细菌毒力基因体内表达检测技术研究进展

病原菌入侵宿主是一个及其复杂的过程。为了深入了解病原菌的致病机理,人们需要鉴定那些在感染过程中特异表达的细菌毒力基因。为此,多种体内实验模型被建立起来分析细菌在宿主体内的基因表达,它们包括了体内表达技术、信号标签突变技术、差异荧光诱导、体外转座进行基因组分析和作图技术以及体内诱导抗原技术等。文章对目前运用的这些研究方法进展进行综述,并讨论了它们的优点与不足。

原核表达技术在动物传染病疫苗生产中的应用

原核表达技术是基因表达中开发最早、使用最广泛的蛋白表达技术。因具有成本低廉,遗传背景清晰,培养周期短,可大量收获等特点,而在动物传染病疫苗的生产中广泛应用。论文主要总结了利用原核表达技术生产动物传染病疫苗时目的基因的选择,宿主菌的选择、以及疫苗的安全性和免疫效力的检测方法,并对原核表达技术在动物传染病疫苗生产中的安全性与制备成本的优势进行了讨论,以期为今后利用原核表达技术研发和生产疫苗提供参考和借鉴。

基于高通量测序的数字基因表达谱技术研究进展

数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)是一种全面、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下基因表达情况的高通量测序技术。通过对基因表达谱的生物信息学搜索、比较和分析,可从中获取基因转录、基因调控、信号转导通路、蛋白质功能等相关信息。该研究主要介绍了数字基因表达谱的原理以及在生物学和医学研究等方面的应用。

应用原位杂交技术检测鼻咽癌p16 mRNA基因表达研究

目的 研究p16mRNA在鼻咽癌组织中的表达情况 ,探讨p16mRNA与鼻咽癌生物学行为的关系。 方法 应用生物素标记RNA探计的原位杂交技术 ,对 2 0例散发性鼻咽癌 (NPC)患者及 3个NPC家系中NPC患者的组织标本进行mRNA检测 ,探讨p16mRNA的异常表达在NPC的发生发展中的作用 ,以 2 0例鼻咽炎患者的鼻咽部组织做为对照。 结果 2 0例NPC标本原位杂交阳性 8例 ,p16mRNA阳性表达为 40 % ( 8/2 0 ) ,3个高发家系的NPC标本无阳性表达 ,2 0例对照 (鼻咽炎患者的标本 )全部有p16mRNA阳性表达。 结论 p16mRNA在鼻咽癌组织中呈低表达 ,提示p16基因作为一种重要的抑癌基因 。

高通量测序技术在慢性咽炎患者咽部细菌耐药基因检测中的应用价值

目的探讨高通量测序技术在慢性咽炎患者耐药基因分布中的应用。方法选取2010年5月至2012年5月本院门诊收治的慢性咽炎患者360例,采集患者咽后壁分泌物,提取质粒DNA并进行Solexa高通量测序,通过比对在NCBI质粒基因组数据库进行物种鉴定,通过与ARDB数据库进行比对进行耐药基因鉴定。结果本研究共鉴定出307个质粒,分属25种病原菌,所占比例最高的为α-溶血性链球菌(12.87%),其次为副流感嗜血菌(9.86%)。通过与ARDB中已知的380种ARG比对,共有4015条序列与已知耐药基因序列一致。其中氨基糖苷类耐药基因、β内酰胺酶类耐药基因、大环内酯类耐药基因及四环素类耐药基因占较高的比例。同时我们也检测到一个多重耐药基因lsa。结论高通量测序技术可以高效、准确地检测慢性咽炎患者中咽部细菌的耐药基因,为临床慢性咽炎治疗方案的选择提供理论基础。

淹水胁迫下中国南瓜转录组及差异表达基因分析

近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:淹水胁迫后,耐涝型南瓜材料013-2叶片氧化酶基因相对表达量整体上调,均高于淹水敏感型南瓜材料367-2;013-2和367-2叶片鉴定出3231个差异表达基因,其中上调表达基因1778个,下调表达基因1453个。GO富集发现差异表达基因显著富集在光合作用、乙烯反应、磷酸信号转导系统、细胞对乙烯刺激的反应、乙烯激活信号通路等生物过程中;KEGG注释发现有947个差异表达基因被注释到121条代谢通路中,包括光合作用-天线蛋白、植物激素信号转导、MAPK信号通路、植物-病原体相互作用、苯丙烷类生物合成等。KEGG GSEA发现植物激素信号转导、昼夜节律、MAPK信号通路、植物-病原互作等基因集得最高分。研究结果可为进一步探索与南瓜耐涝相关的基因奠定基础。

高密度cDNA微阵列技术检测乳腺癌差异表达基因

目的 描绘乳腺癌的基因差异表达谱 ,以寻找乳腺癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志。方法 用含 1 4 0 0 0个cDNA克隆的表达微阵列检测乳腺癌组织、乳腺癌旁组织及乳腺非癌组织的mRNA表达 ,并分析其表达的差异。结果 乳腺癌组织与乳腺非癌组织比较有 80个差异表达基因 ,乳腺癌组织与乳腺癌旁组织比较有 57个差异表达基因 ,乳腺癌旁组织与乳腺非癌组织比较有 2 9个差异表达基因 ,在乳腺癌组织与乳腺非癌组织和乳腺癌旁组织比较中有 1 4个差异表达基因是一致的。结论 用微阵列技术对乳腺癌的肿瘤相关基因和分子标志作初步探索 ,为了解中国女性乳腺癌发生发展的分子机制。

DNA芯片技术及其在基因表达检测中的应用

随着人类基因组计划的顺利进行，预计到２００３年人类可以完全测出自身的基因组序列。届时，人类将进入后基因组时代。探明人类全部基因的结构及其表达调控将成为后基因组时代的一个重要目标，而进行基因表达的检测则是研究基因功能的一个重要环节。人类如此浩翰的基因，...

高通量检测基因芯片测序技术对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测可行性研究

目的探讨高通量检测基因芯片测序技术对慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并社区获得性肺炎病原体检测可行性。方法选择2017年1月至2018年5月在我院接受治疗的128例疑似COPD并发社区获得性肺炎患者进行研究。所有患者均在使用抗生素前采集合格痰标本、肺泡灌洗液标本,均同时进行病原学临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的慢阻肺合并肺炎病原体检测方法进行评估。参照《中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南(2016年版)》中致病原的主要检测方法及其相应的诊断标准为金标准,对临床检验及高通量检测基因芯片测序技术的诊断效能进行分析。结果临床检测对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测诊断效能:灵敏度=81.52%,特异度=63.89%,准确度=76.56%,阳性预测值=85.23%,阴性预测值=57.50%。高通量检测基因芯片测序对COPD并发社区获得性肺炎病原体检测诊断效能:灵敏度=91.43%,特异度=82.61%,准确度=89.84%,阳性预测值=96.00%,阴性预测值=82.61%。高通量检测灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值等诊断效能指标均明显高于临床检测(P<0.05)。高通量病原体检出阳性率明显高于临床检验(P<0.05),在肺炎链球菌及流感嗜血杆菌方面差异无统计学意义(P>0.05),在人腺病毒方面高通量病原体检出阳性率明显高于临床检验(P<0.05)。结论高通量检测基因芯片测序技术对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值等诊断效能指标均明显高于临床检测,该方法操作方便、诊断价值较高。

猴D型逆转录病毒p27基因的原核表达及流式免疫荧光微球检测技术的建立

目的构建猴D型逆转录病毒的p27蛋白,并建立流式免疫荧光微球检测技术用于猴D型逆转录病毒的检测。方法通过PCR扩增p27基因片段,与p GEX-4T-1表达载体进行连接,转化至BL21(DE3)进行表达。通过SDS-PAGE分析蛋白表达的形式及最佳诱导时间。采取GST树脂纯化目标蛋白,包被磁珠,建立流式免疫荧光微球检测技术,用于临床样本的检测。结果重组蛋白以可溶的上清液进行表达,诱导的最佳时间为4 h。包被磁珠后,成功建立流式免疫荧光微球检测技术,对阳性血清稀释81倍仍可检测为阳性,对猴类其他病原的阳性血清无交叉反应,特异性强,与ELISA法同时对24份临床样本进行检测,其中3份样品的流式免疫荧光微球检测结果为阳性,ELISA检测结果为2份阳性,1份阴性,两种方法的检测结果符合率为96%。结论成功表达猴D型逆转录病毒p27蛋白,并运用该蛋白建立了灵敏度高,特异性强,样本需求少的流式免疫荧光微球检测技术,为后续推广应用多重流式免疫荧光微球检测技术奠定了基础。

用组织芯片技术检测Sema4C基因在小鼠不同组织的表达水平

目的：观察在小鼠不同组织中的表达水平。方法：用地高辛进行标记并制备Sema4C特异性RNA探针对小鼠组织芯片进行原位杂交。结果：Sema4C在成年小鼠的大脑皮层,小脑蒲肯野纤维层,视网膜视神经节细胞层和肾小管上皮细胞层中均有较高表达．而在肌肉,心脏．肺,脾脏．肝脏等组织中表达量比较低或未检测到表达。结论：Sema4C基因主要表达在神经系统和肾脏,这将有助于进一步认识Sema4C功能。

利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达

【目的】研究传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHHNV)感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考。【方法】采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene(单一基因序列),通过计算各unigene的转录本数目(RPKM)确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达。【结果】采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条unigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因。经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠。【结论】IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因。

“思政”营养基因在《微生物检测技术》PBL教学中的表达

《微生物检测技术》是医学生物技术专业的一门专业核心课程,为了充分贯彻专业课程与思政融合理念,体现"思政"营养基因在教学各个环节中的表达,将"思政"营养基因的序列确定为:"辩证思维""生物安全意识""科学的态度""团队合作精神""责任感"等。在教学实施中,以选择PBL教学模式为载体,以学生为宿主,头脑风暴式诱导"思政"营养基因充分、淋漓尽致地表达出来,选择"微信"和"蓝墨云班课"交互平台弥补大班PBL教学的缺陷,全面考核学生的知识技能、人文素养和价值判断。

高通量测序技术在60例孕早期稽留流产绒毛组织染色体基因检测中的应用

目的采用高通量测序技术对60例孕早期稽留流产绒毛组织染色体基因信息进行分析。方法收集因孕早期稽留流产行药物流产的60例患者的绒毛组织,通过高通量测序技术进行染色体检测,并对结果进行分析。结果60例绒毛组织中,染色体异常28例(50.00%),其中结构异常28例(46.67%),包括非整倍体改变19例(31.67%),拷贝数变异7例(11.67%),嵌合单体异常2例(3.33%)。孕妇年龄≥35岁组和<35岁组的绒毛染色体异常率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=7.623,P<0.05)。结论染色体异常是稽留流产的主要原因之一,高龄妊娠可能会导致胚胎的染色体异常率升高,高通量测序检测技术在稽留流产病因检测中具有重要意义,可以为下一次妊娠提供良好的优生咨询及理论依据。

组织芯片检测乳腺癌相关癌基因产物表达

目的 检测乳腺癌相关癌基因产物的表达情况 ,为临床制定治疗方案和判断预后提供依据。方法 运用组织芯片技术、免疫组化S P法检测 48例乳腺癌ER、PR、p5 3、c erbB 2、Ki 6 7、TopoⅡ和E cadherin(E cad)的表达情况 ,并与常规病理学方法进行比较。结果 48例乳腺癌中ER阳性 32例、PR阳性 36例、p5 3阳性 42例、c erbB 2阳性 31例、Ki 6 7阳性 45例、TopoⅡ阳性 41例 ;44例浸润性导管癌中 ,E cad阳性 37例 ;而 4例浸润性小叶癌E cad均阴性。对照组的 13例乳腺组织均E cad呈阳性表达。随访 :44例浸润性导管癌中 3例死亡 (6 8%) ;4例浸润性小叶癌中 2例死亡 (5 0 0 %)。结论 组织芯片技术具有高信息量、简捷、快速、高效、成本低、重复性好等优点 ,在病理学领域中具有重要的实际意义和广阔的应用前景。

基于悬浮芯片技术的56种病原微生物的高通量检测

目的:建立高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台。方法:设计和合成针对56种常见病原微生物的探针和阳性对照,采用悬浮芯片技术,对56种病原微生物的阳性标准品进行检测。结果:56种标准品的检测值显著高于阴性对照,各病原微生物的阳性标准品和各探针之间无交叉反应。结论:建立了高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台,为突发传染病的病原体诊断提供技术储备。

基因差异表达的高通量分析及其在肿瘤研究中的应用

当前,完整的人类基因组序列即将译解,“分子生物学时代”正在转变为“基因组生物学时代”。面对大量的信息,近年来发展了多种分析基因表达差异的高通量技术,本文介绍了具有代表性的5种分析方法,包括:①表达序列标签(EST)比较测序;②基因芯片基础上的方法(例如cDNA微阵列);③消减克隆,如代表性差异分析(RDA);④差异展示(DD);⑤基因表达系列分析(SAGE),详细介绍了各方法的原理、技术、注意事项及局限性,并总结和比较了优缺点,提出选用原则。在肿瘤研究中已应用于癌症发病和进展机制的基础研究及肿瘤诊断及治疗研究中,成果丰硕。展望未来,这些技术将向着更高通量和基因功能检测方向继续发展完善,并得到更广泛的重视和应用,成为研究癌症基因组学的有力工具。