应用噬菌体展示技术筛选丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA的结合蛋白

目的:筛选丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合蛋白,探索NS5A-TP9的表达调节机制。方法:应用噬菌体展示技术,以聚合酶链反应(PCR)技术扩增的NS5A-TP9启动子DNA片段作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行4轮“吸附-洗脱-扩增”富集过程,噬斑裂解液PCR扩增后,回收产物构建克隆载体,对所筛选克隆进行DNA序列分析和同源性生物信息学搜索。结果:噬菌体经富集后,筛选出10个阳性克隆,成功构建了克隆载体。序列测定后经过同源性搜索,确定了与HCV非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合的蛋白有:补体C3、甲胎蛋白、人血清白蛋白、人核糖体蛋白20S和α1微球蛋白。结论:用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到HCV NS5A蛋白反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合蛋白,分析了这些蛋白的功能,为研究NS5A-TP9基因的转录调节机制,进一步阐明HCV非结构蛋白NS5A的致病机制奠定了基础。

应用抑制性消减杂交技术克隆筛选丙型肝炎病毒F蛋白结合蛋白2反式激活基因

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建新基因丙型肝炎病毒F蛋白结合蛋白2(HCVFBP2)反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HCVFBP2反式激活相关基因。方法:以HCVFBP2表达质粒pcDNA3.1(-)FBP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pGEMTeasy载体连接,构建cDNA消减文库,转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果:成功构建人类新基因HCVFBP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后选取48个克隆,进行菌落PCR分析,均得200～1000bp插入片断。挑取30个克隆进行测序,通过生物信息学分析获得28个已知功能基因序列和2个未知功能基因。结论:应用SSH技术成功构建了HCVFBP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。该文库的建立为阐明HCVFBP2生物学功能提供理论依据。

应用抑制性消减杂交技术筛选HBVe抗原结合蛋白1反式激活基因

目的：筛选与克隆HBe抗原(HBeAg)结合蛋白1(HBEBP1)新基因的反式激活基因。了解其可能存在的调节功能线索。方法：应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术筛选并克隆HBEBP1反式激活的新型靶基因．以HBEBP1表达质粒pcDNA3．1(-)-HBEBP1转染HepG2细胞。以空载体pcDN3．1(-)为平行对照。制备转染后的细胞裂解液。提取mRNA并逆转录为cDNA。经RasI酶切后。将实验组cDNA分成两组。分别与两种不同的接头衔接。再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR)。将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增。随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析．结果：成功构建人HBEBP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库．文库扩增后得到85个阳性克隆。进行菌落PCR分析。均得到200～1000bp插入片段。对26个插入片段测序。并通过生物信息学分析获得其全长基因序列。结果共获得14种编码基因。包括13种已知基因和1种未知基因．结论：筛选到的cDNA全长序列。包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因。推测。HBEBP1可能存在的调控机制的线索。

羧基末端截短型乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白反式激活基因1的克隆化研究

目的:研究乙型肝炎病毒(HBV)羧基末端截短型表面抗原中蛋白(MHBst)的反式激活作用,利用差异显示技术,筛选克隆MHBst蛋白的反式激活作用的靶基因,发现新型基因,为阐明MHBst对于肝细胞表达基因谱的影响,探索新的研究方向。方法:利用多聚酶链反应技术(PCR)扩增MHBst的编码基因片段,构建真核表达载体pcDNA3.1-MHBst,转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,与仅转染空白载体pcDNA3.1的HepG2细胞进行差异显示,利用抑制性消减杂交技术(SSH)克隆鉴定MHBst的反式激活作用的靶基因,通过生物信息学技术,确定新基因的序列,设计序列特异性引物,利用HepG2细胞来源的mRNA进行逆转录PCR(RT-PCR)扩增,克隆新基因,并对于新基因的序列以及编码基因产物序列进行分析。利用生物信息学技术确定TTP1基因是新基因。结果:构建表达载体pcDNA3.1-MHBst,经过序列分析和酶切鉴定正确。转染HepG2细胞系,利用SSH技术获得差异表达的基因片段。经对于美国生物工程信息学中心(NCBI)建立的核苷酸序列的数据库(GenBank)检索,证实这是一个新型基因片段。通过对于同源基因序列的比对,根据Kozak规则和终止密码子下游的多聚腺苷酸信号序列,确定新基因的序列,将这种MHBst反式激活的新基因命名为TTP1,并在GenBank中注册登录。结论:克隆并鉴定了乙型肝炎病毒羧基末端截短型表面抗原中蛋白反式激活作用的新型靶基因TTP1,为今后研究MHBst的反式激活作用,开辟了新的研究方向和可能。

丙型肝炎病毒核心蛋白反式激活基因TAHCCP2的克隆

目的:筛选与克隆 HCV 核心蛋白反式激活新型靶基因.方法:以 HCV 核心蛋白表达质粒 pcDNA3.1(-)-core 转染HepG2细胞,以空载体 pcDNA3.1(-)为平行对照,提取 mRNA 并进行抑制性消减杂交(SSH)分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,从转染 pcDNA3.1(-)-core 的 HepG2细胞提取总 RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实.结果:新基因命名为 TAHCCP2,编码序列全长为429个核苷酸(nt),编码产物由142个氨基酸残基(aa)组成,测序证实 TAHCCP2克隆正确.在 GenBank 中注册,注册号为 AY039043.结论:筛选与克隆 HCV 核心蛋白反式激活新型靶基因TAHCCP2,为进一步研究 HCV 核心蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础.

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子序列的确定及转录活性的鉴定

目的:阐明丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A(NS5A)反式激活基因NS5A-TP9表达的调控机制。方法:选取NS5A-TP9基因翻译起始密码子ATG上游661 bp的基因组DNA序列作为启动子序列,应用聚合酶链反应(PCR)技术,以肝母细胞瘤细胞系HepG2基因组DNA为模板,扩增该启动子DNA片段,将其克隆至pCAT3中,构建pCAT3-NS5A-TP9-promoter报告基因表达载体,以该质粒转染HepG2细胞,用酶联免疫吸附法(ELISA)检测报告基因编码产物氯霉素乙酰转移酶(CAT)的表达活性。结果:发现质粒pCAT3-NS5A-TP9-promoter具有指导报告基因CAT转录表达的启动子活性,CAT的吸光度(A值)是缺乏启动子序列对照质粒pCAT3的13.9倍。结论:本研究克隆的启动子DNA序列具有指导下游基因转录的启动子活性,这一结果为研究新基因NS5A-TP9转录表达的调节机制,进一步阐明丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A的作用机制奠定了基础。

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS4B反式激活基因的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)技术构建丙型肝炎病毒 (HCV)非结构蛋白 4B(NS4B)转染细胞差异表达cDNA消减文库 ,克隆HCVNS4B蛋白反式激活相关基因。方法 以HCVNS4B表达质粒pcDNA3 .1( ) NS4B转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 .1( )为对照 ,制备转染后的细胞裂解液 ,提取mRNA并逆转录为cDNA ,进行抑制性消减杂交分析。将富集的二次PCR产物与T A载体连接 ,并转染大肠杆菌进行文库扩增 ,随机挑取克隆聚合酶链反应 (PCR)扩增后进行测序及同源性分析。结果 文库扩增后得到 3 3个阳性克隆 ,经菌落PCR分析显示其中 2 8个克隆含有大小不等的 2 0 0～ 10 0 0bp插入片段。测序及同源性分析显示 ,12种已知基因编码蛋白 ,包括一些与细胞周期、信号传导及肿瘤发生等细胞生长调节密切相关的蛋白编码基因 ,可能是NS4B反式激活靶基因。结论 成功构建了HCVNS4B反式激活基因差异表达的cDNA消减文库 ,为进一步阐明HCVNS4B反式调节的靶基因在肝炎。

应用抑制性消减杂交技术克隆乙型肝炎病毒前-X蛋白反式激活基因

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒(HBV)前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆前-X反式激活相关基因,了解该段基因的可能生物学功能. 方法:构建表达质粒pcDNA3.1(-)-前-X,转染HepG2 细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;提取转染后细胞的mRNA,反转录为cDNA.cDNA经RsaI 酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析. 结果:成功构建前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA 消减文库.文库扩增后得到45个白色克隆,进行茵落PCR 分析,均得到200-1000 bp插入片段.挑取含有插入片段的30个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得13种已知功能基因序列. 结论:应用SSH技术成功构建了前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.该文库的建立为阐明该基因生物学功能提供理论依据.

丙型肝炎病毒非结构蛋白 NS3反式激活研究进展

丙型肝炎病毒非结构区3(HCV NS3)基因位于HCV基因组非结构区3420-5312核苷酸区段.HCV NS3具有多种潜在生物学功能,如蛋白酶、解旋酶活性,介导细胞免疫反应、反式激活端粒酶、调节p53活性及参与蛋白激酶A和STAT信号转导等[1,2],从而影响宿主细胞功能,导致细胞增生、凋亡,甚至癌变.对于NS3蛋白反式激活作用研究,可为进一步研究HCV致病(癌)的分子生物学机制和探索新的丙型肝炎治疗技术提供帮助.

真核细胞转录因子NF-κB及其在HBV X蛋白反式激活中的作用

真核细胞转录因子NF-kB(nuclear factorkappa B)能够广泛调节机体的免疫应答和炎症反应。自80年代中期发现NF-kB以来,人们对其分子生物学特征、作用机制以及与疾病的关系进行了大量的研究。近年发现NF-kB在某些慢性病毒感染及致肿瘤过程中发挥作用。

反式激活应答元件RNA在HIV-1感染中的作用

反式激活应答(transactivation response,TAR)元件RNA作为HIV-1中的一种非编码RNA,从转录与翻译水平负调控HIV-1的基因表达.同时HIV-1采取了相应的策略拮抗TAR RNA的负调控作用:病毒蛋白Tat或细胞蛋白TAR RNA结合蛋白(TRBP)结合TAR RNA后,分别在转录与翻译水平促进HIV-1的基因表达.此外,TAR编码的miRNA有助于保持HIV的潜伏感染及阻止细胞凋亡.TAR与其它蛋白间相互作用及其功能的研究对于深入了解HIV-1感染细胞后的调控机制,寻求新的抗HIV治疗靶点具有重要意义.

HBV X蛋白反式调节基因XTP11的克隆化研究

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术及生物信息学分析,筛选并克隆乙肝病毒X蛋白(HBxAg)反式激活新型靶基因。方法:以HBxAg表达质粒pcDNA 3 1(-) X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA 3. 1(-)为平行对照,提取mRNA并进行寡核苷酸基因芯片分析。对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性。通过序列同源性搜索和比对和电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列。从转染了pcDNA 3 . 1(-) X的HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录聚合酶链反应(RT- PCR)技术,扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实。结果:该新基因命名为XTP11,在GenBank中注册,注册号为AY740 5 2 0。该基因的编码序列全长为13 44个核苷酸(nt) ,编码产物由44 8个氨基酸残基(aa)组成。结论:HBxAg反式激活新型靶基因XTP11的筛选与克隆,为进一步研究HBxAg反式激活作用的分子生物学机制奠定基础。

反义寡核苷酸技术治疗肌萎缩侧索硬化研究进展

肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)尚无有效的治疗方法,目前已经发现多个致病基因以及修饰基因可导致ALS。反义寡核苷酸(antisense oligonucleotides,ASOs)是可以调节目的mRNA的分子工具,可以针对ALS的突变基因进行治疗。本文综述ASOs在ALS治疗中研究进展,从治疗机制、研究情况等方面进行总结,目前针对超氧化物歧化酶基因1(superoxide dismutase 1,SOD1)、反式激活反应-DNA-结合蛋白(transactive response DNA binding protein,TARDBP)、9号染色体开放阅读框72(chromosome 9 open reading frame 72,C9ORF72)、肉瘤融合基因(fused in sarcoma,FUS)的ASOs在动物实验中得到其有效的结果,多项临床试验正在进行,但在药物体内分布、药物用量把控、ALS不同类型适用性等方面的问题尚待解决,以研制出减缓疾病进展且副作用小的ASOs。

乙型肝炎病毒HBeAg上调S100钙结合蛋白A11基因启动子表达活性的研究

目的 探讨乙型肝炎病毒e抗原 (HBeAg)对S10 0钙结合蛋白A11(calgizzarinS10 0A11)启动子转录的激活作用。方法 以我室构建的HBeAg反式调节基因的cDNA文库抑制性消减杂交 (SSH)筛选结果为基础 ,利用生物信息学技术确定S10 0A11的启动子区域 (S10 0A11 p) ,聚合酶链反应 (PCR)扩增S10 0A11 p ,克隆至真核报告载体PCAT3中 ,构建pCAT3 S10 0 p报告载体 ,以该质粒转染肝癌细胞系HepG2细胞系 ,用酶联免疫吸附法 (ELISA)检测氯霉素乙酰转移酶 (CAT)的表达活性 ,并与pcDNA3 .1( -) HBeAg共转染HepG2细胞系 ,用ELISA法检测CAT的表达活性。结果 pCAT3 S10 0 p在HepG2细胞中能够指导CAT的表达 ;共转染实验中pCAT3 S10 0 P pcDNA3 1( -) HBeAg组CAT的表达活性是pCAT3 S10 0 p组的 6 1倍。结论 我室克隆的S10 0A11启动子有顺式激活下游基因的活性 ,HBeAg具有对S10 0A11的反式激活作用。

丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白

0 引言 1989年应用分子生物学技术发现了丙型肝炎病毒(hepatitisC virus,HCV),并证实可导致肝脏慢性疾病[1,2],是输血后肝炎的主要病因.全世界有1.7亿人感染HCV,面临肝硬化和肝细胞癌的威胁[3-6].随着基因组测序工作的完成,随后就是研究基因的功能,其中基因表达蛋白质的功能的研究尤为重要,因为基因是通过蛋白质起作用的.蛋白质与蛋白质之间的相互作用揭示了蛋白质功能的物理基础之一,即蛋白质起作用是通过与另一蛋白质进行物理接触而完成.大家知道HCV对人体有着广泛的作用,如引起人体免疫紊乱、慢性肝炎、肝硬化、肝肿瘤发生等,但是他们是如何作用的目前不是很清楚,但是可以肯定其中具有蛋白质-蛋白质之间的相互作用.目前鉴定的与HCV核心蛋白相互作用的蛋白有多种,为阐明HCV感染的发病机制,奠定了坚实的基础.

TAR RNA结合蛋白在HIV-1感染中的作用

TARRNA结合蛋白是细胞中双链RNA结合蛋白家族成员之一.它可以结合HIV-1TARRNA,并与Tat协同作用激活LTR表达,进而促进病毒的转录与翻译.TRBP也是将干扰素抗病毒通路与RNA干扰免疫通路相连的一种细胞蛋白.在干扰素诱生的PKR反应中,TRBP通过直接抑制PKR的自磷酸化、与PKR竞争通用的RNA底物或与PACT形成异源二聚体等机制抑制细胞内的PKR反应,从而降低了PKR介导的对病毒表达的抑制作用.TRBP与Dicer和Ago2等组成的RNA诱导沉默复合体,在RNA干扰中发挥着关键作用并调控随后的序列特异性降解.在HIV-1感染中,TRBP更倾向于促进病毒的表达与复制,因此TRBP也成为控制HIV-1感染的新靶点.

酵母双杂交技术筛选乙型肝炎e抗原反式激活蛋白结合蛋白的基因

目的筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与乙型肝炎e抗原反式激活蛋白(HBeAgTP)相互作用蛋白的基因。方法应用抑制性消减杂交技术及生物信息学技术筛选并克隆HBeAg反式激活的新型靶基因HBeAgTP。用聚合酶链反应(PCR)法扩增HBeAgTP基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选阳性菌落,PCR从中扩增出目的片段并测序,进行生物信息学分析。结果成功克隆出HBeAgTP基因并在酵母细胞中表达,应用酵母双杂交筛选出阳性菌落24个,经生物信息学分析为15种已知基因。结论成功克隆出HBeAgTP的结合蛋白,包括一些与细胞内蛋白质的转录、翻译、免疫调节及物质和能量代谢相关的基因。

Tat蛋白上肝素结合新位点被发现

中国科学院上海生命科学研究院药物科学研究所耿美玉课题组新近发现，在艾滋病进展中起重要作用的转录反式激活因子（Tat）蛋白上有一个全新的肝素高亲和结合位点，为艾滋病并发症的发病机制以及靶向Tat蛋白的药物研究提供了理论依据。该研究论文目前发表在《科学公共图书馆·综合》（PLoS ONE 2008，3：e2662）上。

反式激活应答DNA结合蛋白-43及其相关疾病的研究进展

反式激活应答DNA结合蛋白-43(TDP-43)是近年发现的一种病理沉积蛋白,常见于多种神经变性疾病,如肌萎缩侧索硬化、额颞叶变性、阿尔茨海默病等,这一类以病理性TDP-43沉积为主的神经变性疾病统称为TDP-43蛋白病。研究发现TDP-43在这些疾病中既有相同(均有TDP-43异常沉积),又有差异(不同的形态、分布而导致不同的症状),其作用机制至今仍有许多未明。这一异常蛋白的发现不仅为研究TDP-43蛋白病的发病机制及相关疾病间的联系提供了新途径,同时为探索新的诊断方法、治疗方案提供了方向。

p63,p73蛋白在乳腺癌组织中的表达及其意义

目的:探讨p63和p73蛋白在乳腺组织的表达情况及其与乳腺癌生物学行为的关系。方法:用免疫组化SP法检测5例正常乳腺组织(对照组),5例增生乳腺组织(增生组),15例原位乳腺癌组织(原位组),60例浸润性乳腺癌组织(浸润组)中p63蛋白、p73蛋白的表达。结果:乳腺良性病变的腺泡和导管周围可见连续的肌上皮围绕,p63阳性;原位组p63染色显示肌上皮呈不连续表达;乳腺癌早期浸润灶及浸润性癌,p63染色显示肌上皮大部分消失或无肌上皮。p73在对照组、增生组、原位组及浸润组中的阳性率分别为0%(0/5),20.0%(1/5),33.3%(5/15)和66.7%(40/60),差异有显著性(P<0.05);在乳腺肿瘤组织中,随组织学病理分级的增加、临床分期的进展和腋窝淋巴结的转移,p73表达阳性率则逐渐上升,差异有显著性(P<0.05);p63蛋白、p73蛋白表达无相关性。结论:p63、p73在乳腺癌的发生、发展过程中起着重要的作用;二者联合检测可为乳腺癌的早期诊断、及时治疗及预后判断提供必要的理论依据。