变性梯度胶电泳对结膜炎细菌多态性分析

目的应用聚合酶链反应-变性梯度胶电泳(PCR-DGGE)研究泪液细菌多态性和致病病原体。方法直接从泪液标本中抽取总DNA,扩增16S rDNA V3区,DGGE分离后测序与传统培养方法进行比较,并作出相应的评价。结果检测131份标本,其中59份化脓性结膜炎标本54份呈阳性结果,39份非化脓性结膜炎标本15份为阳性,而34份正常泪液标本6例扩增出目的片段。检测细菌种类依次为:葡萄球菌、棒状杆菌、链球菌、不动杆菌、枯草杆菌、假单胞菌、丙酸菌属及泛菌属。有3个序列在属的水平上不能被确定,其序列分别与肠细菌、不经培养的真细菌及不经培养的β蛋白细菌有高度的序列相似性。培养方法只对葡萄状球菌、棒状杆菌、链球菌、假单胞菌,以及克雷伯氏杆菌属呈阳性。结论 PCR-DGGE印迹技术和16S rDNA序列分析能快速识别细菌性结膜炎患者中的病原菌,而且是检测和鉴定那些不能用传统培养法检测的单种细菌或多种细菌眼部感染的较为适宜的方法。

变性梯度胶电泳分析不同喂养方式对早产新生儿肠道菌群的影响(英文)

目的 采用变性梯度胶电泳方法 (DGGE)研究喂养方式对早产新生儿肠道菌群的影响。方法 收集同期 6对新生儿 1～ 2 1d粪便 ,直接提取细菌总DNA ,扩增 16SrDNAV6～V8区后DGGE分离 ,测序并与EM BL核苷序列数据库进行比较。结果 喂养前肠道菌群类似 ,以梭状芽孢杆菌、链球菌、克雷伯氏菌为主 ,开奶后母乳喂养儿以双歧杆菌为主 ,奶粉喂养儿肠道菌群显示其明显的多态性 ,有双歧杆菌、梭状芽孢杆菌、链球菌、大肠杆菌、克雷伯氏菌、韦荣氏菌、沙雷氏菌以及不经培养细菌。结论 喂养方式对早产新生儿菌群的形成及演替有明显影响 ,PCR -DGGE在多态性 ,动力性 ,菌群的演进变化方面提供了更加准确的数据和补充资料。

RNA电泳结果和Northern blot效果的关系探讨

对ＲＮＡ电泳结果和Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔ效果的关系进行探讨。

检测总RNA质量的两种方法比较研究

采用普通琼脂糖凝胶电泳和甲醛变性胶电泳两种方法对小鼠、藏绵羊的新鲜组织及非洲绿猴肾细胞提取的总RNA进行检测,比较两种方法对总RNA质量检测的特点.结果显示:甲醛变性胶对总RNA质量检测结果明显优于普通琼脂糖凝胶,证明对总RNA质量的检测更适合采用甲醛变性胶电泳法.

酿酒酵母菌核糖体RNA沉降系数的初步研究

为研究酿酒酵母菌核糖体RNA(rRNA)的沉降系数,用酶解法和液氮研磨法裂解酿酒酵母菌的细胞壁,Trizol Reagent提取其总RNA,同时提取小白鼠和斑马鱼的总RNA进行比较。经紫外分光光度计检测和甲醛琼脂糖变性胶电泳后,RNA纯度好,条带清晰,无弥散或降解现象。试验发现,与酶解法相比,用液氮研磨法破碎酿酒酵母菌细胞壁提取总RNA所用的成本低,时间少,产率和纯度高,适用于少量样品RNA的提取。同时,酿酒酵母菌与斑马鱼和小白鼠总RNA电泳图谱表明,三者的"18SrRNA"在条带大小方面差异较小,而"28SrRNA"差异较大。利用分析型离心机测得的酿酒酵母菌两个较大rRNA的沉降系数分别为24.7S和18.1S。研究结果表明了真核生物rRNA种类的多样性。

快速木质纤维素分解菌复合系MC1对秸秆的分解能力及稳定性

以天然水稻秸秆为材料研究了快速降解木质纤维素的细菌复合系MC1对木质纤维素的分解能力;并在不同条件保藏、高温处理以及利用变性梯度胶电泳(DGGE)技术研究了复合系的稳定性.结果表明,复合系MC1在50℃液体静止培养条件下8～10d,把培养液2%干重的水稻秸秆完全分解溶化;经过9d的培养,水稻秸秆的总干重减少81%,其中纤维素减少99%,半纤维素减少74%,木质素减少51%.连续继代培养4a、常温干燥保存4a、-20℃冷冻藏4a、培养液直接在室温和4℃保存1a、90℃处理30min仍具旺盛的分解能力并稳定传代.平板培养基培养证明MC1全部由细菌组成,16S rDNA变性梯度胶电泳(DGGE)检测结果,在6个月内主要条带几乎没有变化,说明MC1的菌种组成相当稳定.MC1对纤维素的分解利用具重要前景.

高效稳定纤维素分解菌复合系WSC-6的稳定性

对筛选到的一组纤维素分解菌复合系WSC-6,通过变性梯度胶电泳(DGGE)方法研究了菌种的组成稳定性.结果表明,在连续继代培养的第74～83代复合系的菌种组成没有变化,非常稳定.多代继代培养过程中各代的pH值变化趋势一致,pH值从发酵开始的8.7下降到纤维素旺盛分解时的6.5以下;随着分解结束,pH值逐渐恢复到发酵开始时的水平并保持稳定,具有较强的自我调节能力.多代继代培养后复合系各代的滤纸纤维素分解率和CMC糖化差异很小;在发酵液起始pH 4～10的范围内,复合系对pH值具有缓冲能力,并正常分解纤维素;经过70～100℃高温处理10min后再转接的复合系对纤维素仍然具有分解能力,功能稳定.

利用PCR-DGGE技术指导高温油藏中功能微生物的分离

采用PCR-DGGE技术对高温油藏的微生物群落进行了多样性分析,并将得到的信息用于指导油藏微生物的分离.本研究通过PCR-DGGE技术对油藏水样中DNA的16S rDNA V3、V8、V9 3个高可变区的扩增产物进行了比较,确定采用可得到更多微生物多样性信息的V9区引物进行PCR扩增,优势条带序列分析表明,在高温油藏中存在的微生物与GenBank数据库中α,β,γ-变形杆菌和芽孢杆菌的序列相似性最高.利用多元细菌培养技术,以序列信息为指导,采用富集培养、直接培养和特殊培养的方法,从水样中分离出5株高温菌(而传统分离方法只能获得3株),其中3株高温解烃菌分别属于Bacillus属、Geobacillus属和Petrobacter属,它们能够在55℃以上兼性厌氧条件良好生长,对原油的降解率分别为56.5%7、0.01%和31.87%,对原油的降粘率分别为40%、54.55%和29.09%,使原油的凝固点分别降低3.7、5.2和3.1℃.因此,序列指导和改变培养条件是分离更多有效采油微生物的改进方法,这3株高温菌的对原油的作用效果证明其具备提高石油采收率的潜力.

应用DGGE分析三疣梭子蟹养殖塘底泥细菌的多样性

将传统的菌落菌体形态分类方法与分子生物学方法相结合研究了三疣梭子蟹养殖塘底泥中一个细菌类群的多样性。首先采用平板稀释法对三疣梭子蟹养殖塘底泥中的细菌进行分离与纯化,根据各菌株的菌落形态特征初步将118株分离物分为8个类群,其中最大的一个类群的菌落基本特征为圆形、边缘整齐、表面凸起、菌落有光泽,对该类群的细菌多样性分析表明,通过芽孢染色可将产芽孢菌和不产芽孢菌区分开,不产芽孢菌根据其菌体形态又分为3个亚群,其中卵圆形细菌是最大的一个亚群,共有16株。应用PCR-DGGE方法对该类群进行菌株的遗传多样性分析。结果表明,卵圆形类群16株细菌中就有11株不同系统发育型的细菌。最后,将这11株细菌进行了16S rDNA部分序列(约750bp)的测定,并做系统发育学分析,结果显示,这些细菌的系统发育学地位相距很远,分属于γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria和Firmicutes等类群。试验结果表明,以菌落特征的差异来挑选不同的菌株作为分析细菌多样性的第一个筛选步骤,会大大低估可培养异养细菌的多样性。

沾3区块内源微生物激活及现场试验

分子生物学技术在石油微生物研究过程中凸显了其重要作用。利用物理模拟的手段在高温高压条件下模拟了胜利油田沾3区块的地层条件,并利用分子生物学的方法考察了不同激活剂对内源微生物的激活效果。实验以区块的注入水和产出水为激活对象,以葡萄糖、淀粉、玉米浆干粉、蔗糖作为激活碳源,以微生物激活的可行性作为目标,进行了微生物的激活优化。结果表明,微生物种群在激活以后发生了明显变化,其中葡萄糖为碳源激活效果尤为突出。另外现场单井吞吐试验表明,激活剂注入后含水下降明显,其中沾3-26井含水下降5%,原油日产由3.4t提高到10.4t,产生了明显的驱油效果。

不同激活剂条件下油藏内源微生物激活过程中DGGE分析

在对胜利油田沾3区块油藏状况分析的基础上，模拟地层高温高压的条件利用分子生物学技术研究了不同激活剂对内源微生物的激活效果．实验分别以葡萄糖、蔗糖、玉米浆、淀粉作碳源，以油井产出水和注入水作为研究对象，进行微生物的激活优化．结果表明，激活以后水样中微生物种群发生了明显变化，以葡萄糖为碳源激活效果尤为突出．另改变葡萄糖的浓度对激活效果进一步研究，结果表明，当葡萄糖的浓度为5～7．5g·L^-1时较为合适，细菌密度能达到107cell．mL^-1．产出水的激活效果比注入水要好．

双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落结构分析

为探明双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落多样性和组成的演变,获得相关优势菌落的信息,本研究利用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同季节不同发酵阶段样品的的细菌进行特异性扩增,并选取主要DNA条带进行克隆、测序和生物信息学分析。结果显示,不同发酵时期带谱差异明显。发酵过程中,培养料中主要有芽孢杆菌属、黄杆菌属、杆菌属、假单胞菌属、Solibacillus、嗜热裂孢菌属、高温双歧菌属和未知分类地位的不可培养细菌。不同季节(春季、冬季)的培养料一次发酵过程中细菌多样性变化趋势相似,且发酵结束时细菌菌落结构相似。双孢蘑菇培养料在发酵过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替,即建堆初期、一次发酵阶段和二次发酵阶段。双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌种群丰富,并随着发酵的不同阶段发生演替,种群多样性受环境温度的影响。双孢蘑菇培养料发酵过程中一直存在的细菌群落与具有木质纤维素降解特性细菌的序列相似度较高,有利于培养料转化为双孢蘑菇栽培基质。

适用于竹林土壤PCR-DGGE分析用的微生物总DNA提取及纯化方法

为了获得完整、高纯度的竹林土壤微生物总DNA,采用改良的十二烷基硫酸钠-高盐抽提法对5种竹林土壤进行DNA提取,通过DNA凝胶回收试剂盒纯化粗提的DNA,利用细菌16 S rDNA基因的V3区引物对纯化的DNA进行了聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)验证。结果表明,该方法所需土壤样品少,抽提的DNA片段均在23kb以上,完整性好;采用DNA凝胶回收试剂盒纯化能够有效去除粗提DNA中大部分杂质,获得高质量的DNA;以此DNA为模板进行DGGE检测所反映的微生物信息量丰富。

凝血因子Ⅶ基因Arg353Gln多态性、活性和冠状动脉病变的关系

目的:探讨不同严重程度的冠状动脉病变与凝血因子Ⅶ(FⅦ)活性及其Arg353Gln多态性的关系。方法:运用聚合酶链反应(PCR)、变性梯度胶电泳(DGGE)方法筛查123例冠心病患者和120例正常对照者FⅦ基因Arg353Gln多态性,以一期法检测研究对象FⅦ活性,分析冠状动脉病变、FⅦ基因Arg353Gln多态性和FⅦ活性之间的关系。结果:发现F基因8号外显子Arg353Gln多态性(等位基因M1/M2)与FⅦ活性显著相关(P<0.05),等位基因M2与低FⅦ活性有关。冠脉多支病变患者FⅦ活性显著高于正常对照者(P<0.05)。结论:FⅦ基因Arg353Gln多态性可能是影响FⅦ活性的重要遗传标志,FⅦ活性增高可能是引起冠状动脉严重病变的原因之一。

复合菌系BYND-8的种群组成及其对沼气产量的影响

为了明确1组在中温下(30℃)高效分解木质纤维素的复合菌系的菌群组成,研究复合菌系预处理秸秆对沼气发酵的影响,利用平板分离法和变性梯度凝胶电泳(DGGE)法研究了中温木质纤维素降解复合菌系BYND-8的菌种组成多样性,通过添加该复合系菌液到以牛粪为原料的沼气发酵体系,研究了添加秸秆降解液对沼气产量的影响.利用平板法分离得到了6株细菌,它们与Serratia sp.PSGB 13、Serratia marcescens strain UFLA-25LS、Serratia marcescens strain DAP33、Alcaligenes sp.YcX-20、Stenotrophomonas maltophilia strain C6和Bacillus cereus isolate BRL02-71的相似率分别达到了99%、100%、96%、100%、100%和99%.同时利用DGGE方法还检测到了1株利用平板分离法没有获得到的细菌,它的16S rDNA V3区的序列与Uncultured bacterium clone ATB-KS-1446具有100%的同源性.稻秆经复合菌系BYND-8预处理后应用于沼气发酵中,在发酵的前15d内,累积产气量达到13 167 mL,甲烷产量达到7 248 mL,比对照分别提高了44.5%和95.3%.复合菌系具有较高的菌种组成多样性,将复合菌系应用于沼气发酵的原料预处理过程中,可以将产气时间提前,并提高产气量.