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2种兰花主要病毒双重一步法RT-PCR检测的影响因素 被引量:3
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作者 黎园 吴竹妍 +3 位作者 孙洁 孙辉 向梅梅 饶雪琴 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期1205-1206,共2页
兰花是花卉产业最重要的观赏植物之一[1],一旦感染上病毒,其观赏价值和经济价值将受到严重影响。近年来,随着兰花产业的迅速发展,兰花国际国内贸易和种质交流十分频繁,建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)和齿兰环斑病毒(Odon... 兰花是花卉产业最重要的观赏植物之一[1],一旦感染上病毒,其观赏价值和经济价值将受到严重影响。近年来,随着兰花产业的迅速发展,兰花国际国内贸易和种质交流十分频繁,建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)和齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)是严重影响兰花生产的2种主要病毒[2-3],有必要建立这两种病毒的高效检测方法。一些研究者对这2种病毒建立了双重RT-PCR检测方法[4-6],但对其检测体系的影响因素研究不多[5]。本试验对此进行了研究,旨在为兰花进出口贸易和安全生产奠定基础。 展开更多
关键词 建兰花叶病毒 齿兰环斑病毒 双重一步法rt-pcr
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双重一步法RT-PCR检测2种主要兰花病毒 被引量:6
2
作者 柳爱春 赵芸 +1 位作者 刘超 张乐 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第27期12960-12961,13009,共3页
[目的]研究建兰花叶病毒(CymMV)和齿兰环斑病毒(ORSV)双重一步法RT-PCR检测方法,为病毒的早期快速诊断提供技术支持。[方法]根据2种病毒的外壳蛋白基因的保守序列分别设计两对特异性引物,并进行双重与单一RT-PCR对比试验。[结果]结果在... [目的]研究建兰花叶病毒(CymMV)和齿兰环斑病毒(ORSV)双重一步法RT-PCR检测方法,为病毒的早期快速诊断提供技术支持。[方法]根据2种病毒的外壳蛋白基因的保守序列分别设计两对特异性引物,并进行双重与单一RT-PCR对比试验。[结果]结果在健康蜘蛛兰被人工接种病毒后第10天和第21天用一步法RT-PCR方法分别获得CymMV和ORSV与预期相符的约764和946 bp扩增产物条带;且双重一步法RT-PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后,出现两条与单一RT-PCR产物相对应的清晰条带,获得较理想的检出效果;扩增产物的核酸序列经BLAST分析,同源性均在85%以上,证实了检测结果的准确性。[结论]该方法具有更加灵敏、特异、快速和简便的特点,适合于两种主要兰花病毒的同时快速检测。 展开更多
关键词 建兰花叶病毒 齿兰环斑病毒 双重一步法RT—PCR
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猪繁殖与呼吸综合征和猪乙型脑炎双重一步法RT-PCR诊断试剂盒的研制 被引量:4
3
作者 余波 谭诗文 +3 位作者 冉懋韬 徐景峨 史开志 杨丽娟 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期152-154,180,共4页
根据GenBank中的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7 N基因、猪乙型脑炎病毒(JEV)NS1基因序列,设计了2对引物,通过反应条件的优化,成功研制了检测PRRSV和JEV的双重一步法RT-PCR诊断试剂盒,扩增产物分别为245、504 bp。敏感性、特异性结... 根据GenBank中的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7 N基因、猪乙型脑炎病毒(JEV)NS1基因序列,设计了2对引物,通过反应条件的优化,成功研制了检测PRRSV和JEV的双重一步法RT-PCR诊断试剂盒,扩增产物分别为245、504 bp。敏感性、特异性结果显示,该RT-PCR诊断试剂盒对2种病毒的最低核酸检测量分别为PRRSV 0.2 ng/L、JEV 0.4 ng/L,而对猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒的扩增结果均为阴性。对52份疑似病猪样品的检测结果表明,该双重一步法RT-PCR诊断试剂盒检测结果与单一PCR检测结果完全符合。结果表明该双重一步法RT-PCR诊断试剂盒具有很好的特异性和敏感性,可用于临床猪繁殖与呼吸综合征和猪乙型脑炎的检测。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 猪乙型脑炎病毒 双重一步法RT—PCR
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鉴别犬瘟热病毒野毒株与疫苗株双重一步法RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:1
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作者 梅胜尧 张玉堂 +2 位作者 张逸民 孙宝海 刘晶 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期75-81,共7页
为了建立一种简单、快速鉴别检测犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的方法,试验根据Gen-Bank中CDV野毒株与疫苗株H基因序列设计鉴别检测引物,建立鉴别CDV野毒株与疫苗株一步法RT-PCR,并验证该方法的特异性、敏感性、重复性及符合性;利用建... 为了建立一种简单、快速鉴别检测犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的方法,试验根据Gen-Bank中CDV野毒株与疫苗株H基因序列设计鉴别检测引物,建立鉴别CDV野毒株与疫苗株一步法RT-PCR,并验证该方法的特异性、敏感性、重复性及符合性;利用建立的鉴别CDV野毒株与疫苗株双重一步法RT-PCR检测方法对2017—2020年采集于江苏省11个不同地市的505份发病犬喉拭子样品和病料样品进行检测,确定CDV野毒株与疫苗株双重一步法RT-PCR的临床适用性。结果表明:该方法对CDV野毒株、CDV疫苗株、CDV野毒株/疫苗株可分别扩增出477 bp、677 bp、477 bp/677 bp的特异性条带,而检测犬细小病毒(CPV)、犬腺病毒(CAV)、犬副流感病毒(CPIV)、犬冠状病毒(CCV)均为阴性;该方法的检测灵敏度为23.1 pg RNA;与RFLP方法的符合率为100%;批内重复性检测和批间重复性检测的结果完全一致;利用该方法检测505份临床样品,CDV野毒株和疫苗株的阳性率分别为8.91%和72.48%。说明建立的鉴别CDV野毒株与疫苗株一步法RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性、重复性、准确性和临床适用性。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 野毒株 疫苗株 一步法rt-pcr 检测方法 应用
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猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立及临床应用
5
作者 龚婷 马辉 +1 位作者 郭宏伟 郑鸣 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第7期18-22,29,共6页
为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-... 为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法,并分析了该方法的特异性、敏感性和重复性;同时应用该方法检测采集自洛阳市的251份临床样品,并对不同地区、不同年份、不同养殖模式的检测结果进行比较分析。结果表明:优化后的退火温度为51℃,模板添加量为5μL,引物添加量为0.5μL;该方法对PEDV变异毒株能够扩增出550 bp特异性条带,而检测的PEDV经典毒株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均为阴性;对PEDV变异毒株RNA的最低检测限达到0.74 ng,对3份PEDV变异毒株阳性病料和3份PEDV变异毒株阴性病料重复检测3次的结果完全一致;检测采集于洛阳市251份临床样品的平均阳性率为29.48%,其中不同地区阳性率介于13.33%~44.44%之间,2018—2022年阳性率介于28.30%~31.58%之间,散养户和规模化猪场的阳性率分别为38.24%和19.13%。说明试验建立的PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法特异、敏感、稳定、准确,洛阳市PEDV变异毒株的流行特点为个别地区较严重的情况、近几年流行率基本持平、散养户流行情况较规模化猪场严重。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 变异毒株 一步法rt-pcr鉴别检测方法 临床应用 流行规律
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牛病毒性腹泻病毒、牛肠道病毒、牛轮状病毒、牛冠状病毒四重一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立与应用 被引量:2
6
作者 季彬 彭轶楠 +2 位作者 叶泽 王莎莎 王治业 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第5期120-127,共8页
为了建立一种能够同时、快速鉴别检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛肠道病毒(BEV)、牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCV)的方法,根据BVDV 5'UTR基因、BEV 5'UTR基因、BRV VP6基因、BCV N基因设计引物,建立了能够同时鉴别检测BVDV、... 为了建立一种能够同时、快速鉴别检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛肠道病毒(BEV)、牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCV)的方法,根据BVDV 5'UTR基因、BEV 5'UTR基因、BRV VP6基因、BCV N基因设计引物,建立了能够同时鉴别检测BVDV、BEV、BRV、BCV的四重一步法RT-PCR方法,该方法检测IBRV、BPIV-3、BRSV均为阴性,对BVDV、BEV、BRV、BCV的核酸检测下线分别为3.28、28.2、23.6、25.0 pg,与现有标准或商品化RT-PCR试剂盒的符合率均为100%,批内和批间重复性试验的检测结果均完全一致,检测222份临床样品的BVDV、BEV、BRV、BCV阳性率分别为15.32%、18.02%、6.31%和4.05%。说明四重一步法RT-PCR方法特异性好、灵敏度高、稳定性强,可用于BVDV、BEV、BRV、BCV的临床鉴别诊断、流行病学调查以及疫病防控。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 牛肠道病毒 牛轮状病毒 牛冠状病毒 一步法rt-pcr
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基因2型鹅星状病毒EvaGreen荧光定量一步法RT-PCR的建立与应用 被引量:1
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作者 赵磊 刘廷惠 +3 位作者 杨贝奇 张留君 刘欣超 张训海 《安徽科技学院学报》 2023年第2期25-32,共8页
目的:建立快速、灵敏、特异的基因2型鹅星状病毒(Goose astrovirus 2,GoAstV-2)检测方法。方法:以GoAstV-2 ORF2基因为靶标,设计特异性检测引物并构建含目标基因的重组质粒作为阳性质粒标准品,以其为模板优化建立一种EvaGreen饱和染料... 目的:建立快速、灵敏、特异的基因2型鹅星状病毒(Goose astrovirus 2,GoAstV-2)检测方法。方法:以GoAstV-2 ORF2基因为靶标,设计特异性检测引物并构建含目标基因的重组质粒作为阳性质粒标准品,以其为模板优化建立一种EvaGreen饱和染料荧光定量一步法RT-PCR检测方法。结果:所建立方法采用dUTP/UDG酶防污染体系,其标准曲线在2.58×10^(1)~2.58×10^(7) copies/μL质粒模板量呈现良好的线性关系,斜率为-3.413,相关系数(R^(2))为0.995,熔解温度T_(M)为(85.5±0.5)℃;该方法对质粒标准品检测灵敏度下限为25.8 copies/μL;该方法特异性检测GoAstV-2,而新城疫病毒(NDV)、H5型禽流感病毒(AIV-H5)、禽呼肠孤病毒(ARV)等11种常见禽传染病病原检测结果均为阴性。重复性试验显示,组内和组间变异系数均小于2%,表明其具有良好的重复性。GoAstV-2感染病死鹅组织定量检测显示,心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腺胃、胰腺、小肠、大脑和肌肉组织均可检测出GoAstV-2,其中肾脏病毒含量最高(2.58×10^(11) copies/g),大脑和肌肉组织含毒量较低。32份临床送检病死鹅组织样品的检测显示,9份存在GoAstV-2感染,阳性率为28.1%。结论:EvaGreen荧光定量一步法RT-PCR能高效检测GoAstV-2,可应用于禽类GoAstV-2感染的诊断和净化检测。 展开更多
关键词 基因2型鹅星状病毒 荧光定量一步法rt-pcr EvaGreen
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一步法双重RT-PCR检测SARS冠状病毒技术研究 被引量:4
8
作者 周敦金 唐少文 +5 位作者 王斌 杨华芬 刁平 许青 刘斌 杨继红 《中国病毒学》 CSCD 2003年第3期232-236,共5页
参照WHO公布的PCR检测SARS相关冠状病毒的引物序列,我们合成了4对引物,建立了一步法RT-PCR检测SARS相关冠状病毒的方法。利用该方法,对武汉市非典型肺炎疑似病例喉漱液进行了SARS相关冠状病毒检测,其中w20用4对引物检测均在相应的位置... 参照WHO公布的PCR检测SARS相关冠状病毒的引物序列,我们合成了4对引物,建立了一步法RT-PCR检测SARS相关冠状病毒的方法。利用该方法,对武汉市非典型肺炎疑似病例喉漱液进行了SARS相关冠状病毒检测,其中w20用4对引物检测均在相应的位置出现了DNA条带,W1只有BNIin-s/as引物出现预期产物。同时我们将样品W20的RT-PCR扩增产物进行了序列测定,结果显示该片段序列与其他地区和国家分离的SARS冠状病毒基因高度同源性,这进一步说明RT-PCR扩增的产物是SARS冠状病毒基因片段。在此基础上我们又建立了四种SARS冠状病毒一步法双重RT-PCR检测方法,在一个RT-PCR反应中用两套引物同时对SARS冠状病毒基因两个不同的片段进行检测,检测结果具有更高的特异性。 展开更多
关键词 一步法双重rt-pcr 检测 SARS 冠状病毒 非典型肺炎
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猪腹泻病毒一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法的建立及应用 被引量:6
9
作者 王一丹 杨发龙 +2 位作者 陈弟诗 向华 任玉鹏 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期179-192,共14页
【目的】建立一种可同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株、猪A群轮状病毒(GARV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪阿尔法冠状病毒(SADS-CoV)及猪捷申病毒(PTV)5种猪腹泻病毒的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法。为猪腹泻病的快速诊... 【目的】建立一种可同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株、猪A群轮状病毒(GARV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪阿尔法冠状病毒(SADS-CoV)及猪捷申病毒(PTV)5种猪腹泻病毒的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法。为猪腹泻病的快速诊断和流行病学调查提供高效灵敏的工具。【方法】对PEDV多个基因型毒株ORF3基因比对分析,以PEDV野毒株为模板,对疫苗株ORF3基因稳定缺失区域设计特异性探针,并在两端保守区域设计上下游引物;在靠近GARV G3、G4、G5和G9型NSP5基因5′端保守碱基区域设计引物及探针,并加入简并碱基。同时,分别选择PDCoV M基因、PTV 5′UTR序列、SADS-CoV N基因等保守基因设计特异性引物及探针,用于多重荧光定量PCR方法的建立。对引物、探针浓度和退火温度进行优化;用RStudio参照代码绘制ROC曲线,确定检测方法的敏感度值、特异度值及曲线下面积AUC,并计算Youden指数,最终确定检测临界值;从阳性核酸中扩增靶基因,并克隆至pEASY-T1载体。通过体外转录,获得5种标准品分别命名为:cRNA-PEDV、cRNA-GARV、cRNA-PDCoV、cRNA-PTV和cRNA-SADS-CoV。对检测方法的敏感性、特异性和重复性等进行评估;并与同类方法对临床样本的检测符合率进行比较。【结果】得到了5种病原检测的最佳引物、探针浓度和最佳退火温度。根据ROC曲线确定PEDV、GARV、PDCoV、PTV和SADS-CoV临界CT值分别为:35.78、34.25、34.98、34.60和35.70;5种病原的检测下限均可达到1×10^(2) copies/μL,标准曲线线性关系良好,扩增效率在96.3%-104%之间;该方法对PEDV CV777疫苗株、PEDV AJ1102疫苗株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)、猪霍乱沙门氏菌(S.choleraesuis)、多杀性巴氏杆菌(P.multocida)、大肠杆菌(E.coli)、猪链球菌(S.suis)和葡萄球菌(S.aureus)等多种菌毒株均不检出,具有良好的特异性;经重复性检验,组内变异系数在0.22%-3.08%之间,组间变异系数在0.89%-4.0%之间;对242份临床样本检测并与同类方法的检测结果进行比较,符合率分别为:PEDV 97.9%、GARV 98.8%、PDCoV 100%、PTV98.3%和SADS-CoV100%,Kappa值均大于0.9。对PEDV野毒株的检测准确性高于同类方法。此外,对临床样本检测结果显示,当前四川省腹泻猪群中尚无SADS-COV检出;但PEDV、GARV、PDCoV和PTV仍持续流行,其总体阳性率分别达到:10.7%(26/242)、13.6%(33/242)、18.2%(44/242)和14.5%(35/242),且各腹泻病原之间存在不同形式和程度的混合感染,使感染猪腹泻病情加剧。故需进一步加强几种猪腹泻病毒在本地区猪群中流行情况调查和遗传变异规律研究,为制定更具针对性的防控措施提供依据。【结论】本研究成功建立了一种同时检测PEDV野毒、PDCoV、SADS-CoV和GARV、PTV多基因型的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR,为猪腹泻病的快速鉴别诊断和流行病学调查提供了一种高效灵敏的工具。 展开更多
关键词 一步法多重TaqMan荧光定量rt-pcr 猪腹泻相关病毒 鉴别诊断 检测临界值
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猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒一步法双重RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:8
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作者 胡鸿惠 南文金 +2 位作者 黄健强 吴静波 彭国良 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第9期2279-2284,共6页
本研究旨在建立一种用于临床腹泻病例中猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)快速检测的一步法双重RT-PCR方法。根据GenBank中收录的PEDV和TGEV的基因序列,分别设计两对特性引物,经最佳反应条件的优化和选择,结果显示,该... 本研究旨在建立一种用于临床腹泻病例中猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)快速检测的一步法双重RT-PCR方法。根据GenBank中收录的PEDV和TGEV的基因序列,分别设计两对特性引物,经最佳反应条件的优化和选择,结果显示,该一步法双重RT-PCR检测方法能同时特异性扩增PEDV和TGEV,该方法可检测到稀释度1×10-5的疫苗毒。应用本方法检测2015年度实验室收集的疑似样品,PEDV阳性率为100%。本研究建立的方法快速、敏感性高、特异性强,可用于临床PEDV和TGEV的快速检测及流行病学调查。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒(PEDV) 猪传染性胃肠炎病毒(TGEV) 双重rt-pcr
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一步法CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR诊断方法的建立与初步应用 被引量:3
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作者 袁秀芳 路斌 +2 位作者 徐丽华 李军星 王一成 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期537-543,共7页
根据猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,分别设计了1对特异性引物和1条Taq Man探针,建立了一步法检测CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法特异性高,与PCV2,PRV,PPV,PEDV,JEV,BVDV无交叉反应... 根据猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,分别设计了1对特异性引物和1条Taq Man探针,建立了一步法检测CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法特异性高,与PCV2,PRV,PPV,PEDV,JEV,BVDV无交叉反应;可以检出20个拷贝数的模板RNA,比常规RT-PCR方法的灵敏度高10倍;对同一样品进行4次重复试验,变异系数(CV)低于4%,方法重复性好。应用建立的荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR对50份疑似病例组织进行检测,结果荧光定量RT-PCR检出30份PRRSV阳性,13份CSFV阳性,均高于常规RT-PCR方法的检出数(24份PRRSV阳性,10份CSFV阳性)。本研究建立的双重实时荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异性好、灵敏度高的特点,可用于PRRSV和CSFV的实验室快速诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 猪繁殖与呼吸综合征病毒 双重实时荧光定量rt-pcr
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柑橘黄脉病毒一步法RT-PCR快速检测技术探究 被引量:1
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作者 刘顺民 杜丹超 +6 位作者 蒲占湑 朱莉 张利平 吕佳 黄振东 陈国庆 鹿连明 《浙江农业科学》 2023年第11期2742-2748,共7页
本研究通过对柑橘黄脉病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)的三基因盒基因、病毒外壳蛋白基因及23 K基因序列分析并设计出7对引物,对引物特异性和灵敏度进行比较,筛选出能够应用于实验室一步法RT-PCR快速检测CYVCV的引物,由... 本研究通过对柑橘黄脉病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)的三基因盒基因、病毒外壳蛋白基因及23 K基因序列分析并设计出7对引物,对引物特异性和灵敏度进行比较,筛选出能够应用于实验室一步法RT-PCR快速检测CYVCV的引物,由此建立起针对CYVCV一步法RT-PCR快速检测体系。结果表明:引物对TGB1-F/R能从柑橘总RNA稀释160000倍(0.004 ng·μL^(-1))的稀释液中检测出CYVCV,利用该体系对607份田间随机样品进行检测,CYVCV的感染率为10.05%,说明该体系可靠稳定,适用于实验室里的大量检测;一步法RT-PCR获得CYVCV的TGB1、TGB2、TGB3、CP和23 K的特异性片段,片段序列长度分别为678、327、183、978和669 bp,通过克隆和测序结果比对显示,各片段与已报道的CYVCV病毒序列具有较高的同源性,同源性均在99%以上。 展开更多
关键词 柑橘黄脉病毒 一步法rt-pcr 快速检测
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牛病毒性腹泻病毒分型一步法RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 金艳 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第4期67-73,共7页
为了建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型检测方法,并掌握长春地区BVDV的流行规律。本研究根据BVDV-1型和BVDV-2型的5’-UTR基因序列差异设计鉴别检测引物,经一步法RT-PCR反应条件的优化,建立了BVDV分型一步法RT-PCR检测方法,并应用该方... 为了建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型检测方法,并掌握长春地区BVDV的流行规律。本研究根据BVDV-1型和BVDV-2型的5’-UTR基因序列差异设计鉴别检测引物,经一步法RT-PCR反应条件的优化,建立了BVDV分型一步法RT-PCR检测方法,并应用该方法对长春地区采集的380份样品进行检测。结果表明:该方法最佳退火温度为51℃,最佳模板含量为5.7μg,检测牛肠道病毒(BEV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛轮状病毒(BRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)均为阴性;对BVDV-1型和BVDV-2型的检测灵敏度可以分别达到0.58 ng RNA和0.51 ng RNA,相对于病毒分离方法的符合率为92.31%,长春地区BVDV阳性率为24.21%,其中BVDV-1和BVDV-2阳性率分别为15.53%和7.37%。以上结果表明,本研究建立的BVDV分型一步法RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和准确性,长春地区BVDV的流行优势基因型为BVDV-1型。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 分型 一步法rt-pcr检测方法 流行优势基因型
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2种鹅星状病毒一步法双重RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:2
14
作者 杨颖 肖亦辰 +8 位作者 马平 赵冬敏 章丽娇 李银 刘青涛 杨婧 刘宇卓 韩凯凯 黄欣梅 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第6期1612-1619,共8页
为建立能同时快速鉴别新型鹅星状病毒和鹅星状病毒变异株的检测方法,根据新型鹅星状病毒的ORF2基因和鹅星状病毒变异株的ORF1a基因的保守区域序列,设计并合成2对特异性引物。通过优化反应体系及反应条件,建立了能同时检测2种鹅星状病毒... 为建立能同时快速鉴别新型鹅星状病毒和鹅星状病毒变异株的检测方法,根据新型鹅星状病毒的ORF2基因和鹅星状病毒变异株的ORF1a基因的保守区域序列,设计并合成2对特异性引物。通过优化反应体系及反应条件,建立了能同时检测2种鹅星状病毒的一步法双重RT-PCR检测方法。该方法可同时扩增出新型鹅星状病毒658 bp和鹅星状病毒变异株381 bp的特异性条带,对坦布苏病毒、鹅细小病毒、鹅副黏病毒、H9N2亚型禽流感病毒、大肠杆菌和沙门菌的扩增结果均为阴性,具有良好的特异性。对新型鹅星状病毒和鹅星状病毒变异株重组质粒的最低检测量分别是1μl 1.71×103拷贝和1μl 1.70×103拷贝,敏感性良好,并且具有良好的重复性。应用该方法对临床采集的雏鹅泄殖腔拭子进行检测,结果显示,124份样品中新型鹅星状病毒阳性率为45.16%,鹅星状病毒变异株阳性率为28.23%,2种鹅星状病毒均为阳性的占11.29%,与单一RT-PCR方法检测结果符合率为100.00%。本研究建立的一步法双重RT-PCR检测方法快速简便,特异性强、灵敏度高,可用于临床样品的鉴别诊断,该方法的建立对2种鹅星状病毒病的流行病学调查和有效防控以及混合感染的致病性研究具有重要意义。 展开更多
关键词 新型鹅星状病毒 鹅星状病毒变异株 一步法双重rt-pcr
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猪源牛病毒性腹泻病毒与猪瘟病毒一步法双重RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用 被引量:5
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作者 梁洪 王怀禹 +1 位作者 粟元文 魏玲 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2021年第10期25-29,共5页
为了建立一种快速鉴别检测猪源牛病毒性腹泻病毒(猪源BVDV)和猪瘟病毒(CSFV)的方法,根据GenBank中猪源BVDV和CSFV 5′UTR基因序列分别设计合成特异性检测引物,经一步法双重RT-PCR反应条件的优化,建立了鉴别检测猪源BVDV和CSFV的一步法双... 为了建立一种快速鉴别检测猪源牛病毒性腹泻病毒(猪源BVDV)和猪瘟病毒(CSFV)的方法,根据GenBank中猪源BVDV和CSFV 5′UTR基因序列分别设计合成特异性检测引物,经一步法双重RT-PCR反应条件的优化,建立了鉴别检测猪源BVDV和CSFV的一步法双重PCR方法。该方法对猪源BVDV、CSFV、猪源BVDV/CSFV混合物可分别扩增出185、342、185 bp和342 bp的特异性条带,检测PRRSV、PRV、PPV、PCV-2、PEDV、JEV、TGEV均为阴性,对猪源BVDV、CSFV、BVDV/CSFV混合物的RNA检测灵敏度分别达0.95 ng、0.85 ng、8.0 ng,与猪源BVDV一步法RT-PCR检测方法、CSFV一步法RT-PCR检测方法的符合率均为100%。该方法在检测94份疑似CSFV感染病料样品的临床应用中,猪源BVDV阳性率为14.89%,CSFV阳性率为24.47%,猪源BVDV/CSFV混合感染率为5.32%。表明该一步法双重RT-PCR鉴别检测方法具有良好的特异性、敏感性、重复性、准确性和临床适用性,可用于临床病料样品中猪源BVDV和CSFV的快速鉴别检测,为基层兽医工作者开展猪源BVDV和CSFV的临床鉴别诊断和流行病学监测,提供了一种简单、有效的分子生物学鉴别检测方法。 展开更多
关键词 猪源牛病毒性腹泻病毒 猪瘟病毒 一步法 双重rt-pcr 鉴别检测
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PEDV和TGEV双重TaqMan荧光定量一步法RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:13
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作者 侯月娥 伍建敏 李中圣 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2017年第1期19-25,共7页
本文通过对猪腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)基因组生物信息学分析,分别在两种病毒基因保守区设计特异性探针和Real-Time PCR引物,并建立了检测PEDV和... 本文通过对猪腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)基因组生物信息学分析,分别在两种病毒基因保守区设计特异性探针和Real-Time PCR引物,并建立了检测PEDV和TGEV的双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,本研究建立的方法对其他常见病毒无交叉检出,具有较强的特异性;应用本方法对PEDV和TGEV检测灵敏度均可达101个拷贝。应用本法组装PEDV和TGEV双重实时荧光定量PCR试剂盒,该试剂盒批次内、批次间的变异系数CV(coefficient of variation,CV)分别低于0.58%和3.7%。应用该试剂盒对97份病例进行检测,阳性率提高了14.93%。本研究建立的一步法荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异性好、灵敏度高、定量且重复性和稳定性好等优点,在PEDV和TGEV感染的快速鉴别诊断,以及流行病学调查方面都有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 双重TaqMan实时荧光定量rt-pcr
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猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒一步法双重荧光RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:3
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作者 于新友 李天芝 《中国动物检疫》 CAS 2018年第4期88-91,共4页
为建立猪瘟病毒(CSV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)现场快速鉴别检测方法,参照GenBank中CSV和PRRSV特异性基因序列,设计特异引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,建立了检测CSV和PRRSV的一步法荧光RT-PCR方法,并验证了该方法的特异性... 为建立猪瘟病毒(CSV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)现场快速鉴别检测方法,参照GenBank中CSV和PRRSV特异性基因序列,设计特异引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,建立了检测CSV和PRRSV的一步法荧光RT-PCR方法,并验证了该方法的特异性、敏感性、重复性。结果显示,该方法检测CSV和PRRSV的灵敏度分别可达0.25和1.99 TCID_(50)/100μL,对猪细小病毒(PPV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的检测结果均为阴性。本试验建立的TaqMan一步法荧光定量RT-PCR检测方法,可对CSV和PRRSV进行快速诊断,适合现场检测。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 猪繁殖与呼吸综合征病毒 现场检测 TagMan 一步法 荧光rt-pcr
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鹅星状病毒基因Ⅰ型和Ⅱ型双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:3
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作者 王宏宇 朱寅初 +2 位作者 云涛 张存 鲍恩东 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1616-1623,共8页
鹅星状病毒(goose astroviruses,GAstV)作为一种雏鹅新发病原,对养鹅业造成巨大经济损失,在尚无有效治疗手段情况下,加强疫病及时检测和防控十分重要。为建立快速、特异且灵敏的鉴别GAstVⅠ型和GAstVⅡ型的病毒检测方法,本研究根据GAst... 鹅星状病毒(goose astroviruses,GAstV)作为一种雏鹅新发病原,对养鹅业造成巨大经济损失,在尚无有效治疗手段情况下,加强疫病及时检测和防控十分重要。为建立快速、特异且灵敏的鉴别GAstVⅠ型和GAstVⅡ型的病毒检测方法,本研究根据GAstVⅠ和GAstVⅡ的保守区域RdRp基因序列,设计合成2对特异性引物和2种不同荧光基团标记的TaqMan探针,建立了一种双重荧光定量PCR检测方法,以达到在同一反应体系中同时定量检测GAstVⅠ和GAstVⅡ的目的。结果显示,GAstVⅠ和GAstVⅡ的最小检出量分别为43.3、6.49 copies·μL^(-1);重复试验的变异系数不超过0.5%;该方法对DPV、GPV、GTMUV、GRV、AIV(H9N2)等病毒核酸无交叉反应。综上表明,本研究建立的可鉴别GAstVⅠ和GAstVⅡ的双重荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好。可用于临床GAstVⅠ和GAstVⅡ的快速鉴别诊断,也可用于两种基因型GAstV的定量分析。 展开更多
关键词 鹅星状病毒Ⅰ型 鹅星状病毒Ⅱ型 双重荧光定量rt-pcr TAQMAN探针
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一步法RT-PCR检测禽呼肠孤病毒的研究 被引量:17
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作者 廖敏 谢芝勋 +5 位作者 谢志勤 刘加波 庞耀珊 邓显文 唐小飞 何竞铭 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期53-55,共3页
根据已发表的禽呼肠孤病毒 (ARV)S1 1 3 3株S1基因序列 ,设计合成了一对扩增跨幅为 5 3 2bp的引物。这对引物对ARV标准株、分离株以及人工感染SPF鸡跗关节组织抽提的核酸进行一步法RT_PCR扩增 ,即将反转录和PCR反应在一个PCR反应管中一... 根据已发表的禽呼肠孤病毒 (ARV)S1 1 3 3株S1基因序列 ,设计合成了一对扩增跨幅为 5 3 2bp的引物。这对引物对ARV标准株、分离株以及人工感染SPF鸡跗关节组织抽提的核酸进行一步法RT_PCR扩增 ,即将反转录和PCR反应在一个PCR反应管中一次性完成。结果该方法对ARV 4个标准株和 5个分离株的扩增均获得了与预期大小一致的RT_PCR产物 ,而对照样品的扩增全为阴性 ;该方法最低可检测到 0 .1 6ng的ARVRNA ,还可以直接从感染鸡关节组织抽提的核酸中检测到ARVRNA。表明该一步法RT_PCR对于ARV的检测是可行的。 展开更多
关键词 一步法rt-pcr 检测 禽呼肠孤病毒
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鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR检测方法的建立和应用 被引量:23
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作者 张帅 云涛 +5 位作者 叶伟成 邓晓辉 崔言顺 华炯钢 张存 张燕 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第1期37-40,共4页
鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)是一种新发现可引起鸭产蛋下降的新型黄病毒,建立一种病原学检测方法对于疫病的诊断和流行病学研究具有重要意义。在对DTMUV序列的比对分析的基础上,设计了1对特异性引物,通过优化PCR反应条件,... 鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)是一种新发现可引起鸭产蛋下降的新型黄病毒,建立一种病原学检测方法对于疫病的诊断和流行病学研究具有重要意义。在对DTMUV序列的比对分析的基础上,设计了1对特异性引物,通过优化PCR反应条件,建立了DTMUV的一步法RT-PCR检测方法。该方法具有特异、快速、敏感、准确等特点,可以检出1.82个TCID50的病毒核酸。对2010年至2011年6月份前的106份产蛋下降鸭群临床病料进行了检测,结果显示样品阳性率为46.2%,表明DTMUV在浙江及其周边省份的产蛋鸭群具有较高的感染率。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 一步法rt-pcr 临床检测
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