基于双重索引矩阵的蛋白质功能预测

针对单一数据源预测蛋白质功能效果不佳以及蛋白质相互作用网络信息不完全等问题,提出一种多数据源融合和基于双重索引矩阵的随机游走的蛋白质功能预测(MSI-RWDIM)算法。该算法使用了蛋白质序列、基因表达和蛋白质相互作用数据预测蛋白质功能,并根据这些数据源特性构建相应的相互作用加权网络;然后融合各数据源加权网络并结合功能相关性网络构建双重索引矩阵,使用随机游走算法计算得分进而预测蛋白质功能。在酵母数据集的五折交叉验证中,MSI-RWDIM算法具有较高的准确率和较低的覆盖率,还可降低功能标签损失率。研究结果表明,MSI-RWDIM算法的总体性能优于常用的k-近邻、直推式多标签集成分类和快速同步加权方法。

一种支持高效检索的双重索引策略

从信息检索角度出发,提出一种高效的索引,在结构索引中集成了倒排文档,可同时查询XML结构部分和关键词。双重索引策略很好地解决了基于路径表达式查询效率低的问题。

利用双重索引快速构建道路网络连通拓扑

路网拓扑关系的生成是进行最优路径规划的基础。本文针对ISO GDF4.0模型对道路连通拓扑的定义,结合最优路径规划对道路网络连通拓扑的要求,提出一种使用R-tree空间索引和B-tree索引双重索引方式快速生成道路连通拓扑的算法。连通拓扑快速构建算法包括新道路生成和网络拓扑提取两部分,新道路生成过程中,首先,自上而下地打断道路形成直线段集并求交点,然后,自下而上地重构直线段集以生成新道路。在打断道路求交点过程中,对道路建立R-tree空间索引,显著提高了几何要素的查找速度。在网络拓扑提取过程中对序列化数据建立B-tree索引,使得其查找速度大大加快。通过对双重索引算法的时间复杂度分析与验证表明,本文提出的拓扑生成算法具有较高的执行效率。

一种串行/并行两用的区域标记算法

通过设计一种游程与目标体间接关联的数据结构实现游程标记冲突的实时解决,提出一种基于游程的顺序扫描式区域标记算法,只需一次扫描分析即可获取游程区域表达,复杂度低,编码实现方便,易于扩展应用于并行计算系统中进行并行标记。实验结果表明,该算法与已有算法相比,拥有更高效的串行标记性能,在进行并行标记时具有近似线性的加速比。

基于改进游程连通分析的快速目标描述算法

针对游程标记冲突问题,采用游程与目标体间接关联的一种面向目标体的数据结构构架方式,实现了较现有游程连通分析算法更优的实时解决方法,在此基础上提出了一种快速目标描述算法。逐行扫描图像数据进行游程编码,通过分析与相邻上一行游程的连通性进行游程标记以及冲突目标体的合并,同时进行面积、周长、形心、外包围矩形等目标描述参数的计算,一次扫描分析完毕可同时获取游程区域表达和目标描述参数。该算法复杂度低,易于编码实现,可处理任意复杂图像。