反转录聚合酶链式反应检测猪繁殖与呼吸综合征持续性感染

猪繁殖与呼吸综合征感染的特点之一是持续性的感染和病毒血症。本研究利用反转录聚合酶链式反应检测了PRRSV BJ- 4株单独感染 SPF仔猪和接种 PRRSV BJ- 4后再接种猪瘟疫苗不同时间的血清中病毒的存在。结果显示在感染2 4h后的血清样品中就发现有病毒 RNA存在 ,病毒血症至少持续到感染后 37天 ,到第 5 0天时已经消失。 PRRSV BJ- 4感染后再接种猪瘟疫苗的仔猪的 PRRSV病毒血症没有受到影响。这些结果提供了 PRRSV持续性感染的直接证据 ,解释了实际生产中通过引进临床正常但已经感染了猪繁殖与呼吸综合征病毒的猪群造成猪场内病毒的传播和长期感染的存在 。

微流控振荡流反转录聚合酶链式反应快速检测烟草花叶病毒

建立了一种基于毛细管的振荡流反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)的微流控装置检测烟草花叶病毒(TMV)的新方法。根据TMV移动蛋白基因设计一对PCR引物,对粗提纯TMV颗粒直接进行RT-PCR。用0.025%小牛血清蛋白(BSA)对反应毛细管内壁进行静力学和动力学钝化,提高了PCR效率。在此微流控装置上进行RT-PCR,流速为70μL/min时,检出限为0.01μg cDNA;可以在17min内成功扩增出179bp的目的DNA片段。

鉴别猪瘟强毒和弱毒的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)检测方法的建立

【目的】建立一种能区分猪瘟病毒(classicalswinefever,CSFV)强毒和弱毒的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)检测方法。【方法】根据GenBank上登录的现有CSFV基因组全序列,选择高度保守区设计了一对CSFV通用引物,并在该对引物跨越区域的内部设计了猪瘟兔化弱毒疫苗和强毒特异性引物,建立了一种能区分猪瘟强毒和弱毒的RT-nPCR鉴别诊断方法。【结果】应用该方法从猪瘟兔化弱毒疫苗和石门强毒株基因组中扩增出了大小分别为447和343bp的一条特异性片段,从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为447和343bp的两条特异性片段,但对牛病毒性腹泻病毒和其它常见猪源病毒细胞培养物以及正常细胞基因组进行检测时均为阴性。该方法可以检测出0.04pg的CSFVRNA。对从黑龙江省采集的15份疑似猪瘟病料进行了检测,结果表明,有14份类似猪瘟强毒,1份类似弱毒疫苗。限制性片段长度多态性和种系发生分析证实了RT-nPCR的检测结果。【结论】本研究建立的RT-nPCR可以有效区分猪瘟强毒和弱毒,减少了未感染的免疫猪被误杀的可能性。

检测和鉴别犬瘟热病毒强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)的建立及初步应用

根据GenBank上登录的犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)基因组全序列,选择CDV强、弱毒株间有区别保守区设计了一对通用引物P1和P4,并在该对引物跨越区域的内部设计了CDV强毒株特异性引物P2及弱毒株特异性引物P3,用引物P1/P4进行RT-PCR,然后用引物P2/P3/P4进行复合套式PCR,建立了一种能区分CDV强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)的鉴别诊断方法。应用该方法从CDV强、弱毒株的基因组中分别扩增出了大小为247bp和177bp的特异性片段,从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为247bp和177bp的两条特异性片段,与犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒的细胞培养物以及正常细胞对照组进行复合RT-nPCR扩增时均为阴性。对从黑龙江省和吉林省采集的20份疑似CDV病料进行的检测结果表明,有15份类似CDV强毒,5份类似CDV弱毒。本研究建立的复合RT-nPCR可以有效检测CDV感染,能够将强、弱毒株区分开,可用于临床快速检测、流行病学监测以及追踪疫苗免疫效果等。

集在线荧光分析的连续流动反转录-聚合酶链式反应快速扩增检测食源致病性轮状病毒

采用含RNA反转录(Reverse transcription,RT)和在线荧光分析的连续流动聚合酶链式反应(Poly-merase chain reaction,PCR)微流控技术检测食源致病性轮状病毒。此RT-PCR微流控装置以加热铜块组成恒温带,以聚四氟乙烯毛细管微通道为反应体系构建而成。采用循环水冷却退火区,此装置能获得低至31℃的退火温度,而且温度控制及其稳定性良好,因而能满足不同PCR的要求。为了充分体现PCR微流控技术的优越性,在线荧光分析被用于检测PCR产物。当流速为7.5 mm/s时,轮状病毒RNA的cDNA扩增和在线荧光分析能在约12 min完成(扩增约10 min,在线分析约2 min)。在此集成化的RT-PCR微流控装置上,1 h可完成轮状病毒RNA的RT-PCR以及其扩增产物的在线荧光分析,样品检出限达到6.4×104 copies/μL。

反转录聚合酶链式反应法检测端粒酶催化蛋白亚单位mRNA

目的 研究端粒酶催化蛋白亚单位（ｈＴＥＲＴ）ｍＲＮＡ在肿瘤组织中的表达情况，建立一种恶性肿瘤诊断的新方法。方法 提取肿瘤组织总ＲＮＡ，用反转录聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）法进行检测。结果７６例各型肿瘤组织中６６例阳性，５例恶性胸腹水全部阳性。结论 ＲＴ－ＰＣＲ法检测 ｈＴＥＲＴ ｍＲＮＡ是一种灵敏、简便的恶性肿瘤辅助诊断的新方法。

反转录巢式多重聚合酶链式反应体系检测单细胞中时钟基因表达

目的建立一种高度灵敏的能够在单细胞水平检测时钟基因表达的反转录巢式多重聚合酶链式反应(multiplex nestedreverse transcription-polymerase chain reaction,multiplex nested RT-PCR)体系。方法选取核心时钟基因bmal1,clock,per1,per2,cry1和cry2,以及看家基因β-actin,分别设计和优化巢式引物对。以基因质粒为模板,检测巢式多重PCR体系的灵敏度。体外转录得到各个基因的RNA模板,并检测反转录巢式多重PCR体系的灵敏度。使用手动微操作器,显微镜下负压获取悬浮单个NIH/3T3细胞,使用反转录巢式多重PCR体系检测其中目的时钟基因。应用实时定量PCR检测整体水平时钟基因表达情况,与单细胞水平进行比较。结果巢式多重PCR检测体系可以检测出单拷贝质粒DNA。反转录巢式多重PCR能够检测出4拷贝RNA模板。利用上述体系发现,NIH/3T3单细胞中时钟基因环路表达存在很大差异,同时发现群体水平per1和per2表达的高峰和低谷间差异有统计学意义,而单细胞水平per1表达则差异无统计学意义。结论建立了高度灵敏的用于检测时钟基因表达的反转录巢式多重PCR体系,揭示了单细胞水平时钟基因表达的异质性,也验证了整体水平与单细胞水平时钟基因表达的差异。

反转录-聚合酶链式反应检测结直肠癌二氢嘧啶脱氢酶的意义

目的研究结直肠癌患者二氢嘧啶脱氢酶(DPD)的表达及其临床意义。方法结直肠癌患者42例,于FOLFOX6方案化疗前,取癌组织及癌旁正常组织,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测DPD的表达,观察其与毒性和预后的关系。结果癌旁正常组织DPD的表达高于相应癌组织(P<0.01)。结直肠癌组织DPD的表达状况和各种化疗反应无明显相关性(P>0.05)。正常组织DPD水平和口腔黏膜炎、腹泻的发生呈负相关(P<0.05)。Ⅲ期结直肠癌DPD高表达组和DPD低表达组患者的平均和中位无进展生存期(PFS)分别为28.3个月、27个月和38.6个月、36个月,差异无统计学意义(P>0.05)。结论结直肠癌组织DPD的表达可以预测Ⅲ期结直肠癌患者的预后,而癌旁正常组织DPD的表达可以预测5-FU相关毒性的发生情况。

多重反转录聚合酶链式反应检测H5、H7和H9亚型禽流感病毒的研究

利用多重反转录聚合酶链式反应同时检测H5、H7和H9亚型禽流感病毒.在GenBank中搜索H5、H7和H9亚型禽流感病毒(AIV)的血凝素基因序列,并利用DNAStar软件分析其相似性,利用Primer Premier 5.0软件设计3对分别针对AIV H5、H7和H9亚型的特异性引物.这3对引物所扩增的cDNA片段大小分别为427、228和830 bp.结果表明,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了同时检测H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术.该多重RT-PCR对H5、H7和H9亚型AIV能同时扩增出3条大小分别为427、228和830 bp的cDNA片段,与其他常见禽病病原的核酸不存在交叉反应.该多重RT-PCR对H5、H7和H9亚型AIV cDNA的最低检出量分别为10 pg、1 ng和10 pg.

反转录聚合酶链式反应定量分析巨噬细胞炎症蛋白-2 mRNA

目的:建立反转录聚合酶链式反应定量分析巨噬细胞炎症蛋白-2(MIP-2)mRNA的方法。方法:以β-肌动蛋白(β-actin)为内参照,通过优化RT-PCR条件定量MIP-2 mRNA的表达。结果:获取了PCR线性扩增范围,确定了RT-PCR的最佳循环次数和模板量。结论:优化的RT-PCR方法可以用于MIP-2 mRNA的分析。

应用反转录-聚合酶链式反应对LH/CG受体在大鼠垂体中表达的研究

促黄体激素/绒毛膜促性腺激素(LH/CG)受体存在于睾丸和卵巢组织中.然而以往的研究都未报道有关LH/CG受体是否存在于垂体这一重要的内分泌腺体组织中.本研究利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),以大鼠垂体总RNA为模板,扩增LH/CG受体cDNA片段.结果表明:LH/CG受体cDNA不仅存在于卵巢组织中,同样也存在于垂体组织中,垂体组织LH/CG受体cDNA与卵巢组织受体cDNA类似,都是由外显子拼接而成,结果又表明:LH/CG受体cDNA在垂体组织中以较小分子结构(或同工型)形式存在.尽管在大鼠垂体组织中没有发现全长cDNA存在,但本研究提示我们:LH/CG受体分子在垂体组织中的形式可能是由一些不完整的cDNA片段表达而成,并且表达水平较低.

应用多重反转录PCR技术检测病毒性呼吸道感染

目的为了寻求呼吸道感染病毒的快速诊断并指导治疗,建立一种多重反转录PCR体系。方法分别设计针对肠病毒、腺病毒、乙型流感病毒和甲型流感病毒标准株的特异性引物,采用多重反转录PCR检测4种病毒。结果应用此多重反转录PCR系统可以特异的同时检测到同一模板中的肠病毒、腺病毒、甲型流感病毒和乙型流感病毒。通过用多重反转录PCR和单一PCR对36份临床标本的检测相比较,结果表明多重反转录PCR的检测与单一PCR的检测结果是一致的。结论通过与单一的PCR对比,证明该多重反转录PCR系统可替代单一的PCR用于肠病毒、腺病毒、甲型流感病毒和乙型流感病毒引起的呼吸道感染的快速诊断。

基于巢式反转录-聚合酶链式反应技术检测葡萄病毒A和葡萄病毒B

皱木复合病在世界范围内普遍发生,是引起葡萄木质部畸形的一类病害的统称,在沙地葡萄、Kober5BB和LN33品种上表现茎痘、茎沟和栓皮等症状,其中葡萄病毒A(Grapevine virus A,GVA)与Kober5BB品种上出现茎沟症状有关,而葡萄病毒B(Grapevine virus B,GVB)与LN33品种上出现栓皮症状有关。

新型反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别猪瘟强毒和弱毒疫苗方法的建立

对GenBank中登录的25株猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株基因组全序列进行比较分析,在其高度保守区设计1对通用引物,扩增片段为609bp,并在该对引物扩增区域内设计针对疫苗弱毒的特异引物,扩增片段为237bp,建立一种能够区分猪瘟病毒强毒和疫苗弱毒的敏感、特异、重复性好的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别诊断方法。该方法能将我国大陆地区流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒与疫苗弱毒完全区分开来,且不与牛病毒性腹泻病毒及其他猪源病毒发生非特异反应。应用本试验建立的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)方法可以及早对猪瘟作出准确诊断,并可将强毒感染猪迅速从弱毒疫苗免疫猪群中筛选出来,减少了未感染免疫猪被误杀的可能性。

H5、H7和H9亚型禽流感病毒多重反转录聚合酶链式反应检测方法的建立

参考GenBank登录的H5、H7和H9亚型禽流感病毒(AIV)的血凝素基因序列,利用DNAStar软件分析其同源性,利用Primer Premier5.0软件设计3对分别针对AIVH5、H7和H9亚型的特异性引物。3对引物所扩增的cDNA片段大小分别为427、228、830bp。结果显示,利用3对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了同时检测H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。该方法对H5、H7和H9亚型AIV能同时扩增出3条大小分别为427、228、830bp的cDNA片段,与其他常见禽病病原不存在交叉反应。该方法对H5、H7和H9亚型AIVcDNA的最低检出量分别为10-4、10-2和10-4。结果表明,本试验建立了可同时检测鉴别H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。

Koutango病毒TaqMan反转录聚合酶链式反应方法的建立

目的建立Koutango病毒(KOUTV)的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法。方法从GenBank中下载KOUTV基因序列,进行多序列比对分析,针对NS5基因中的高保守序列片段设计KOUTV的特异引物与探针,用4科9种病毒进行检测方法特异性验证,通过平行重复实验验证检测方法稳定性,利用体外转录的RNA标准品建立了KOUTV的NS5基因拷贝数的绝对定量分析模型。结果引物与探针工作特异性良好,同一样品重复检测循环阈值(Ct)的变异系数均小于1.5%,定量分析模型灵敏度达到1.0×10^2拷贝/反应。通过本研究建立的快速检测方法对新疆采集的112批,6328只蚊虫进行了测定,结果均为阴性。结论成功建立了KOUTV的高特异性、高敏感性的TaqMan RT-PCR检测方法,可应用于实验室和临床诊断。

‘亚历山大'葡萄果实单萜生物合成相关基因转录及萜类物质积累规律

【目的】检测‘亚历山大'葡萄果实中萜类物质的种类和含量,分析果实发育过程中单萜类物质的积累与相关基因表达的关系,为揭示玫瑰香型葡萄香气物质的积累规律和香味育种奠定基础。【方法】从果实转色后至成熟期,每周取样一次,每次随机取样80—100粒,去籽去梗后榨汁,离心取上清液用于香气物质测定,使用顶空固相微萃取方法萃取样品中的挥发性成分,对采集到的质谱图用NIST 05谱库检索,并根据已有标样的色谱保留时间和保留指数,确定香气成分的化学组成,利用已有的化合物制备标准曲线进行定量。根据DXS的ORF序列设计引物,以充分成熟的样品RNA反转录获得的cDNA为模板,通过多次独立PCR扩增获得‘亚历山大'DXS的ORF片段,根据测序结果分析单核苷酸多态性位点。根据萜类生物合成途径中的8个关键酶基因序列设计引物,使用Ubiquitin,EF1-α和GAPDH3个看家基因做为内参,进行实时定量PCR,检测这些基因的转录丰度。【结果】从转色后至成熟期,在检测到的所有单萜中里那醇和香叶醇的含量远高于其它单萜,多种萜类浓度逐渐上升,其中里那醇、月桂烯、柠檬烯上升6—8倍,香叶醇、萜品醇、香叶醛和萜品油烯上升2—3倍,玫瑰醚和橙花醛含量变化较小,果实中里那醇、香叶醇、氧化玫瑰和月桂烯的含量高于嗅闻阈值。在单萜生物合成早期途径中,DXS1的表达从转色开始缓慢上升,在花后15周迅速上调,上升约5倍。DXS3则从12周开始迅速上升。DXR表现出波动变化规律。HDR的表达量在前期合成酶基因中是最高的,能达到DXS1、DXS3、DXR的1 0—20倍;在合成途径中期的2个基因FPPS和GPPS,从转色后至成熟期表达量持续上调,FPPS的表达量上升了4倍,GPPS的表达量上升了2倍;在合成途径的后期,Liner-syn和Terp—syn在花后的11—1 5周都出现表达量升高,所有基因在花后17周出现明显的表达下降。单萜总量从花后12-16周迅速积累,这与同期DXS3、DXR,HDR,GPPS、FPPS的表达上调的趋势相一致。通过相关性分析结果显示萜类总量与DXS3的相关系数为0.831。‘亚历山大'DXS1的cDNA的开放阅读框全长2 151 bp,编码716个氨基酸,通过多次独立克隆后对测序结果进行比对,在该序列中发现了16个单核苷酸多态性位点,导致4个位置编码的氨基酸发生变化。【结论】单萜合成途径中多个关键酶基因后期表达上调,导致成熟过程中单萜化合物含量上升2—8倍,DXS3与单萜总量的积累具有显著的相关性。

反义trxs基因对转基因小麦种子内源trxh基因表达的影响

以转反义硫氧还蛋白基因（anti-trxs）株系01TY70-1-17．5及其对照小麦品种‘豫麦70’为试验材料，以小麦中稳定表达的肌动蛋白基因actin为内标，用半定量反转录聚合酶链式反应（semi-QRT．PCR）方法，对转基因株系及其对照种子中trxh基因时空表达情况进行了检测。检测结果表明，花后15～30d转基因株系trxh基因转录量平均比对照下降了20．1％，花后25d显著低于对照（尸．〈0．05）；胚乳trxh基因转录量最低，平均比对照低19.4％；种子吸涨24h时间内，转基因株系trxh基因转录量较对照均略低，但差异不显著。表明，外源trxs基因的导入直接干扰了内源基因的表达。

转反义Trxs基因小麦灌浆期内源Trxh基因表达及淀粉酶活性的研究

为了进一步揭示反义Trxs基因在抗穗发芽小麦中的作用机理,以转反义Trxs基因的T4代转基因株系（以豫麦70为受体）为材料,运用RT-PCR检测和酶活性测定方法,对其灌浆过程中硫氧还蛋白h（Trxh）基因在不同水平上的表达方式以及α-淀粉酶活性进行了检测。结果表明,转基因小麦籽粒中内源Trxh基因mRNA转录量、Trxh硫氧还蛋白h活性和α-淀粉酶活性均显著低于未转基因的,平均分别比未转基因籽粒下降了21.1%,23.2%和12.6%。其中,花后25-30 d抑制作用最大。回归分析表明,Trxh基因表达量与Trxh活性、α-淀粉酶活性均呈极显著或显著正相关。说明反义Trxs基因的导入干扰或部分抑制了小麦内源同源基因的表达,致使Trxh表达量减少,Trxh活性降低,从而导致了α-淀粉酶活性的降低。

Caspase-3和核转录因子-κB在APPSWE转基因小鼠海马内的表达

目的探讨阿尔茨海默病（AD）的发生、发展与神经细胞凋亡之间的规律,以及核转录因子κB（NF-κB）在神经细胞凋亡中的调节作用,为阿尔茨海默病的发病机理和临床治疗提供依据。方法分别取P0、P7、P14、P30、P90、P180日龄的APPSWE转基因小鼠为模型组,各日龄同窝生野生型小鼠为对照组,应用Nissl染色观察其海马结构和锥体细胞形态,免疫组织化学方法检测小鼠海马细胞内半胱天冬氨酸蛋白3（Caspase-3）表达及NF-κB激活情况,RT-PCR检测小鼠海马caspase-3 mRNA的表达。结果模型组及对照组小鼠海马CA3区锥体细胞中凋亡细胞密度和NF-κB阳性细胞密度均随日龄的增大而逐渐下降,在P30后趋于稳定;与对照组相比,模型组凋亡细胞密度和NF-κB阳性细胞密度均增高,自P14以后具有统计学意义（P〈0.01或P〈0.05）;RT-PCR检测小鼠海马caspase-3 mRNA表达结果与Caspase-3免疫组织化学检测结果基本吻合。结论凋亡相关基因caspase-3和NF-κB在阿尔茨海默病的发病机理中起重要作用,NF-κB的激活可能促进神经细胞凋亡。