双重荧光实时PCR法鉴定SRBⅠ基因敲除小鼠

目的建立一种双重荧光实时PCR鉴定B族Ⅰ型清道夫受体(SRBⅠ)基因敲除小鼠的方法。方法提取小鼠尾尖DNA,应用自行设计的鉴定野生型和敲除型SRBⅠ基因的引物和探针,经PCR扩增后,在FAM通道及CY5通道判断小鼠基因型。同时应用基因测序技术对结果进行验证,并构建质粒标准品分析该方法的灵敏度和重复性。结果仅在FAM通道出现典型S型扩增曲线的为SRBⅠ基因野生型小鼠,仅在CY5通道出现典型S型扩增曲线的为SRBⅠ基因敲除型小鼠,在两个通道都出现典型S型扩增曲线的为SRBⅠ基因杂合型小鼠。结果与DNA测序法吻合,检测野生型和突变型的灵敏度均达4×101拷贝/μL。结论新方法简单、快速、准确,适用于分型SRBⅠ基因敲除小鼠。

miR-451a和miR-21-5p双重实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用

目的为了提高微量样本中miRNA的检测通量和检测效率,本文建立了一种能够同时准确定量两种miRNA的双重实时荧光定量PCR(real time fluorogenic quantitative PCR)检测体系,并通过实际样本检测验证其应用于体液鉴别的效果。方法设计适用于miRNA双重检验的相关引物及探针并优化实验体系组分,建立基于TaqMan技术的miRNA双重实时荧光定量PCR检测体系并验证其特异性、灵敏度和可重复性;使用此检测体系对58份不同体液样本中的miR-451a与miR-21-5p进行检测,并借助miR-451a与miR-21-5p的比值鉴定法评估该体系的体液鉴别能力;使用该检测体系样本数据确定的最佳截断值对模拟案件样本进行鉴别。结果优化的检测体系能够实现对血液与非血液、月经血与外周血的100%区分,同时可以实现对模拟案件样本的准确鉴别。结论该双重实时荧光定量PCR检测体系将时间和材料成本均缩短至原来的一半,为后续建立更多重的实时荧光定量PCR检测体系并应用于体液鉴别打下了基础。

恶性疟原虫和卵形疟原虫双重实时荧光PCR检测方法研究

本研究利用SN/T 4793—2017国境口岸疟原虫实时荧光PCR检测方法中恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)特异基因引物探针和自行设计的卵形疟原虫(Plasmodium ovale)特异基因引物探针,对37个疟原虫样本进行鉴定,并建立恶性疟原虫和卵形疟原虫的双重实时荧光PCR检测方法。根据恶性疟原虫和卵形疟原虫的引物探针,优化检测方法,验证其特异性、重复性和灵敏性,建立双重实时荧光PCR方法,为口岸实验室检测机构提供节省人力及试剂成本的便捷准确方法。

双重实时荧光PCR法检测食品和饲料中的鸡源性成分

根据鸡线粒体DNA细胞色素b基因序列和内参照基因PUC18质粒基因序列设计特异性引物和以不同荧光素标记的TaqMan探针。通过对反应条件的优化筛选,建立能同时扩增鸡源性成分和内参照基因成分的双重实时荧光PCR检测方法。设置内参照反应是为了监控反应体系中是否含有PCR反应的抑制物,避免出现假阴性结果。分别以鸡、鸭、鹅、火鸡、牛、羊、猪、鱼、兔、驴、鹿、狗、马、鸽子、大豆、玉米、小麦、大米、马铃薯及番茄的线粒体DNA作为模板进行特异性试验,结果表明该方法仅能特异性扩增鸡源性成分,而对其它物种未见有效扩增。通过灵敏度测试,该方法检出限达0.01%。所制定的方法特异性高,灵敏度好,可以作为食品和饲料中鸡源性成分的高效检测方法。

双重实时荧光PCR定量检测动物产品中牛源性成分

旨在建立一种定量检测动物产品中牛源性成分含量的双重实时荧光PCR方法。以牛卫星IV DNA为检测靶基因,以肌肉生长抑制素基因作为内对照合成引物探针,采用基于TaqMan的双重实时荧光PCR技术对已知牛肉添加比例的冻干混合肉粉标准品进行检测并建立线性模型,并应用模拟样品和送检样品进行了验证检测。结果显示,该方法可检出牛源成分含量为0.1%的冻干肉粉,不与其他种动物组织发生交叉反应,重复性试验的相对标准偏差小于5%,方法的扩增效率为93.6%。该方法适用于肉品中牛源性成分的定量检测,可用于测定市场上动物产品中的牛源性成分含量。

改良分子信标-双重实时荧光PCR快速检测SARS病毒

目的建立改良分子信标-双重实时荧光PCR检测SARS病毒的方法,用于SARS的早期诊断和动物溯源。方法利用改良分子信标技术、装甲RNA和双片段双色荧光技术,根据GenBank公布的SARS病毒聚合酶基因1b的阅读开放框架结构的保守序列,自行设计一对引物和探针,以部分临床标本的酶联吸附实验结果和传统细胞培养方法作为对照,建立分子信标检测SARS病毒的方法。对368份临床标本(咽漱液、血液、粪便、尿液)、52份细胞培养液和50份动物标本进行荧光PCR扩增。结果分子信标检测SARS病毒的方法灵敏度为10～100个拷贝ml,与流感病毒等呼吸道病毒无交叉反应。分子信标检测368份临床标本,20份阳性。其中确诊病例阳性率为21.27%(1047),确诊病例的咽漱液阳性率为43.48%,还分别从粪便和血清中检测到SARS病毒。52份细胞培养液,29份阳性,阳性率为55.77%。50份动物标本,23份阳性,阳性率为46%。结论改良分子信标-双重实时荧光PCR检测SARS病毒方法灵敏度高、特异性强,可用于SARS的临床早期诊断和动物溯源。

同时检测海洋贝类包纳米虫和派琴虫的双重TaqMan MGB探针实时荧光PCR方法

根据包纳米虫(Bonamia sp.)SSU rDNA和派琴虫(Perkinsus sp.)ITS rDNA的保守区序列,设计特异性引物和Taqman MGB探针,建立了同时检测上述两种贝类原虫的双重实时荧光PCR方法.该方法可检测到包纳米虫基因的446拷贝质粒,以及派琴虫基因的171拷贝质粒,具有较高的灵敏度.以10倍系列稀释的包纳米虫阳性标准品质粒和派琴虫阳性标准品质粒为模板,测得该方法的定量标准曲线相关系数分别为0.999和1.000,显示出很好的扩增效率.同时该方法与尼氏单孢子虫(Haplosporidium nelsoni)、沿岸单孢子虫(H.costale)等其他贝类原虫,以及副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)和鮰爱德华氏菌(E.ictaluri)等海水养殖常见致病菌之间无交叉反应,表现出较高的特异性.福建莆田的湄州湾、平海湾、兴化湾等地采集的296份贝类临床样本的检测证明,该方法是一种有效的快速检测鉴定上述2种贝类原虫的方法,具有良好的灵敏度和特异性,可广泛应用于海洋贝类原虫感染情况调查,以及贝类疫病检疫监控等领域.

空肠弯曲菌和沙门菌双重实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种空肠弯曲菌和沙门菌的双重实时荧光定量PCR检测方法,根据空肠弯曲菌的保守基因hipO和沙门菌的保守基因invA分别设计合成引物和TaqMan探针,分别使用FAM、JOE作为探针报告基团,TAMRA作为探针淬灭基团。优化反应体系及条件,建立适用于检测食品中空肠弯曲菌和沙门菌的双重实时荧光定量PCR方法。结果显示,该检测方法特异性强,灵敏度高,空肠弯曲菌检测限可达10CFU/mL,沙门菌检测限达230CFU/mL。表明建立的双重实时荧光定量PCR可为实现食品中空肠弯曲菌和沙门菌的同时检测提供新方法。

实时荧光双重PCR检测610份珠江水霍乱弧菌结果分析

目的:运用实时荧光双重聚合酶链反应(DuplexReal-timePCR)方法快速检测珠江水的霍乱弧菌。方法:定期定点采集珠江河口水,用实时荧光PCR对样本进行筛查,结合常规分离培养,进行O1/O139群霍乱弧菌的检测。结果:共采集了610份标本,实时荧光PCR检测阳性171份,阳性率为28.03%;分离培养阳性菌57株,霍乱弧菌检出率9.34%,明显高于去年同期常规分离培养的阳性率4.23%(24/567),差异有统计学意义(χ2=11.981,P=0.001)。结论:实时荧光双重PCR检测霍乱弧菌既可提高样本的检出率,又具有快速准确的特点,可为迅速制定霍乱疫情处理方案、控制疫情提供参考依据。

双重实时荧光PCR快速检测猪链球菌2型方法的建立及应用

根据GenBank上公布的MRP与CPS2J的开放性阅读框保守序列,运用BEACON Desigener 2.0软件设计和合成了2对引物和其相应的荧光探针,优化各个反应物的浓度和实时荧光PCR循环程序,建立从组织中直接检测2型链球菌主要毒力因子MRP与CPS2J的实时荧光PCR方法。双重实时荧光PCR检测2型猪链球菌方法能够从病料中直接检测2型猪链球菌并可以检测出该菌的主要毒力基因MRP,运用该方法可以最低检测到24CFU/mL 2型猪链球菌,并且与其他血清型链球菌和其他病原菌无交叉反应,特异性良好。通过对8个样品在3个不同时间的检测,结果显示该方法的稳定性和重复性均很好。

双重实时荧光定量PCR检测人维生素D受体的方法学构建

目的 建立单管检测人维生素D受体（VDR）及甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）基因的双重实时荧光定量聚合酶链反应（dual real-time PCR）的方法。方法 以GAPDH基因为内参,采用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物及Taq Man探针,进行PCR扩增检测VDR基因。将VDR及GAPDH扩增产物片段纯化后克隆构建成重组质粒,作为定量检测基因表达的标准品,并用于分析该方法的灵敏度和重复性。结果 PCR扩增产物经测序分析证实为VDR及GAPDH特异性片段;该方法检测VDR与GAPDH灵敏度达40拷贝/μL;线性范围为4.00×10~1~4.00×10~5拷贝/μL;决定系数R2分别为0.998、0.999;扩增效率E分别为96.10%、85.15%;批内变异系数（CV）分别为0.09%~1.21%、0.35%~0.88%;批间CV分别为0.17%~0.51%、0.51%~2.46%。结论 成功建立了单管检测人VDR及GAPDH的双重实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好、灵敏度高、可快速高通量检测VDR的相对表达量,有效缩短时间,减小实验误差。

PDCoV与TGEV双重实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

试验旨在建立快捷、高效而准确的鉴别诊断猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)与传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)的双重实时荧光定量PCR方法。通过绘制双重实时荧光定量PCR的标准曲线,检验该方法的特异性、敏感性和重复性,并对临床样品进行检测。结果显示,双重实时荧光定量PCR方法的循环阈值与PDCoV和TGEV质粒拷贝数的对数之间存在良好的线性关系,且对应的相关系数分别为R2(P)=0.9994和R2(T)=0.996;能特异性地检测PDCoV和TGEV,而与PEDV、PRV、PRRSV、CSFV和RV无交叉反应,具有较强的特异性;检验PDCoV与TGEV质粒标准品的最低检测限度分别达到2和20拷贝/μL,且分别比常规RT-PCR高1000和100倍,具有较高的敏感度;PDCoV与TGEV的批内和批间重复性检测的Ct均值基本相同,且变异系数(CV)均<2%,具有较好的重复性。用该方法对114份仔猪腹泻样品检测结果显示,PDCoV和TGEV的阳性率分别为5.6%(6/114)和8.8%(10/114),混合感染检出率为4.6%(5/114),比常规RT-PCR具有更高的检出率和敏感性。结果表明,本试验建立的双重实时荧光定量PCR方法具有特异性强、灵敏度高、重复性和稳定性好等优点,适用于病毒早期诊断和批量临床样品检测,为疾病防控、流行病学调查及相关性研究提供了技术支持及数据参考。

双重实时荧光PCR快速鉴别人参和西洋参

目的建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对,设计特异性的引物探针,建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq(Probe qPCR)10μL,人参上下游引物各0.5μL,西洋参上下游引物各0.3μL,人参与西洋参特异性探针各0.4μL,DNA模板2μL,灭菌去离子水补至20μL。反应条件为95℃预变性30 s;然后以95℃变性5 s,60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品,包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA,以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测,用以确定该方法的灵敏度。结果人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线,人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线,其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。

农作物中Cry1A(c)和CP4-EPSPS转基因成分双重实时荧光PCR检测方法的建立

采用羧基荧光素(FAM)和六氯荧光素(HEX)荧光基团标记探针,建立针对农作物中常见抗虫和抗除草剂基因的双重实时荧光PCR检测方法,通过特异性、检出限以及模拟掺假试验验证此方法在转基因检测中的适用性。特异性检测试验中仅转基因作物(转基因棉花、转基因水稻、转基因大豆)和阳性质粒检测出相应转基因成分,其余样品均未出现明显PCR扩增曲线;检出限结果表明,双重实时荧光PCR方法对Cry1A(c)、CP4-EPSPS基因的检出限分别为1、0.1 ng,所建立的标准曲线r^(2)值均大于0.98,具有对农作物中的转基因成分进行定量检测的能力;模拟掺假检测显示此方法可检测到1%的Cry1A(c)和5%的CP4-EPSPS转基因成分。综上所述,本试验建立的双重实时荧光PCR法适用于对Cry1A(c)和CP4-EPSPS转基因成分的快速检测和定量分析。

双重实时荧光PCR法鉴别大西洋鲑鱼和虹鳟鱼

目的建立双重实时荧光PCR法同时鉴别大西洋鲑鱼和虹鳟鱼的检测方法。方法在现有单一物种检测方法的基础上,应用多重实时荧光PCR检测技术对大西洋鲑鱼和虹鳟鱼同时进行检测,并对PCR反应时间和反应温度进行优化。结果该方法通过1管PCR反应实现对大西洋鲑鱼和虹鳟鱼的同时鉴别,反应时间缩短至1 h以内,方法的特异性好,灵敏度可达到0.1%(DNA质量分数)。结论该方法检测效果好、时间短、成本低,可为监管部门解决三文鱼市场监管问题提供技术手段。

双重实时荧光PCR快速检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌方法的建立

目的:建立一种能快速检测金黄色葡萄球菌,同时能快速鉴别是否具有耐甲氧西林基因的双重实时荧光PCR方法。方法:以金黄色葡萄球菌特异NUC基因的保守区为靶区域设计特异引物和TaqMan荧光探针,同时针对耐甲氧西林特异MecA基因设计另一对引物和探针;2条探针的5'端标记不同荧光报告基团(FAM和HEX),3'端标记荧光淬灭基团,建立双重实时荧光PCR方法,检测样本中的金黄色葡萄球菌以及鉴别其是否具有耐甲氧西林基因,并对双重实时荧光PCR方法的的特异性和灵敏度进行评价。结果:双重荧光PCR方法可对金黄色葡萄球菌及耐甲氧西林基因分别进行特异扩增,两者均为阳性时可判为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌;金黄色葡萄球菌特异基因特异扩增阳性而耐甲氧西林基因特异扩增阴性可判为甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌;对同种属的表皮葡萄球菌、粪链球菌、藤黄微球菌等病原体均无扩增;双重实时荧光PCR方法的灵敏度最低可检测至100个菌体。结论:建立的实时荧光PCR检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的方法不仅能实现对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌社区感染和临床感染的监控,同时也可为临床上耐甲氧西林葡萄球菌感染患者的用药提供必要的依据。

双重实时荧光定量PCR技术检测中药制剂中沙门氏菌和大肠埃希菌

目的:建立双重实时荧光定量PCR(multiplex quantitative real-time PCR,multiplex qPCR)快速检测中药制剂中沙门氏菌和大肠埃希菌2种常见控制菌的方法。方法:筛选两种目标菌株的特异性引物与探针,扩增沙门氏菌的invA基因和大肠埃希菌的uidA基因,优化反应体系,建立双重荧光定量PCR方法。结果:两对引物探针对沙门氏菌和大肠埃希菌均有较好地扩增效率,人工污染中药制剂中沙门氏菌的检出限为101 CFU·mL^(-1),大肠埃希菌的检出限为101 CFU·mL^(-1)。结论:本研究建立的双重实时荧光定量PCR方法具有特异性强、重复性好,灵敏度高等特点、适用于中药制剂中沙门氏菌和大肠埃希菌的快速检测。

恙虫病东方体与莫氏立克次体双重实时荧光PCR检测方法建立及其在鼠类检测中的应用

目的建立一种基于TaqMan-MGB探针技术的双重实时荧光PCR检测方法,用于鼠类携带恙虫病东方体和莫氏立克次体的检测工作开展。方法依据恙虫病东方体56-kDa蛋白基因序列设计恙虫病东方体引物及Taqman-MGB探针,参照文献合成莫氏立克次体引物及Taqman-MGB探针,建立恙虫病东方体及莫氏立克次体双重实时荧光PCR检测方法。结果利用本文建立的双重实时荧光PCR检测方法对288份鼠肺脏组织样品进行检测,检测结果与普通PCR检测结果一致。结论本文建立的双重实时荧光PCR检测方法,具有较好的特异性、敏感性及重复性,满足国境口岸鼠类携带恙虫病东方体及莫氏立克次体的监测检测工作需要。

橙汁饮料中橙与橘成分双重实时荧光定量PCR检测技术

目的:建立双重实时荧光定量PCR检测橙汁饮料中橙与橘成分的方法。方法:通过设计和筛选橙、橘成分的引物和探针,检测水果寻找橙和橘的荧光扩增规律,利用橙和橘在FAM/VIC两个荧光通道上的比值差异来判定橙、橘成分。采用模拟橙汁掺杂柑橘汁试验验证方法检测的最低掺杂比例,对市售橙汁饮料进行检验来验证方法可行性。结果:纯橙水果在FAM和VIC两通道均有荧光扩增曲线,FAM/VIC通道荧光比值在0.5±0.2的范围内,而纯橘水果仅在FAM通道有很强的荧光扩增曲线。模拟掺杂试验中,可以检测出橙汁中掺有10%及以上的柑橘汁。结论:该方法能够检测橙汁饮料中的橙和橘成分,可用于市售橙汁饮料的鉴伪。

贝类中沙门氏菌、阪崎肠杆菌双重RT-PCR检测方法研究

旨在建立一种快速、高效、经济、实用的双重实时荧光PCR方法,能同时快速、灵敏、特异地检测贝类中沙门氏菌、阪崎肠杆菌的双重实时荧光PCR体系。本研究以水产品中贝类为目标,根据特定基因序列,设计特异性扩增引物和TaqMan荧光探针,通过优化反应体系和条件,每种引物探针体系均可以特异性检测目标致病菌类型。2套引物探针体系组合可同时检测沙门氏菌、阪崎肠杆菌。双重RT-PCR方法的最低检测限可低至0.002 ng或0.02 ng基因组/反应,变异系数均小于2%。利用建立的双重RT-PCR方法检测14份贝类产品样本,样品实测结果与国家标准方法的检测结果一致,符合率为100%。结果表明,本研究建立的双重RT-PCR方法具有特异性、敏感性高、重复性好等优点,为贝类产品中沙门氏菌、阪崎肠杆菌的快速检测提供了新的技术方法。