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渤海海域褐潮期微型浮游生物多样性的初步研究
被引量:
9
1
作者
于杰
张玲玲
+5 位作者
孙妍
张璐
焦文倩
窦怀乾
郭浩冰
包振民
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期73-78,共6页
2009年以来每年夏季在河北省渤海海域爆发大面积的褐潮,致使当地海洋生态系统和水产养殖业遭到严重破坏。褐潮优势藻个体微小(约2μm),难以通过传统的形态学观察进行藻种鉴定,因此可借助于分子生物学方法对其进行鉴定。本研究收集了201...
2009年以来每年夏季在河北省渤海海域爆发大面积的褐潮,致使当地海洋生态系统和水产养殖业遭到严重破坏。褐潮优势藻个体微小(约2μm),难以通过传统的形态学观察进行藻种鉴定,因此可借助于分子生物学方法对其进行鉴定。本研究收集了2011年褐潮爆发期山海关、新开口、乐亭海域3个站位的微型浮游生物样品,建立了微型浮游生物的18S rDNA可变区V9的克隆文库并进行测序,BLAST比对确定序列的分类信息。结果表明,各海域浮游生物的多样性组成不同,山海关海域物种丰富度低于新开口和乐亭。同时发现,抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)在3个站位中均具有较高的丰度,占山海关海域测序总量的74%;多形微眼藻(Minutocellus polymorphus)在3个站位中也均可检测到,在新开口和乐亭海域的丰度较高。以上结果表明,渤海海域的褐潮可能是由这2种褐潮生物共同形成的。
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关键词
褐潮
18S
rDNA
可变区v9
微型浮游生物
抑食金球藻
多形微眼藻
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职称材料
环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化
被引量:
9
2
作者
刘卫东
宋伦
吴景
《生态学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第12期4208-4216,共9页
分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4...
分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。
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关键词
微型浮游植物
微微型浮游植物
高通量测序
18S
rDNA
可变
区
v
4
可变区v9
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职称材料
题名
渤海海域褐潮期微型浮游生物多样性的初步研究
被引量:
9
1
作者
于杰
张玲玲
孙妍
张璐
焦文倩
窦怀乾
郭浩冰
包振民
机构
中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室
出处
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期73-78,共6页
基金
海洋公益性行业科研专项经费项目(201205031)资助
文摘
2009年以来每年夏季在河北省渤海海域爆发大面积的褐潮,致使当地海洋生态系统和水产养殖业遭到严重破坏。褐潮优势藻个体微小(约2μm),难以通过传统的形态学观察进行藻种鉴定,因此可借助于分子生物学方法对其进行鉴定。本研究收集了2011年褐潮爆发期山海关、新开口、乐亭海域3个站位的微型浮游生物样品,建立了微型浮游生物的18S rDNA可变区V9的克隆文库并进行测序,BLAST比对确定序列的分类信息。结果表明,各海域浮游生物的多样性组成不同,山海关海域物种丰富度低于新开口和乐亭。同时发现,抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)在3个站位中均具有较高的丰度,占山海关海域测序总量的74%;多形微眼藻(Minutocellus polymorphus)在3个站位中也均可检测到,在新开口和乐亭海域的丰度较高。以上结果表明,渤海海域的褐潮可能是由这2种褐潮生物共同形成的。
关键词
褐潮
18S
rDNA
可变区v9
微型浮游生物
抑食金球藻
多形微眼藻
Keywords
brown tide
18S rDNA
v
9
hyper
v
ariable region
nanoplankton
Aureococcus anophageffer-ens
Minutocellus polymorphus
分类号
Q179.1 [生物学—水生生物学]
下载PDF
职称材料
题名
环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化
被引量:
9
2
作者
刘卫东
宋伦
吴景
机构
辽宁省海洋水产科学研究院
辽宁省海洋环境监测总站
出处
《生态学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第12期4208-4216,共9页
基金
辽宁省自然科学基金资助项目(2014020182)
中国海洋发展研究会重大项目资助(CAMAZDA201605)
+2 种基金
辽宁省海洋与渔业科研项目(201611)
辽宁省科学技术计划项目(2015103044)
海洋公益性行业科研专项(201505019)
文摘
分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。
关键词
微型浮游植物
微微型浮游植物
高通量测序
18S
rDNA
可变
区
v
4
可变区v9
Keywords
nanophytoplankton
pieophytoplankton
high-throughput sequencing
v
ariable region
v
4 of 18S rDNA
v
ariable region
v
9
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
渤海海域褐潮期微型浮游生物多样性的初步研究
于杰
张玲玲
孙妍
张璐
焦文倩
窦怀乾
郭浩冰
包振民
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2015
9
下载PDF
职称材料
2
环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化
刘卫东
宋伦
吴景
《生态学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
9
下载PDF
职称材料
已选择
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