为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值...为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值小于40;物种间的密码子参数高度保守,GC_(2)对ENC影响较大;有31个密码子RSCU大于1,均以A/U结尾;自然选择在4个物种叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥主导作用;南五味子属4个物种中分别确定了18、17、16和18个最优密码子,共有的最优密码子有14个;在ΔR_(SCU)>0.5的高频密码子中,仅有编码半胱氨酸(Cys)的UGU为共有最优密码子。表明南五味子属4个物种间密码子偏好性较保守,自然选择是影响密码子偏好性的主要因素。研究结果为南五味子属物种鉴定、保护和遗传改良提供了基础。展开更多
文摘为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值小于40;物种间的密码子参数高度保守,GC_(2)对ENC影响较大;有31个密码子RSCU大于1,均以A/U结尾;自然选择在4个物种叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥主导作用;南五味子属4个物种中分别确定了18、17、16和18个最优密码子,共有的最优密码子有14个;在ΔR_(SCU)>0.5的高频密码子中,仅有编码半胱氨酸(Cys)的UGU为共有最优密码子。表明南五味子属4个物种间密码子偏好性较保守,自然选择是影响密码子偏好性的主要因素。研究结果为南五味子属物种鉴定、保护和遗传改良提供了基础。