双重荧光实时RT-PCR技术鉴定H9N2亚型禽流感病毒

采用双重荧光实时RT-PCR技术,建立一种简便易行的H9N2亚型禽流感病毒的快速鉴定方法。通过比对GenBank甲型禽流感病毒H9N2亚型的HA和NA基因序列,设计特异性针对HA和NA的引物,分别选用FAM和JOE两种不同荧光标记探针,构建双重实时荧光PCR一步法反应体系,同时检测样本中的HA和NA基因。结果显示:扩增曲线和特异性实验结果显示,该体系具有很好的扩增效率,且仅特异性识别H9N2亚型AIV的HA、NA基因,与相关病毒或其他亚型无交叉反应。采用重组质粒pMD19-T构建HA、NA阳性质粒,10倍梯度稀释液为模板,进行荧光定量PCR。结果证实,本研究所建立的双重荧光定量RT-PCR体系敏感性能达到10个RNA拷贝数。采用本方法检测60份感染动物样品及60份环境样品,与传统PCR方法相比,检测敏感性提高了100倍;与病毒分离鉴定方法比较,二者的鉴定结果完全吻合。该方法具有特异性强、灵敏度高、快速易操作等优点,是H9N2亚型禽流感病毒鉴定的有效方法。

一种汉滩病毒和汉城病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立一种汉滩病毒(Hantaan virus,HTNV)和汉城病毒(Seoul virus,SEOV)双重实时定量荧光RT-PCR检测方法。方法根据HTNV和SEOV S基因设计引物和探针、优化反应条件,建立2种汉坦病毒的双重实时荧光定量RT-PCR方法。以甲型流感病毒、登革热病毒、新布尼亚病毒、寨卡病毒、新冠病毒阳性核酸为模板验证方法的特异性,将建立的方法与巢氏RT-PCR比较,确定方法对临床样本的适用性。结果建立了一种HTNV和SEOV双重实时定量荧光RT-PCR检测方法,该方法对2种型别病毒的最低检测限均为10 copies/μL,不同浓度标准品Ct值批内和批间差异均小于2%。与登革热病毒、新布尼亚病毒、寨卡病毒、新型冠状病毒、甲型流感病毒均无交叉反应。对10份肾综合征出血热急性期血清样本进行检测,结果9份为HTNV、1份为SEOV,与巢式RT-PCR方法结果一致。结论建立的双重实时荧光定量RT-PCR方法可以快速对HTNV和SEOV进行分型和定量检测,适用于肾综合征出血热临床早期诊断。

双重实时荧光RT-PCR法检测肠道病毒方法的建立及应用

目的建立检测肠道病毒(EV)和肠道病毒71型(EV71)的双重实时荧光RT-PCR法。方法设计特异性引物和探针,建立双重实时荧光RT-PCR反应体系,绘制标准曲线,对该方法的灵敏度、精密度等进行评价。收集109例临床手足口病患者粪便和咽拭子标本用该法进行检测,并与EV71商品化试剂盒检测结果进行比较。结果双重荧光PCR法建立的EV和EV71标准曲线相关系数(r)均为0.998;该法检测EV和EV71的灵敏度分别达到0.5TCID50/mL和0.05TCID50/mL;检测EV和EV71的批内精密度均小于3%,总精密度均小于或等于4%;对肠道病毒及其他人类非肠道病毒进行检测,显示了良好的特异性。109例临床样本用该法检测出84例EV病毒阳性样本,其中EV71阳性56例,EV71总阳性率为51.4%;与单重荧光PCR商品化试剂盒的检测结果完全一致(P=1.000)。结论建立的双重实时荧光RT-PCR法灵敏度高、稳定性好,对手足口病的早期高通量快速诊断具有重要意义。

一步法CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR诊断方法的建立与初步应用

根据猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,分别设计了1对特异性引物和1条Taq Man探针,建立了一步法检测CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法特异性高,与PCV2,PRV,PPV,PEDV,JEV,BVDV无交叉反应;可以检出20个拷贝数的模板RNA,比常规RT-PCR方法的灵敏度高10倍;对同一样品进行4次重复试验,变异系数(CV)低于4%,方法重复性好。应用建立的荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR对50份疑似病例组织进行检测,结果荧光定量RT-PCR检出30份PRRSV阳性,13份CSFV阳性,均高于常规RT-PCR方法的检出数(24份PRRSV阳性,10份CSFV阳性)。本研究建立的双重实时荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异性好、灵敏度高的特点,可用于PRRSV和CSFV的实验室快速诊断和流行病学调查。

鉴别H5亚型两种分支禽流感病毒双重实时荧光RT-PCR方法的建立及应用

为准确区分H5亚型禽流感病毒2.3.2.1分支和2.3.4.4分支的毒株,通过对GenBank和GISAID数据库中发表的以及本实验室保存的H5亚型禽流感病毒HA基因序列进行比对,设计1对特异性引物和2条探针,建立了区分H5亚型禽流感病毒不同分支毒株的实时荧光RT-PCR方法,并对该方法的反应体系和反应参数进行了优化,同时开展了特异性和敏感性试验,以及临床应用检测。结果显示:该方法具有良好的特异性,与其他亚型禽流感病毒及常见禽病病毒无交叉反应;对H5亚型禽流感病毒2.3.2.1分支和2.3.4.4分支毒株的检测灵敏度分别为495.0 copies/μL和22.3 copies/μL;100份临床家禽拭子禽流感病毒检测结果与常规RT-PCR和病毒分离检测结果一致,符合率为100%。结果表明,该方法特异、敏感、准确、耗时少,同时还可区分不同分支,可应用于H5亚型禽流感病毒的准确、快速检测。

应用实时荧光定量RT-PCR技术快速检测基因Ⅱ型诺如病毒的价值探讨

目的研究探讨实时荧光定量RT-PCR技术快速检测基因Ⅱ型诺如病毒的临床应用价值。方法选取2015年4~9月在抚顺市中心医院收治因食物或怀疑由食物引起的感染性或中毒性就诊病例82例,均通过采集患者粪便提取病毒RNA,并结合基因Ⅱ型诺如病毒特点采取荧光定量RT-PCR技术及常规RT-PCR进行检测。结果通过实时荧光定量RT-PCR方式对感染性或中毒性患者进行诺如病毒筛查诊断,其诊断检出率明显高于常规RT-PCR方式。结论采取实时荧光定量RT-PCR检测基因Ⅱ型诺如病毒具有良好的特异性与敏感度,可针对病毒标本浓度不同进行定量检测,并能够对诺如病毒疑似疫情或病例的快速鉴别诊断。

实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值

目的研究实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值。方法回顾性分析106例疑似手足口病患儿的临床资料。所有患儿均进行实时荧光RT-PCR检测、实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测,以临床表现、实验室检查、血清和病原学的综合诊断结果为临床诊断金标准,比较不同检测方法的诊断结果及效能。结果实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测EV通用型、EV71、CoxA16的窗口期及平均用时均短于实时荧光RT-PCR检测,诊断效能均优于实时荧光RT-PCR检测,阳性综合诊断率高于实时荧光RT-PCR检测(P<0.05)。结论实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术在检测手足口病中具有快速、高效、诊断效能高等优势,临床推广应用价值高。

H5N8亚型流感病毒双重实时荧光RT-PCR检测方法的建立与评价

流感病毒变异迅速,为研究和建立一种针对H5 N8亚型流感病毒核酸准确灵敏的检测方法,分别选择H5 N8亚型流感毒株序列相对保守的HA基因和NA基因作为H5 N8亚型流感病毒检测的靶序列,设计两套特异性的引物和探针,选择两种不同的荧光标记,建立基于TaqMan探针的双重荧光RT-PCR快速检测H5 N8亚型禽流感病毒检测方法。实验结果表明,所建立的H5 N8亚型流感病毒real time RT-PCR检测方法 HA基因检测的灵敏度为10-5,NA基因检测的灵敏度为10-5,重复性好,特异性佳。结果表明:本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H5 N8亚型流感病毒,耗时短,可很快作出判定结果,适用于H5 N8流感病毒的分子生物学检测和监测。对于控制流感流行,减少经济损失,最大限度保护社会人群健康具有很大意义。

H5N6亚型流感病毒双重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为研制H5N6亚型流感病毒核酸快速检测试剂盒,选择H5N6亚型流感毒株序列相对最保守的HA基因和NA基因作为H5N6检测的靶序列,设计两套特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针的双重荧光RT-PCR快速检测H5N6亚型禽流感病毒的方法。实验结果表明,所建立的H5N6亚型流感病毒real time RT-PCR检测方法 HA基因检测的灵敏度为10^(-5),NA基因检测的灵敏度为10^(-4),重复性良好,特异性佳。结论:本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H5N6亚型流感病毒。

H1、H3亚型猪流感病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速、准确地检测H1和H3亚型猪流感病毒(swine influence virus,SIV)的方法,根据H1和H3亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计2对特异性引物和2条Taq Man探针,建立双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法敏感性高,可检测到最低拷贝数为102拷贝/μL;重复性良好,重复孔Ct值的变异系数均在5%以下;特异性好,除H1和H3亚型SIV外,H4、H5、H7、H9亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒、伪狂犬病病毒检测均为阴性;在田间样品中成功检出1株H1和1株H3亚型SIV,检出率为1.16%。该方法准确、快速、灵敏、特异,可为H1、H3亚型SIV的快速鉴别检测及流行病学调查提供有效的技术手段。

实时荧光定量RT-PCR技术检测siRNA对HBV复制的干扰效果

目的运用实时荧光定量RT-PCR的方法,检测小RNA分子(small interfering RNAs,siRNA)对乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)复制的抑制作用。方法在HepG2.2.15细胞内导入筛选的三条特异抗HBV的siRNA分子,用实时荧光定量RT-PCR的方法,检测干扰后HBV的mRNA表达水平。结果导入特异siRNA分子的细胞中HBV的mRNA表达量明显降低。结论实时荧光定量RT-PCR技术能准确可靠的检测mRNA的表达水平,对siRNA分子干扰效果的评价有很好的应用价值。

实时荧光RT-PCR一步法检测番茄环斑病毒

根据番茄环斑病毒 (ToRSV)各株系RNA1聚合酶基因的保守序列 ,设计并合成 1对引物和 1条TaqMan荧光探针 ,建立了对ToRSV的实时荧光RT PCR检测方法。该方法利用TaqMan荧光探针实时监测目的基因的扩增 ,实现RT PCR扩增与探针检测同时进行 ,不需PCR后处理 ,消除了PCR产物的污染 ,不需电泳和EB染色 ,减少了检测步骤 ,节省了时间。这个方法具有“灵敏、准确、简便、快速”的特点适合于种传病害的快速诊断和口岸检验检疫运用。

实时荧光定量PCR技术快速检测麻疹病毒核酸的研究

目的 建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT PCR方法 ,对麻疹病毒的核酸进行检测。方法 对设计的引物与探针进行了筛选与条件优化 ,克服了常规RT PCR定性检测的不足。结果 具有对麻疹病毒检测的高度特异性与准确性 ,检测的敏感度可达 0 1TCID50 ,从病毒核酸提取至检测完成仅需 3个多小时 ,操作简便 ,而且大大减少了常规PCR扩增产物的污染机会。结论 采用该方法对麻疹病毒与相关的临床样本进行了检测 ,均获得了满意的结果 ,为麻疹病毒的分子生物学检测 。

PEDV和TGEV双重TaqMan荧光定量一步法RT-PCR检测方法的建立及应用

本文通过对猪腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)基因组生物信息学分析,分别在两种病毒基因保守区设计特异性探针和Real-Time PCR引物,并建立了检测PEDV和TGEV的双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,本研究建立的方法对其他常见病毒无交叉检出,具有较强的特异性;应用本方法对PEDV和TGEV检测灵敏度均可达101个拷贝。应用本法组装PEDV和TGEV双重实时荧光定量PCR试剂盒,该试剂盒批次内、批次间的变异系数CV(coefficient of variation,CV)分别低于0.58%和3.7%。应用该试剂盒对97份病例进行检测,阳性率提高了14.93%。本研究建立的一步法荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异性好、灵敏度高、定量且重复性和稳定性好等优点,在PEDV和TGEV感染的快速鉴别诊断,以及流行病学调查方面都有广阔的应用前景。

荧光定量RT-PCR检测公猪精液和血液中猪瘟病毒载量

为快速检测规模化猪场猪瘟病毒（Classical swine fevervirus，CSFV），本研究参考GenBank中登录的CSFV序列设计引物，利用实时荧光PCR技术，构建重组质粒作为阳性标准品，建立特异、敏感、重复性好的CSFV快速定量检测方法。同时建立标准曲线，用于对猪瘟病毒的定量分析。

中药干预偏头痛大鼠脑膜核因子NF-кB mRNA表达的影响

探讨了中药干预偏头痛大鼠脑膜核因子的机制。选用成年SD大鼠,采用Cristina tassorelli方法制备偏头痛模型。分为正常组、模型组和中药组,后二组又分为0.5、1.5、2.5、4h4个间隔点,以模型组做对照。运用实时荧光定量RT-PCR技术检测大鼠脑膜核因子的基因表达。结果表明:0.5h组、1.5h组和2.5h组与模型组相比,P>0.05;4h组与模型组相比,P<0.05,有统计学意义。中药干预偏头痛模型大鼠脑膜核因子可不同程度地抑制异常升高的脑膜核因子NF-кB mRNA的表达,说明中药干预可能是通过抑制脑膜NF-кB基因的过度表达而使颅脑血管舒缩系统障碍得到改善与治疗。该结论为研制以NF-кB为靶点的中药提供理论依据及治疗时间窗,并为临床治疗偏头痛提供深层次的客观依据。

NASBA方法制备HIV/SHIV RNA定量测定标准品及其应用

目的应用NASBA方法制备SIV／SHIV RNA定量测定标准品。方法应用NASBA方法直接扩增SIVmac251病毒gag基因上1476～1685之间的片段，扩增的RNA产物（RS-NASBA）纯化后10倍系列稀释，测定定量曲线、标准曲线，测定该标准品的稳定性和重复性。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR GREEN RT-PCRKit，该标准品可精确定量到2．033×10 copies／μL。结论外标准品RS．NASBA纯度高，稳定性好，可用于定量测定SIV／SHIV RNA拷贝数。

鄂尔多斯市2013年手足口病实验室检测结果分析

目的对手足口病(HFMD)进行病原学监测,了解鄂尔多斯市HFMD的流行特征。方法收集2013年鄂尔多斯市手足口病临床诊断病例257份,采用实时荧光定量PCR(Q-RT-PCR)对肠道病毒通用性(EV)、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)进行了特异性RNA检测。结果 257份手足口患者标本中,EV71阳性率34.6%(89/257),CoxA16阳性率23.7%(61/257)。5岁以下儿童肠道病毒感染病例占所有感染者的84.9%(146/172),男女性别构成比为1.16:1。结论鄂尔多斯市2013年手足口病病原主要以EV71为主,并且有其它型的肠道病毒出现,5岁以下的儿童是肠道病毒感染的高危人群。