公共场所空气中存活嗜肺军团菌叠氮溴乙啶-定量PCR检测的初步研究

目的建立叠氮溴乙啶(ethidium monoazide bromide,EMA)与定量PCR(qPCR)相结合检测公共场所空气中存活的嗜肺军团菌的方法。方法用培养的嗜肺军团菌进行实验以得到EMA处理的最适条件;采集嗜肺军团菌气溶胶模拟样品,采用EMA-qPCR(EMA处理组)和qPCR(对照组)验证其检测活菌的效果;并将该方法在公共场所进行现场应用实验。结果 EMA终浓度在2.5μg/ml、4℃孵育5min、光照5 min的处理条件下,可在基本不影响活菌PCR扩增的情况下使死菌qPCR的信号降低约2 lg,即可以抑制99%的死菌PCR扩增。当死菌和活菌的浓度比例不超过1 000∶1时,EMAqPCR方法可实现对空气中存活嗜肺军团菌的定量检测。采集的公共场所气溶胶样品中,EMA处理组和对照组的嗜肺军团菌阳性率分别为37.5%(15/40)和57.5%(23/40);在两组检测结果均为阳性的10对样品中,1对样品的检测结果相同,5对样品EMA处理组检测结果低于对照组,平均低0.70 lg copies/ml,4对样品EMA处理组的检测结果高于对照组,平均高0.65lg copies/ml。结论 EMA-qPCR方法可用于公共场所空气中嗜肺军团菌活菌的快速定量检测。

利用EMA-qPCR建立快速检测猕猴桃溃疡病菌活菌的方法

利用叠氮溴乙锭(ethidium monoazide bromide,EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合(EMA-qPCR),建立了一种有效快速检测猕猴桃溃疡病菌活菌的方法。以猕猴桃溃疡病菌ITS序列为检测靶标,菌体经EMA渗透处理,再进行qPCR特异性扩增。结果显示,qPCR检测灵敏度为2cfu;当EMA的浓度为2.0μg/mL时,能有效抑制1.0×10~7 cfu/mL经高温灭活的死菌的扩增,对活菌的扩增没有影响。当活菌数在1.0×10~1~1.0×10~5 cfu范围内,每个qPCR反应体系中活菌数与Ct值呈线性相关(R^2=0.988)。不同温度处理活菌菌悬液后用EMA-qPCR检测猕猴桃溃疡病菌的存活情况并与平板计数法进行比较,结果表明待检样品可在4℃和20℃短期保存。对疑似带病猕猴桃材料进行EMA-qPCR检测,结果表明能减少猕猴桃溃疡病菌PCR的假阳性结果。本研究建立的EMAqPCR方法是一种有效检测猕猴桃溃疡病菌活菌的方法,能有效避免PCR检测实际样品可能造成的假阳性结果。

EMA-qPCR方法快速检测番茄溃疡病菌活菌研究

将叠氮溴乙锭(EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合(EMA-q PCR),建立一种有效快速检测番茄溃疡病活菌的方法。以番茄溃疡病菌Pat-1基因为检测靶标,菌体经EMA渗透处理,再进行q PCR特异性扩增。结果显示,q PCR检测灵敏度为1.0×101CFU/m L;当EMA的浓度为2.0μg/m L时,能有效抑制1.0×107CFU/m L灭活死菌的扩增,对活菌的扩增没有影响。当活菌数在1.0×101~1.0×105CFU内,每个q PCR反应体系中活菌CFU数与Ct值呈线性相关(R2=0.987)。不同温度处理后EMA-q PCR检测番茄溃疡病菌的存活情况并与平板计数法进行比较,表明待检样品可在4和20℃短期保存。对疑似带病番茄种子样品进行EMA-q PCR检测,发现EMA-q PCR方法能减少番茄溃疡病菌PCR检测的假阳性结果。本研究建立的EMA-q PCR方法是一种能有效检测番茄溃疡病活菌的方法,并能有效避免PCR检测实际样品可能造成的假阳性结果。

发酵饲料中乳酸菌含量检测的EMA-qPCR方法

旨在快速检测发酵饲料中乳酸菌含量,将叠氮溴乙锭(EMA)与q-PCR技术相结合,通过对诸如EMA浓度、曝光时间等影响EMA的因素进行探索,确定EMA的作用条件。在试验条件下用EMA处理已知浓度的乳酸菌菌液,提取乳酸菌DNA,结合q-PCR建立Ct值与乳酸菌含量对数值之间的标准曲线。利用标准曲线,快速计算发酵饲料中的乳酸菌含量。结果表明EMA浓度在3~4μg·mL-1曝光10min可有效抑制死菌DNA的扩增,从而消除死菌DNA扩增对Ct值的影响。通过对8份发酵饲料进行检测,其结果与平板计数具有较高的符合度。EMA-qPCR方法可用于快速准确地检测发酵饲料中活的乳酸菌含量。

粪肠球菌活菌数EMA-qPCR快速检测方法的建立

利用叠氮溴乙锭(Ethidium monoazide,EMA)和实时荧光定量PCR(qPCR)的结合,建立一种快速检测粪肠球菌(Enterococcus faecalis)活菌数的方法。选择粪肠球菌保守基因sodA(超氧化物歧化酶基因)作为目的基因进行qPCR方法建立;对粪肠球菌活菌和死菌进行不同浓度的EMA处理,探索最佳EMA处理浓度。结果显示,qPCR检测灵敏度为500 CFU/mL,在106~1010 CFU/mL浓度范围内,qPCR荧光信号值与活菌浓度对数值呈线性相关(R2=0.999 9),重复试验变异系数小于5%;EMA浓度为20μg/mL时,死菌的ΔCt值(加EMA-未加EMA)最大,且对活菌扩增无显著影响。试验结果表明,EMA-qPCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可定向检测菌液中粪肠球菌活菌数,为粪肠球菌饲料添加剂等产品的质量控制提供技术支撑。

梨火疫病菌活菌快速定量检测方法的建立

【目的】将叠氮溴化丙啶(PMA)与实时荧光定量PCR技术(qPCR)相结合,建立一种快速检测梨火疫病菌活菌的方法,为病害的检疫和早期诊断,开展病原学、流行规律研究及制定科学防控措施严防病害入侵提供技术支持。【方法】以梨火疫病菌(Erwinia amylovora)质粒pEA29设计特异性引物EaP29F1/EaP29R1,通过优化PMA的质量浓度和曝光时间,确定区分梨火疫病菌死活菌的PMA预处理最优反应条件,再以活菌DNA为模板进行qPCR的特异性扩增。设置不同比例死活菌混合体系,验证PMA-qPCR反应的可靠性。【结果】当梨火疫病菌浓度为1×10^8 CFU·mL^-1、PMA浓度为25μmol·L^-1、曝光时间为10 min时,能完全抑制死菌的扩增,仅以活菌体DNA为靶标进行选择性扩增。当活菌比例为10%~100%时(浓度为6.0×10^7~6.0×10^8 CFU·mL^-1),PMA-qPCR测得的活菌数与理论活菌数值均在同一个数量级,二者存在良好的线性关系(R^2=0.9928)。灵敏度检测结果表明,6.0×10^3~6.0×10^8 CFU·mL^-1范围内,梨火疫病菌活菌数与Ct值线性相关(R^2=0.9947),检测灵敏度下限为6×10^3 CFU·mL^-1(12 CFU/qPCR反应)。用建立的PMAqPCR方法检测人工接种发病的香梨、苹果、杜梨枝条,PMA-qPCR能准确检测其中的活菌,结果与菌落计数结果相符。【结论】本研究建立的PMA-qPCR检测方法能定量检测梨火疫病菌病活菌数量,具有灵敏、准确和高效的优点,避免了常规qPCR检测死菌导致的“假阳性”。

基于EMA-qPCR的茄科青枯菌活体检测技术的建立

【目的】利用特异性核酸染料叠氮溴乙锭(Ethidium monoazide bromide,EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合,建立一种能有效区分青枯菌死活细胞的检测方法。【方法】样品DNA制备前经EMA渗透预处理,再进行实时荧光定量PCR特异扩增菌体DNA。【结果】终浓度为2.0 mg/L的EMA能有效排除1.0×107CFU/mL灭活青枯菌细胞DNA的扩增,对活细胞和不可培养状态(Viable but non-culturable,VBNC)活菌的DNA扩增均没有影响。当每个定量PCR反应体系中的活细胞在5.0×100 5.0×104CFU范围内时,扩增Ct值与定量PCR反应体系中活细胞CFU对数值呈良好的负相关性(R2=0.992 5)。比较EMA-qPCR法和平板计数法对经过不同温度短期保存的青枯菌检测结果发现,待检样品可在24°C与4°C冷藏条件下短期保存。【结论】本研究建立的EMA-qPCR方法能有效检测青枯菌VBNC细胞和有效区分死活菌,避免或减少青枯菌PCR检测的假阳性和假阴性。