毛细管电泳-单链构象多态性分析检测K-ras基因突变

K ras癌基因的点突变在结直肠癌的发生起重要作用。以异丙醇为聚合反应链转移剂,水相法合成 特性粘度为0.70×10-3m3/kg,分子量为6.5×104的低粘度短链线性聚丙烯酰胺。以6%线性聚丙烯酰胺为 筛分介质,分离温度27℃,分离电压9kV为电泳条件,建立了检测K ras基因突变的毛细管电泳 单链构象多 态性方法。利用该方法检测36例结直肠癌患者肿瘤组织,发现12例K ras基因突变。结果表明:该方法具有 快速、高灵敏的优点,为大规模进行结直肠肿瘤的早期诊断提供了可靠方法。

单链构象多态性(SSCP)及其在昆虫学中的应用

单链构象多态性（SSCP）能够快速、灵敏地检测基因的点突变,其应用范围日益扩大。本文重点综述了其在昆虫学研究中的作用。

甘油对单链构象多态性分析的影响

单链构象多态性(single strand conformation poly-morphism,SSCP)分析是以PCR技术为基础检测DNA多态性的一种方法。其基本原理是:单链DNA在进行不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)时,迁移率除与DNA单链的长短有关外,更主要取决于DNA单链所形成的具有一定空间结构的构象。这种构象由DNA单链碱基顺序决定,其稳定性靠分子内部局部顺序的相互作用来维持。相同长度的单链因其顺序的不同,甚至单个碱基的不同,所形成的构象不同,导致迁移率的变化而出现泳动变位(mobili-ty shift)。该方法自建立起来不断地发展、完善,应用范围也日益广泛。特别是在人类癌基因和抑癌基因突变的检测、基因诊断、连锁分析、基因作图等领域成效突出。

变性梯度凝胶电泳和单链构象多态性分析检测皮肤癌p53基因突变的比较

目的 检测皮肤癌 p5 3基因 5～ 8外显子的突变频率 ,比较变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和单链构象多态性分析 (SSCP)检测p5 3基因突变的敏感性。方法 分别采用DGGE和SSCP ,对 40例皮肤癌患者手术切除组织的 p5 3基因 5～ 8外显子进行突变检测。 结果 皮肤癌 p5 3基因 5～ 8外显子的总突变率为 35 % ,其中鳞状细胞癌 (SCC)的突变率为 36 % ,基底细胞癌 (BCC)为 33%。采用DGGE和SSCP检测的突变率分别为 33%和 2 5 %。结论 35 %的皮肤癌组织存在 p5 3基因 5～ 8外显子突变。DGGE检测p5 3基因突变的敏感性高于SSCP。

单链构象多态性分析与应用

单链构象多态性(single-strand conformational poly-morphism,SSCP)是一种简单、方便,且十分有效的分析核酸(DNA或RNA)变异的方法和技术,是Orita等在1989年首先建立的,其基本原理是单链核酸于非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的迁移率与核酸的一级结构和构象密切相关,核酸序列的变异,甚至单个碱基的改变,都可能改变核酸片段的构象,从而改变核酸的迁移速率,因此可以将“变异DNA”与正常的DNA区分开来。

单链构象多态性分析技术检测结核杆菌利福平耐药基因

目的 :研究本地区临床分离结核杆菌rpoB基因突变与利福平 (RFP)耐药性的关系。 方法 :对 3 6株RFP敏感株和 44株RFP耐药株rpoB基因的 3 2 8bp的PCR扩增产物进行单链构象多态性 (Single strandcomformationpoly morphism ,SSCP)分析。 结果 :3 6株RFP敏感株的SSCP带谱均与参考株H 3 7Rv相同 ,44株RFP耐药株中 ,2 5株高度RFP耐药株和 11株低度RFP耐药株的SSCP带谱与H 3 7Rv带谱有差异 ;另 8株低度RFP耐药株的SSCP带谱与H3 7Rv带谱相同。结论 :SSCP分析可检测出rpoB基因突变 ,该基因突变与本地区临床分离结核杆菌对RFP耐药有关。

DNA单链二级结构预测与单链构象多态性分析的一致性研究

单链构象多态性 (SSCP)分析是一种简便 ,快速检测DNA突变的方法 ,它在基因突变检测、遗传分析、进化研究等领域有着广泛的应用价值 .但是这种方法的突变检出率随DNA序列不同而变化 ,一般只能达到 70 %～ 80 % .这主要是有的碱基突变对单链DNA的构象影响较小 ,不能通过SSCP检测出来 .将计算机对DNA二级结构的预测结果和实验结果作了对比 ,发现二者有很高的一致性 .这一结果表明计算机的DNA单链二级结构预测分析可用于PCR SSCP分析的辅助设计 。

变性梯度凝胶电泳和单链构象多态性分析检测肺癌p53基因8号外显子突变

目的：检测ｐ５３基因８号外显子突变。方法：分别采用变性梯度凝胶电泳（ＤＧＧＥ）和单链构象多态性分析（ＳＳＣＰ），对３５例肺癌病人手术切除组织的ｐ５３基因８号外显子（Ｅｘｏｎ８）进行突变检测。结果：采用ＤＧＧＥ检测的突变率为２０％，而ＳＳＣＰ检测的突变率为１１％。ｐ５３基因Ｅｘｏｎ８的总突变率为２３％。结论：ＤＧＧＥ检测ｐ５３基因突变的敏感性高于ＳＳＣＰ。

聚合酶链反应-单链构象多态性分析在家族性高胆固醇血症研究中的应用

目的：探讨聚合酶链反应－单链构象多态性分析（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ－ｓｉｎｇｌｅｓｔｒａｎｄｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）在家族性高胆固醇血症（ｆａｍｉｌｉａｌｈｙｐｅｒｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌｅｍｉａ，ＦＨ）研究中的应用价值。方法：提取ＦＨ患者外周血基因组ＤＮＡ，进行ＰＣＲ－ＳＳＣＰ及ＤＮＡ序列分析。结果：对１家２例临床诊断为ＦＨ的患儿及其父母从基因水平明确了诊断。ＬＤＬ受体基因突变是位于第６外显子的移框突变。结论：ＰＣＲ－ＳＳＣＰ可以从基因水平对ＦＨ患者明确诊断，并可对先证者家系成员早期诊断，以便提供咨询和指导。

用聚合酶链反应单链构象多态性分析技术检测结核分枝杆菌L型的rpoB基因突变

目的:探索结核分枝杆菌L型的耐药基因rpoB突变与利福平耐药性的关系,以及聚合酶链反应单链构象多态性分析(PCR-SSCP)技术的临床应用价值。方法:收集结核分枝杆菌L型菌株52株,采用PCR-SSCP方法检测rpoB基因,与采用常规药敏试验法检测利福平耐药的结果进行对比分析。结果:采用常规法检测,52株临床分离株中有38株利福平耐药,耐药率为73.08%(38/52);PCR-SSCP方法对52株临床耐药株rpoB基因突变的检出率为65.38%(32/52),两种方法检测耐利福平的符合率为84.21%。结论:PCR-SSCP对利福平耐药的结核分枝杆菌L型菌株检出率较高,将其与常规药敏试验联合应用,是一种指导临床用药的好方法。

异源双链分析和单链构象多态性分析在基因突变检测中的作用

目的 :评价异源双链分析 (HET)和单链构象多态性分析 (SSCP)在基因突变检测中的作用。方法 :同时应用两种方法检测 2 3例肺腺癌标本中 p53基因和 p16基因突变情况。 结果 :用HET法检出 6例p53基因突变和 5例 p16基因突变 ,用SSCP法检出 3例 p53基因突变和 1例 p16基因突变 ,联合应用HET和SSCP方法检出 7例 p53基因突变和 5例 p16基因突变。 结论 :检测基因突变HET优于SSCP ,联合应用HET和SSCP能提高基因突变检出率。

猪品种ESR和PRLR基因的PCR-SSCP多态性分析

采用聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)方法,对国外引进猪品种杜洛克猪、长白猪、大约克夏猪和东北地方猪品种东北民猪、丹东黑猪共计305头母猪进行了雌激素受体基因(Estrogen receptor gene,ESR)和催乳素受体基因(Prolactin receptor gene,PRLR)的多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析。结果表明,两个基因位点在5个猪品种中均存在着多态性,5个猪品种的ESR基因和PRLR基因位点的期望杂合度分别在0.2581～0.4967和0.4007～0.4885,多态性信息含量分别在0.2248～0.3734和0.3204～0.3692。各个猪品种均表现出了中度的多态性。

HCV准种单链构象多态现象的检测

单链构象的多态现象(SSCP)是根据PCR技术广泛用于检测不同DNA序列的一门技术，由遗传学家开发的致突变检测，最近已采用于病毒基因组准种的分析，如丙型肝炎病毒(HCV)。由于该技术严格的标准化及其检测的局限性使之很难推广，HCV高变异区准种内的变异体被克隆到Puc 119，引起质粒定量，这种变种可用作SSCP最佳模板，所研究的变量有许多检测到的变异体，少数变异体检测的敏感性，电泳温度、单链DNA产生的方法、PCR循环次数的影响以及与校读能力有关的DNA多聚酶的应用。结果表明，它是能在准种内至少测出5种变异体的最佳方法，并能检出低至2％水平的准种内的变异体，电泳在室温18小时其重复性最好，使用Taq多聚酶单个引物作20次循环产生的单链DNA给准种构成一个精确的映象，Pfu多聚酶的应用减低了检测较小的带型的敏感性。SSCP法提供了评价HCV准种一个精确的工具。

猪食道口线虫ITS-1和ITS-2rDNA的PCR-SSCP分析

以采自我国不同地区猪体的食道口线虫虫株为研究对象,PCR扩增出ITS-1和ITS-2序列片段,然后采用单链构象多态性(SSCP)方法分析PCR产物,对不同地区食道口线虫进行分子鉴定。所有样品经SSCP分析显示两种带型,第一种为有齿食道口线虫带型,另一种为未定种食道口线虫带型。代表性样品的测序结果表明,未定种食道口线虫带型的样品为四棘食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪四棘食道口线虫的ITS序列,并建立了区分有齿食道口线虫和四棘食道口线虫的PCR-SSCP方法,从而为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。

鸭A-FABP基因多态性在品种和世代间的比较分析

为了解脂肪型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty-acid binding protein,A-FABP)基因在不同鸭品种、世代间的突变情况,以山麻鸭、巢湖鸭、金定鸭(3个世代群体)等9个鸭品种为材料,设计2对引物,用SSCP方法检测A-FABP基因多态性,比较不同鸭品种之间、金定鸭3个世代群体之间基因型、等位基因频率、群体遗传参数。结果显示,9个鸭品种中共形成A、B、C、D 4个等位基因,对不同基因型序列进行比较发现,在内含子1中有6个单核苷酸突变。在9个鸭品种中,B等位基因频率均明显高于A、C、D。大部分鸭品种之间基因型频率存在显著性差异,金定鸭3个世代群体之间基因型频率无明显差异。所有鸭品种的群体杂合度都在0.4以上,山麻鸭、攸县麻鸭、广西小麻鸭、金定鸭3个世代群体均为中度多态,其他鸭品种为高度多态。除山麻鸭和临武鸭外,其他鸭品种均处于HardyWeinberg平衡状态。可见,鸭不同品种中A-FABP基因具有丰富的单核苷酸多态性,采用小群保种方式,金定鸭A-FABP基因多态位点形成的基因型频率在世代间无显著性变化。

绵羊PRNP等位基因PCR-SSCP分析条件的优化

为进行绵羊PRNP等位基因密码子136、154、171的多态性研究,建立适合于绵羊PRNP等位基因开放阅读框(ORF)内高变区PCR-SSCP分析方法,对凝胶浓度、交联度、甘油浓度、电泳电压、电泳时间、PCR产物与变性缓冲液比例、电泳缓冲液浓度、上样量等影响因素进行了优化试验。在优化中引入了正交试验法,以使优化过程简化,结果可靠。结果表明,交联度49∶1、甘油浓度0%、凝胶浓度12%、电泳电压200 V、PCR产物上样量≥2.0μL且<4.0μL、PCR产物与变性缓冲液比例1∶4、0.5×TBE缓冲液及4℃电泳45 h为最佳试验条件,据此建立了绵羊PRNP等位基因136、154、171密码子的PCR-SSCP分析方法。

单链构象加异源双链提高基因突变筛查准确性

【目的】比较单链构象多态性分析(SSCP)和异源双链分析(HA)在基因突变筛查中的意义。【方法】在帕金森病人和正常对照中,同时应用这两种实验方法筛查α-共核蛋白基因3、4外显子突变,电泳结果由测序考证。【结果】对照组第29号标本3号外显子 SSCP 存在单链泳动异常。但 HA 检测无双链泳动异常,测序证实无基因突变。其它标本 SSCP 和 HA 检测均未发现异常泳动。【结论】将单链构象分析和异源双链分析相结合应用于基因突变筛查,既不用增加试剂、设备和技术难度,又可以优势互补,利于提高检测的准确性。