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球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)叶绿体psaA基因片段的序列分析
被引量:
10
1
作者
杨泽民
章群
+3 位作者
谢数涛
韩博平
吕颂辉
Hodgkiss
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期435-439,共5页
根据GenBank中检索到的南极棕囊藻(Phaeocystisantarctica)psaA基因序列设计psaAL和psaAR引物,对球形棕囊藻(Phaeocystisglobosa)的psaA基因片段进行PCR扩增并测序,获得了629bp的DNA序列。应用ClustalX对球形棕囊藻P1、P2株系和南极棕...
根据GenBank中检索到的南极棕囊藻(Phaeocystisantarctica)psaA基因序列设计psaAL和psaAR引物,对球形棕囊藻(Phaeocystisglobosa)的psaA基因片段进行PCR扩增并测序,获得了629bp的DNA序列。应用ClustalX对球形棕囊藻P1、P2株系和南极棕囊藻的psaA基因片段序列进行比对,结果表明,球形棕囊藻psaA基因片段序列无插入/缺失,核苷酸差异率为3.34%。应用DNAstar分析软件推断球形棕囊藻和南极棕囊藻的psaA基因对应的氨基酸序列和RNA二级结构,发现它们的氨基酸序列差异不大,序列中209个氨基酸只有1个发生了变化,其氨基酸变异率为0.48%;除部分结构域比较相似外,RNA二级结构上体现一定程度的差异,这可能对棕囊藻的分子分类研究有参考价值。因所获得的psaA基因片段序列及氨基酸序列具有种的极端保守性,不适宜用作Phaeocystis属种间的分子分类研究。
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关键词
球形
棕
囊
藻
南极棕囊藻
psaA基因:DNA序列
氨基酸序列
RNA二级结构
藻
类
下载PDF
职称材料
Phaeocystis globosa核糖体大亚基(28SrDNA)的序列分析与分类学意义
被引量:
7
2
作者
杨泽民
章群
+3 位作者
谢数涛
吕颂辉
韩博平
陈丽芬
《海洋环境科学》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第3期4-8,共5页
对一株Phaeocystisglobosa的28SrDNA基因序列测定,共得到碱基大小为1795bp的两个序列片段,其中序列一的长度为970bp,序列二的长度为825bp。将Ph.globosa与Ph.antarctica和Prymnesiumpatelliferum同源序列进行对比,发现Ph.globosa与Ph.an...
对一株Phaeocystisglobosa的28SrDNA基因序列测定,共得到碱基大小为1795bp的两个序列片段,其中序列一的长度为970bp,序列二的长度为825bp。将Ph.globosa与Ph.antarctica和Prymnesiumpatelliferum同源序列进行对比,发现Ph.globosa与Ph.antarctica仅在序列二中有一个碱基插入/缺失,同源性为99.99%,而与Pr.patelliferum相比,有7处插入/缺失,碱基总变异率为6.13%;研究发现序列一中有一个比较明显的高度保守区和两个高变区;序列二中有两个比较明显的高变区、一个保守区和一个高度保守区。对28SrDNA基因RNA二级结构分析发现,DNA序列保守区在RNA二级结构上也非常保守,与DNA序列分析结果一致,都证明28SrDNA基因只适用于种以上水平的分类研究,不宜用于种间和种下水平的研究。
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关键词
球形
棕
囊
藻
南极棕囊藻
定鞭
藻
28SrDNA
RNA
二级结构
下载PDF
职称材料
题名
球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)叶绿体psaA基因片段的序列分析
被引量:
10
1
作者
杨泽民
章群
谢数涛
韩博平
吕颂辉
Hodgkiss
机构
暨南大学水生生物研究所
香港大学生物多样性系
出处
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期435-439,共5页
基金
国家自然科学基金(40106014)
广东省自然科学基金(000760)
文摘
根据GenBank中检索到的南极棕囊藻(Phaeocystisantarctica)psaA基因序列设计psaAL和psaAR引物,对球形棕囊藻(Phaeocystisglobosa)的psaA基因片段进行PCR扩增并测序,获得了629bp的DNA序列。应用ClustalX对球形棕囊藻P1、P2株系和南极棕囊藻的psaA基因片段序列进行比对,结果表明,球形棕囊藻psaA基因片段序列无插入/缺失,核苷酸差异率为3.34%。应用DNAstar分析软件推断球形棕囊藻和南极棕囊藻的psaA基因对应的氨基酸序列和RNA二级结构,发现它们的氨基酸序列差异不大,序列中209个氨基酸只有1个发生了变化,其氨基酸变异率为0.48%;除部分结构域比较相似外,RNA二级结构上体现一定程度的差异,这可能对棕囊藻的分子分类研究有参考价值。因所获得的psaA基因片段序列及氨基酸序列具有种的极端保守性,不适宜用作Phaeocystis属种间的分子分类研究。
关键词
球形
棕
囊
藻
南极棕囊藻
psaA基因:DNA序列
氨基酸序列
RNA二级结构
藻
类
Keywords
Phaeocysitis globosa
Phaeocysitis antarctica
psaA
DNA sequence
Amino acid sequence
Secondary structure of RNA
Algae
分类号
Q943 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
Phaeocystis globosa核糖体大亚基(28SrDNA)的序列分析与分类学意义
被引量:
7
2
作者
杨泽民
章群
谢数涛
吕颂辉
韩博平
陈丽芬
机构
暨南大学水生生物研究所
出处
《海洋环境科学》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第3期4-8,共5页
基金
国家自然科学基金(40106014)
广东省自然科学基金(000760)
文摘
对一株Phaeocystisglobosa的28SrDNA基因序列测定,共得到碱基大小为1795bp的两个序列片段,其中序列一的长度为970bp,序列二的长度为825bp。将Ph.globosa与Ph.antarctica和Prymnesiumpatelliferum同源序列进行对比,发现Ph.globosa与Ph.antarctica仅在序列二中有一个碱基插入/缺失,同源性为99.99%,而与Pr.patelliferum相比,有7处插入/缺失,碱基总变异率为6.13%;研究发现序列一中有一个比较明显的高度保守区和两个高变区;序列二中有两个比较明显的高变区、一个保守区和一个高度保守区。对28SrDNA基因RNA二级结构分析发现,DNA序列保守区在RNA二级结构上也非常保守,与DNA序列分析结果一致,都证明28SrDNA基因只适用于种以上水平的分类研究,不宜用于种间和种下水平的研究。
关键词
球形
棕
囊
藻
南极棕囊藻
定鞭
藻
28SrDNA
RNA
二级结构
Keywords
Phaeocystis globosa
Phaeocystis antarctica
Prymnesium patelliferum
28SrDNA
the secondary structure of RNA
分类号
X55 [环境科学与工程—环境工程]
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)叶绿体psaA基因片段的序列分析
杨泽民
章群
谢数涛
韩博平
吕颂辉
Hodgkiss
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
10
下载PDF
职称材料
2
Phaeocystis globosa核糖体大亚基(28SrDNA)的序列分析与分类学意义
杨泽民
章群
谢数涛
吕颂辉
韩博平
陈丽芬
《海洋环境科学》
CAS
CSCD
北大核心
2004
7
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职称材料
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