肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型多重反转录-聚合酶链反应的建立及初步应用

本文旨在建立一种快速、高效的检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的方法,用于儿童手足口病的病原学监测。通过设计肠道病毒通用引物和CA16、EV71的型特异性引物,建立以不同引物浓度配比及两阶段退火温度提高检测敏感度和特异度的多重反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并对首都儿科研究所附属儿童医院2010年3～10月收集的371例手足口病患儿381份临床标本同时进行病毒分离和核酸检测。结果显示,本研究建立的多重RT-PCR方法对CA16和EV71的最低模板检测浓度分别为5.32pg/ml和0.64pg/ml,反应特异度为100%。应用该方法检测381份手足口病临床标本的总阳性率为77.4%,其中CA16与EV71的检测阳性率分别为31.8%和35.4%,两者检测阳性比为1∶1.1。以病毒分离为标准,多重RT-PCR对CA16及EV71检测的准确率分别为95.2%和98.6%。因此,本研究新建立的多重RT-PCR方法准确、简便,适用于较大量样本的手足口病病原学监测。2010年引起北京地区儿童手足口病的主要病原为CA16和EV71。

用反转录-聚合酶链反应检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的研究

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型毒株的基因序列设计了一对特异性引物P1/P2,扩增的片段为550bp,根据欧洲型毒株设计了一对特异性检测引物P3/P4,扩增的片段为433bp,建立PRRSV的RT-PCR的检测与血清型鉴别方法。特异性试验表明,这2对引物均不能扩增其他常见的繁殖障碍相关病毒的RNA或DNA。敏感性试验表明,这2对引物可以分别到检测10-5TCID50和10-4TCID50的病毒含量。利用该方法对重庆、四川某些猪场中临床上疑似为PRRS的20份送检组织样品进行检测,只有引物P1/P2能扩增出与预期大小相符的RT-PCR产物;其中有15份样品呈PRRSV阳性结果,阳性率为75%,说明送检的样品感染的PRRSV为美洲型。试验结果表明该方法快速检测病料组织中PRRSV是可行的,是临床上对PRRS进行快速诊断和分子流行病学调查的实用方法。

用反转录-聚合酶链反应检测狐狸感染犬瘟热病毒的研究

应用反转录——聚合酶链反应技术成功地从发病银黑狐的脾脏中扩增出一条特异性的核酸带,为狐狸犬瘟热病的诊断提供了一个特异敏感的方法。

实时荧光核酸恒温扩增试验和定量反转录-聚合酶链反应对血清乙型肝炎病毒RNA定量检测的一致性评价

为评价实时荧光核酸恒温扩增试验(simultaneous amplification testing,SAT)与定量反转录-聚合酶链反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测血清样本中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)RNA的相关性与一致性,本研究收集了在复旦大学附属公共卫生临床中心就诊的212例患者的血清样本,其中慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者HBV DNA≥100 IU/mL 81例、HBV DNA<100 IU/mL 76例,以及作为对照的非HBV感染患者55例。采用SAT和qRT-PCR方法分别检测所有血清样本中的HBV RNA,对检测结果进行统计学分析。在HBV DNA≥100 IU/mL的CHB患者中,SAT和qRT-PCR的HBV RNA阳性检出率均为95.06%(77/81)。2种方法具有较好的相关性与一致性(R 2=0.803和CCC=0.882)。Bland Altman分析显示绝对偏倚为0.1 log copies/mL,相对偏倚为0.97%。配对t检验显示,结果无统计学差异(t=1.617,P=0.110)。在HBV DNA<100 IU/mL的CHB患者血清样本中,HBV RNA阳性检出率不同,SAT为98.68%(75/76),qRT-PCR为88.16%(67/76),2种方法相关性与一致性较差(R 2=0.326和CCC=0.438)。Bland Altman分析显示绝对偏倚为0.5 log copies/mL,相对偏倚为0.86%。配对t检验显示,结果有统计学差异(t=3.654,P<0.001)。在非HBV感染对照患者中,SAT和qRT-PCR均未检出HBV RNA阳性。结果提示,在HBV DNA≥100 IU/mL的CHB患者中应用SAT与qRT-PCR检测血清HBV RNA,其相关性与一致性较好,在HBV DNA<100 IU/mL的CHB患者中相关性与一致性存在一定差异。

犬瘟热病毒反转录—聚合酶链反应检测方法的建立及初步应用

根据 Gen Bank中 Barrett报道的犬瘟热病毒弱毒株 Onderstepoort的血凝蛋白基因序列 ,设计合成了一对能扩增 76 0 bp基因片段的引物。用异硫氰酸胍 -酚 -仿一步抽提法提取细胞总 RNA进行反转录 ,再以此产物为模板进行 PCR扩增 ,筛选出最佳扩增条件。结果以此对引物进行 PCR扩增能得到与设计片段大小相同的产物 ,并且不扩增犬细小病毒、犬 I型腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒的核酸。敏感性试验证实 ,此法能扩增出稀释 1 0 0 0倍的 CDV强毒细胞培养物 ( 1 0 5 .1 TCID5 0 /0 .1 ml)的反转录产物 ,其敏感性远高于电镜负染和荧光抗体染色法。经初步应用表明 ,此法可用于犬瘟热的临床诊断和实验研究。

反转录聚合酶链反应方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎

目的评估RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎的应用价值。方法对象包括脑膜炎组104例和对照组39例,检测脑脊液中肠道小RNA病毒应用RT-PCR方法。结果脑膜炎组的肠道小RNA病毒阳性率为41.3%(43/104),对照组未测出肠道小RNA病毒阳性结果。结论肠道小RNA病毒是导致脑膜炎的重要病原体,RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎具有较高的应用价值。

免疫磁性捕获反转录-聚合酶链反应法检测Norwalk病毒

Norwalk病毒(NV)是人杯状病毒的原型,每年可引起2000多万急性胃肠炎病例,是美国暴发性胃肠炎的主要病因。本文建立了一种快速检测NV的免疫磁性捕获反转录-聚合酶链反应(IMC/RT-PCR)方法。

RT-PCR法在沙门菌检测及血清分型鉴定中的应用价值研究

目的:探讨反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法在沙门菌检测及血清分型鉴定中的应用价值。方法:选择2022年8月至2024年1月本疾控中心收治的456例腹泻患者的粪便标本,均行细菌培养和RT-PCR检测,记录RT-PCR鉴定沙门菌血清分型结果,以细菌培养结果作为金标准,分析RT-PCR鉴定沙门菌的价值及其与细菌培养的一致性,对比细菌培养、RT-PCR鉴定沙门菌的费用及操作时间。结果:456例腹泻中经细菌培养共检出沙门菌78株,RT-PCR检出85株,RT-PCR检测敏感度为97.44%(76/78),特异度为96.83%(366/378),准确度为96.93%(442/456),阳性预测值为89.41%(76/85),阴性预测值为99.46%(366/368);RT-PCR鉴定沙门菌结果与细菌培养一致性较高(kappa值=0.897,P<0.001);RT-PCR鉴定结果与细菌培养完全一致有73株,符合率为93.59%,其中里森沙门菌、鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、姆班达卡沙门菌4种优势血清型结果完全一致,而与细菌培养鉴定不一致菌株5株;RT-PCR鉴定沙门菌操作时间为(0.30±0.07)天,费用(100.22±6.52)元,细菌培养鉴定沙门菌的操作时间为(2.82±0.25)天,费用为(300.52±12.16)元,RT-PCR鉴定沙门菌的费用及操作时间均低于细菌培养,差异有统计学意义(P<0.001)。结论:RT-PCR法可准确检出沙门菌,判断沙门菌血清分型,与细菌培养结果具有较高的一致性,且操作用时短、所需费用低,可应用于沙门菌检测。

利用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应方法检测血液中伤寒沙门菌

目的建立实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(real time fluorescent quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,rRT-PCR)方法检测伤寒沙门菌。方法针对伤寒沙门菌STY1631基因设计特异性引物,通过优化反应条件,建立检测该靶基因的rRT-PCR方法,利用51个血清型的纯培养伤寒和非伤寒沙门菌菌株、常见非沙门致腹泻病原菌以及发热为主要症状的8种常见病原菌核糖核酸(RNA)评价该方法的特异性及敏感性,同时对伤寒沙门菌全血模拟标本进行敏感性检测。结果利用该方法检测48株伤寒沙门菌均阳性,其余33种非伤寒沙门菌血清型、致腹泻的其他5种肠道致病菌以及发热为主要症状的8种常见非沙门菌也均扩增阴性。在对纯菌总RNA检测中,rRT-PCR的最低检测限为1 pg/反应,即194个拷贝/反应。以全血模拟样品提取核酸为模板的检测中,敏感性达1×102cfu/ml。结论建立了敏感性高、特异性好的rRT-PCR检测血液中伤寒沙门菌的方法,为伤寒沙门菌感染的快速诊断及不明原因发热症状的病原初步鉴别提供了简便的手段,可用于对伤寒的早期诊断、预防控制及临床治疗。

基于单基因的实时荧光定量反转录-聚合酶链反应定性检测猪霍乱沙门菌

目的建立基于单基因的猪霍乱沙门菌的实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)检测方法。方法通过对猪霍乱沙门菌基因组及其他血清型沙门菌基因组、人类基因组的生物信息学比对及普通PCR检测分析,获得猪霍乱沙门菌特有而其他细菌及人类基因组中不存在的特异基因SC1242,针对该基因设计特异性引物,通过优化反应条件,建立检测该靶基因的rRT-PCR方法,利用123株多种血清型沙门菌及非沙门菌菌株RNA评价该方法的特异性及敏感性。同时对猪霍乱沙门菌全血模拟标本进行敏感性检测。结果利用该方法检测20株猪霍乱沙门菌均为阳性,其余菌株均扩增阴性。对纯菌RNA检测中,rRT-PCR的最低检测限度为50 fg/反应,约为96个拷贝/反应。在以全血模拟样品提取核酸为模板的检测中,敏感性达90 cfu/ml。结论 rRT-PCR方法检测猪霍乱沙门菌特异性好、灵敏度高,对猪霍乱沙门菌的早期诊断具有潜在应用价值。

四种食源性病毒多重反转录-聚合酶链反应检测研究

目的 建立同时检测诺如病毒、轮状病毒、星状病毒和甲肝病毒多重RT—PCR检测方法。方法 以四种食源性病毒的高度保守区为靶序列设计特异引物，优化反应体系和条件，确定多重RT—PCR检测四种病毒的特异性和灵敏度，并初步应用于临床样本中四种病毒的同时检测。结果 在灵敏度试验中得到的轮状病毒、诺如病毒和星状病毒稳定的最高检测限均为50pg／ml，甲肝病毒为100pg／ml。在128份临床粪便样本中，其中轮状病毒阳性62份（48．44％），诺如病毒阳性8份（6．25％），星状病毒阳性11份（8．59％），甲肝病毒阳性4份（3．12％）。结论 研究所建立的多重RT—PCR方法，在实际应用中能同时处理大量的样本，提高PCR检测方法的能力，可以应用于临床病例的诊断和流行病学调查等研究。

应用双重实时荧光定量反转录-聚合酶链反应方法同时检测A组轮状病毒和星状病毒

目的建立能同时检测轮状病毒A群和星状病毒双重实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法。方法根据上述2种病毒基因组保守序列设计引物和探针,建立并分析多重rRT-PCR的重复性、特异性、敏感性;以所建立方法对128例病毒性腹泻患者粪便标本进行检测,同时以基因测序进行验证。结果所建立的双重rRT-PCR检测方法对轮状病毒A群和星状病毒具有很好的特异性和重复性,轮状病毒A群灵敏度达到每个反应101拷贝,星状病毒灵敏度达到每个反应102拷贝。128例粪便标本中,轮状病毒A群和星状病毒的检出率分别为18.0%和3.1%。通过基因测序比对结果相符。结论构建可用于轮状病毒A群及星状病毒的双重rRT-PCR方法快速、特异且灵敏,可用于临床病原诊断和流行病学调查。

从微量全血直接进行反转录-聚合酶链反应

在转录水平上研究基因表达及调控,通常要求制备纯度高、未降解的总RNA。提取总RNA的方法一般较复杂。Kawasaki描述过一个从1—2ml全血制备RNA的方法。本文报道了一个更为简便的从微量全血不经抽提RNA直接进行RT-PCR的方法。即将2—20μ1全血低渗破红细胞,离心得到白细胞沉淀,在有RNA酶抑制剂存在的条件下再低渗使白细胞破坏,释放出RNA。此液直接用于RT—PCR。

一步法流行性乙型脑炎病毒TaqMan荧光定量反转录聚合酶链反应方法的建立及应用

目的建立一种特异、灵敏、快速检测流行性乙型脑炎（乙脑）病毒的荧光定量RT-PCR方法。方法根据GenBank登录的乙脑病毒毒株序列，应用生物软件在乙脑病毒基因的保守区设计与筛选引物和探针，对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化，验证方法的特异性、敏感性和重复性。并通过对蚊虫样本的检测，以评价该方法的实际应用价值。结果优化结果表明荧光定量RT-PCR的最佳反应体系为0．1gmol／L探针浓度，0．2gmol／L引物浓度，5mmol／L Mg^2＋浓度。结果表明该方法对乙脑病毒的检测有高度的特异性、通用性，对1～4型登革热病毒、狂犬病毒、汉坦病毒（SEO型与HTN型）均无交叉反应，检测的灵敏度达0．1TCID50，重复性分析表明同一样品Ct值的重复检测4次，其标准差均在合理范围内，分别为0．033、0．079、0．149和0．411。对110批蚊虫标本进行荧光定量RT-PCR检测和病毒分离检测，结果荧光定量RT-PCR检测出7份阳性，而病毒分离则只检测出3份阳性，表明建立的荧光定量RT-PCR方法更敏感，可直接从蚊虫样本中检测乙脑病毒核酸，从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右，且操作简便、敏感性高。结论研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点，适用于乙脑病原学的快速检测。

RT-PCR检测猪瘟病毒初探

本研究建立了反转录聚合酶链反应 ( RT PCR)技术检测猪瘟病毒 ( Hog Cholera Virus,HCV)方法。合成的二对引物 HCV 1 / HCV 2和 HCV A1 / HCV A2成功地扩增兔化弱毒株、法国株和石门株的核酸 ,并对采自博白县 3个、贵港市 1个和武宣县 1个猪场共 1 3份病料进行检测。结果从博白县和贵港市的 1 1份材料中检测到 HCV的核酸。

乙型脑炎病毒SA14-14-2株NS1基因片段的克隆、测序与表达

以流行性乙型脑炎病毒减弱毒株SA14 14 2的基因组RNA为模板 ,采用RT PCR技术扩增其 NS1基因的cDNA ,将其克隆到 pMD18 T载体中 ,得到克隆质粒pMD18 T NS1。pMD18 T NS1经 EcoRI和SalI酶切后 ,回收NS 1片段克隆到原核表达载体 pET 2 8a(+) EcoRI/SalI位点 ,构建了重组原核表达质粒 pET 2 8a(+) NS1。转化大肠杆菌BL2 1(DE3) ,IPTG诱导获得高效表达 ,产物经SDS PAGE电泳结果显示 ,表达产物分子量约为 45kD。

乙脑病毒嵌套式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

目的 建立适用于检测人用猪源性生物制品中外源性乙脑病毒(JEV)的嵌套式RT- PCR方法。方法 根据已公布的JEV序列(GenBank登录号为M5 5 5 0 6 ) ,设计合成两对引物,对JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞抽提RNA进行RT PCR和RT nestedPCR ,将PCR产物进行了克隆测序;同时对猪细小病毒(PPV)、猴空泡病毒4 0 (SV4 0 )及正常乳鼠脑组织、正常BHK 2 1细胞、PK15细胞、BSC 1细胞提取核酸进行PCR ,并对2 10份临床样品进行了检测。结果 PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测,JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞均扩增出10 15bp和6 2 2bp目的基因片段,而PPV、SV4 0及未感染JEV的乳鼠脑组织、正常BHK 2 1细胞、PK15细胞、BSC 1细胞均未见特异性扩增条带,2 10份猪组织样品中未检出阳性样品。RT nestedPCR检测的最低限度为10PFU病毒。从样品核酸的提取到PCR扩增及检测结果的报告可在8小时内完成。结论 本研究建立的RT NestedPCR方法具有快速、特异、敏感、可靠的特点,可用于人用猪源性生物制品中外源性JEV的污染检测。

牛病毒性腹泻病毒鉴定及分型RT-PCR检测方法的建立

旨在建立一种特异性检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的RT-PCR方法,并且可以实现在同一体系中对BVDV进行分型。根据GenBank中公布的BVDV基因组序列,针对高度保守的5′UTR区域分别设计鉴定及分型引物,建立牛病毒性腹泻病毒鉴定及分型RT-PCR检测方法。应用鉴定RT-PCR检测方法可从BVDV阳性毒株中扩增出288bp的特异性片段;而分型RT-PCR检测方法可在同一体系中从BVDV1型和2型毒株中扩增出大小分别为316bp和110bp的特异性片段,但对猪瘟病毒、牛副流感3型病毒及牛传染性鼻气管炎病毒等均为阴性,最低可检测出的病毒量分别为1TCID50/mL和10TCID50/mL。临床试验证明,建立的鉴定及分型RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,具有很高的实用价值,为进一步开展流行病学调查、病毒分离等提供可靠的技术手段。

亚硒酸钠抑制人胃癌SGC-7901细胞系增殖和hTERT的表达

目的探讨亚硒酸钠对人胃癌SGC-7901细胞系增殖和hTERT表达的作用及其机制。方法用含亚硒酸钠(0μmol/L、0.5μmol/L、2.5μmol/L、5μmol/L、8μmol/L)的培养液培养SGC-7901细胞24h、48h、72h、96h,通过四甲基偶氮唑盐(MTT)比色法检测亚硒酸钠对SGC-7901的增殖的影响,免疫细胞化学SABC法和RT-PCR检测亚硒酸钠对人胃癌细胞系SGC-7901hTERT蛋白和hTERTmRNA表达的作用。结果亚硒酸钠对人胃癌SGC-7901细胞具有明显的抑制作用,且随亚硒酸钠浓度的增加和培养时间的延长对SGC-7901细胞生长抑制作用逐渐加强。SGC-7901细胞hTERT蛋白免疫细胞化学染色的平均吸光度(AA),随0.5μmol/L、2.5μmol/L亚硒酸钠组培养时间增加逐渐降低,96h时明显低于空白对照组(P<0.01),5μmol/L、8μmol/L亚硒酸钠组的AA每个时间点均比空白对照组明显降低(P<0.01)。0.5μmol/L亚硒酸钠组SGC-7901 hTERTmRNA的表达无明显的变化;在2.5μmol/L亚硒酸钠组则随时间增加逐渐降低,48h后明显低于空白对照组;5μmol/L、8μmol/L亚硒酸钠组均明显低于空白对照组(P<0.01),72h后明显低于其他低硒组。结论亚硒酸钠抑制人胃癌SGC-7901细胞生长,下调hTERT表达。