犬冠状病毒和犬细小病毒双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性验证与临床样品检验。结果:CCoV与CPV阳性参考质粒浓度在10^(2)~10^(7) copies/μL,CCoV与CPV的标准曲线R^(2)分别为0.999与0.996,线性关系良好,CCoV与CPV的最低检测限均为5 copies/μL,与其他病原无交叉反应,组内与组间的变异系数均小于1.38%,说明该方法灵敏度高、特异性强、重复性良好;对113份临床样本进行检测,与普通PCR比较,该方法对CCoV和CPV的检出率较高,分别为37.2%和40.7%。研究表明,本试验建立的CCoV和CPV双重荧光定量PCR方法检测效果良好,为相关疾病的临床诊断、流行病调查等提供了有力工具。

miR-451a和miR-21-5p双重实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用

目的为了提高微量样本中miRNA的检测通量和检测效率,本文建立了一种能够同时准确定量两种miRNA的双重实时荧光定量PCR(real time fluorogenic quantitative PCR)检测体系,并通过实际样本检测验证其应用于体液鉴别的效果。方法设计适用于miRNA双重检验的相关引物及探针并优化实验体系组分,建立基于TaqMan技术的miRNA双重实时荧光定量PCR检测体系并验证其特异性、灵敏度和可重复性;使用此检测体系对58份不同体液样本中的miR-451a与miR-21-5p进行检测,并借助miR-451a与miR-21-5p的比值鉴定法评估该体系的体液鉴别能力;使用该检测体系样本数据确定的最佳截断值对模拟案件样本进行鉴别。结果优化的检测体系能够实现对血液与非血液、月经血与外周血的100%区分,同时可以实现对模拟案件样本的准确鉴别。结论该双重实时荧光定量PCR检测体系将时间和材料成本均缩短至原来的一半,为后续建立更多重的实时荧光定量PCR检测体系并应用于体液鉴别打下了基础。

羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR方法的建立

为了寻找一种能够鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株与其他布氏杆菌菌株的双重实时荧光定量PCR检测方法。针对布氏杆菌菌株的16S rRNA和Bp26基因,各设计一套引物和探针,并优化反应体系和反应程序。以布氏杆菌A19、S2、M5-90和M5-90△26四种疫苗株以及大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的特异性。克隆构建PCR_16S rRNA_Bp26标准品,通过倍比稀释进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的灵敏度。使用该方法与虎红平板凝集试验、试管凝集试验进行检测结果对比,评价该方法的可行性。结果显示,本方法特异性好,布氏杆菌A19、S2、M5-90三种疫苗株均同时出现Bp26基因和16S rRNA基因的扩增,布氏杆菌M5-90△26疫苗株只出现16S rRNA基因的扩增,大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌均未出现扩增曲线。该方法建立的16S rRNA基因序列扩增通道和Bp26基因序列扩增通道对标准品的最低检测限均达5 copies/μL。该方法对临床样本的检测结果与虎红平板凝集试验、试管凝集试验检测结果符合率较高,说明建立的羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR检测方法可用于临床的检测,为鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株免疫与布氏杆菌野毒株感染提供一种可行的检测方法。

基于非洲猪瘟病毒B646 L和I177L基因双重实时荧光定量PCR鉴别ASFV-G-ΔI177 L疫苗株的检测方法

为建立一种可鉴别非洲猪瘟病毒(ASFV)野毒株与ASFV-G-ΔI177L(I177L基因缺失株)疫苗株的实时荧光定量PCR检测方法,本试验针对非洲猪瘟病毒B646L与I177L两种基因保守性高的区域,分别设计了引物和探针,通过引物、探针最佳工作浓度筛选和退火温度优化,建立了一种双重实时荧光定量PCR核酸检测方法,并验证该方法的敏感性、特异性、重复性。结果显示,该检测方法建立的标准曲线线性关系良好,R2均>0.99;对pUC57-B646L和pUC57-I177L质粒标准品最低检出限均为10 copies/μL;与其他常见猪病病原无交叉反应,特异性强;批内变异系数为0.11%~1.39%,批间变异系数为0.21%~0.96%,均小于1.4%,重复性和稳定性良好。结果表明,本试验成功建立了一种性能良好的非洲猪瘟病毒B646L与I177L基因双重实时荧光定量PCR核酸检测方法,可为临床上非洲猪瘟病毒野毒株和ASFV-G-ΔI177L疫苗株的检测和鉴别提供技术支撑。

空肠弯曲菌和沙门菌双重实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种空肠弯曲菌和沙门菌的双重实时荧光定量PCR检测方法,根据空肠弯曲菌的保守基因hipO和沙门菌的保守基因invA分别设计合成引物和TaqMan探针,分别使用FAM、JOE作为探针报告基团,TAMRA作为探针淬灭基团。优化反应体系及条件,建立适用于检测食品中空肠弯曲菌和沙门菌的双重实时荧光定量PCR方法。结果显示,该检测方法特异性强,灵敏度高,空肠弯曲菌检测限可达10CFU/mL,沙门菌检测限达230CFU/mL。表明建立的双重实时荧光定量PCR可为实现食品中空肠弯曲菌和沙门菌的同时检测提供新方法。

双重实时荧光定量PCR检测人维生素D受体的方法学构建

目的 建立单管检测人维生素D受体（VDR）及甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）基因的双重实时荧光定量聚合酶链反应（dual real-time PCR）的方法。方法 以GAPDH基因为内参,采用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物及Taq Man探针,进行PCR扩增检测VDR基因。将VDR及GAPDH扩增产物片段纯化后克隆构建成重组质粒,作为定量检测基因表达的标准品,并用于分析该方法的灵敏度和重复性。结果 PCR扩增产物经测序分析证实为VDR及GAPDH特异性片段;该方法检测VDR与GAPDH灵敏度达40拷贝/μL;线性范围为4.00×10~1~4.00×10~5拷贝/μL;决定系数R2分别为0.998、0.999;扩增效率E分别为96.10%、85.15%;批内变异系数（CV）分别为0.09%~1.21%、0.35%~0.88%;批间CV分别为0.17%~0.51%、0.51%~2.46%。结论 成功建立了单管检测人VDR及GAPDH的双重实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好、灵敏度高、可快速高通量检测VDR的相对表达量,有效缩短时间,减小实验误差。

PDCoV与TGEV双重实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

试验旨在建立快捷、高效而准确的鉴别诊断猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)与传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)的双重实时荧光定量PCR方法。通过绘制双重实时荧光定量PCR的标准曲线,检验该方法的特异性、敏感性和重复性,并对临床样品进行检测。结果显示,双重实时荧光定量PCR方法的循环阈值与PDCoV和TGEV质粒拷贝数的对数之间存在良好的线性关系,且对应的相关系数分别为R2(P)=0.9994和R2(T)=0.996;能特异性地检测PDCoV和TGEV,而与PEDV、PRV、PRRSV、CSFV和RV无交叉反应,具有较强的特异性;检验PDCoV与TGEV质粒标准品的最低检测限度分别达到2和20拷贝/μL,且分别比常规RT-PCR高1000和100倍,具有较高的敏感度;PDCoV与TGEV的批内和批间重复性检测的Ct均值基本相同,且变异系数(CV)均<2%,具有较好的重复性。用该方法对114份仔猪腹泻样品检测结果显示,PDCoV和TGEV的阳性率分别为5.6%(6/114)和8.8%(10/114),混合感染检出率为4.6%(5/114),比常规RT-PCR具有更高的检出率和敏感性。结果表明,本试验建立的双重实时荧光定量PCR方法具有特异性强、灵敏度高、重复性和稳定性好等优点,适用于病毒早期诊断和批量临床样品检测,为疾病防控、流行病学调查及相关性研究提供了技术支持及数据参考。

双重实时荧光定量PCR技术检测中药制剂中沙门氏菌和大肠埃希菌

目的:建立双重实时荧光定量PCR(multiplex quantitative real-time PCR,multiplex qPCR)快速检测中药制剂中沙门氏菌和大肠埃希菌2种常见控制菌的方法。方法:筛选两种目标菌株的特异性引物与探针,扩增沙门氏菌的invA基因和大肠埃希菌的uidA基因,优化反应体系,建立双重荧光定量PCR方法。结果:两对引物探针对沙门氏菌和大肠埃希菌均有较好地扩增效率,人工污染中药制剂中沙门氏菌的检出限为101 CFU·mL^(-1),大肠埃希菌的检出限为101 CFU·mL^(-1)。结论:本研究建立的双重实时荧光定量PCR方法具有特异性强、重复性好,灵敏度高等特点、适用于中药制剂中沙门氏菌和大肠埃希菌的快速检测。

橙汁饮料中橙与橘成分双重实时荧光定量PCR检测技术

目的:建立双重实时荧光定量PCR检测橙汁饮料中橙与橘成分的方法。方法:通过设计和筛选橙、橘成分的引物和探针,检测水果寻找橙和橘的荧光扩增规律,利用橙和橘在FAM/VIC两个荧光通道上的比值差异来判定橙、橘成分。采用模拟橙汁掺杂柑橘汁试验验证方法检测的最低掺杂比例,对市售橙汁饮料进行检验来验证方法可行性。结果:纯橙水果在FAM和VIC两通道均有荧光扩增曲线,FAM/VIC通道荧光比值在0.5±0.2的范围内,而纯橘水果仅在FAM通道有很强的荧光扩增曲线。模拟掺杂试验中,可以检测出橙汁中掺有10%及以上的柑橘汁。结论:该方法能够检测橙汁饮料中的橙和橘成分,可用于市售橙汁饮料的鉴伪。

牛结节性皮肤病病毒与山羊痘病毒双重TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立

为建立可快速鉴别牛结节性皮肤病病毒(LSDV)与山羊痘病毒(GTPV)的方法,通过对GenBank中公布的LSDV和GTPV的全基因序列进行比对分析,靶向LSDV基因组的保守区域设计了1对特异性的引物和2条TaqMan探针,经反应条件优化后,建立了一种LSDV和GTPV的双重TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并评估其敏感性、重复性、特异性。结果表明,本方法能从LSDV、GTPV、绵羊痘病毒、羊口疮病毒、牛病毒性腹泻病毒、口蹄疫病毒6种常见的牛源性疾病病原中成功鉴别LSDV和GTPV,具有良好的特异性。LSDV和GTPV基因组的最低检测下限都为3.37×10~1copies/μL。组内、组间变异系数均小于1%。运用本方法对10份临床样品进行检测,符合率达到100%。综上所述,本方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可快速鉴别出样品中的LSDV和GTPV,解决了目前国内容易造成的牛结节性皮肤病漏诊的问题,为全面控制国内牛结节性皮肤病疫情提供了新的技术手段。

猪瘟野毒株与疫苗株双重TapMan实时定量PCR方法的建立与应用

为实现对猪瘟野毒株与疫苗株之间的快速鉴别,本试验建立了一种猪瘟野毒株与疫苗株的双重TapMan实时定量PCR的检测方法。通过对Gen Bank公布的猪瘟病毒野毒株及疫苗株的全基因组序列进行比对和分析,设计出2对特异性引物及2条TapMan探针,经反应体系及反应条件优化后,对其特异性、稳定性及敏感性进行了验证。结果显示,本方法能特异性地对猪瘟野毒株及疫苗株进行鉴别检测,并且不与其他常见的猪源病毒产生交叉反应,组内和组间检测变异系数均小于1%,敏感性较普通RT-PCR分别高出100倍和1 000倍以上,且野毒株与疫苗株的最低检测下限分别在1.3 copies/μL和1.58 copies/μL。应用本方法对实验室保存的甘肃某猪场猪瘟活疫苗免疫前、后的56份已知背景的样本进行检测,结果,阳性符合率高达100%。本方法特异性强,稳定性和灵敏度高,不仅能够准确定量,并且可快速地对同一个样品中猪瘟病毒野毒株、疫苗毒株进行检测,为后续猪瘟净化效果的评估提供了新的技术手段。

双重实时荧光定量PCR法检测腹泻患者粪便中诺如病毒(GⅠ+GⅡ)的研究

目的建立同时检测GⅠ和GⅡ型诺如病毒的双重实时荧光定量PCR方法,并在临床检验中得到应用。方法本研究采用了双重实时荧光定量PCR法,对诺如病毒GⅠ型病毒的特异性Taqman探针的5’端标记了FAM和对诺如病毒GⅡ型病毒的特异性Taqman探针的5’端标记了JOE,从而实现了在同一反应管中对诺如病毒同时进行检测和分型。2015年采集两所哨点医院符合要求的门诊腹泻患者的380份粪便标本运用此方法进行了检测和分型。结果诺如病毒GⅠ型和诺如病毒GⅡ型分别在FAM检测通道和JOE检测通道出现相应的荧光扩增曲线;380例符合定义的临床标本中诺如病毒GⅠ型的检出率为3.68%,诺如病毒GⅡ型的检出率为14.74%,诺如病毒GⅠ型和诺如病毒GⅡ型混合感染的检出率为1.58%,全年诺如病毒的总检出率为20.00%。结论双重实时荧光定量PCR法具有重复性好、特异性强、时效性好和简单易操作的特点,具有极大的应用和推广价值。

鲤浮肿病毒和锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立可同时检测鲤浮肿病毒(Carp edema virus,CEV)和锦鲤疱疹病毒(Kio herpesvirus,KHV)的检测方法,本研究根据CEV P4a基因保守序列,对英国环境、渔业水产养殖研究中心(Center for Environment,Fisheries and Aquaculture Science,CEFAS)设计合成的引物序列进行优化,合成1对特异性引物和1条用FAM荧光基团标记的TaqMan探针;根据KHV ORF7基因保守序列,设计筛选1对特异性引物和1条用VIC荧光基团标记的TaqMan探针。优化反应条件,建立了CEV和KHV双重实时荧光定量PCR检测方法。结果显示该方法特异性强,与其它水生动物病毒无交叉反应;灵敏度高,对CEV和KHV的检测限均为15拷贝数/μL;组内重复与组间重复的平均变异系数小于3%。本研究建立的方法具有快速、特异、敏感等优点,可用于CEV和KHV的快速检测。

襄阳地区小麦条锈菌越冬潜伏菌源量与病情的关系研究

在小麦条锈病菌(Puccinia striiformis f.sp.tritici,PST)越冬区的湖北襄阳、宜城和枣阳3个地区同一时间定点(GPS定位)采样,应用双重real-time PCR定量测定方法进行潜育侵染测定,并于春季在相应取样点进行病情调查。取样区域按照镇/区划分成不同的区域。每个区域的分子病情指数(MDI)和病情指数(DI)由该区域内所有样品和调查点数据取平均值得到。由MDI转换成风险指数(RI),并做RI与春季病情指数的相关性分析。同时,也通过坐标数据进行了空间分析。结果显示,PST潜伏侵染量与春季病情呈显著相关,并且两者均与其分布区域距汉江水系的距离相关。