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受损腺嘌呤与氨基酸残基堆积复合物的ABEEM极化力场
1
作者
刘翠
王洋
+2 位作者
郑明杰
尚尉
郑利
《辽宁师范大学学报(自然科学版)》
CAS
2022年第1期58-64,共7页
修复酶能特异性识别受损DNA,碱基与氨基酸残基间的堆叠作用是特异性识别的重要因素,遗憾的是目前没有精准的模型进行模拟.本文工作的最大贡献是在ABEEM极化力场基础上添加堆叠作用函数,调节相关π键位点参数,精准模拟受损腺嘌呤与氨基...
修复酶能特异性识别受损DNA,碱基与氨基酸残基间的堆叠作用是特异性识别的重要因素,遗憾的是目前没有精准的模型进行模拟.本文工作的最大贡献是在ABEEM极化力场基础上添加堆叠作用函数,调节相关π键位点参数,精准模拟受损腺嘌呤与氨基酸残基间的堆积作用.选取4种受损腺嘌呤与4种芳香族氨基酸残基堆积二聚体作为模型分子.以从头算的几何结构、电荷及堆叠能为基准,调节ABEEM极化力场参数,建立模型.ABEEM极化力场的模拟结果与从头算结果具有高度的一致性,可应用于DNA与酶作用体系的动力学模拟.为修复酶特异性识别受损DNA提供理论基础.
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关键词
受损腺嘌呤
氨基酸残基
堆积作用
ABEEM极化力场
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职称材料
题名
受损腺嘌呤与氨基酸残基堆积复合物的ABEEM极化力场
1
作者
刘翠
王洋
郑明杰
尚尉
郑利
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《辽宁师范大学学报(自然科学版)》
CAS
2022年第1期58-64,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(21603091)
辽宁省大学生创新创业训练项目(S202010165038)
辽宁师范大学创新训练项目(CX202101010)。
文摘
修复酶能特异性识别受损DNA,碱基与氨基酸残基间的堆叠作用是特异性识别的重要因素,遗憾的是目前没有精准的模型进行模拟.本文工作的最大贡献是在ABEEM极化力场基础上添加堆叠作用函数,调节相关π键位点参数,精准模拟受损腺嘌呤与氨基酸残基间的堆积作用.选取4种受损腺嘌呤与4种芳香族氨基酸残基堆积二聚体作为模型分子.以从头算的几何结构、电荷及堆叠能为基准,调节ABEEM极化力场参数,建立模型.ABEEM极化力场的模拟结果与从头算结果具有高度的一致性,可应用于DNA与酶作用体系的动力学模拟.为修复酶特异性识别受损DNA提供理论基础.
关键词
受损腺嘌呤
氨基酸残基
堆积作用
ABEEM极化力场
Keywords
adenine damaged
amino acid residues
stack effect
ABEEM polarizable force field
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
受损腺嘌呤与氨基酸残基堆积复合物的ABEEM极化力场
刘翠
王洋
郑明杰
尚尉
郑利
《辽宁师范大学学报(自然科学版)》
CAS
2022
0
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