猫冠状病毒和猫细小病毒双重荧光定量PCR方法的建立

为建立猫冠状病毒(feline coronavirus,FCoV)和猫细小病毒(feline parvovirus,FPV)的双重荧光定量PCR方法,选取FCoV 3'UTR和FPV VP2基因保守区域,分别设计2对特异性引物和TaqMan MGB探针,并进行反应体系和条件优化,以及特异性、敏感性和重复性试验,探讨所建方法的可行性。结果显示:该方法可特异性检出FCoV和FPV,与猫疱疹病毒、猫杯状病毒、猫轮状病毒、支原体、衣原体、波氏杆菌、犬腺病毒和犬副流感病毒等病原核酸无交叉反应,对FCoV和FPV检测限均为1 copies/μL;FCoV和FPV阳性参考质粒组间和组内重复试验变异系数均小于3%;对35份临床样本进行检测,发现建立的双重荧光定量PCR方法阳性检出率比普通PCR方法高。结果表明,本研究建立的双重荧光定量PCR方法具有灵敏、特异和稳定等优点,可用于临床FCoV和FPV感染的早期鉴别诊断。

产黄曲霉毒素真菌双重荧光定量PCR检测技术的建立与应用

为实现产黄曲霉毒素真菌的快速检测,本研究建立了检测产黄曲霉毒素真菌的aflR基因和nor-1基因的双重荧光定量PCR方法。分别针对aflR基因和nor-l基因保守序列,各设计2对特异性引物和探针,通过引物对间的有效性实验各筛选出1对最优的aflR引物探针和nor-1引物探针,随后建立并优化双重荧光定量PCR的反应条件,构建标准曲线,测定该方法的重复性、灵敏度和特异性。结果显示,成功筛选出aflR-2和nor1-2 2组引物/探针组合,并优化和确定了引物/探针的最佳反应终浓度。特异性实验结果显示,本研究建立的检测方法仅对产黄曲霉毒素真菌的aflR基因和nor-1基因呈现特异性扩增,对黑曲霉、碳黑曲霉、赭曲霉和镰刀菌等常见产毒真菌的核酸样品均无扩增曲线。建立的方法重复性好,批内和批间变异系数均<3%,双重反应体系的检测灵敏度均低至1×10^(2)copies/μL。利用本研究所建立的方法与ELISA试剂盒分别对80份食品样品进行检测,结果显示,双重荧光定量PCR共检测出9份阳性样品,而ELISA试剂盒只检测出了7份阳性,表明本研究建立的方法具有更高的灵敏度和准确性。

鹅星状病毒基因Ⅰ型和Ⅱ型双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

鹅星状病毒(goose astroviruses,GAstV)作为一种雏鹅新发病原,对养鹅业造成巨大经济损失,在尚无有效治疗手段情况下,加强疫病及时检测和防控十分重要。为建立快速、特异且灵敏的鉴别GAstVⅠ型和GAstVⅡ型的病毒检测方法,本研究根据GAstVⅠ和GAstVⅡ的保守区域RdRp基因序列,设计合成2对特异性引物和2种不同荧光基团标记的TaqMan探针,建立了一种双重荧光定量PCR检测方法,以达到在同一反应体系中同时定量检测GAstVⅠ和GAstVⅡ的目的。结果显示,GAstVⅠ和GAstVⅡ的最小检出量分别为43.3、6.49 copies·μL^(-1);重复试验的变异系数不超过0.5%;该方法对DPV、GPV、GTMUV、GRV、AIV(H9N2)等病毒核酸无交叉反应。综上表明,本研究建立的可鉴别GAstVⅠ和GAstVⅡ的双重荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好。可用于临床GAstVⅠ和GAstVⅡ的快速鉴别诊断,也可用于两种基因型GAstV的定量分析。

猪瘟病毒和牛病毒性腹泻病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立和初步应用

本研究旨在建立一种快速、高效、灵敏的猪瘟病毒(CSFV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)双重鉴别荧光定量PCR检测方法,针对CSFV E2基因和BVDV 5′UTR基因序列的高度保守区域设计特异性引物和探针,经过反应条件及体系的优化,建立双重RT-qPCR方法。结果表明,该方法最低检测值均为5 copies·μL^(-1),比普通PCR灵敏约200倍,敏感性高;可准确区分CSFV和BVDV,且与口蹄疫病毒、猪伪狂犬病病毒等猪常见病原均无交叉反应,特异性强;组内和组间重复变异系数均小于2%,重复性良好。对109份临床样品及7份商品化牛血清分别采用构建的双重RT-qPCR检测方法及CSFV RT-qPCR检测方法(GB/T 27540—2011)和BVDV RT-qPCR检测方法(GB/T 18637—2018)进行检测和对比,符合率为100%,同时,检测结果还证实目前商品化牛血清中仍存在BVDV污染,为CSFV、BVDV的鉴别诊断及流行病学的调查提供了技术支持。

鉴别牛结节性皮肤病病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为实现牛结节性皮肤病病毒(LSDV)和羊痘病毒属(CaPV)其他成员的鉴别诊断,针对LSDV 010基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,与文献报道的CaPV 068基因的通用引物及探针组合,通过优化反应体系和条件,建立了一种可同时鉴别检测LSDV和CaPV其他成员的双重荧光定量PCR检测方法。结果显示:本方法可以特异性扩增LSDV和CaPV其他成员,并且与其他牛、羊病毒无交叉反应,特异性好;对pLSDV-010和pCaPV-068质粒标准品的最低检测限均为15 copies/μL,具有较高的灵敏性;组内和组间变异系数均小于1.75%,重复性良好。应用本试验建立的方法与荧光定量PCR方法同时检测542份临床样品,发现CaPV的样品符合率为98.52%,LSDV为99.63%。本试验建立的方法为CaPV鉴别筛查、LSDV精准防控及流行病学调查提供了快捷有效的技术手段。

鸭甲型肝炎病毒3型和鸭圆环病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立同时检测鸭甲型肝炎病毒3型(DHAV-3)和鸭圆环病毒(DuCV)的双重荧光定量PCR方法,试验根据NCBI中收录的DHAV-3 VP1和DuCV cap基因序列,分别设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,建立了同时检测DHAV-3和DuCV的双重荧光定量PCR,对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评估,并采用该方法对临床样品进行检测。结果显示:建立的方法不与其他常见鸭病原发生交叉反应,对DHAV-3和DuCV的检测灵敏度分别为3.8 copies/μL和7.3 copies/μL,批内和批间变异系数均小于2%,从65份临床样品中分别检出DHAV-3和DuCV阳性样品11份和28份,与现有地方标准符合率分别为95.4%和90.8%。研究表明,建立的双重荧光定量PCR特异性强、敏感性高、重复性好,可用于DHAV-3和DuCV的快速检测。

双重荧光定量聚合酶链反应技术在食品微生物检验中的应用

随着人民生活水平的不断提升,使得人们逐渐对食品安全产生了更高的重视程度。这一背景下,在食品进入到市场之前,需要采取各种方式对食品进行检验,以及时发现存在安全问题的食物,并禁止进入到市场中,从而向社会群众提供安全性较高的食物。双重荧光定量聚合酶链反应技术是其中较为常见的检测技术,用于对食品微生物含量的检测。基于此,本文通过对双重荧光定量聚合酶链反应技术的介绍,进而分析了其在食品微生物检验中的具体应用,之后以此为基础,阐述了技术应用时的注意事项,以更好地开展食品微生物检测工作提供支持。

猪肺炎支原体和猪鼻支原体双重荧光定量PCR检测方法的建立

建立同时检测猪肺炎支原体和猪鼻支原体的双重荧光定量PCR方法。根据猪肺炎支原体P97序列和猪鼻支原体P37序列的特异性引物,分别标记FAM和Texas Red荧光报告基团的2条TaqMan探针,建立和优化双重实时荧光定量PCR反应条件和体系,同时检测其敏感性、特异性和重复性。建立的双重荧光定量PCR对猪肺炎支原体和猪鼻支原体的最低检测值均为10copies·μL-1;与猪源致病菌、病毒和其他常见细菌均无交叉反应;各浓度标准品的Ct值变异系数小于5%,重复性好。检测72份临床样本,其中猪肺炎支原体的肺阳性率为80%,鼻拭子阳性率22%,支气管肺泡灌洗液阳性率58.33%;猪鼻支原体的肺阳性率为40%,鼻拭子阳性率66%,支气管肺泡灌洗液阳性率41.67%。建立的双重荧光定量PCR方法比普通PCR更加敏感,实用性强,可用于临床样品的检测。该方法能同时快速和定量地检测猪肺炎支原体和猪鼻支原体,在短时间内获得样品的多个信息,快速地解决了多次检测所需的时间以及经济消耗,为猪肺炎支原体和猪鼻支原体的监测和防控提供了新型、可靠的检测技术。

猪链球菌通用型和2型双重荧光定量PCR快速检测技术的建立和应用

为快速区分检测猪链球菌血清型2型和其他血清型,以猪链球菌的保守基因gdh和2型特异性基因cps2J为靶基因设计引物和TaqMan探针,建立猪链球菌通用型和2型特异性的双重荧光定量PCR检测方法,并与常规PCR方法一起对临床样品进行检测。结果显示:本方法在1.5h内可完成猪链球菌和2型猪链球菌同时检测,与其他细菌无交叉反应;检测灵敏度可达5拷贝数,标准曲线相关系数大于0.999,批内和批间CV均小于1.25%。对67份临床样品检测显示猪链球菌和2型猪链球菌检出率分别为79.1%和35.8%,与常规PCR检测结果的符合率为92.5%和89.6%,kappa值为0.800和0.757,具有极好的一致性。成功建立了灵敏、特异和稳定的双重荧光定量PCR方法,实现了猪链球菌和2型猪链球菌同时及快速诊断。

基于免疫磁分离-双重荧光定量PCR的鲜猪肉中沙门氏菌和志贺氏菌的检测

目的使用免疫磁分离-双重荧光定量PCR方法实现对鲜猪肉中金黄色葡萄球菌和志贺氏菌的同时、快速检测。方法在37℃的条件下,利用特异性免疫磁球从250 m L循环体系中快速、有效地捕获目标菌。再通过特异性的引物与探针,对沙门氏菌和志贺氏菌进行双重荧光定量PCR检测。结果本研究方法针对鲜猪肉中沙门氏菌和志贺氏菌的检测限分别达到3.4 cfu/g和9.4 cfu/g。方法总体灵敏度、特异性和准确度均达到100%。此外,通过对30组实际样品的检测,该方法与传统标准方法的结果保持一致。结论本研究建立的免疫磁分离-双重荧光定量PCR方法比国标方法更快速和高效,适用于鲜猪肉中沙门氏菌和志贺氏菌的快速检测。

尼帕病毒与猪流感病毒双重荧光定量RT-PCR方法的建立

根据尼帕病毒(NiV)M基因和猪流感病毒(SIV)M基因序列设计引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种鉴别NiV和SIV的双重实时荧光定量RT-PCR检测方法,对该方法的定量线性范围、敏感性、重复性和特异性进行了评价及初步应用。结果显示,用该方法检测NiV M基因的RNA标准对照(NiV-M-RNA)和SIV M基因的RNA标准对照(SIV-M-RNA),定量线性范围分别为4.6×101copies/μL^4.6×108 copies/μL和5.8×101copies/μL^5.8×108 copies/μL,检出限分别为46个拷贝和58个拷贝。该方法的组内试验和组间试验的变异系数均小于1.6%,显示其良好的可重复性。该方法仅对NiV-M-RNA和SIV呈现特异性扩增曲线,不与猪瘟病毒(CSFV)、猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和伪狂犬病病毒(PRV)发生交叉反应。用该方法对236份猪的鼻拭子样品进行NiV和SIV的同时检测,所有样本的NiV检测结果均为阴性,有1份样本的SIV检测结果为阳性。本研究建立的方法可为猪临床样本中NiV和SIV的鉴别检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。

产气荚膜梭菌肠毒素cpe阳性双重荧光定量PCR方法的建立及应用

为了建立一种双重荧光定量PCR方法检测肠毒素cpe阳性的产气荚膜梭菌,试验通过对部分发表在NCBI中的产气荚膜梭菌序列进行比对,找到其α毒素和肠毒素cpe相对保守的序列,根据保守序列设计合成2对引物和1对探针,以构建的含有α毒素和cpe序列的克隆载体作为标准品,进行系列条件优化及特异性、灵敏性和重复性试验。结果表明:该方法具有很好的特异性和重复性,外毒素cpa的灵敏度为1.5×10^(-2)ng/m L,且在1.5×104~1.5×10^(-2)ng/m L内Ct值与阳性质粒浓度的对数值呈很好的线性关系,R2值达到0.991;肠毒素cpe的灵敏度为1.8×10^(-2)ng/m L,且在1.8×103~1.8×10^(-2)ng/m L内Ct值与阳性质粒浓度的对数值呈很好的线性关系,R2值达到0.996;该方法对大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌等细菌核苷酸无交叉反应;批间和批内重复性良好;同时对实验室保存的临床分离的疑似菌株用建立的荧光定量方法进行检测,结果临床分离菌株均为A型产气荚膜梭菌。说明该双重荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强和重复性好。

鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价

本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×10^-5 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法。

双重荧光定量RT-PCR法检测肠道病毒方法的建立及应用

目的建立检测肠道病毒(EV)、B1型柯萨奇病毒(CVB1)的双重荧光定量RT-PCR法。方法用Primer Express 3.0软件设计特异性引物和探针,优化双重荧光定量RT-PCR反应体系,建立标准曲线并评价该法的灵敏度、特异性和重复性,用该法检测150份病毒性心肌炎患儿治疗前肛拭子和29份治疗后粪便标本,并与文献提供的PCR法进行对比。结果该法对EV、CVB1型肠道病毒检测具有较高特异性,检出限均为2×10-2TCID50/mL;具有较好的重复性,CV均<2.3%;标准曲线的相关系数(r2)分别为0.999和0.997,扩增效率(%)分别为98.809和96.564;179份临床标本用该法检测95份为EV病毒,其中59份为CVB1病毒,与文献提供的PCR法结果符合率为98.88%(P均>0.05)。结论建立的双重荧光定量RT-PCR法可同时检测并区分EV和CVB1型病毒,适用于病毒性心肌炎临床标本的检测。

猪圆环病毒2型/3型双重荧光定量PCR检测方法

为了能够同时快速地检测和鉴别猪圆环病毒2型和3型(PCV2和PCV3),参考GenBank中已发表的PCV2和PCV3基因组序列,针对其保守区分别设计了2对特异性引物,经优化反应体系和条件,建立了能快速检测和鉴别PCV2/PCV3双重荧光定量PCR方法。结果表明,PCV2和PCV3的R2分别为0.999、0.9993,E值分别为3.5731、3.3734。该方法能同时特异地检测PCV2和PCV3,而对其他5种猪病原均未检测到荧光信号;PCV2和PCV3的最低检测值分别为41.1 copies·μL^(-1)、27.0 copies·μL^(-1);批内和批间变异系数均小于1%。临床样本检测结果显示,PCV2和PCV3的阳性率分别为62.12%(41/66)、48.48%(32/66),二者混合感染的阳性率为46.96%(31/66)。表明该方法具有敏感、特异和可靠等特点,该方法为PCV2和PCV3单独或者混合感染的早期诊断、定量检测及其流行病学调查提供了可行的技术支持。

H10N8亚型禽流感病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立检测H10N8亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR方法,本研究选取H10N8亚型AIV血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因中高度保守区域的核苷酸序列,设计引物和探针。通过反应条件优化,建立了针对H10N8亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR方法。该方法可特异性地检测出H10N8亚型AIV的HA和NA基因,与其它亚型AIV及其他常见禽呼吸道病原均无交叉反应;能够检测到AIV的最低检出量为10-1 EID50/0.1 mL,比常规RT-PCR方法敏感100倍;批内和批间重复性试验的变异系数(CV)均小于2%。SPF鸡感染试验样品检测结果显示,该双重荧光定量RT-PCR方法和病毒分离鉴定方法的符合率为94.44%,与常规RT-PCR方法的符合率为88.23%,而常规RT-PCR方法与病毒分离方法的符合率为83.33%,表明该方法与病毒分离方法的准确率更接近,可以用于临床检测。本实验结果表明H10N8亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好、操作简便,为H10N8亚型AIV的检测及监测提供了有力的技术手段。

双重荧光定量RT-PCR快速检测A、B型流感病毒的研究

目的:建立双重荧光定量RT-PCR技术同时快速检测A、B型流感病毒,并应用于临床样本的检测。方法:在A型流感病毒M基因和B型流感病毒NP基因的保守区序列分别设计特异性引物和Taqman探针,建立优化单一和双重荧光RT-PCR反应体系,评价所建双重RT-PCR反应体系的特异性、敏感性和稳定性,并应用于疑似流感含漱液标本检测。结果:该方法对A、B型流感病毒检测具有高度特异性,检出限分别为0.1TCID50和0.01TCID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测到流感病毒核酸。构建的体系定量标准曲线相关系数分别为0.998和0.999,具有较好的稳定性。结论:本研究建立的双重荧光定量RT-PCR可以同时准确分型A、B型流感病毒,灵敏度高,稳定性好,是一种快速检测流感病毒的新方法。

甲型肝炎病毒和戊型肝炎病毒双重荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立甲型肝炎病毒(HAV)和戊型肝炎病毒(HEV)的双重荧光定量PCR检测方法并应用于临床样本的检测。方法根据参考文献分别选取HAV以及HEV基因组的保守区域设计合成特异性引物和探针,从而建立并优化双重荧光定量PCR反应体系,之后评价反应体系的特异性、敏感性和稳定性。结果本研究建立的HAV和HEV双重荧光定量PCR技术应用于检测HAV核酸时检测极限可以达到1个拷贝/反应,对同一样品重复测定5次获得的Ct值的变异系数(CV)最大为1.5%,同时该体系检测HEV的最低检测极限也达到10个拷贝/反应,重复测试5次后Ct值的变异系数(CV)最大为2.6%,临床样本测试结果显示该体系能够对甲型肝炎和戊型肝炎临床样本中的病毒进行定量。结论本研究成功建立了HAV和HEV双重荧光定量PCR检测方法,灵敏度高,稳定性好,可以同时准确定量HAV和HEV,为这两种病毒的分子病原学诊断提供了一种更加快速的手段。

双重荧光定量PCR法检测正常人及系统性红斑狼疮患者白细胞介素18基因的表达

目的建立双重荧光定量PCR方法研究人白细胞介素18基因(IL-18)的表达。方法分别用FAM和VIC两种不同荧光素标记IL-18基因和β-actin基因的MGB-TaqMan探针,在一个反应通道中,双重荧光RT-PCR定量测定PBMC中IL-18mRNA的量,并进行方法学评价。结果比较双重荧光定量PCR与单通道荧光定量PCR,发现没有差异。系统性红斑狼疮患者PBMC中IL-18mRNA含量高于正常人,有显著统计学意义(P<0.05)。结论双重荧光定量PCR技术具有敏感、特异、快速等特点,可用于人外周血IL-18mRNA的定量检测。

双重荧光定量PCR技术在药品微生物检验中的应用

目的建立快速检测金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的双重荧光定量PCR方法并在药品微生物检测中应用。方法通过设计特异性引物和探针,扩增金黄色葡萄球菌的femB基因和铜绿假单胞菌的DNA gyrase subunit B基因,建立荧光定量PCR方法。将该方法应用于30批次药品微生物检测。结果建立同时检测金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的双重荧光定量PCR方法,从DNA提取到检测完毕仅需2 h。检测灵敏度为50 copies/μL,特异性为100%。30批次样品检验结果表明该方法与传统细菌培养方法结果一致。结论该法缩短了检测时间,具有良好的灵敏性和特异性,在药品微生物检验中有很好的应用前景。