基于二阶马尔科夫模型预测可趋近性靶基因

miRNA是一类重要的基因表达调节因子。准确预测miRNA的靶基因对研究miRNA的功能和作用机制至关重要。文中提出一种考虑靶位点可趋近性(accessibility)的miRNA靶基因预测算法。算法首先选择满足种子互补条件的"部分可趋近性"位点;然后用二阶马尔科夫模型计算与miRNA种子区互补的特定核苷酸片段(寡聚体)在3'UTR任意位置上出现的概率并统计"部分可趋近位点"上寡聚体出现的次数;采用过表达水平值评估一个或多个互补位点上至少出现一次寡聚体的概率;最后根据过表达水平值排序miRNA-3'UTR对,并取排序的前个miRNA-3'UTR对作为预测结果。在果蝇和人类数据集上测试的实验结果表明此算法具有较高的灵敏性和精确性。