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基于变动窗口和移动序列的基因识别算法
1
作者
周朝栋
张有全
+1 位作者
许竞文
刘梦思
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期2380-2386,共7页
采用信号处理技术来识别DNA碱基序列中的基因片段的方法,已经成为一种重要的基因识别途径,重新编码的DNA序列存在大量噪声信息,使得目前很多识别算法无法准确的识别外显子片段的起始位置。本研究通过对"固定长度滑动窗口-频谱曲线...
采用信号处理技术来识别DNA碱基序列中的基因片段的方法,已经成为一种重要的基因识别途径,重新编码的DNA序列存在大量噪声信息,使得目前很多识别算法无法准确的识别外显子片段的起始位置。本研究通过对"固定长度滑动窗口-频谱曲线法"和"移动序列-信噪比法"的实现与改进,提出了一种基于变动窗口和移动序列的基因识别算法。首先,对已有基因识别算法进行编程实现;采用小波分析对识别结果进行消噪处理;探讨识别最优固定长度M的选择,提出基于变动窗口和移动序列的基因预测模型,并编程实现。最后使用该模型对已有基因序列进行识别,其识别准确度达到77.57%。
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关键词
变动窗口
移动序列
基因识别
小波分析
原文传递
题名
基于变动窗口和移动序列的基因识别算法
1
作者
周朝栋
张有全
许竞文
刘梦思
机构
首都师范大学资源环境与旅游学院
首都师范大学生命科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期2380-2386,共7页
基金
国家自然科学基金项目(41171335)资助
文摘
采用信号处理技术来识别DNA碱基序列中的基因片段的方法,已经成为一种重要的基因识别途径,重新编码的DNA序列存在大量噪声信息,使得目前很多识别算法无法准确的识别外显子片段的起始位置。本研究通过对"固定长度滑动窗口-频谱曲线法"和"移动序列-信噪比法"的实现与改进,提出了一种基于变动窗口和移动序列的基因识别算法。首先,对已有基因识别算法进行编程实现;采用小波分析对识别结果进行消噪处理;探讨识别最优固定长度M的选择,提出基于变动窗口和移动序列的基因预测模型,并编程实现。最后使用该模型对已有基因序列进行识别,其识别准确度达到77.57%。
关键词
变动窗口
移动序列
基因识别
小波分析
Keywords
Multi-scales, Mobile sequences, Gene identification, Wavelet analysis
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于变动窗口和移动序列的基因识别算法
周朝栋
张有全
许竞文
刘梦思
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
0
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