反式激活应答DNA结合蛋白-43及其相关疾病的研究进展

反式激活应答DNA结合蛋白-43(TDP-43)是近年发现的一种病理沉积蛋白,常见于多种神经变性疾病,如肌萎缩侧索硬化、额颞叶变性、阿尔茨海默病等,这一类以病理性TDP-43沉积为主的神经变性疾病统称为TDP-43蛋白病。研究发现TDP-43在这些疾病中既有相同(均有TDP-43异常沉积),又有差异(不同的形态、分布而导致不同的症状),其作用机制至今仍有许多未明。这一异常蛋白的发现不仅为研究TDP-43蛋白病的发病机制及相关疾病间的联系提供了新途径,同时为探索新的诊断方法、治疗方案提供了方向。

应用噬菌体展示技术筛选丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA的结合蛋白

目的:筛选丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合蛋白,探索NS5A-TP9的表达调节机制。方法:应用噬菌体展示技术,以聚合酶链反应(PCR)技术扩增的NS5A-TP9启动子DNA片段作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行4轮“吸附-洗脱-扩增”富集过程,噬斑裂解液PCR扩增后,回收产物构建克隆载体,对所筛选克隆进行DNA序列分析和同源性生物信息学搜索。结果:噬菌体经富集后,筛选出10个阳性克隆,成功构建了克隆载体。序列测定后经过同源性搜索,确定了与HCV非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合的蛋白有:补体C3、甲胎蛋白、人血清白蛋白、人核糖体蛋白20S和α1微球蛋白。结论:用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到HCV NS5A蛋白反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合蛋白,分析了这些蛋白的功能,为研究NS5A-TP9基因的转录调节机制,进一步阐明HCV非结构蛋白NS5A的致病机制奠定了基础。

应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒DNA聚合酶末端蛋白的反式激活基因

目的 应用抑制性消减杂交 (SSH)技术构建乙型肝炎病毒 (HBV)DNA聚合酶末端蛋白 (TP)反式激活基因的差异表达的cDNA消减文库 ,克隆TP反式激活相关基因。方法 以TP表达质粒pcDNA3 .1(-) TP转染HepG2细胞 ,以空载休pcDNA3 .1(-)为对照 ;制备转染后的细胞裂解液 ,提取mRNA并逆转录为cDNA ,经RsaI酶切后 ,将实验组cDNA分成两组 ,分别与两种不同的接头衔接 ,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR ,将产物与T/A载体连接 ,构建cDNA消减文库 ,并转染大肠杆菌进行文库扩增 ,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果 文库扩增后得到 3 5个阳性克隆 ,经菌落聚合酶链反应 (PCR)分析 ,得到 3 4个 2 0 0～ 10 0 0bp插入片段。对所得片段测序 ,并进行同源性分析 ,显示 14种己知基因编码蛋白和 1种未加功能基因序列 ,可能是TP反式激活靶基因。结论 成功构建乙型肝炎病毒TP反式激活基因差异发达的cDNA消减文库 ,为今后进一步分析。

应用抑制性消减杂交技术克隆筛选丙型肝炎病毒F蛋白结合蛋白2反式激活基因

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建新基因丙型肝炎病毒F蛋白结合蛋白2(HCVFBP2)反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HCVFBP2反式激活相关基因。方法:以HCVFBP2表达质粒pcDNA3.1(-)FBP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pGEMTeasy载体连接,构建cDNA消减文库,转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果:成功构建人类新基因HCVFBP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后选取48个克隆,进行菌落PCR分析,均得200～1000bp插入片断。挑取30个克隆进行测序,通过生物信息学分析获得28个已知功能基因序列和2个未知功能基因。结论:应用SSH技术成功构建了HCVFBP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。该文库的建立为阐明HCVFBP2生物学功能提供理论依据。

应用抑制性消减杂交技术筛选HBVe抗原结合蛋白1反式激活基因

目的：筛选与克隆HBe抗原(HBeAg)结合蛋白1(HBEBP1)新基因的反式激活基因。了解其可能存在的调节功能线索。方法：应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术筛选并克隆HBEBP1反式激活的新型靶基因．以HBEBP1表达质粒pcDNA3．1(-)-HBEBP1转染HepG2细胞。以空载体pcDN3．1(-)为平行对照。制备转染后的细胞裂解液。提取mRNA并逆转录为cDNA。经RasI酶切后。将实验组cDNA分成两组。分别与两种不同的接头衔接。再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR)。将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增。随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析．结果：成功构建人HBEBP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库．文库扩增后得到85个阳性克隆。进行菌落PCR分析。均得到200～1000bp插入片段。对26个插入片段测序。并通过生物信息学分析获得其全长基因序列。结果共获得14种编码基因。包括13种已知基因和1种未知基因．结论：筛选到的cDNA全长序列。包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因。推测。HBEBP1可能存在的调控机制的线索。

乙型肝炎病毒DNA聚合酶逆转录酶蛋白反式调节基因1的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交 (SSH)技术及生物信息学 (bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒 (HBV)DNA聚合酶(DNAPolymerase)逆转录酶 (RT)区蛋白的反式调节新型靶基因 ,进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制。方法 以HBVDNA聚合酶RT基因的表达质粒pcDNA3 1( -) RT转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 1( -)为平行对照 ,提取mRNA并进行SSH分析。并应用分子生物学技术 ,结合生物信息学技术 ,克隆RT反式调节作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明 ,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录多聚酶链反应 (RT PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列 ,并测序证实 ,因其可以被HBVDNA聚合酶逆转录酶RT反式激活 ,故命名为DNA多聚酶反式激活蛋白 1(DNAPTP1) ,已在GenBank中注册 ,注册号 :AY45 0 3 89。DNAPTP1基因的编码序列全长为 43 5个核苷酸 (nt) ,编码产物由 14 4个氨基酸残基 (aa)组成。结论 HBVDNA聚合酶逆转录酶RT在HBV进入宿主细胞的过程中起着重要的作用 ,最近的研究表明RT蛋白还具有反式激活的作用 ,上调宿主细胞某些基因的表达 ,从而改变宿主正常的免疫应答水平 ,引起病变。逆转录酶RT反式激活新靶基因的发现 ,为进一步研究RT蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗?

丙型肝炎病毒核心蛋白反式激活基因HCTP4的克隆化研究

目的 探索丙型肝炎病毒 (HCV)核心 (core)蛋白反式激活作用的新的靶基因 ,以有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 应用表达谱芯片分析等分子生物学技术 ,结合生物信息学 (bioinformatics)技术 ,筛选、克隆HCV核心蛋白反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3 core ,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以pcDNA3 core转染HepG2后提取总RNA ,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆核心蛋白反式激活的新型靶基因 ,命名为HCTP4,新基因的编码基因序列全长为 2 2 44个核苷酸 (nt) ,编码产物由 748个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCV核心蛋白是具有反式激活作用的蛋白。DNA微矩阵技术 (DNAmicroarray)是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCV核心蛋白反式激活作用的新的靶基因 。

反式激活应答元件RNA在HIV-1感染中的作用

反式激活应答(transactivation response,TAR)元件RNA作为HIV-1中的一种非编码RNA,从转录与翻译水平负调控HIV-1的基因表达.同时HIV-1采取了相应的策略拮抗TAR RNA的负调控作用:病毒蛋白Tat或细胞蛋白TAR RNA结合蛋白(TRBP)结合TAR RNA后,分别在转录与翻译水平促进HIV-1的基因表达.此外,TAR编码的miRNA有助于保持HIV的潜伏感染及阻止细胞凋亡.TAR与其它蛋白间相互作用及其功能的研究对于深入了解HIV-1感染细胞后的调控机制,寻求新的抗HIV治疗靶点具有重要意义.

乙型肝炎病毒前-S2蛋白反式激活蛋白1基因的克隆化研究

目的应用基因表达谱芯片技术及生物信息学技术筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)前-S2蛋白反式激活新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关性疾病的发病机制。方法以HBV前-S2蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-PreS2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取总RNA进行基因表达谱芯片分析。并克隆HBV前-S2反式激活作用的新的靶基因。结果获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被前-S2蛋白反式激活,故命名为前S2反式激活蛋白1(PS2TP1),已在GenBank中注册,注册号:AY561706。PS2TP1基因的编码序列全长为1113个核苷酸(nt),编码产物由370个氨基酸残基(aa)组成。结论HBV前-S2蛋白具有反式激活功能,调节宿主细胞某些基因的表达,从而改变宿主正常的应答水平,引起病变。

真核细胞转录因子NF-κB及其在HBV X蛋白反式激活中的作用

真核细胞转录因子NF-kB(nuclear factorkappa B)能够广泛调节机体的免疫应答和炎症反应。自80年代中期发现NF-kB以来,人们对其分子生物学特征、作用机制以及与疾病的关系进行了大量的研究。近年发现NF-kB在某些慢性病毒感染及致肿瘤过程中发挥作用。

用酵母单杂交系统筛选人IL-2Rα基因NIRS元件结合蛋白的cDNA

目的筛选与白细胞介素2受体(IL2R)α基因NIRS元件相互作用的结合蛋白。方法采用酵母单杂交体系从HTLV1转化的人外周血淋巴细胞MATCHMAKERcDNA文库中筛选与NIRS相互作用的蛋白。结果经过筛选并排除假阳性后有9个阳性克隆仍保持His+表型和βgal活性;测序后分析发现它们分别属于4个不同蛋白的cDNA克隆。其中一个是已知的反式作用因子Ku抗原,另一个是RNA聚合酶Ⅰ的转录终止因子。它们的C末端分别含有SAP和SANTDNA结合结构域。结论在Jurkat细胞中存在与NIRS元件相互作用的结合蛋白,相关的研究正在进行中。

乙型肝炎病毒HBeAg上调S100钙结合蛋白A11基因启动子表达活性的研究

目的 探讨乙型肝炎病毒e抗原 (HBeAg)对S10 0钙结合蛋白A11(calgizzarinS10 0A11)启动子转录的激活作用。方法 以我室构建的HBeAg反式调节基因的cDNA文库抑制性消减杂交 (SSH)筛选结果为基础 ,利用生物信息学技术确定S10 0A11的启动子区域 (S10 0A11 p) ,聚合酶链反应 (PCR)扩增S10 0A11 p ,克隆至真核报告载体PCAT3中 ,构建pCAT3 S10 0 p报告载体 ,以该质粒转染肝癌细胞系HepG2细胞系 ,用酶联免疫吸附法 (ELISA)检测氯霉素乙酰转移酶 (CAT)的表达活性 ,并与pcDNA3 .1( -) HBeAg共转染HepG2细胞系 ,用ELISA法检测CAT的表达活性。结果 pCAT3 S10 0 p在HepG2细胞中能够指导CAT的表达 ;共转染实验中pCAT3 S10 0 P pcDNA3 1( -) HBeAg组CAT的表达活性是pCAT3 S10 0 p组的 6 1倍。结论 我室克隆的S10 0A11启动子有顺式激活下游基因的活性 ,HBeAg具有对S10 0A11的反式激活作用。

丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白

0 引言 1989年应用分子生物学技术发现了丙型肝炎病毒(hepatitisC virus,HCV),并证实可导致肝脏慢性疾病[1,2],是输血后肝炎的主要病因.全世界有1.7亿人感染HCV,面临肝硬化和肝细胞癌的威胁[3-6].随着基因组测序工作的完成,随后就是研究基因的功能,其中基因表达蛋白质的功能的研究尤为重要,因为基因是通过蛋白质起作用的.蛋白质与蛋白质之间的相互作用揭示了蛋白质功能的物理基础之一,即蛋白质起作用是通过与另一蛋白质进行物理接触而完成.大家知道HCV对人体有着广泛的作用,如引起人体免疫紊乱、慢性肝炎、肝硬化、肝肿瘤发生等,但是他们是如何作用的目前不是很清楚,但是可以肯定其中具有蛋白质-蛋白质之间的相互作用.目前鉴定的与HCV核心蛋白相互作用的蛋白有多种,为阐明HCV感染的发病机制,奠定了坚实的基础.

HBVDNA聚合酶反式激活蛋白1反式下调CDC42结合蛋白4基因的表达

目的对乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶反式激活蛋白1(HBVDNAPTP1)的生物活性进行检测。方法构建pcDNA3.1(-)/myc-His A-HBVDNAPTP1载体,并使用该载体对单核细胞性白血病细胞系THP-1进行转染。通过Western blot蛋白印迹法对HBVDNAPTP1表达进行检测。使用抑制消减杂交技术(SSH)在pGEM-T Easy系统中构建THP-1细胞HBVDNAPTP1反式激活cDNA基因文库。在对cDNA序列进行测序后,将测序结果与GenBank中的序列进行BLAST对比检测分析。结果某些序列(如CIP4)可能参与细胞凋亡过程。THP-1细胞内的CIP4mRNA和蛋白表达分别通过实时定量反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和Western blot蛋白印迹法进行分析。HBVDNAPTP1能够在转录水平和翻译水平使CIP4的表达下调。结论 HBVDNAPTP1可能参与单核细胞凋亡起始的正向调节。本实验研究结果揭示了HBVDNAPTP1的生物功能,并为HBVDNAPTP1的调节机制的进一步探索提供了新证据。

黑曲霉T21 glaA 5’上游调控区的两个蛋白结合因子及其靶序列

采用凝胶阻滞法从糖化酶高产株黑曲霉(Aspergillus niger)T21部分纯化的蛋白提取液中检测到与糖化酶基因(glaA)5＇cis调控区特异结合的两个蛋白因子,其一的靶DNA定位在glaA翻译起始点(ATG)上游-580～-509及-318～-254bp两个区域,另一蛋白因子的靶DNA定位在-809～-580区域.-580～-509序列含有“TATA”的重复结构,-318～-254序列富含“GC”以及-809～-580序列含有CCAAT的特点暗示此3片段及其所结合的蛋白因子在A.niger T21 glaA的表达调控中可能有重要作用.

TAR RNA结合蛋白在HIV-1感染中的作用

TARRNA结合蛋白是细胞中双链RNA结合蛋白家族成员之一.它可以结合HIV-1TARRNA,并与Tat协同作用激活LTR表达,进而促进病毒的转录与翻译.TRBP也是将干扰素抗病毒通路与RNA干扰免疫通路相连的一种细胞蛋白.在干扰素诱生的PKR反应中,TRBP通过直接抑制PKR的自磷酸化、与PKR竞争通用的RNA底物或与PACT形成异源二聚体等机制抑制细胞内的PKR反应,从而降低了PKR介导的对病毒表达的抑制作用.TRBP与Dicer和Ago2等组成的RNA诱导沉默复合体,在RNA干扰中发挥着关键作用并调控随后的序列特异性降解.在HIV-1感染中,TRBP更倾向于促进病毒的表达与复制,因此TRBP也成为控制HIV-1感染的新靶点.

酵母双杂交技术筛选乙型肝炎e抗原反式激活蛋白结合蛋白的基因

目的筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与乙型肝炎e抗原反式激活蛋白(HBeAgTP)相互作用蛋白的基因。方法应用抑制性消减杂交技术及生物信息学技术筛选并克隆HBeAg反式激活的新型靶基因HBeAgTP。用聚合酶链反应(PCR)法扩增HBeAgTP基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选阳性菌落,PCR从中扩增出目的片段并测序,进行生物信息学分析。结果成功克隆出HBeAgTP基因并在酵母细胞中表达,应用酵母双杂交筛选出阳性菌落24个,经生物信息学分析为15种已知基因。结论成功克隆出HBeAgTP的结合蛋白,包括一些与细胞内蛋白质的转录、翻译、免疫调节及物质和能量代谢相关的基因。

反义寡核苷酸技术治疗肌萎缩侧索硬化研究进展

肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)尚无有效的治疗方法,目前已经发现多个致病基因以及修饰基因可导致ALS。反义寡核苷酸(antisense oligonucleotides,ASOs)是可以调节目的mRNA的分子工具,可以针对ALS的突变基因进行治疗。本文综述ASOs在ALS治疗中研究进展,从治疗机制、研究情况等方面进行总结,目前针对超氧化物歧化酶基因1(superoxide dismutase 1,SOD1)、反式激活反应-DNA-结合蛋白(transactive response DNA binding protein,TARDBP)、9号染色体开放阅读框72(chromosome 9 open reading frame 72,C9ORF72)、肉瘤融合基因(fused in sarcoma,FUS)的ASOs在动物实验中得到其有效的结果,多项临床试验正在进行,但在药物体内分布、药物用量把控、ALS不同类型适用性等方面的问题尚待解决,以研制出减缓疾病进展且副作用小的ASOs。

Ⅱ类反式激活蛋白与免疫应答

MHCⅡ类分子在向CD4+T细胞提呈经过加工的抗原和诱发免疫反应中起重要作用。MHCⅡ类分子异常表达会引起裸淋巴细胞综合征等严重的免疫缺陷性疾病。目前已知CⅡTA是决定MHCⅡ类分子表达的主要调节因子。此外CⅡTA还影响着自身免疫性疾病、感染性疾病、肿瘤排斥、移植耐受等。因此,Ⅱ类反式激活蛋白作为影响诸多基因的单体蛋白,在干预MHCⅡ类分子提呈抗原途径上是理想的药物治疗靶点。