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植物古基因组学研究进展 被引量:4
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作者 张太奎 苑兆和 储成才 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期44-56,共13页
植物古基因组学是基因组学一个新兴分支,从现存物种中重建其祖先基因组,推断在古历史中导致形成现存物种的进化或物种形成事件。高通量测序技术的不断革新使测序读长更长、更准确,加快了植物参考基因组序列的组装进程,为古基因组学研究... 植物古基因组学是基因组学一个新兴分支,从现存物种中重建其祖先基因组,推断在古历史中导致形成现存物种的进化或物种形成事件。高通量测序技术的不断革新使测序读长更长、更准确,加快了植物参考基因组序列的组装进程,为古基因组学研究提供了大批量可靠的现存物种的基因组序列资源。全基因组复制(whole-genome duplication,WGD)亦称古多倍化,使植物基因组快速重组,丢失大量基因,增加结构变异,对植物进化极其重要。本文综述了植物基因组测序与组装研究进展、植物古基因组学的原理、植物基因组WGD事件以及植物祖先基因组进化场景,并对未来植物古基因组学研究进行了展望。 展开更多
关键词 植物基因组 测序与组装 古基因组 基因组复制 多倍化
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从木乃伊到古基因组学:是什么使我们成为独一无二的人类
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作者 沈曲 王传超 《科学》 CAS 2023年第1期46-50,4,共6页
从古人类遗骸中提取DNA并进行测序——古基因组学,为人类解答“我们是谁,从哪里来,又要到哪里去”的终极之问打开了一扇新的门。
关键词 诺贝尔奖 古基因组 人类演化 尼安德特人 丹尼索瓦人
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南岛语族起源与扩散的考古学和古基因组学观察 被引量:2
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作者 郭健新 邓晓华 王传超 《台湾研究集刊》 CSSCI 2023年第5期31-47,共17页
南岛语族起源与扩散是自南岛语族以语言共同体方法被“识别”后最被关注的问题,不同学者先后提出了新几内亚说、马来说、台湾说和大陆说,综合南岛语族相关考古学文化及其人群关系进行论证,才能够更加切实、准确地为南岛语族的起源与扩... 南岛语族起源与扩散是自南岛语族以语言共同体方法被“识别”后最被关注的问题,不同学者先后提出了新几内亚说、马来说、台湾说和大陆说,综合南岛语族相关考古学文化及其人群关系进行论证,才能够更加切实、准确地为南岛语族的起源与扩散提供多学科证据链。考古学研究中以“亚洲东南海洋地带”和“农业-语言共扩散”理论勾画的南岛先民自华南大陆沿海地区向台湾地区、东南亚和太平洋群岛的迁徙路线证实了“南岛-壮侗一体”所见的史前华南土著族群的同源关系以及南岛语族的大陆性起源与海洋性扩散。古基因组学则从人群遗传结构层面很好地印证了古今南岛语人群紧密的遗传连续性和考古学研究观察到的“南岛-壮侗一体”,并进一步发现华北粟黍农业人群、长江下游稻作农业人群和亚洲东南海岸线采集-渔猎人群共同塑造了南岛-壮侗人群,并经台湾地区至菲律宾群岛、马里亚纳群岛的南北线进行早期扩张;同时也一定程度上支持了考古学研究观察到的南岛-壮侗共同始祖文化及人群环南海迁徙与分布现象。 展开更多
关键词 南岛-壮侗一体 古基因组 演化
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古基因组学在古代家马研究中的应用 被引量:5
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作者 文少卿 俞雪儿 +3 位作者 田亚岐 胡松梅 李悦 孙畅 《第四纪研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期307-320,共14页
古DNA是人类学、分子进化和群体遗传学的一个重要的工具.在过去的十年,我们见证了古DNA研究的一场革命.古DNA研究的焦点在很长时间内被限制在了线粒体DNA和有限个核基因组标记,但现在已经能够获得非常古老的全基因组数据.这一突破主要... 古DNA是人类学、分子进化和群体遗传学的一个重要的工具.在过去的十年,我们见证了古DNA研究的一场革命.古DNA研究的焦点在很长时间内被限制在了线粒体DNA和有限个核基因组标记,但现在已经能够获得非常古老的全基因组数据.这一突破主要是缘于高通量测序平台以及获取高度降解DNA分子的能力,并发展出了古基因组学这一新领域.本文回顾了马的古基因组研究的发展历程,以及在揭示家马的遗传谱系和基于基因型-表型关联分析预测马的性状两方面的最新进展.我们依据马的基因组研究的新成果,优化三款基于高通量测序的检测panel,分析古代家马的谱系、性别、毛色、运动能力、步态、体型/肩高、高原适应等相关方面.结果显示,遗传谱系和表型特征为探讨中国古代家马的起源和用途,特别是祭祀用马的来源和挑选标准有重要意义.该研究有助于进一步认识中国家马的演化与传播及其与古代社会政治、经济、文化、思想的关系. 展开更多
关键词 马的古基因组 学应用 遗传谱系 马的特征 基因型-表型关联分析
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汉藏语系的起源与演化:语言学、考古学与古基因组学的解释 被引量:1
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作者 郭健新 杨文姣 王传超 《广西民族大学学报(哲学社会科学版)》 CSSCI 北大核心 2023年第5期115-122,共8页
汉藏语系的起源和演化历史是多学科研究中最具争议的焦点问题之一,语言学研究中有基于“农业—语言共扩散”的汉藏语系中国北方起源假说和基于语言多样性的中国西南或印度东北部起源假说。综合考古学和古基因组学视野下的汉藏语系考古... 汉藏语系的起源和演化历史是多学科研究中最具争议的焦点问题之一,语言学研究中有基于“农业—语言共扩散”的汉藏语系中国北方起源假说和基于语言多样性的中国西南或印度东北部起源假说。综合考古学和古基因组学视野下的汉藏语系考古学文化及其人群关系的相关研究,能够更加准确地为汉藏语系的起源与演化进程研究提供多学科证据链。在中华文明“多元一体”格局下,考古学通过应用“河西走廊”“藏彝走廊”和“边地半月形文化传播带”等概念,探索华西新石器至早期铁器时代的人文联系,为汉藏先民迁徙和演化的考古研究奠定了基础;探讨了粟黍农业相关的汉藏先民从黄河流域的起源,以及西向和南向进入河西走廊和藏彝走廊的扩张过程。古基因组学则从人群角度提供了更为直接的证据,解析了黄河流域及山东地区粟黍农业相关古代人群对现代汉藏语人群的遗传贡献,以及汉藏先民向青藏高原和沿青藏高原东麓迁徙最终形成现代族群分布格局的遗传混合历史。 展开更多
关键词 汉藏语系 语言学 古基因组
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古基因组学理论方法与全新世人类历史研究
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作者 文少卿 杜盼新 《学术月刊》 CSSCI 北大核心 2022年第10期176-188,共13页
古DNA是指从古代样本中获取的任何遗传物质。在过去的十年,我们见证了古DNA研究的一场革命。古DNA研究的焦点在很长时间内被限制在了线粒体DNA和一些有限的核基因组标记,但如今已经能够获得非常古老的全基因组数据。这一突破主要是缘于... 古DNA是指从古代样本中获取的任何遗传物质。在过去的十年,我们见证了古DNA研究的一场革命。古DNA研究的焦点在很长时间内被限制在了线粒体DNA和一些有限的核基因组标记,但如今已经能够获得非常古老的全基因组数据。这一突破主要是缘于高通量测序技术以及获取高度降解、短片段DNA分子的能力,并催生了古基因组学。古基因组学常用的研究对象有线粒体、Y染色体和常染色体。近年来,古基因组学研究促进了认识全新世人类在各大洲的扩散。古基因组学像放射性碳测定年代一样,未来将成为考古学和历史学研究的常规工具。 展开更多
关键词 古基因组 高通量测序 DNA数据分析 人类起源 人群历史
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古基因组学在探讨鲜卑相关问题上的应用及局限
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作者 崔贺勋 《东方收藏》 2023年第12期92-94,共3页
鲜卑是我国首个统一北方、入主中原的北方少数民族,不仅结束了西晋“八王之乱”造成的动荡局面,并且保护并发展了传统的汉文化,极大地促进了多民族之间的融合与文化交流,并为隋唐盛世奠定基石。但令人遗憾的是,由于历史记载的语焉不详,... 鲜卑是我国首个统一北方、入主中原的北方少数民族,不仅结束了西晋“八王之乱”造成的动荡局面,并且保护并发展了传统的汉文化,极大地促进了多民族之间的融合与文化交流,并为隋唐盛世奠定基石。但令人遗憾的是,由于历史记载的语焉不详,我们甚至到现在还无法准确回答他们是谁、从哪里来、到哪里去等基础问题。古基因组学在探讨上述问题时具有独特的优势和作用,但也存在一些局限,文章对此展开讨论。 展开更多
关键词 鲜卑 古基因组 应用 局限
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古DNA捕获新技术与中国南方早期人群遗传研究新格局 被引量:4
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作者 王恬怡 赵东月 +7 位作者 张明 乔诗雨 杨帆 万杨 杨若薇 曹鹏 刘峰 付巧妹 《人类学学报》 CSSCI CSCD 北大核心 2020年第4期680-694,共15页
古DNA捕获技术目前已获得极大的发展,能够从骨骼和环境沉积物等多种材料中获取到目的DNA片段,而且对于保存环境较差的低纬度地区,同样能够获取有效的内源DNA片段,极大地丰富了古DNA研究的材料来源。本文围绕这一新技术开展总结和讨论,... 古DNA捕获技术目前已获得极大的发展,能够从骨骼和环境沉积物等多种材料中获取到目的DNA片段,而且对于保存环境较差的低纬度地区,同样能够获取有效的内源DNA片段,极大地丰富了古DNA研究的材料来源。本文围绕这一新技术开展总结和讨论,主要分为两个方面:1)总结并介绍该技术应用前景;2)应用这一技术打开了中国南方早期人群研究的新局面,梳理该新技术的应用对史前中国南方人群古基因组研究所获得的新认识,并对中国南方早期人群古基因组深入分析;另外,利用古DNA捕获技术成功获取云南3446~3180 BP的大阴洞遗址4例高质量线粒体基因组信息,并开展了人群遗传历史的研究。 展开更多
关键词 DNA 捕获 中国南方 古基因组 大阴洞遗址
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古菌起始密码子上游AUG和UAA三联体的频率分布 被引量:1
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作者 钟智 李宏 王晓花 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期307-313,共7页
分析了三联体AUG和UAA(包括UAG和UGA)在古菌基因组起始密码子上游序列的三个阅读框中的频率分布.在阅读框1,三联体AUG在起始密码子上游有非常明显的缺失.与AUG的缺失相反,三联体UAA的频率在起始密码子上游显著增加.与细菌和真核生物基... 分析了三联体AUG和UAA(包括UAG和UGA)在古菌基因组起始密码子上游序列的三个阅读框中的频率分布.在阅读框1,三联体AUG在起始密码子上游有非常明显的缺失.与AUG的缺失相反,三联体UAA的频率在起始密码子上游显著增加.与细菌和真核生物基因组比较发现,古菌基因组的上述特征与细菌十分相似.在古菌基因组起始密码子上游序列中,三联体AUG的缺失和UAA频率的增加可以有效地避免古菌基因被错误的翻译起始,提高翻译效率. 展开更多
关键词 基因组 AUG缺失 翻译起始
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古DNA解密人类演化——2022年诺贝尔生理学或医学奖解读
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作者 吕亚波 何艳 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第4期684-689,共6页
2022年诺贝尔生理学或医学奖颁发给瑞典进化遗传学家斯万特·帕博(Svante PAABO),以此表彰他在古人类基因组学与人类进化方面取得的成绩。在介绍基因组学的诞生基础上,对帕博及其团队关于尼安德特人和丹尼索瓦人的研究和发现展开解... 2022年诺贝尔生理学或医学奖颁发给瑞典进化遗传学家斯万特·帕博(Svante PAABO),以此表彰他在古人类基因组学与人类进化方面取得的成绩。在介绍基因组学的诞生基础上,对帕博及其团队关于尼安德特人和丹尼索瓦人的研究和发现展开解读,并介绍了古基因组学在疾病的认知与治疗方面的作用,展望了基金组学技术未来的发展前景。 展开更多
关键词 古基因组 DNA 尼安德特人 丹尼索瓦人
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早期铁器时代新疆东天山地区与欧亚草原的基因交流 被引量:1
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作者 王尹辰 马鹏程 +4 位作者 张帆 宁超 高诗珠 马健 崔银秋 《西域研究》 CSSCI 北大核心 2020年第3期106-114,171,172,共11页
本文通过分析石人子沟遗址古人类全基因组序列信息,结合欧亚草原古代人群遗传学研究成果,揭示出早期铁器时代东天山地区与萨彦-阿尔泰地区成为人群融合、文化互动的活跃区域,为公元前2世纪丝绸之路的开拓奠定了重要的物质文化基础。
关键词 东天山地区 石人子沟遗址 古基因组 丝绸之路 文化互动 人群迁徙
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Psychrotolerant methanogenic archaea:Diversity and cold adaptation mechanisms 被引量:9
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作者 DONG XiuZhu CHEN ZiJuan 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2012年第5期415-421,共7页
Because of their diversity and abundance in a wide range of environments, particularly in cold regions, cold-adaptive archaea are expected to play a pivotal role in material recycling in cold environments. Methanogeni... Because of their diversity and abundance in a wide range of environments, particularly in cold regions, cold-adaptive archaea are expected to play a pivotal role in material recycling in cold environments. Methanogenic archaea are ubiquitous on earth and produce a large amount of methane (CH4) as their main carbon metabolite. Methanogens are the most laboratory amenda- ble archaea. The few psychrophilic archaea that have been cultured to date are mainly affiliated with methanogens, thus make them a good model for investigating mechanisms of archaeal cold adaptation. Studies of psychrotolerant methanogens have been ongoing since the 1990s. Using Methanocoecoides burtonii, a methanogen isolated from Ace Lake in Antarctica, exten- sive studies on the genomic characteristics associated with cold adaptation have been carried out by the Cavicchioli laboratory. We recently analyzed the genome of another psychrophilic methanogen and identified the gene repertoire associated with cold adaptation. This review summarizes recent studies of psychroactive methanogens, particularly their diversity, the genomics and proteomics associated with their cold adaptation, and the cellular components and proteins likely involved in their cold protec- tion. 展开更多
关键词 psychrotolerant methanogens DIVERSITY cold adaptation mechanisms
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