冷却牦牛肉贮藏过程中优势菌的PCR-变性梯度凝胶电泳分析

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化。直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指纹图谱,并对主要条带进行测序分析。结果表明:检测到的优势腐败菌为Pseudomonas sp.(假单胞菌)、Lactococcus sp.(乳球菌)、Acinetobacter sp.(不动杆菌)、Brochothrix thermosphacta(热死环丝菌)、Enterobacteriaceae bacterium(肠杆菌科细菌),此外还检测到Uncultured Citrobacter sp.(非培养的柠檬酸杆菌)和Staphylococcus sp.(葡萄球菌)。

利用PCR-DGGE技术指导高温油藏中功能微生物的分离

采用PCR-DGGE技术对高温油藏的微生物群落进行了多样性分析,并将得到的信息用于指导油藏微生物的分离.本研究通过PCR-DGGE技术对油藏水样中DNA的16S rDNA V3、V8、V9 3个高可变区的扩增产物进行了比较,确定采用可得到更多微生物多样性信息的V9区引物进行PCR扩增,优势条带序列分析表明,在高温油藏中存在的微生物与GenBank数据库中α,β,γ-变形杆菌和芽孢杆菌的序列相似性最高.利用多元细菌培养技术,以序列信息为指导,采用富集培养、直接培养和特殊培养的方法,从水样中分离出5株高温菌(而传统分离方法只能获得3株),其中3株高温解烃菌分别属于Bacillus属、Geobacillus属和Petrobacter属,它们能够在55℃以上兼性厌氧条件良好生长,对原油的降解率分别为56.5%7、0.01%和31.87%,对原油的降粘率分别为40%、54.55%和29.09%,使原油的凝固点分别降低3.7、5.2和3.1℃.因此,序列指导和改变培养条件是分离更多有效采油微生物的改进方法,这3株高温菌的对原油的作用效果证明其具备提高石油采收率的潜力.

应用PCR-DGGE技术研究处理含氨废气的生物滤塔中微生物多样性

变性梯度凝胶电泳技术 (DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用 .本文应用DGGE技术对处理含氨废气的生物滤塔中微生物多样性随时间的变化进行了研究 .在生物滤塔运行的不同时间采集滤塔中的填料样品 ,进行了生物滤塔对氨处理效果的分析和DGGE分析 .结果显示 ,污泥和混合填料生物滤塔氨的出气浓度在经过一段时间后 ,逐渐升高 ,而堆肥生物滤塔的运行情况较好 ,对氨的去除效率始终在 98%以上 .PCR DGGE图谱显示 ,不同时间的相同填料中微生物DGGE图谱有着明显的差异性 .Shannon指数分析表明 ,填料中微生物的多样性都随着反应器运行时间的延长而有所减少 .运行一个月后 ,混合填料的微生物多样性指数最低为 0 389;其次为污泥填料 ,其多样性指数为 0 4 73;堆肥填料的微生物多样性程度最高为0 5 6 9.生物滤塔对氨的去除效果与填料中微生物多样性Shannon指数之间有一定的相关关系 .主成分分析 (PCA)显示对于堆肥和污泥来说 ,填料样品之间微生物群落结构相似性较高 。

PCR-DGGE技术及其在植物微生态研究中的应用

植物中微生物种类较为丰富,在植物微生态系统中发挥重要作用。变性梯度凝胶电泳(denaturinggradient gel electrophoresis,DGGE)技术作为研究微生物物种多样性和种群动态变化的分子检测工具之一,广泛应用于植物微生物群落多样性和群落动态变化研究中。概述了DGGE技术的原理,及其在植物微生物生态学中的应用以及在该领域研究中导致DGGE偏差的因素和相应解决方法,对DGGE检测结果的分析提供参考,为进一步研究植物微生物相互作用提供帮助。

创伤弧菌16S-23S rDNA间区变形梯度凝胶电泳多态性分析

目的建立创伤弧菌基因分型的新方法,了解创伤弧菌的分子特征。方法应用PCR-变形梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对创伤弧菌的16S-23S rDNA间区(16S-23S rDNA intergenic spacer regions,ISR)多态性进行分析比较,结合药敏试验,以进一步验证分离菌株之间的亲缘关系。结果 ISR-PCR将创伤弧菌菌株扩增出4条约900、750、650、550 bp大小不同的条带;同时,创伤弧菌的ISR-DGGE序列表现出明显的株间差异,18株共产生了16种不同的指纹图谱;聚类分析将所有的细菌分为两大类,相似性分别为0.65和0.71;亲缘关系较近的菌株具有不同于关系较远的菌株的耐药谱,与ISR-DGGE指纹图谱分析相一致。结论这种分子操作技术完全能够用于创伤弧菌株型的调查与鉴定,为创伤弧菌的基因分型提供了一种新的方法。

强化生物除磷工艺富集聚磷菌及其微生物菌群分析

为了研究聚磷菌的生长机理和菌种特性,在序批式SBR反应器中,以普通活性污泥富集聚磷菌,在厌氧/好氧条件下,以乙酸钠/丙酸交替作为碳源富集高浓度聚磷菌,采用FISH结合DGGE的分子生物学手段研究了富集周期内系统微生物种群结构的变化.DGGE结果表明:试验前后微生物种群结构发生了明显改变,其菌群的多样性指数、丰富度指数和条带数具有一致的变化趋势,在运行第2阶段末期达到最高值,进入稳定运行阶段,这3项指数下降,优势度上升.聚类分析表明,稳定运行期间种群群落相似度较高.FISH结果表明:在启动和负荷提高阶段聚磷菌与聚糖菌呈现共同增长的趋势,在第71天分别达到41%和39%;在稳定运行阶段聚磷菌成为明显的优势菌属,占总菌群的89%,反应器内仅存在少量聚糖菌.

气调包装酱卤鸭翅贮藏过程中菌群结构分析

运用传统细菌平板培养和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电脉方法研究气调包装酱卤鸭翅15℃贮藏过程中微生物菌群结构变化。细菌总数计数结果表明,产品生产的卫生条件较好,细菌初始污染菌数较低(小于2(lg(CFU/g))),至贮藏第9天左右产品细菌总数超过4(lg(CFU/g))。变性梯度凝胶电脉指纹图谱结果表明,贮藏初期产品的初始污染菌主要为不动杆菌属,至贮藏末期,产品中的主要菌群有嗜冷杆菌、莫拉氏菌、链球菌等,其中嗜冷杆菌属成为产品贮藏末期的优势菌。

真空包装冷却猪肉冷藏过程中菌相变化

应用传统微生物培养和PCR-DGGE方法研究真空包装冷却猪肉4℃贮藏过程中的菌相变化。细菌培养计数结果表明,乳酸菌生长迅速,在贮藏后期即超过了细菌总数值。DGGE结合16S rRNA基因序列分析结果表明,贮藏初期肉中初始菌相较复杂,贮藏末期主要是漫游球菌、肉食杆菌、乳杆菌、乳球菌和热死环丝菌成为优势腐败菌。

农村垃圾蚯蚓堆肥中优势菌群研究

对含牛粪、玉米秸秆、废菜叶和废纸的农村垃圾进行堆肥实验,实验分为预堆腐和蚯蚓处理2个阶段。预堆腐以EM(Effective Microorganisms)原液和有机物料腐熟剂(FU)为促腐剂,预堆腐结束后,堆料继续进行蚯蚓处理。利用聚合酶链反应与变性梯度凝胶电泳联用技术(PCR-DGGE)分析了对照组(CK)及适合蚯蚓生长繁殖的4‰FU和5‰EM组蚯蚓处理前后细菌和真菌群落中的优势菌群。结果表明:在4‰FU组、5‰EM组和CK组的细菌群落中均存在且占有优势的种群与藤黄单胞菌属和梭状芽孢杆菌属具有较高的亲缘性;在5‰EM组出现的占优势的真菌种群与轮枝孢属具有较高的亲缘性,在CK组中出现的占优势的真菌种群与镰孢菌属和曲霉属具有较高的亲缘性。