新城疫强毒特异性反转录荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种敏感性高、特异性强、成本更低的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)特异性反转录荧光定量PCR(reverse transcription fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)检测方法,基于对所有已知NDVF基因序列特征的分析,设计了一对强毒特异性引物,以体外转录制备的RNA标准品为阳性模板,构建了标准曲线,并对该方法的敏感性、特异性和准确性进行了验证。结果表明,基于SYBRGreenⅠ嵌合荧光技术建立的检测方法能够特异性扩增NDV强毒,最低可检测1拷贝/μL的RNA,用于临床毒株的检测结果与序列测定一致,可作为适合大规模监测NDV强毒的方法和工具。

应用反转录PCR和实时荧光定量PCR技术判定现场物证生物属性

目的探寻分子生物学方法判定刑事案件现场物证的生物属性的可行性。方法取30份现场生物检材,其中血液(斑)、唾液(斑)、精液(斑)各10份,分别进行常规检验法和分子生物学方法,通过DNA-RNA共提取技术,将其中的mRNA运用反转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)技术反转录成cDNA,根据3种生物检材不同的目标基因设计3对特异性引物,进行实时荧光定量PCR扩增,通过熔解曲线测定不同的熔解温度(Tm)和不同长度的扩增片段来区分生物检材。结果血液(斑)的Tm值为(84.5±0.2)℃,片段长度177 bp;唾液(斑)的Tm值为(76.9±0.3)℃,片段长度134 bp;精液(斑)的Tm值为(88.5±0.2)℃,片段长度294 bp。结论与常规检验法比较,联合应用RT-PCR和实时荧光定量PCR技术判定检材的生物属性特异性强、灵敏度高、结果稳定可靠,可应用于日常法医物证检验。

猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立

为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。

荧光定量反转录PCR检测新生儿脐血ζ珠蛋白mRNA的转录水平

目的运用荧光定量反转录PCR技术,检测新生儿脐血ζ珠蛋白mRNA的转录水平。方法以基因型为(αα/αα)的新生儿作为正常对照组,基因型为(--/αα)的新生儿为病例组。选择β肌动蛋白基因为校正基因,ζ珠蛋白基因为目的基因。运用双标准曲线法检测两组新生儿脐血的ζ珠蛋白mRNA的转录水平。结果病例组的ζ珠蛋白mRNA的平均转录水平明显增高。结论通过荧光定量反转录PCR技术能够检测出基因型为(--SEA/αα)的新生儿的ζ珠蛋白mRNA转录水平的增高,具有较好的诊断价值。

盐胁迫下构树DREB转录因子基因表达的实时荧光定量PCR分析

转录因子是指那些专一性地结合于DNA特定序列上、能激活或抑制其他基因转录的蛋白质（王少峡等,2004）。DREB（dehydration responsive element binding protein）转录因子是一种特异性的转录因子,当植物在干旱、低温及盐等逆境胁迫下,

反转录实时定量PCR在植物基因表达分析上的研究进展

近年来,反转录实时定量PCR作为一项新的核酸序列定量分析技术以其定量准确、高灵敏度和高通量等特点,已被广泛的应用于分子诊断、病理分析以及食品安全检测等方面。然而其在植物基因表达水平研究上的报道较为少见。在前人研究基础上,总结了反转录实时定量PCR在植物基因综合表达分析、基因家族表达分析、基因差异表达分析、转基因表达分析等方面的应用;分析了反转录、看家基因选择等影响检测基因表达的因素;指出该技术在重复性、灵敏度、标准化上所存在的问题。随着分子生物技术的发展,反转录实时定量PCR将会在植物遗传育种、植物病理检疫以及分子进化等方面发挥更为广泛的作用。

荧光定量PCR法检测肿瘤细胞株转录因子表达水平

目的 建立荧光定量聚合酶链反应 ( fluorogenic quantitative PCR)检测方法 ,以便快速、准确地定量检测细胞株转录因子表达强度。方法 根据基因序列 ,设计合成引物 ,采用一步法提取细胞株总 RNA,逆转录获取 c DNA,通过荧光定量的方法对各细胞株的转录因子 T-box expression in T cells( T-bet)、GATA3的表达水平进行检测。结果 细胞株NK92、QBC93 9、K5 62、HO-891 0、A5 49、He La转录因子 T-bet的表达强度分别为 0 .90、1 .2 5、0 .96、0 .92、1 .1 1和 1 .1 7,GA-TA3的表达强度分别为 1 .2 3、1 .49、1 .3 0、0 .97、1 .0 5和 1 .3 4。结论 建立了肿瘤细胞株转录因子基因表达的荧光定量PCR检测方法 ,较常规 PCR方法更为简便、快速、准确 ,有很好的应用前景。

荧光定量PCR与逆转录PCR检测HCV RNA的比较分析

目的:用荧光定量PCR(FQ—PCR)和逆转录PCR(RT—PCR)法检测抗-HCV阳性血清中的HCVRNA,探讨两种方法检测结果的临床意义.方法:抗-HCV阳性血清样本1062份,其中481份用RT-PCR法检测,465份用FQ-PCR法检测,另有116份同时用两种PCR法检测.结果:RT—PCR法检测HCVRNA的阳性率为49.90%(240/481),FQ-PCR法的阳性率为62.58%(291/465),两种方法的阳性率有显著性差异(P<0.001).同时用两种方法检测116份,RT—PCR法阳性率为49.14%(57/116),FQ—PCR法阳性率为65.52%(76/116),也有显著性差异(P<0.05).FQ-PCR法检测的40份阴性中RT-PCR法检测出4例HCVRNA阳性.结论:FQ—PCR检测HCVRNA比RT-PCR特异性高,但RT—PCR的敏感性较FQ—PCR高,部分FQ—PCR检测的阴性结果不能排除HCVRNA阳性的可能性.

逆转录实时荧光定量PCR检测p73 mRNA在结肠癌的表达

目的:建立一种实时定量PCR方法检测p73mRNA的表达水平,探讨其与结肠癌发生、发展的可能关系。方法:采用SYBRGreenⅠ逆转录实时荧光定量PCR检测39例结肠癌组织和其癌旁组织中p73mRNA的表达。结果:p73基因在结肠癌肿瘤组织的表达水平高于其在癌旁组织的表达(P<0.01);表达水平与肿瘤的恶性程度、分化及淋巴结转移显著相关(P<0.05)。结论:p73的高表达可能与结肠癌的发生、发展及预后有联系。

中华根瘤菌NP1中反硝化基因启动子分析及荧光定量PCR验证

目前,在污水脱氮过程中N_2O的释放量逐年上升,造成温室效应,引起酸雨并破坏臭氧层。为了研究在反硝化过程中N_2O释放的机制,利用生物信息学软件在线预测了中华根瘤菌NP1反硝化过程中4个关键酶基因的启动子信息。经预测,反硝化过程所需的4个关键酶基因的表达并非传统观念上认为的使用同一个启动子,而是4个不同的启动子。同时还发现,硝酸盐还原酶和亚硝酸盐还原酶的启动子转录活性较强,而一氧化氮还原酶和氧化亚氮还原酶的启动子则转录活性较弱。为进一步探究上述预测结果,我们利用荧光定量PCR检测中华根瘤菌NP1中以KNO_3为唯一氮源培养时,反硝化4个关键酶基因转录水平上的差异,以及测量反硝化过程中产生的代谢产物含量。发现硝酸盐还原酶基因和亚硝酸盐还原酶基因的转录水平明显高于一氧化氮还原酶基因和氧化亚氮还原酶基因,在反硝化过程中确实有一定量的N_2O气体积累,推测可能与不同启动子的强弱有关。因此,可通过改造操纵子等基因工程手段调节反硝化关键酶的表达,使N_2O全部还原为N_2后再释放到空气中,构建更加高效绿色的污水脱氮菌株,具有深远的社会意义。

荧光实时逆转录PCR定量研究进展

荧光实时逆转录PCR广泛应用于稳态mRNA水平的定量 ,并且它已经成为基础研究、分子医学和生物技术的一种必不可少的实验工具。用此技术定量具有范围宽、敏感性高、精确度高 ,无PCR后处理步骤 ,避免了交叉污染 ,且产出率高 ,可以进行多重检测等特点。然而要成功地应用该技术并不是一件容易的事。现对方法学建立、扩增效率以及标准化等方面作一综述。

实时荧光定量反转录聚合酶链反应检测HLA-DRα基因mRNA表达

目的建立实时荧光定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测HLA-DRα基因mRNA表达。方法应用T-A克隆技术构建含HLA-DRα基因的载体作为标准模板,采用荧光Taqman方法及探针标记技术,建立实时荧光定量RT-PCR方法,制备标准曲线,检测牛膝多糖(ABPS)诱导人外周血单核细胞的HLA-DRαmRNA表达水平变化,并与半定量RT-PCR检测结果进行比较。结果实时荧光定量RT-PCR检测ABPS诱导人外周血单核细胞实验组HLA-DRαmRNA表达明显升高,而无ABPS诱导人外周血单核细胞对照组HLA-DRαmRNA表达没有改变,且半定量RT-PCR结果显示HLA-DRα出现类似的变化趋势。结论所建立的实时荧光定量RT-PCR用于检测HLA-DRαmRNA表达,结果用拷贝数表示,比半定量RT-PCR更灵敏、准确。

实时荧光定量PCR检测端粒酶逆转录酶mRNA在急性白血病中的表达

目的研究人类端粒酶转录酶（hTERT）在急性白血病的表达和意义。方法应用实时定量PCR（Real-time PCR）技术检测30例急性白血病骨髓单个核细胞及25例正常人骨髓单个核细胞中hTERT mRNA的表达水平，分析其表达水平与急性白血病恶性程度的关系。结果hTERT在急性白血病细胞中的中位表达量为0．00244（0～0．0320），明显高于正常人骨髓单个援细胞中hTERT的中位表达量2．79×10^-4（0～0．0078）（P〈0．001）。但在ANLL和ALL细胞中对比表达无明显差异（P=0．742）。结论在急性白血病中hTERT明显高于正常对照，hTERT是急性白血病诊断的特异性指标之一。

干旱胁迫下木薯AP_2转录因子的荧光定量PCR分析

为研究木薯的两个AP2基因在干旱胁迫下的表达模式,对木薯品种华南5号进行干旱胁迫处理,提取各个时间点离区部位的RNA,以其反转录的cDNA为模板,应用SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测AP2转录因子基因的差异性表达。结果表明,目的基因的熔解曲线都只出现一个峰,说明引物特异性强,且各基因的扩增效率与参照基因Actin接近,试验结果可用2-ΔΔCT计算法进行分析。经分析,两个AP2家族成员在干旱胁迫下均诱导表达,其表达模式不完全相同且存在一定的相关性,这与之前做过的基因芯片杂交结果相符。

实时荧光核酸恒温扩增试验和定量反转录-聚合酶链反应对血清乙型肝炎病毒RNA定量检测的一致性评价

为评价实时荧光核酸恒温扩增试验(simultaneous amplification testing,SAT)与定量反转录-聚合酶链反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测血清样本中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)RNA的相关性与一致性,本研究收集了在复旦大学附属公共卫生临床中心就诊的212例患者的血清样本,其中慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者HBV DNA≥100 IU/mL 81例、HBV DNA<100 IU/mL 76例,以及作为对照的非HBV感染患者55例。采用SAT和qRT-PCR方法分别检测所有血清样本中的HBV RNA,对检测结果进行统计学分析。在HBV DNA≥100 IU/mL的CHB患者中,SAT和qRT-PCR的HBV RNA阳性检出率均为95.06%(77/81)。2种方法具有较好的相关性与一致性(R 2=0.803和CCC=0.882)。Bland Altman分析显示绝对偏倚为0.1 log copies/mL,相对偏倚为0.97%。配对t检验显示,结果无统计学差异(t=1.617,P=0.110)。在HBV DNA<100 IU/mL的CHB患者血清样本中,HBV RNA阳性检出率不同,SAT为98.68%(75/76),qRT-PCR为88.16%(67/76),2种方法相关性与一致性较差(R 2=0.326和CCC=0.438)。Bland Altman分析显示绝对偏倚为0.5 log copies/mL,相对偏倚为0.86%。配对t检验显示,结果有统计学差异(t=3.654,P<0.001)。在非HBV感染对照患者中,SAT和qRT-PCR均未检出HBV RNA阳性。结果提示,在HBV DNA≥100 IU/mL的CHB患者中应用SAT与qRT-PCR检测血清HBV RNA,其相关性与一致性较好,在HBV DNA<100 IU/mL的CHB患者中相关性与一致性存在一定差异。

禽腺病毒血清4型感染鸡组织中NLRP3基因转录水平的实时荧光定量PCR分析

旨在分析禽腺病毒血清4型(FAdV-4)感染鸡组织中NLRP3基因的转录水平,本研究设计鸡NLRP3特异性引物,利用RT-PCR扩增NLRP3基因180 bp片段并克隆至pMD-18T载体,制备重组质粒pMD-18T-NLRP3。以pMD-18T-NLRP3质粒作为标准品进行荧光定量PCR并建立标准曲线。通过反应条件优化,成功建立了检测NLRP3基因的实时荧光定量PCR方法,并利用该方法对致病性FAdV-4感染鸡组织中NLRP3基因的转录水平进行了分析。结果显示,所设计的NLRP3引物可特异性扩增鸡NLRP3基因,建立的实时荧光定量PCR对鸡NLRP3标准质粒的扩增曲线良好,标准品的拷贝数与Cq值呈现良好的线性关系。与对照组相比,NLRP3分子在FAdV-4感染鸡肝和脾中的转录水平极显著高于对照组(P<0.001),在盲肠扁桃体和法氏囊的表达显著高于对照组(P<0.01)。本研究所建立的鸡NLRP3基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR可以检测FAdV-4感染鸡不同组织中NLRP3的转录水平;致病性FAdV-4感染所造成的组织炎症损伤与NLRP3分子密切相关。

TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应在强直性脊柱炎IL-2RαmRNA检测的应用价值

目的:利用TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQ-RT-PCR)检测强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞白细胞介素-2受体α(IL-2Rα)mRNA的表达水平,并进行疾病的活动性相关分析。方法:用 Primer Express v2.0软件,根据GenBank提供的序列,在人IL-2Rα mRNA的第2和第3外显子之间设计一对引物和一条TaqMan探针。提取总RNA,加入已优化的一步法FQ-RT-PCR反应体系,扩增产物经凝胶电泳后切胶回收,并与pUCm-T载体连接。制备好的重组质粒转化感受态细胞进行克隆。经测序分析确定为特异性片段后,用T7RNA聚合酶转录为cRNA,作为FQ-RT-PCR系列浓度标准品。评价FQ-RT-PCR检测 IL-2Rα mRNA的特异性、线性、精密度和探针稳定性等。定量测定HLA-B27阳性活动组与阴性非活动组强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞IL-2Rα mRNA基因的表达水平,结合血浆可溶性白细胞介素-2受体 (sIL-2R)浓度,探讨与炎症活动的相互关系。结果:成功构建了cRNA标准品。该方法的线性范围为7～107 cells/ml,其批内CV8.4%,批间CV9.6%;扩增产物克隆的双向测序结果经BLAST比较、分析,证实为IL- 2Rα mRNA特异性片段。对各30例HLA-B27阳性与阴性的强直性脊柱炎的测定表明:与正常人对照组结果比较,HLA-B27阳性组与HLA-B27阴性组IL-2Rα mRNA和sIL-2R都有明显增加(P<0.01)。IL-2Rα mRNA对炎症活动评价的灵敏度为96.7%。结论:FQ-RT-PCR具有灵敏、特异、结果重复性好等优点;IL- 2Rα mRNA与sIL-2R比较更能反映强直性脊柱炎患者的免疫状态,可能为免疫药物的疗效评价和药物筛选提供基因表达水平上的信息。

反转录荧光定量聚合酶链反应联合检测hMAM和BCL-2在乳腺癌诊断中的应用

目的研究反转录荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测B细胞淋巴瘤/白血病-2(BCL-2)和乳腺癌人乳腺珠蛋白(hMAM)基因在外周血循环肿瘤细胞(CTCs)中的表达水平,探讨BCL-2和hMAM 2种乳腺癌相关基因联合检测在乳腺癌诊断中的临床应用价值。方法采用RT-qPCR法,并以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)为内对照检测健康对照组(55例)、乳腺癌组(171例)和良性乳腺疾病组(91例)外周血CTCs中BCL-2和hMAM的表达水平。结果外周血CTCs中BCL-2和hMAM在健康对照组和良性乳腺疾病组表达水平差异无统计学意义(P>0.05),乳腺癌组表达水平高于健康对照组、良性乳腺疾病组,差异有统计学意义(P<0.05)。hMAM和BCL-2联合检测灵敏度显著高于单一基因。结论联合检测外周血CTCs中hMAM和BCL-2基因表达水平可提高乳腺癌诊断的灵敏度,有效辅助临床诊断乳腺癌。

荧光定量反转录-聚合酶链反应检测鼻咽癌患者外周血肿瘤细胞微转移的研究

目的探讨荧光定量反转录聚合酶链反应(FQ-RT-PCR)检测外周血CK14mRNA、表皮生长因子受体(EGFR)mRNA的表达在鼻咽癌患者外周血肿瘤细胞微转移诊断中的价值。方法采用FQ-RT-PCR方法检测87例入组鼻咽癌患者外周血CK14mRNA、EGFRmRNA的表达,并分析其与肿瘤TNM分期、临床分期、组织分化程度的关系。结果 87例鼻咽癌患者外周血中,CK14mRNA、EGFRmRNA阳性表达率分别为64.4%(56/87)、58.6%(51/87),两者联合检测的阳性表达率为71.3%(62/87);CK14mRNA、EGFRmRNA的表达水平与T分期、N分期、临床分期、组织分化程度有关(P<0.05),分期越晚,外周血中CK14mRNA、EGFRmRNA的表达水平越高,低分化鳞癌患者外周血中CK14mRNA、EGFRmRNA的表达水平高于高中分化鳞癌患者。结论 FQ-RT-PCR方法检测鼻咽癌患者外周血CK14mRNA、EGFRmRNA的表达,能够较准确反映外周血肿瘤细胞微转移的情况,在诊断鼻咽癌患者外周血肿瘤细胞微转移方面有一定的可行性;鼻咽癌患者外周血肿瘤细胞微转移与肿瘤的恶性程度和病情进展有关。

实时荧光反转录PCR检测呼吸道合胞病毒

目的建立快速、准确、特异的实时荧光反转录PCR方法检测呼吸道合胞病毒(RSV).方法根据RSV基因序列设计引物和探针并优化实时荧光反转录PCR反应体系,对686例临床标本进行检测,阳性结果测序验证.结果本实验所建立实时荧光反转录PCR方法可准确、特异地检测RSV;686名呼吸道感染患儿中RSV感染达到16.5%(113/686).结论本研究建立的RSV实时荧光反转录PCR方法快速、准确,结果可靠,可用于儿童RSV感染的临床诊断.