认识染色体的三维空间结构对于理解细胞核内基因组的表达、调控等具有重要作用.针对Hi-C数据稀疏和含有噪声的特点,提出了基于流形优化(manifold based optimization,MBO)与参数优化相结合的染色体三维结构预测方法——变参数的基于流...认识染色体的三维空间结构对于理解细胞核内基因组的表达、调控等具有重要作用.针对Hi-C数据稀疏和含有噪声的特点,提出了基于流形优化(manifold based optimization,MBO)与参数优化相结合的染色体三维结构预测方法——变参数的基于流形优化的算法(variable-parameter MBO,VMBO).通过黄金分割算法迭代优化转换参数,将染色体片段间的接触频率转换为空间距离值;然后用MBO算法重构染色体的三维平均结构(consensus structures).在实验部分用模拟数据集和真实的Hi-C数据集进行三维结构预测,预测结果的均方根误差(root mean squared deviation,RMSD)和距离的斯皮尔曼相关系数(distance Spearman correlation coefficient,d SCC)说明了VMBO算法的有效性和鲁棒性.展开更多
文摘针对水文模拟中参数优化问题,提出一整套合理的并行参数优化算法。改进优化算法中的相关算子,提高算法的搜索效率;结合遗传算法、模拟退火算法、粒子群算法和差分进化算法4种算法,进一步提高算法的搜索效率;使用基于MPI(message passing interface)通信子空间的双层主-从并行框架完成实现,减少算法的运行时间。通过调用SWAT(soil and water assessment tool)、HIMS(hydro informatic modeling system)两大模型的参数优化过程进行实验,实验结果表明,该方法能够有效提高Nash-Suttcliffe系数和运行速度,提升了水文模拟中参数优化过程的效率。