多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。

沈阳市2012—2021年食源性致病菌监测蜡样芽孢杆菌多位点可变数量串联重复序列的分型分析

目的利用多位点可变数量串联重复序列分型(MLVA)技术,对沈阳市在各类食品检出的蜡样芽孢杆菌进行分子分型,为预防预警食物中毒提供技术支持。方法采集2012—2021年沈阳市食源监测样品中蜡样芽孢杆菌阳性菌株61株,利用PCR方法,结合毛细管电泳,对样品选择Bcms-08、Bcms-17、Bcms-18、Bcms-19、Bcms-20共5个位点进行蜡样芽孢杆菌MLVA分子分型。结果61株的蜡样芽孢杆菌有24个基因分型,共分为3个聚类群,其中食物来源相同的菌株基因分型基本一致,但相同食物来源的菌株又处在不同聚类群的基因分型中。结论蜡样芽孢杆菌MLVA分型呈较好的多态性,大部分菌株亲缘关系较近,相似度较高,无明显的聚集性。由于研究中缺少食物中毒爆发菌株及食品外环境分离株,样本数量有限,所以对致病菌的基因分布尚有局限性。

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）及多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株，分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型，比较两种方法的分型效果，评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法，224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型，39株具有独特的基因型，其余185株菌呈现出16种基因型；使用MLVA方法时，224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型，132株具有独特的基因型，余下的92株菌呈现出28种基因型；当两种方法联合使用时，224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型，159株结核分枝杆菌具有独特的基因型，余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义（P〈0．001），安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面，其分辨能力高于Spoligotyping，但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术，MLVA作为二线分型技术联合应用时，将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。

多位点可变数量串联重复序列分析在细菌分子分型中的应用

多位点可变数量串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)是通过基因组中可变数量串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的特征来实现分型的分子分型技术,其特征是简单、快速、通量高、分辨力强,目前已广泛用于多种细菌分子分型。本文就MLVA技术的原理、在细菌分子分型中的应用及与其他分型方法的比较进行综述。

沈阳市2012年-2018年食源性致病菌监测金黄色葡萄球菌多位点可变数量串联重复序列分析分型

目的建立金黄色葡萄球菌监测的多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)分子分型数据库,提高金黄色葡萄球菌的检测和防控能力。方法筛选针对沈阳本地食源性致病菌具有高度多态性的VNTR位点,STTR1、STTR2、STTR3、STTR5、STTR6、STTR7、STTR8、STTR9共8个VNTR位点进行MLVA分型。结果186份样品检出金黄色葡萄球菌20株,检出率为10.8%。20株金黄色葡萄球菌共分成A和B两大聚类,分别占比65%和35%,A聚类可分为3个亚聚类,B聚类可分为2个亚聚类。表明沈阳地区流行的金黄色葡萄球菌是多克隆的,大部分菌株属于一个亲缘关系很近的克隆系。结论沈阳地区金黄色葡萄球菌MLVA分型呈较好的多态性。

沈阳市2011年-2015年食源性致病菌监测沙门菌多位点可变数量串联重复序列分型

目的建立沙门菌监测的多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)分子分型数据库,提高沙门菌的检测和防控能力。方法筛选针对沈阳本地食源性致病菌具有高度多态性的VNTR位点,选择STTR7、STTR3、SE6、2628542、3629542、SE10共6个VNTR位点进行MLVA分型。结果 917份样品检出沙门菌11株,检出率为1. 2%。11株沙门菌共分成A和B两大聚类,分别占比36. 4%和63. 6%,A聚类可分为1个亚聚类,B聚类又可细分为3个亚聚类。表明沈阳地区流行的沙门菌是多克隆的,大部分菌株属于一个亲缘关系很近的克隆系。结论沈阳地区沙门菌MLVA分型呈较好的多态性。

沈阳市2011年-2017年食源性致病菌监测副溶血性弧菌多位点可变数量串联重复序列分析分子分型

目的了解辽宁沈阳地区海洋产品中副溶血性弧菌的污染情况,建立副溶血性弧菌的多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)分子分型数据库,提高副溶血性弧菌的检测和防控能力。方法采集2011年-2017年沈阳及周边各地区历年来食源监测样品中副溶血性弧菌阳性菌株33株,利用PCR方法,结合毛细管电泳,对样品选择VPTR1、VPTR2、VPTR3、VPTR4、VPTR5、VPTR6以及VPTR7,7个位点进行副溶血性弧菌MLVA分型进行具体分型。结果本实验检测食品样品151份,检出阳性菌株33株,总检出率为21.85%。按VNTR基因分型及聚类,分成A(7株)、B(5株)和C(6株)三大聚类,分别占比38.9%、27.8%和33.3%。结论副溶血性弧菌MLVA分型呈较好的多态性。

构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布

利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30.1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1～6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的0.31%,平均6.2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR,数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78.8%。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个ORF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58.0%和52.9%。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44.4%和38.6%。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59.3%,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10%。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基。

数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究

目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。

老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析

目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。

中国汉族人vWF基因内可变数目串联重复序列的研究

用聚合酶链反应(PCR)和聚丙烯酰胶凝胶电泳(PAGE)的方法,研究了71名中国汉族人142条染色体的vWF基因40号内含子的可变数目串联重复序列(VNTR)。中国人群vWF基因内存在ATCT的串联重复序列,其VNTR存在14,13,12,11,10,9,8和7等八种等位基因,总的理论杂合率为79.4％。该VNTR携带遗传信息量大,作为血管性血友病的遗传指标之一对vWD的遗传咨询和产前诊断具有应用价值。

可变数目串联重复序列在上海崇明岛地区结核分枝杆菌北京基因型菌株微进化研究中的应用

本文通过对上海市疾病预防控制中心收集并保存的、来源于上海崇明岛地区痰培养阳性肺结核患者的135株结核分枝杆菌北京基因型菌株进行可变数目串联重复序列(VNTR)和单核苷酸多态性(SNP)基因分型,并构建最小生成树(MST),来寻找适合研究北京基因型菌株微进化的VNTR组合及区分不同亚型的分子标志。结果显示,16位点VNTR与SNP的分型结果最匹配,适合于研究该地区北京基因型菌株的微进化;SNP单倍型主要集中在ST10(42.2%)、ST19(30.4%)、ST22(14.1%)3个类型;4个VNTR位点(Mtub21、QUB26、MIRU16和QUB4156)可能是区分北京基因型菌株不同亚型的分子标志。

白细胞介素1受体拮抗剂基因内含子2可变串联重复序列多态性与冠心病的相关性

探讨白细胞介素 1受体拮抗剂基因内含子 2可变数串联重复序列多态性与血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平及冠心病的相关关系。运用聚合酶链反应的方法 ,检测了 2 45例冠心病患者和 2 36例健康对照者白细胞介素 1受体拮抗剂基因可变数串联重复序列多态性 ,并用酶联免疫吸附实验检测了血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平。结果发现该多态有Ⅰ /Ⅰ、Ⅰ /Ⅱ、Ⅰ /Ⅳ和Ⅱ /Ⅱ 4种基因型 ,冠心病组Ⅰ /Ⅰ型频率为 88.6 %,Ⅰ /Ⅱ型频率为9.8%,Ⅰ /Ⅳ型频率为 1.2 %,Ⅱ /Ⅱ型频率为 0 .4%。对照组Ⅰ /Ⅰ型频率为 80 .1%,Ⅰ /Ⅱ型频率为 16 .9%,Ⅰ /Ⅳ型频率为 2 .1%,Ⅱ /Ⅱ型频率为 0 .9%,且冠心病组携带Ⅱ型等位基因的基因型频率显著低于对照组 ,而在心肌梗死组和心绞痛组中的分布差异更为显著。冠心病组Ⅱ型等位基因携带者血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平明显高于不携带者。研究表明白细胞介素 1受体拮抗剂基因可变数串联重复序列多态性可能影响个体血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平 ,可能在冠心病的发展过程中具有保护作用。

婴幼儿淋巴结核病原体及多位点可变数目串联重复序列分析

为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息，对分离自73例0～3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段（RD1、RD9、RD10）扩增及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）。结果显示，婴幼儿淋巴结核以卡介苗（BCG）感染为主（95．9％），其次为人型结核分枝杆菌感染（4．1％）。通过MLVA分离出4个基因型，3个为独立基因型、1个为成簇基因型。76株属成簇基因型，均为BCG ；3个独立基因型均为人型结核分枝杆菌。研究表明，BCG是引起婴幼儿淋巴结核的主要病原体，临床分离的BCG MLVA分型无差异。

副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分型方法的研究

目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。

我国汉族人群α1基因数目可变串联重复序列分布特征的研究

目的:研究我国汉族人群免疫球蛋白α1基因中3个数目可变串联重复序列(VNTR)多态性分布特征,及其与已报道的高加索人群相比较的特点。方法:从现存数据库中寻找α1基因内的3个VNTR位点,即α1基因3’端的hs1,2增强子内的VNTR1、其上游6Kb的VNTR2和位于α1基因第5外显子的E5VNTR。提取2 0 1例广东汉族人基因组DNA ,PCR分别扩增含上述3个VNTR位点片段,2 % - 3%凝胶电泳分带鉴定基因型,并以测序证实。结果:与高加索人群比较我国汉族人群α1基因VNTR1多态性分布特征表现为:C(3次重复)等位基因频率明显升高(10. 0 %vs 1 0 % ) ,A(1次重复)等位基因频率偏低(30 . 3%vs36. 1% - 39 .4 % ) ,差异显著(χ2 =72 .85 ,P <0 .0 1)。基因型BB占37. 8% ,AB占32. 3% ,AA占12 % ,BC占11 .4 % ,AC占4 5 % ,CC占2. 0 % ,BC、AC基因型分布频率显著高于高加索人群,而AB型分布频率显著低于高加索人群(χ2 =73. 77,P <0 .0 1)。另外两个数据库中报道的VNTR位点(VNTR 2及E5VNTR)在我们所测人群中呈均一分布,PCR产物长度分别为136bp(VNTR 2 )和5 35bp(E5VNTR)。结论:我国汉族人群α1基因VNTR多态性分布与基因组数据库中基于高加索人群的资料不尽相同,其中Iα1hs1,2VN TR1多态性不同于高加索人群。

中国延边朝鲜族和汉族D17S30非翻译区的可变数目串联重复序列多态性研究

[目的 ]探讨中国延边朝鲜族和汉族D17S3 0位点的非翻译区的可变数目串联重复序列 .[方法 ]应用聚合酶链反应法 .[结果 ]中国延边朝鲜族和汉族等位基因频率总体分布之间均有显著性差异 ;D17S3 0位点的非翻译区的可变数目串联重复序列在中国延边朝鲜族和汉族中的观察杂合性、多态信息含量、个体鉴别力均高于 70 % ;中国延边朝鲜族和汉族中D17S3 0非翻译区的可变数目串联重复序列位点频率分别以A3和A1的为最高 .[结论 ]D17S3 0非翻译区的可变数目串联重复序列在中国延边朝鲜族和汉族中的基因频率分布具有很强的多态性 .

不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究

目的在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacteriumtuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variablenumberoftandemrepeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法对2007—2008年全国结核病耐药性基线调查的4116株MTBl5位点VNTR（15-VNTR）基因分型。汉高指数（Hunter-GastonIndex，HGI）分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征，以分辨率高和稳定性强为原则，为各省设计一套VNTR优化组合（12．VNTR、10．VNTR、8-VNTR和5-VNTR），采用HGI和成簇率进行评价。结果完成了涵盖率为96．36％（3966／4116）MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点；QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为10．VNTR，其他各省的最佳组合为8-VNTR。结论VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪；各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。

DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究

目的 采用数目可变串联重复序列 (VNTR)分型方法对安徽省的 5 2株结核分枝杆菌进行分子分型研究 ,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物 ,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌 13个VNTR位点进行检测 ,并通过BioNumerics 3 0软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果 5 2株结核分枝杆菌可分 4个类别 ,其中 88. 5 %菌株属于一个型 ,其他 3个型所占比例很小 ,分别为 5 . 8%、3 .8%和 1 .9%。结论 来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型 ,VNTR分型技术简便、快速 ,是较好的结核分枝杆菌分型方法。

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。