目的:采用双硫死亡相关基因构建的风险评分模型在肿瘤免疫景观和预测预后方面具有出色的能力。但缺乏在肺腺癌中的研究报道。本研究探讨双硫死亡相关基因在肺腺癌中的意义及其对患者预后的影响。方法:从肿瘤与癌症基因组图谱(The Cancer...目的:采用双硫死亡相关基因构建的风险评分模型在肿瘤免疫景观和预测预后方面具有出色的能力。但缺乏在肺腺癌中的研究报道。本研究探讨双硫死亡相关基因在肺腺癌中的意义及其对患者预后的影响。方法:从肿瘤与癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载正常肺和肺腺癌样本的基因表达谱及临床信息。使用Deseq2包分析差异基因,采用Cox回归分析差异基因与相关性。利用Timer数据库进行靶基因泛癌分析,按靶基因表达中位数将患者分为高表达组与低表达组,分析靶基因表达与临床特征及预后的关系。通过癌症影像档案馆(The Cancer Imaging Archive,TCIA)数据库分析靶基因和免疫相关性。最后进行临床样本免疫组织化学表达和治疗效果分析。结果:识别出预后相关的双硫死亡相关基因溶质载体家族成员SLC7A11(solute carrier family 7 member 11)、CD2AP(CD2 associated protein)和辅肌动蛋白α4(actinin alpha 4,ACTN4),其中ACTN4的风险比最高。ACTN4在泛癌种中广泛表达,在肺腺癌中显著降低,可以显著区分不同预后的患者。ACTN4的表达与临床分期和免疫检查点表达水平显著相关。临床样本的免疫组织化学结果表明肺腺癌中ACTN4高表达患者对免疫治疗的反应效果较好。结论:双硫死亡相关基因ACTN4在肺腺癌中发挥重要作用,有望为肺腺癌患者的治疗提供一定的参考。展开更多
目的分析双硫死亡(disulfidptosis)相关基因人PDZ和LIM域蛋白1(PDZ and LIM domain protein 1,PDLIM1)m RNA在多种肿瘤中的表达及作用。方法通过仙桃学术网站分析PDLIM1 mRNA的表达情况。利用仙桃学术网站和Sangerbox 3.0数据分析平台探...目的分析双硫死亡(disulfidptosis)相关基因人PDZ和LIM域蛋白1(PDZ and LIM domain protein 1,PDLIM1)m RNA在多种肿瘤中的表达及作用。方法通过仙桃学术网站分析PDLIM1 mRNA的表达情况。利用仙桃学术网站和Sangerbox 3.0数据分析平台探究PDLIM1在33种肿瘤中的诊断和预后能力。利用TISIDB数据库分析PDLIM1与临床分级和分期的相关性。在Sangerbox 3.0数据分析平台和Kaplan-Meier Plotter数据库中分析PDLIM1与肿瘤免疫相关性。通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)。利用Sangerbox 3.0数据分析平台进行富集分析。最后利用GSCA(Gene Set Cancer Analysis)网站分析获得PDLIM1 mRNA表达与药物的敏感性。结果PDLIM1 mRNA在33种肿瘤中表达量存在异质性。PDLIM1在胆管癌(CHOL)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、肾透明细胞癌(KIRC)、肺腺癌(LUAD)、卵巢癌(OV)、胰腺癌(PAAD)、黑色素瘤(SKCM)和睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)中具有良好的诊断能力。PDLIM1在胶质瘤(GBMLGG)、脑低级别胶质瘤(LGG)、混合肾癌(KIPAN)、多形性胶质细胞瘤(GBM)、间皮瘤(MESO)、葡萄膜黑色素瘤(UVM)和肾上腺皮质癌(ACC)中高表达预后差,而在肉瘤中低表达预后差。PDLIM1 mRNA表达与头颈鳞状细胞癌(HIVSC)、肾乳头状细胞癌(KIRP)、子宫内膜癌(UCEC)、子宫癌肉瘤(UCS)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)的分级,以及与宫颈癌、头颈鳞状细胞癌、子宫内膜癌和脑低级别胶质瘤肿瘤的分期有关。PDLIM1与以前列腺癌为首的36种肿瘤的免疫浸润显著相关,且发现在PDLIM1 mRNA高表达的患者中经免疫治疗后的预后相对较好。PDLIM1在生物体内主要通过参与肌动蛋白细胞骨架、细胞黏附、肿瘤相关途径的调节来发挥作用,对以Isoliquiritigenin为首的多种药物敏感。结论PDLIM1与多种肿瘤的临床预后和免疫浸润等方面密切相关,有望成为一种肿瘤诊断和预后生物标志物或治疗靶点。展开更多
目的:探索双硫死亡相关lncRNAs (DRLs)在骨肉瘤(Osteosarcoma, OS)患者中的预后价值。方法:从TCGA数据库中提取OS患者的基因表达和相关临床数据,筛选预后相关DRLs基因,构建预后模型并进行验证。qRT-PCR分析检测相关DRLs在细胞及组织中...目的:探索双硫死亡相关lncRNAs (DRLs)在骨肉瘤(Osteosarcoma, OS)患者中的预后价值。方法:从TCGA数据库中提取OS患者的基因表达和相关临床数据,筛选预后相关DRLs基因,构建预后模型并进行验证。qRT-PCR分析检测相关DRLs在细胞及组织中的表达。CCK-8实验检测si-ASB16.AS1对MG-63细胞增殖能力的影响。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Cox回归用于分析影响骨肉瘤患者预后的因素。结果:筛选出6个预后相关DRLs (RP11.304F15.6、RP11.750H9.5、RP11.313F23.4、RP11.46C2.47、ASB16.AS1和RP11.452C13.1)用于构建预后模型。ROC分析表明,该模型具有较强的预测能力。qRT-PCR分析表明6个DRLs在OS细胞系中表达上调,si-ASB16.AS1可抑制MG-63细胞增殖。并且,ASB16.AS1在OS患者癌组织中的表达也是上调的,ASB16.AS1高表达的OS患者总体生存时间显著短于低表达患者,ASB16.AS1是OS患者一个独立的预后生物标志物。结论:本研究确定了6个DRLs作为OS预后的标志,构建了一个有价值的OS预后模型;并发现ASB16.AS1可参与OS细胞的增殖,是OS患者一个独立的预后生物标志物。Objective: To explore the prognostic value of disulfide death related lncRNAs (DRLs) in patients with osteosarcoma (OS). Methods: The gene expression and related clinical data of OS patients were extracted from TCGA database, and prognostic related DRLs genes were screened to construct a prognostic model. The expression of related DRLs in cells and tissues was detected by qRT-PCR. The effect of si-ASB16.AS1 on the proliferation of MG-63 cells was detected by CCK-8 assay. Kaplan-Meier method was used to draw the survival curve, and Cox regression was used to analyze the factors affecting the prognosis of patients with OS. Results: Six prognostic related DRLs (RP11.304F15.6, RP11.750H9.5, RP11.313F23.4, RP11.46C2.47, ASB16.AS1, and RP11.452C13.1) were selected for constructing a prognostic model. ROC analysis showed that the model had a strong predictive ability. qRT-PCR analysis showed that the expression of six DRLs was up-regulated in OS cell lines, and si-ASB16.AS1 inhibited the proliferation of MG-63 cells. The overall survival time of OS patients with high ASB16.AS1 expression is significantly shorter than that of patients with low ASB16.AS1 expression. Conclusion: 6 DRLs were identified as prognostic markers of OS, and a valuable prognostic model of OS was constructed. It was found that ASB16.AS1 can participate in the proliferation of OS cells and is an independent prognostic biomarker in patients with OS.展开更多
目的基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)双硫死亡相关基因(disulfidptosis-related genes,DRGs)预后风险模型及评价。方法通过生物信息学方法分析TCGA数据库中371例HC...目的基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)双硫死亡相关基因(disulfidptosis-related genes,DRGs)预后风险模型及评价。方法通过生物信息学方法分析TCGA数据库中371例HCC样本及50例癌旁样本中15个DRGs的表达情况,并进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析、Kaplan-Meier(KM)生存分析;通过单因素COX回归分析筛选出有统计学意义的DRGs,通过LASSO回归分析及多因素COX回归分析筛选出关键DRGs构建预后风险模型,并根据风险评分将HCC患者分为高风险组和低风险组,制作KM生存曲线和时间依赖的受试者工作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线进行验证评价。结果与癌旁样本相比,HCC样本15个DRGs中FLNA,MYH9,TLN1,ACTB,MYL6,CAPZB,DSTN,ACTN4,SLC7A11,INF2,CD2AP,PDLIM1和FLNB均表达上调,且差异具有统计学意义(t=1793~6310,均P<0.001);经GO功能注释和KEGG富集分析显示,DRGs主要与肌动蛋白细胞骨架和细胞黏附相关的生物过程或途径密切相关。经KM生存分析结果显示,SLC7A11,INF2,CD2AP,MYL6,ACTB高表达组生存率低于低表达组[HR=1.46(1.03~2.07)~1.93(1.36~2.75),均P<0.05]。通过单因素COX回归分析、LASSO分析及多因素COX回归分析构建预后风险模型riskscore=(0.247×SLC7A11)+(0.289×INF2)+(0.076×CD2AP)+(0.06×MYL6);计算样本的风险评分,风险评分越高,预后不良的HCC患者人数越多;KM生存分析显示高风险组的总生存率比低风险组低;1,3,5年的AUC值分别为0.709,0.661和0.648;通过多因素COX回归分析表明SLC7A11[HR=1.832(1.274~2.636),P=0.001]是独立的预后危险因素。结论四个DRGs构建的预后风险模型在预测HCC患者预后情况有一定的作用。展开更多
文摘目的:采用双硫死亡相关基因构建的风险评分模型在肿瘤免疫景观和预测预后方面具有出色的能力。但缺乏在肺腺癌中的研究报道。本研究探讨双硫死亡相关基因在肺腺癌中的意义及其对患者预后的影响。方法:从肿瘤与癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载正常肺和肺腺癌样本的基因表达谱及临床信息。使用Deseq2包分析差异基因,采用Cox回归分析差异基因与相关性。利用Timer数据库进行靶基因泛癌分析,按靶基因表达中位数将患者分为高表达组与低表达组,分析靶基因表达与临床特征及预后的关系。通过癌症影像档案馆(The Cancer Imaging Archive,TCIA)数据库分析靶基因和免疫相关性。最后进行临床样本免疫组织化学表达和治疗效果分析。结果:识别出预后相关的双硫死亡相关基因溶质载体家族成员SLC7A11(solute carrier family 7 member 11)、CD2AP(CD2 associated protein)和辅肌动蛋白α4(actinin alpha 4,ACTN4),其中ACTN4的风险比最高。ACTN4在泛癌种中广泛表达,在肺腺癌中显著降低,可以显著区分不同预后的患者。ACTN4的表达与临床分期和免疫检查点表达水平显著相关。临床样本的免疫组织化学结果表明肺腺癌中ACTN4高表达患者对免疫治疗的反应效果较好。结论:双硫死亡相关基因ACTN4在肺腺癌中发挥重要作用,有望为肺腺癌患者的治疗提供一定的参考。
文摘双硫仑作为一种治疗慢性酒精中毒的药物在临床中广泛使用。近年来,研究者提出了双硫仑治疗癌症的具体机制,如抑制乙醛脱氢酶(acetaldehyde dehydrogenase,ALDH)的活性、提高细胞内活性氧(reactive oxygen species,ROS)的浓度、抑制核因子kappa-B(nuclear factor kappa-B,NF-κB)的活性,促进与核蛋白定位蛋白4(nuclear protein localization protein 4,NPL4)的结合、抑制FROUNT蛋白等,并在多种癌症模型中证明了双硫仑的抗癌活性。抗肾小球基底膜型肾小球肾炎是急进性肾小球肾炎中的一种类型,该病一旦被确诊,就需要第一时间给予治疗,尽量帮助患者缓解症状、改善预后。研究表明,双硫仑可通过抑制C-C趋化因子受体2型/C-C趋化因子受体5型(C-C chemokine receptor type 2/C-C chemokine receptor type 5,CCR-2/CCR-5)和FROUNT蛋白之间的相互作用来抑制巨噬细胞的迁移、聚集、活化来缓解抗肾小球基底膜型肾小球肾炎,这表明双硫仑对该类患者具有潜在的治疗价值。本文简要回顾了双硫仑最新研究中阐明的相关作用分子机制,展望了未来双硫仑作为新的药物治疗抗肾小球基底膜型肾小球肾炎的前景。
文摘目的:探索双硫死亡相关lncRNAs (DRLs)在骨肉瘤(Osteosarcoma, OS)患者中的预后价值。方法:从TCGA数据库中提取OS患者的基因表达和相关临床数据,筛选预后相关DRLs基因,构建预后模型并进行验证。qRT-PCR分析检测相关DRLs在细胞及组织中的表达。CCK-8实验检测si-ASB16.AS1对MG-63细胞增殖能力的影响。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Cox回归用于分析影响骨肉瘤患者预后的因素。结果:筛选出6个预后相关DRLs (RP11.304F15.6、RP11.750H9.5、RP11.313F23.4、RP11.46C2.47、ASB16.AS1和RP11.452C13.1)用于构建预后模型。ROC分析表明,该模型具有较强的预测能力。qRT-PCR分析表明6个DRLs在OS细胞系中表达上调,si-ASB16.AS1可抑制MG-63细胞增殖。并且,ASB16.AS1在OS患者癌组织中的表达也是上调的,ASB16.AS1高表达的OS患者总体生存时间显著短于低表达患者,ASB16.AS1是OS患者一个独立的预后生物标志物。结论:本研究确定了6个DRLs作为OS预后的标志,构建了一个有价值的OS预后模型;并发现ASB16.AS1可参与OS细胞的增殖,是OS患者一个独立的预后生物标志物。Objective: To explore the prognostic value of disulfide death related lncRNAs (DRLs) in patients with osteosarcoma (OS). Methods: The gene expression and related clinical data of OS patients were extracted from TCGA database, and prognostic related DRLs genes were screened to construct a prognostic model. The expression of related DRLs in cells and tissues was detected by qRT-PCR. The effect of si-ASB16.AS1 on the proliferation of MG-63 cells was detected by CCK-8 assay. Kaplan-Meier method was used to draw the survival curve, and Cox regression was used to analyze the factors affecting the prognosis of patients with OS. Results: Six prognostic related DRLs (RP11.304F15.6, RP11.750H9.5, RP11.313F23.4, RP11.46C2.47, ASB16.AS1, and RP11.452C13.1) were selected for constructing a prognostic model. ROC analysis showed that the model had a strong predictive ability. qRT-PCR analysis showed that the expression of six DRLs was up-regulated in OS cell lines, and si-ASB16.AS1 inhibited the proliferation of MG-63 cells. The overall survival time of OS patients with high ASB16.AS1 expression is significantly shorter than that of patients with low ASB16.AS1 expression. Conclusion: 6 DRLs were identified as prognostic markers of OS, and a valuable prognostic model of OS was constructed. It was found that ASB16.AS1 can participate in the proliferation of OS cells and is an independent prognostic biomarker in patients with OS.
文摘目的基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)双硫死亡相关基因(disulfidptosis-related genes,DRGs)预后风险模型及评价。方法通过生物信息学方法分析TCGA数据库中371例HCC样本及50例癌旁样本中15个DRGs的表达情况,并进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析、Kaplan-Meier(KM)生存分析;通过单因素COX回归分析筛选出有统计学意义的DRGs,通过LASSO回归分析及多因素COX回归分析筛选出关键DRGs构建预后风险模型,并根据风险评分将HCC患者分为高风险组和低风险组,制作KM生存曲线和时间依赖的受试者工作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线进行验证评价。结果与癌旁样本相比,HCC样本15个DRGs中FLNA,MYH9,TLN1,ACTB,MYL6,CAPZB,DSTN,ACTN4,SLC7A11,INF2,CD2AP,PDLIM1和FLNB均表达上调,且差异具有统计学意义(t=1793~6310,均P<0.001);经GO功能注释和KEGG富集分析显示,DRGs主要与肌动蛋白细胞骨架和细胞黏附相关的生物过程或途径密切相关。经KM生存分析结果显示,SLC7A11,INF2,CD2AP,MYL6,ACTB高表达组生存率低于低表达组[HR=1.46(1.03~2.07)~1.93(1.36~2.75),均P<0.05]。通过单因素COX回归分析、LASSO分析及多因素COX回归分析构建预后风险模型riskscore=(0.247×SLC7A11)+(0.289×INF2)+(0.076×CD2AP)+(0.06×MYL6);计算样本的风险评分,风险评分越高,预后不良的HCC患者人数越多;KM生存分析显示高风险组的总生存率比低风险组低;1,3,5年的AUC值分别为0.709,0.661和0.648;通过多因素COX回归分析表明SLC7A11[HR=1.832(1.274~2.636),P=0.001]是独立的预后危险因素。结论四个DRGs构建的预后风险模型在预测HCC患者预后情况有一定的作用。