我国大蒜潜隐病毒的基因组结构及3’端序列的变异

从我国6个省市12个大蒜样品上共检出10个不同的香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）分离物,测定了浙江分离物ZJ1的基因组全序列和其他9个分离物的基因组3＇端序列.ZJ1分离物RNA基因组全长8363个核苷酸,3＇端具polyA尾,含6个可读框（ORF）,分别编码复制酶,TGB1,TGB2,TGB3,CP和NABP,基因组结构和其他Carlavirus属成员相似.序列分析表明,10个分离物均为大蒜潜隐病毒（GarLV）,不同分离物TGB2,TGB3和NABP的差异大于CP的差异,且这些分离物和葱潜隐病毒（ShLV）也具有很高的同源性.系统进化树分析表明,大蒜来源的GarLV分离物可以分成4个类群,我国分离物分别属于4个不同类群.

Allexivirus属的一个新成员——大蒜病毒E的基因组全序列测定和系统树分析

测定了一个从浙江余杭大蒜中分离到的Allexivirus属成员的基因组全序列. 单链正性病毒基因组含8451个核苷酸, 6个ORF. 与其他Allexivirus属成员的基因组全序列的核苷酸同源性仅为62.8%～64.8%; ORF1～ORF6编码蛋白的氨基酸同源性分别为67.6%～78.5%, 55.4%～66.2%, 56.7%～66.4%, 40.3%～55.6%, 66.3%～79.7%和52.2%～68.8%. 进一步分析显示, 此病毒与其他病毒的差异和该属中远缘病毒间的差异相似, 外壳蛋白核心区域氨基酸序列同源性仅为63.9%～79.8%, 远低于该属不同病毒的国际分类标准, 应归类为Allexivirus属的新成员, 命名为大蒜病毒E. 病毒不同编码蛋白序列的进化树分析也进一步证明了该病毒与其他病毒的亲缘关系.