双重PCR检测罗非鱼源无乳链球菌方法的建立

根据罗非鱼源无乳链球菌16SrRNA基因和sip基因序列,设计、合成2对特异性引物,通过对反应体系和反应条件优化,建立快速检测无乳链球菌的双重PCR方法。该方法扩增无乳链球菌可获得1 305bp和121bp 2个特异性片段;对6株链球菌属的菌株进行特异性分析,仅无乳链球菌能扩增出16SrRNA基因和sip基因2条特异性条带,而海豚链球菌无条带检出;经灵敏度试验,可检测到无乳链球菌菌株070717LL的最小量为1.05×102 CFU;同时,双重PCR可以检测出无乳链球菌菌株070717LL人工感染的罗非鱼脾、脑、肾组织中细菌DNA,特别是脾脏和肾脏组织的样品检测效果好。结果证明所建立的方法具有快速、特异性强、灵敏度高等优点,适用于对罗非鱼源无乳链球菌病的流行病学调查。

应用双倍PCR技术快速检测大豆胞囊线虫

描述了一种基于双倍PCR技术 ,用种特异性引物快速鉴定大豆胞囊线虫方法。应用两组引物扩增胞囊线虫的rDNA。第一组引物含有2个通用引物D3A和D3B ,用于扩增大亚基核糖体基因(28SrDNAgene)的D3扩展区 ;第二组引物包括大豆胞囊线虫种特异性引物GlyF1和一个通用引物rDNA2,用于扩增ITS2区的片断和部分28S基因。用此双倍PCR扩增技术检测了来自中国、俄罗斯、美国和巴西的53个大豆胞囊线虫群体 ,结果表明 ,用两组引物进行双倍PCR扩增 ,所有53个大豆胞囊线虫群体都产生两个明显的片断(181bpand345bp) ,其中181bp片断是SCN特异性引物GlyF1和rDNA2扩增出大豆胞囊线虫中特异性片断。在所测试的其它胞囊线虫群体 ,仅仅扩增出345bp的片断 ,而不能扩增出大豆胞囊线虫的特异性片断。用该项技术能从大豆胞囊线虫的单个胞囊或单头二龄幼虫的微量DNA中 ,扩增出大豆胞囊线虫的特异性片断 。

食源性动物组织中CSFV和PRRSV双重双色荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立同时检检测食源性动物组织中猪瘟病毒(CSFV)和猪蓝耳病病毒(PRRSV)的双色荧光定量RT-PCR方法。本研究根据SCFV和PRRSV基因序列设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,通过优化反应的体系和扩增条件,建立了能够检测食源性动物组织中SCFV和PRRSV的双重双色荧光定量PCR的方法。其检测下限为1×102拷贝/μL,而且与其他一些猪病病毒无交叉反应,具有良好的特异性。该方法重复性和稳定性试验表明其组内和组间的变异系数最高分别为4.2和4.5。对比试验表明,该方法对CSFV和PRRSV检验的敏感性为常规RT-PCR方法的200倍;该方法的建立为食源性动物组织中CSFV和PRRSV提供了有效手段,该方法特异性和敏感性较好,能够应用于临床检测。

双引物PCR检测抗草甘膦豆粕饲料中的转基因成分

在一个PCR反应体系内,同步扩增大豆内参照基因lec和抗草甘膦大豆外源基因盒中的CaMV35s启动子、nos终止子或cp4 epsps基因,建立转基因大豆双引物PCR检测方法。PCR产物用限制性内切酶酶切进一步鉴定。结果表明,用双引物PCR扩增出标准转基因大豆阳性对照、阿根廷大豆、美国RR大豆及豆粕中的lec基因和相应的特异性外源基因;酶切反应确证PCR产物为特定片段大小的目的序列。建立的双引物PCR法适用于抗草甘膦大豆原料和豆粕饲料中转基因成分的简单化、高精度和高灵敏检测。

比较单管和双管SYBR Green荧光定量PCR方法在端粒长度测量中的应用

目的:探讨单色多重定量PCR方法在人类端粒长度测量中的临床应用价值。方法:我们设计了针对端粒基因多次重复序列的能产生固定长度产物的引物,同时设计能扩增单拷贝基因的引物作为内参;两对引物在同一管中进行SYBR green QPCR反应,数据进行分析获得端粒相对长度。结果:1) 两对引物在单管中反应没有改变单独反应时的扩增效率和溶解温度;2) 同一样本在单管内和双管内反应T/S的差异很大;3)通过对同一样本进行10次重复发现,单管的值很均一,而双管的值相差很大,CV%分别是15.25%和53%。结论:我们的结果提示,单色单管方法准确性和重复性都大大优于单色双管,能够准确测量端粒的相对长度,有利于在生物医疗研究领域中的应用。

人胶质细胞源性神经营养因子和血管内皮生长因子165双基因真核表达载体的构建与鉴定（英文）

背景:人胶质细胞源性神经营养因子(glialcell line-derived neurotrophic factor,GDNF)和血管内皮生长因子165(vascular endothelial growth factor 165,VEGF165)在细胞分化过程中有重要作用。目的:构建双基因共表达载体pIRES2-GDNF-VEGF165并对其进行鉴定。方法:采用PCR法从人外周血单个核细胞的基因组DNA中获取人胶质细胞源性神经营养因子基因,然后将人胶质细胞源性神经营养因子的cDNA片段插入到pIRES2-EGFP多克隆位点构建成为pIRES2-GDNF-EGFP。人血管内皮生长因子165 cDNA片段是通过双PCR的方法从pIRES2-VEGF165-EGFP质粒中获取,接着将血管内皮生长因子165 cDNA片段以替换EGFP的方式插入pIRES2-BDNF-EGFP中,最后构建成为含有内部核糖体进入位点(IRES)的pIRES2-GDNF-VEGF165双基因共表达载体。通过双酶切和DNA测序方法对其鉴定,将重组的双基因共表达载体感染HEK293细胞,利用RT-PCR与Western-blot方法检测双基因的表达。结果与结论:DNA测序显示,提取的人胶质细胞源性神经营养因子和血管内皮生长因子165均与基因库报道序列一致,相对分子质量分别为636 bp和576 bp。构建的pIRES2-GDNF-VEGF165双基因共表达载体经Bgl II/Bam HI切出GDNF条带,经Bam HI/Not I双酶切后切出IRES-VEGF165片段,经Bgl II/Not I双酶切后切出GDNF-IRES-VEGF165片段。RT-PCR与Western-blot方法检测显示,此载体转染后,HEK293细胞均能表达人胶质细胞源性神经营养因子和血管内皮生长因子165 mRNA和蛋白。说明实验成功构建了能表达人胶质细胞源性神经营养因子和血管内皮生长因子165的双基因真核表达载体。

人脑源性神经营养因子和神经营养素3真核双表达载体的构建与鉴定(英文)

背景:脑源性神经营养因子(brain-derivedneurotrophic factor,BDNF)和神经营养素3(Neurotrophines-3,NT-3)在细胞分化过程中有重要作用。病毒载体临床应用存在安全隐患,利用真核表达载体表达蛋白为解决安全性问题提供了一种方法。目的:构建双基因共表达载体pIRES2-BDNF-NT-3并对其进行鉴定。方法:BDNF和NT-3基因核心序列是通过直接PCR的方法从外周血单个核细胞的基因组DNA中获取。然后将BDNF的cDNA片段插入到pIRES2-EGFP多克隆位点构建pIRES2-BDNF-EGFP载体,随后将NT-3 cDNA片段以替换EGFP的方式插入pIRES2-BDNF-EGFP中,最后构建成为含有内部核糖体进入位点(IRES)的pIRES2-BDNF-NT-3双基因共表达载体。实验通过双酶切和DNA测序方法对其鉴定,将重组的双基因共表达载体感染HEK293细胞,利用RT-PCR与Western-blot方法检测双基因的表达。结果与结论:DNA测序显示,提取的BDNF和NT-3均与基因库报道序列一致。构建的pIRES2-BDNF-NT-3双基因共表达载体经Eco RⅠ/Bam HⅠ切出BDNF条带,经Bam HⅠ/NotⅠ双酶切后切出IRES-NT-3片段,经Eco RⅠ/NotⅠ双酶切后切出BDNF-IRES-NT-3片段。RT-PCR与Western-blot方法检测显示,此载体转染后的HEK293细胞均能表达BDNF和NT-3 mRNA和蛋白。结果证实,实验成功采用IRES序列构建了能分别表达的BDNF和NT-3双基因真核表达载体。

sARMS-PCR检测非小细胞肺癌肿瘤组织中KRAS、BRAF基因突变研究

目的针对非小细胞肺癌(NSCLC)患者组织标本鼠类肉瘤病毒癌基因同源基因(KRAS)和鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1(BRAF)驱动基因突变使用特异引物双扩增实时蝎形探针扩增阻滞突变系统(sARMS-PCR)检测的可行性;了解KRAS和BRAF基因突变患者临床病理特征,为NSCLC患者个体化治疗提供理论依据。方法收集89例NSCLC患者肿瘤组织甲醛固定石蜡包埋标本(FFPE),采用FFPE样品DNA分离试剂盒(离心柱型)提取DNA,使用sARMS-PCR同时进行KRAS及BRAF基因突变检测。结果1 KRAS基因突变21例(21/89);其中KRAS基因7种热点突变中,检出6种热点突变,均位于第12、13位密码子,1例同时检出存在G12D及G12V位点突变,1例同时检出存在G12C及G12V位点突变;未发现G12S突变型;2 BRAF基因突变1例(1/89),突变位点为V600E,为女性,黏液腺癌;3未见KRAS和BRAF基因同时突变现象。结论临床使用sARMS-PCR技术检测NSCLC患者KRAS和BRAF基因突变有较强敏感性,且石蜡组织标本取材方便,可以作为两种基因的临床检测方法;KRAS和BRAF基因突变与年龄、吸烟史、病理分型等均无明显相关性,KRAS基因突变与性别相关,男性高于女性;KRAS与BRAF基因是独立存在的。

松材线虫病双基因检测方法的建立

采用松材线虫的核糖体DNA的内转录区序列及cathepsin L-like cysteine proteinase为目的片段设计2对引物,建立了可特异性检测松材线虫的双基因PCR检测法。利用这2对引物,松材线虫可扩增出大小分别为490 bp及264 bp的产物,而其他对照组均无扩增。此检测方法经过实际应用检验,灵敏度与常规PCR一致,而特异性更高,可以应用于实验室的常规检测需求。

蕹菜溃疡病菌分子检测方法的建立及田间监测

【目的】蕹菜是我国南方重要的经济作物,近年来随着蕹菜种植面积不断扩大,由穿孔黄单胞菌(Xanthomonas perforans)引起的蕹菜溃疡病日趋严重,对生产造成了巨大损失。建立高效快捷的蕹菜溃疡病菌检测技术,可为有效防控病害奠定基础。【方法】采用普通PCR检测技术,针对蕹菜溃疡病菌X. perforans基因组中特有序列TC2-1_002562(编码噬菌体终止酶大亚基家族蛋白)和TC2-1_002580(编码噬菌体家族蛋白)设计两对特异性检测引物,在同一个PCR体系中达到了快速检测蕹菜溃疡病菌的目的。【结果】建立的PCR检测方法可操作性强,对蕹菜溃疡病菌具有良好的特异性。利用特异性引物对来自广东多个地区的蕹菜植株、土壤和水体进行病原菌分子检测,发现第一批样本仅在5份来自东莞的蕹菜叶片上检测到病原菌,第二批样本分别在土壤、水体和植株上检测到病原菌。【结论】所建立的PCR检测方法能快速检测穿孔黄单胞菌,可用于对蕹菜溃疡病的早期诊断。该病在东莞、深圳等地呈普遍发生态势,田间检测结果表明,病害发展迅速,留种蕹菜种苗或种子很可能是该病的初侵染源,种植环境的水、土壤也是病害循环的重要环节,这对于今后进一步研究病害循环规律、制定针对性防控策略具有重要意义。

pIRES_2-BDNF-VEGF_(165)真核表达载体的构建与鉴定（英文）

背景:人脑源性神经营养因子(Brain-derived neurotrophic factor,BDNF)和血管内皮生长因子165(vascular endothelial growth factor165,VEGF165)在细胞分化过程中有重要作用。病毒载体临床应用存在安全隐患,利用真核表达载体表达蛋白为解决安全性问题提供了一种方法。目的:构建双基因共表达载体pIRES2-BDNF-VEGF165并对其进行鉴定。方法:采用PCR的方法从人外周血单个核细胞的基因组DNA中获取人脑源性神经营养因子基因,然后将人脑源性神经营养因子的cDNA片段插入到pIRES2-EGFP多克隆位点构建为pIRES2-BDNF-EGFP。人血管内皮生长因子165 cDNA片段是通过双PCR的方法从pIRES2-VEGF165-EGFP质粒中获取,接着将血管内皮生长因子165 cDNA片段以替换EGFP的方式插入pIRES2-BDNF-EGFP中,最后构建成为含有即内部核糖体进入位点的pIRES2-BDNF-VEGF165双基因共表达载体。通过双酶切和DNA测序方法对其鉴定,将重组的双基因共表达载体感染HEK293细胞,利用RT-PCR与Western-blot方法检测双基因的表达。结果与结论:DNA测序显示,提取的人脑源性神经营养因子和血管内皮生长因子165均与基因库报道序列一致,片段长度分别为744 bp和576 bp。构建的pIRES2-BDNF-VEGF165双基因共表达载体经Eco RⅠ/Bam HⅠ切出BDNF条带,经BDNF/NotⅠ双酶切后可见IRESVEGF165基因片段,经Eco RⅠ/NotⅠ双酶切后可见BDNF-IRES-VEGF165基因片段。RT-PCR与Western-blot方法检测显示,此载体转染后,HEK293细胞均能表达人脑源性神经营养因子和血管内皮生长因子165 mRNA和蛋白。结果证实,实验成功构建了人脑源性神经营养因子和血管内皮生长因子165双基因真核表达载体。

蜕皮激素诱导下家蚕CYP3基因家族的表达变化

为了研究家蚕Bombyxmori CYP3家族基因经蜕皮激素诱导后的表达变化,用蜕皮激素溶液(2×10-3μg/μL)浸泡的桑叶喂食家蚕B.mori5龄幼虫,以不用蜕皮激素处理的桑叶喂食家蚕为对照,采用双跟踪标定定量PCR(dual-spike-in qPCR)方法,检测在蜕皮激素诱导下家蚕中肠和脂肪体内CYP3基因家族的转录水平。结果表明:与对照相比,在蜕皮激素诱导下家蚕幼虫体内脂肪体中CYP302,CYP306和CYP339的转录水平分别上升了191.4,7.4和421倍,在中肠中变化不显著;其余基因转录水平变化不明显或检测不到转录活性。结果说明CYP339基因有可能参与家蚕蜕皮激素的代谢,这为进一步研究P450基因与内源物质的关系提供理论基础。

芸香苷对家蚕谷胱甘肽-S-转移酶部分基因的诱导表达

谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione-S-transferases,GSTs)是对一种机体的解毒代谢起重要作用并可以被诱导的酶系。为了从分子水平上探究家蚕Bombyx mori GSTs基因与植物次生物质芸香苷代谢的关系,本实验采用双跟踪标定定量PCR(dual-spike-in qPCR)方法,用5×10^(-1),5×10^(-2),5×10^(-3) ng/μL 3个浓度芸香苷溶液处理家蚕5龄幼虫,并对各组织中GSTs Epsilon家族不同基因的转录水平进行检测。结果显示,浓度为5×10^(-2) ng/μL的芸香苷溶液能诱导GSTs基因的转录水平发生显著变化。在中肠中,BmGSTe1,BmGSTe2和BmGSTe6的诱导转录水平较高,在诱导后24 h达到最大值;在脂肪体中BmGSTe1,BmGSTe6和BmGSTe7的转录水平相对较高且分别在诱导后2 h,2 h和4 h达到最大值;而GSTs基因在马氏管中表达量均很低或者检测不到表达。与5×10^(-2) ng/μL浓度相比,5×10^(-1)ng/μL的芸香苷溶液诱导后各基因的转录水平上升的幅度较小并且达到峰值的时间不同,而5×10^(-3) ng/μL浓度的芸香苷溶液并不能使GSTs基因的诱导转录水平发生变化。结果提示,家蚕GSTs Epsilon家族基因对芸香苷的代谢具有重要作用。

芸香苷诱导家蚕谷胱甘肽-S-转移酶omega家族基因的表达变化

谷胱甘肽-S-转移酶(GST)是在机体的解毒代谢和抗氧化过程中起重要作用的超家族酶系。分析家蚕(Bombyx mori)GST omega家族基因在体内摄入植物次生物质芸香苷后的表达变化,为从代谢生理研究家蚕对农药的抗性,以及探讨植物次生代谢物质影响鳞翅目害虫对农药的敏感性的机制提供参考。采用双跟踪标定定量PCR(dual-spike-in qPCR)方法,检测添食不同浓度芸香苷溶液的家蚕5龄幼虫的中肠和脂肪体中GST omega家族不同基因的转录水平,结果显示添食质量浓度为5×10-2 ng/μL的芸香苷溶液能诱导GST基因的转录水平发生显著变化:与对照相比,中肠中BmGSTo1、BmGSTo2和BmGS-To3基因在诱导后24 h的相对转录水平分别上升了7 143、1 391和3 398倍;在脂肪体中BmGSTo1的转录水平最高且在诱导后2 h达到最大值。与添食5×10-2 ng/μL芸香苷溶液处理组相比,添食5×10-1 ng/μL芸香苷溶液诱导后GST基因在蚕体组织转录水平上升的幅度较小,并且达到峰值的时间不同,而添食5×10-3 ng/μL芸香苷溶液诱导后并不能使GST基因的转录水平发生变化。研究结果提示:家蚕GST omega家族基因可能参与对摄入蚕体内的芸香苷的代谢。

外源物质诱导家蚕小分子热激蛋白基因HSP19.9的组织表达活性分析

小分子热激蛋白(sHSP)参与生物体细胞内多种生理生化反应,并保护细胞在外界不良环境胁迫下免于受损或降低受损程度。为了探讨家蚕小分子热激蛋白在家蚕组织对外源物质代谢中的作用,分别给家蚕添食蜕皮激素(MH)和芸香苷(rutin)后,采用双跟踪标定定量PCR(dual spike-in qPCR)方法,分析家蚕sHSP19.9基因(BmHSP19.9)的组织应急表达特征。结果表明,家蚕5龄幼虫食下2×10-3μg/μL蜕皮激素溶液或5×10-2 ng/μL芸香苷溶液浸泡的桑叶2 h后,BmHSP19.9基因在中肠、脂肪体和马氏管组织中的转录水平均有上升,尤其是在脂肪体中的转录水平非常高,在中肠组织的转录水平出现2个峰值,推测与中肠组织存在不同的应激系统有关。

蜕皮激素诱导家蚕蜕皮激素受体和超气门蛋白基因的表达变化

昆虫蜕皮激素受体(ecdysone receptor,EcR)是一种核内受体,为蜕皮激素的分子靶标。用0.002 g/L蜕皮激素溶液浸泡过的桑叶饲喂家蚕5龄幼虫,采用双跟踪标定定量PCR(dual-spike-in qPCR)方法,检测家蚕蜕皮激素受体基因BmEcR-A、BmEcR-B1和超气门蛋白(ultraspiracle,USP)基因BmUSP在家蚕幼虫马氏管、脂肪体、中肠组织的转录水平变化,分析蚕体组织以及BmEcR和BmUSP基因在蜕皮激素代谢过程中的作用与表达调控特征。结果表明:家蚕EcR的2种同工型基因BmEcR-A和BmEcR-B1的mRNA转录水平均变化显著,在脂肪体中的转录水平最高,其它组织相对较低;BmUSP的mRNA转录水平同样变化显著,且在脂肪体中的转录水平最高,马氏管次之,中肠最低。另检测正常情况下4龄眠期和5龄末期BmEcR-A、BmEcR-B1和BmUSP的mRNA转录水平相对于其它发育时期较高,且脂肪体中的转录水平要明显高于其它组织。BmEcR-A、BmEcR-B1和BmUSP均在家蚕幼虫脂肪体中高水平表达,表明了脂肪体在蜕皮激素代谢过程中的重要性。

非小细胞肺癌患者eml4-alk基因检测及eml4-alk阳性患者临床特征分析

目的探讨棘皮动物微管相关蛋白4(eml4)与间变性淋巴瘤激酶(alk)融合基因阳性非小细胞肺癌(NSCLC)患者的检测、临床特征、治疗、预后以及与egfr、kras、braf基因表达情况之间的联系。方法选取190例NSCLC患者石蜡包埋(FFPE)标本,采用免疫组化(IHC)法进行eml4-alk融合基因阳性NSCLC患者(eml4-alk+NSCLC)筛选,对于IHC阳性的标本使用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测验证。收集整理eml4-alk+NSCLC的临床资料,并对其随访;对所有患者标本采用RT-PCR法进行egfr、kras、braf突变检测。结果190例NSCLC患者中,经IHC筛查及RT-PCR确证,共检出17例eml4-alk+NSCLC,其中手术标本最多,占47.1%(8/17)(χ~2=25.999,P=0.000),<60岁的占76.5%(13/17)(χ~2=5.813,P=0.016)。未显示eml4-alk融合基因与egfr、kras或braf突变同时出现的患者。在手术患者Ⅰ期未显示eml4-alk阳性肺癌,在Ⅱ~Ⅲa期检出8例eml4-alk阳性肺癌,经术后化疗25%(2/8)复发,2年生存率为100%。9例晚期eml4-alk阳性肺癌患者化疗有效率低(4疗程化疗后仅12.5%缓解),已有5例死亡。一线化疗后病情稳定或缓解的患者维持阶段口服克唑替尼的客观缓解率(ORR)与疾病控制率(DCR)分别达50%、100%。多线治疗后进展患者三线口服克唑替尼2个月ORR与DCR仍可达33.3%、66.7%。结论通过IHC筛查及随后RT-PCR可在各种病理标本中有效检出eml4-alk+NSCLC,其临床特征为<60岁的患者多见,而与性别、吸烟史等其他特征无明显关联。能够手术的较早期(Ⅱ~Ⅲa期)eml4-alk+NSCLC,接受术后辅助化疗预后较好;晚期患者一线化疗后病情稳定或缓解患者口服克唑替尼疗效较好。经多线治疗后使用克唑替尼仍然可提高其ORR及DCR,但获益有限。

双通道荧光PCR快速检测水产品中主要致病性弧菌的研究

目的:建立水产品中副溶血弧菌和霍乱弧菌快速、敏感、特异的双通道荧光PCR同步鉴别体系。方法:针对副溶血弧菌TDH基因和霍乱弧菌ctxA基因设计合成2对特异性引物和2条Taqman探针,优化体系,建立双通道荧光PCR体系。结果:建立的双通道荧光PCR体系特异性强,引物和探针之间无干扰。对副溶血弧菌和霍乱弧菌的检测灵敏度高,下限均能达到5×104CFU/mL。体系稳定,重复性好,可操作性强,两种不同浓度基因组DNA无相互抑制现象,适用于不同条件、多种样品的检测。采用该方法对140份采自舟山、象山和杭州的各类水产品进行检测,副溶血弧菌和霍乱弧菌检出率分别为25.7%和3.6%,未见霍乱弧菌和副溶血弧菌混合污染的样品,表明建立的双重荧光PCR是一种可用于水产品等样品中副溶血弧菌和霍乱弧菌的快速、灵敏、特异的鉴别方法。

一种高效构建多位点突变重组质粒的方法（英文）

定点突变技术是蛋白质结构与功能研究的必要手段之一,随着蛋白质结构生物学深入发展,研究中要同时构建多位点、批量表达载体,研究者基于重叠延伸PCR和双接头PCR方法,优化建立一种高效构建多位点突变重组表达质粒的方法。