
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作者 顾敏 沈颖越 +4 位作者 金群力 冯伟林 宋婷婷 田芳芳 蔡为明 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期987-993,共7页
采用Primer5.0软件设计引物,共设计有效扩增SSR引物112对,经筛选,其中97对在39份双孢蘑菇基因组中扩增出明显差异条带,25对在As2796单孢分离子代群体中表现出多态性,19对引物在单孢分离子代中遵循孟德尔自由分离定律。进一步研究... 采用Primer5.0软件设计引物,共设计有效扩增SSR引物112对,经筛选,其中97对在39份双孢蘑菇基因组中扩增出明显差异条带,25对在As2796单孢分离子代群体中表现出多态性,19对引物在单孢分离子代中遵循孟德尔自由分离定律。进一步研究表明共检测到67个等位基因,平均每个位点2.68个,平均Nei’s基因多样性指数为0.5023。8份双孢蘑菇品种的遗传相似系数变化范围为0.3363—0.8641,平均值为0.5385;基于Nei’S遗传相似系数的UPGMA聚类分析,在遗传距离0.46处,8个双孢蘑菇品种(系)分为2个类群,亲缘关系的远近与其种质来源有一定的相关性。这些潜在的多态性SSR的开发为双孢蘑菇遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记基础,为进一步进行双孢蘑菇新品种的选育和种质资源的分析评价及管理提供了遗传依据。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 孢分离子代群体 SSR 多态性 遗传多样性
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The group search-based parallel algorithm for the serial Monte Carlo inversion method 被引量:3
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作者 魏超 李小凡 郑晓东 《Applied Geophysics》 SCIE CSCD 2010年第2期127-134,193,共9页
With the development of parallel computing technology,non-linear inversion calculation efficiency has been improving.However,for single-point search-based non-linear inversion methods,the implementation of parallel al... With the development of parallel computing technology,non-linear inversion calculation efficiency has been improving.However,for single-point search-based non-linear inversion methods,the implementation of parallel algorithms is a difficult issue.We introduce the idea of group search to the single-point search-based non-linear inversion algorithm, taking the quantum Monte Carlo method as an example for two-dimensional seismic wave velocity inversion and practical impedance inversion and test the calculation efficiency of using different node numbers.The results show the parallel algorithm in theoretical and practical data inversion is feasible and effective.The parallel algorithm has good versatility. The algorithm efficiency increases with increasing node numbers but the algorithm efficiency rate of increase gradually decreases as the node numbers increase. 展开更多
关键词 non-linear inversion single-point search group search parallel computation
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基于演化博弈的颠覆性技术采纳行为研究 被引量:4
13
作者 徐雯 于娱 施琴芬 《科技管理研究》 CSSCI 北大核心 2019年第23期196-206,共11页
将颠覆性技术采纳过程中企业的财富和决策者的风险态度纳入技术采纳的影响因素中,构建基于企业财富和风险态度的企业集群在颠覆性技术采纳问题上的演化博弈模型,研究企业之间采纳颠覆性技术的进化稳定策略,并通过MATLAB仿真分析探索企... 将颠覆性技术采纳过程中企业的财富和决策者的风险态度纳入技术采纳的影响因素中,构建基于企业财富和风险态度的企业集群在颠覆性技术采纳问题上的演化博弈模型,研究企业之间采纳颠覆性技术的进化稳定策略,并通过MATLAB仿真分析探索企业财富和风险态度对企业采纳颠覆性技术意愿的影响。研究表明:企业财富一定、企业决策者的风险态度不同时,企业最终都会趋向于采纳颠覆性技术,但是风险偏好的企业显著地比风险规避和风险中立的企业更快地采纳颠覆性技术;企业决策者风险态度相同时,财富多的企业和风险容忍度高的企业采纳颠覆性技术的意愿更为强烈。 展开更多
关键词 颠覆性技术 演化博弈 技术采纳 单群体 群体
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Genetic Analysis of Embryo Production Frequency in Wheat × Maize Cross
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作者 刘琨 宁波 +4 位作者 李宏生 李绍祥 顾坚 赵红 杨木军 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2015年第9期1869-1872,共4页
A DH population derived from C49S-87/01Y1-1069 was used to study the inheritance of wheat haploid embryo production frequency(EPF) in wheat × maize cross with the mixed major gene and polygene inheritance model... A DH population derived from C49S-87/01Y1-1069 was used to study the inheritance of wheat haploid embryo production frequency(EPF) in wheat × maize cross with the mixed major gene and polygene inheritance model of quantitative traits. The results showed that the EPF of wheat × maize cross was controlled by two dominant epistatic genes and polygene with gene effects of 1.95 for the first major gene, 6.69 for the second one and 2.80 for the polygene. The inheritability of major genes was as high as 72.09%, suggesting that the differences in EPF among wheat materials were mainly influenced by genotype. However, non-genetic factors were still important, especially for wheat materials with low EPF. 展开更多
关键词 Wheat × maize cross Haploid embryo production frequency Double Haploid population Mixed major gene and polygene inheritance model
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Correlativity of lymph node micrometastases detection in follicular carcinoma of thyroid in different risk groups
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作者 Qinjiang Liu Youxin Tian Hengping Li 《The Chinese-German Journal of Clinical Oncology》 CAS 2009年第12期699-701,共3页
Objective:The aim of this study was to explore the relationship between follicular carcinoma of thyroid in different risk groups and lymph node micrometastases.Methods:The keratin-19 of negative neck lymph nodes in 83... Objective:The aim of this study was to explore the relationship between follicular carcinoma of thyroid in different risk groups and lymph node micrometastases.Methods:The keratin-19 of negative neck lymph nodes in 83 cases in routine pathological examination,was detected by SP immunohistochemistry using keratin-19 monoclonal antibody to confirm lymph node micrometastases.All of cases are divided into high risk group,middle risk group and low risk group according to factors related prognosis,the relationship between lymph node micrometastases and different risk groups and follow-up visit documents were analyzed.Results:Fifty-eight neck lymph nodes in 16 cases of 83 cases(19.3%) showed positive lymph node micrometastases,and incidence of lymph node micrometastases was 4/39 in low risk group,5/32 in middle risk group and 7/12 in high risk group,respectively.it showed remarkable difference during 3 groups(P < 0.001).Nine patients in 16 cases with positive lymph node micrometastases showed local recurrence and distant metastases,6 patients in 67 cases with negative lymph node micrometastases showed same result(P < 0.001).Conclusion:Lymph node micrometastases in follicular thyroid carcinoma closely correlated to factors related to prognosis.The detection of lymph node micrometastases can directly assistant postoperative treatment and prognosis evaluation to some extent for follicular thyroid carcinoma. 展开更多
关键词 carcinoma of thyroid MICROMETASTASES IMMUNOHISTOCHEMISTRY
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Cluster Growth Through Monomer Adsorption Processes
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作者 柯见洪 林振权 陈效双 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2010年第2期291-297,共7页
We propose a monomer adsorption model, in which only the monomers are allowed to diffuse and adsorb onto other clusters. By means of the generalized rate equation we investigate the kinetic behavior of the system with... We propose a monomer adsorption model, in which only the monomers are allowed to diffuse and adsorb onto other clusters. By means of the generalized rate equation we investigate the kinetic behavior of the system with a special rate kernel. For the system without monomer input, the concentration aj(t) of the Aj clusters (j 〉 1) asymptotically retains a nonzero quantity, while for the system with monomer input, it decays with time and vanishes finally. We also investigate the kinetics of an interesting model with fixed-rate monomer adsorption. For the ease without monomer source, the evolution of the system will halt at a finite time; while the system evolves infinitely in time in the case with monomer source. Finally, we also suggest a connection between the fixed-rate monomer adsorption systems and growing networks. 展开更多
关键词 kinetic behavior ADSORPTION rate equation approach
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梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建 被引量:12
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作者 刘伟 张倩倩 +3 位作者 舒芳 蔡英丽 马晓龙 边银丙 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2195-2204,共10页
基于梯棱羊肚菌Morchella importuna两个子囊孢子培养物的全基因组测序数据,对全基因组范围内的变异位点进行分析。共鉴定到18438个变异位点,平均每Mbp的变异位点数量为361个;变异位点以单核苷酸多态性SNP为主,共计17 104个,基因组中SN... 基于梯棱羊肚菌Morchella importuna两个子囊孢子培养物的全基因组测序数据,对全基因组范围内的变异位点进行分析。共鉴定到18438个变异位点,平均每Mbp的变异位点数量为361个;变异位点以单核苷酸多态性SNP为主,共计17 104个,基因组中SNP的频率为335SNPs/Mbp;Indel多态性位点1 334个,以2–10bp的插入缺失为主;73.4%SNP/Indel位于基因间隔区域,外显子区域共检测到3 042个变异位点,占总数的16.50%;对基因功能产生确定影响的移码突变有1 088个,占5.90%,错义突变916个,占比4.97%;不同Scaffold上的SNP/Indel出现频率不同,SNP频率最大的为Scaffold80,平均每Mbp包含2 856个SNP,频率最低为Scaffold60和Scaffold75,分别为16SNPs/Mbp和30SNPs/Mbp;对≥11bp的Indel变异位点进行标记开发和多态性群体分析,成功开发出75对Indel标记。采用原生质体单细胞分离技术,获得了梯棱羊肚菌M04的两个可亲和的同核体菌株M04P01和M04P40,同时采用来自M04子囊果的58个单孢菌株作为作图群体,初步构建了包含75个Indel标记和1个交配型基因的梯棱羊肚菌遗传连锁图谱,共获得12个连锁群,连锁群总长度273.7cM。 展开更多
关键词 共显性标记 原生质体技术 同核体 群体 遗传连锁图谱
原文传递
Pentavalent symmetric graphs of order 2p^3 被引量:1
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作者 YANG DaWei Feng YanQuan 《Science China Mathematics》 SCIE CSCD 2016年第9期1851-1868,共18页
A graph is symmetric or 1-regular if its automorphism group is transitive or regular on the arc set of the graph, respectively. We classify the connected pentavalent symmetric graphs of order 2p^3 for each prime p. Al... A graph is symmetric or 1-regular if its automorphism group is transitive or regular on the arc set of the graph, respectively. We classify the connected pentavalent symmetric graphs of order 2p^3 for each prime p. All those symmetric graphs appear as normal Cayley graphs on some groups of order 2p^3 and their automorphism groups are determined. For p = 3, no connected pentavalent symmetric graphs of order 2p^3 exist. However, for p = 2 or 5, such symmetric graph exists uniquely in each case. For p 7, the connected pentavalent symmetric graphs of order 2p^3 are all regular covers of the dipole Dip5 with covering transposition groups of order p^3, and they consist of seven infinite families; six of them are 1-regular and exist if and only if 5 |(p- 1), while the other one is 1-transitive but not 1-regular and exists if and only if 5 |(p ± 1). In the seven infinite families, each graph is unique for a given order. 展开更多
关键词 Cayley graph symmetric graph regular cover
原文传递
The relationship between intraspecific assortative mating and reproductive isolation between divergent populations 被引量:1
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作者 Daniel I. BOLNICK Mark KIRKPATRICK 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 2012年第3期484-492,共9页
The term 'assortative mating' has been applied to describe two very different phenomena: (1) the tendency for indi- viduals to choose phenotypically similar mates from among conspecifics; or (2) the tendency to... The term 'assortative mating' has been applied to describe two very different phenomena: (1) the tendency for indi- viduals to choose phenotypically similar mates from among conspecifics; or (2) the tendency to prefer conspecific over hete- rospecific mates (behavioral reproductive isolation). Both forms of assortative mating are widespread in nature, but the relation- ship between these behaviors remains unclear. Namely, it is plausible that a preference for phenotypically similar conspecifics in cidentally reduces the probability of mating with phenotypically divergent heterospecifics. We present a model to calculate how the level of reproductive isolation depends on intraspecific assortative mating and the phenotypic divergence between species. For empirically reasonable levels of intraspecific assortment on a single trait axis, we show that strong reproductive isolation requires very substantial phenotypic divergence. We illustrate this point by applying our model to empirical data from threespine stickleback Gasterosteus aculeatus and Darwin's Finches (Geospiza spp). We conclude that typical levels of intraspecific assortment cannot generally be extrapolated to explain levels of interspecific reproductive isolation. Instead, reproductive isolation between species likely arises from different mate choice behaviors, or multivariate assortative mating [Current Zoology 58 (3): 484-492, 2012]. 展开更多
关键词 Assortative mating HYBRIDIZATION Mating preference Reproductive isolation SPECIATION
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Identification of a combination of SNPs associated with Graves' disease using swarm intelligence 被引量:6
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作者 WEI Bin PENG QinKe +1 位作者 ZHANG QuanWei LI ChenYao 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2011年第2期139-145,共7页
Graves' disease,the production of thyroid-stimulating hormone receptor-stimulating antibodies leading to hyperthyroidism,is one of the most common forms of human autoimmune disease.It is widely agreed that complex... Graves' disease,the production of thyroid-stimulating hormone receptor-stimulating antibodies leading to hyperthyroidism,is one of the most common forms of human autoimmune disease.It is widely agreed that complex diseases are not controlled simply by an individual gene or DNA variation but by their combination.Single nucleotide polymorphisms(SNPs),which are the most common form of DNA variation,have great potential as a medical diagnostic tool.In this paper,the P-value is used as a SNP pre-selection criterion,and a wrapper algorithm with binary particle swarm optimization is used to find the rule for discriminating between affected and control subjects.We analyzed the association between combinations of SNPs and Graves' disease by investigating 108 SNPs in 384 cases and 652 controls.We evaluated our method by differentiating between cases and controls in a five-fold cross validation test,and it achieved a 72.9% prediction accuracy with a combination of 17 SNPs.The experimental results showed that SNPs,even those with a high P-value,have a greater effect on Graves' disease when acting in a combination. 展开更多
关键词 Graves' disease single nucleotide polymorphism case-control study swarm intelligence
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