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镉胁迫下梭鱼草叶片转录组测序及苯丙烷代谢途径相关基因挖掘 被引量:4
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作者 辛建攀 李燕 +1 位作者 赵楚 田如男 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期198-210,共13页
为揭示苯丙烷代谢途径参与梭鱼草防御重金属胁迫的作用机制,分析镉(Cd)胁迫下梭鱼草叶片转录组序列,将其与NR、NT、PFAM、KOG、Swiss Prot、KEGG和GO公共数据库进行比对注释,并对差异表达基因进行趋势化分析,同时从中挖掘与苯丙烷代谢... 为揭示苯丙烷代谢途径参与梭鱼草防御重金属胁迫的作用机制,分析镉(Cd)胁迫下梭鱼草叶片转录组序列,将其与NR、NT、PFAM、KOG、Swiss Prot、KEGG和GO公共数据库进行比对注释,并对差异表达基因进行趋势化分析,同时从中挖掘与苯丙烷代谢途径相关的差异表达基因。结果表明:(1)共获得221392个unigenes,其中170175个unigenes被注释到数据库,6506个unigenes被注释到31条次生代谢通路;(2)将梭鱼草叶片unigenes与Swiss-Prot和Nr数据库进行比对,共得到168355条CDS序列,Estscan软件预测得到84673条序列;(3)对检测到的20025个差异表达基因进行趋势分析,发现有3个显著的基因表达模式,包括2个下调表达模式(Cluster 0:2631个基因,Cluster 1:3153个基因)和1个上调表达模式(Cluster 5:3733个基因);(4)进一步挖掘转录组数据发现,在6_0 h和48_0 h组中,梭鱼草叶片中共有26个差异表达的基因被鉴定出来,分别编码3个苯丙烷代谢公共途径关键酶,5个木质素生物合成关键酶和7个黄酮类化合物生物合成关键酶。梭鱼草通过调控愈创木基木质素的生物合成和上调肉桂酸-4-羟化酶(C4H)、花青素合成酶(ANS)、花青素-3-O-葡糖基转移酶(3GT)、咖啡酰辅酶A-O甲基转移酶(CCoAOMT)、黄酮醇3-甲基转移酶(F3OMT)基因表达参与叶片Cd积累与解毒。通过转录组测序初步揭示了苯丙烷代谢途径参与梭鱼草叶片防御Cd胁迫的相关基因,为今后深入研究苯丙烷代谢途径在梭鱼草抵抗重金属胁迫中的功能及相关机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 梭鱼草 叶片转录组 苯丙烷途径 基因挖掘
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南方型紫花苜蓿叶片盐胁迫应答转录因子鉴定与分析 被引量:3
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作者 裴翠明 张振亚 马进 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第4期550-557,共8页
以南方型紫花苜蓿‘Millennium’为材料,以正常培养(WT_CK2)和250 mmol·L-1Na Cl胁迫下72 h时(WT_N2)条件下的2个样品叶片进行转录组分析,鉴定紫花苜蓿叶片盐胁迫应答转录因子基因。同时随机挑选4个转录因子差异表达基因进行实时... 以南方型紫花苜蓿‘Millennium’为材料,以正常培养(WT_CK2)和250 mmol·L-1Na Cl胁迫下72 h时(WT_N2)条件下的2个样品叶片进行转录组分析,鉴定紫花苜蓿叶片盐胁迫应答转录因子基因。同时随机挑选4个转录因子差异表达基因进行实时荧光定量qRT-PCR验证RNA-Seq结果的可靠性。紫花苜蓿叶片在250 mmol·L-1Na Cl胁迫下72 h时,检测到表达量差异达到2倍以上的基因共7 497个,其中包括隶属于46个转录家族474个转录因子在盐胁迫下的差异表达,上调242个,下调232个。b HLH,NAC,WRKY和C2H2转录家族成员基因70%以上表达上调。实时荧光定量PCR分析表明4个随机选择的基因在胁迫前后的表达特点与表达谱测序结果一致。此外,还发现大量紫花苜蓿盐胁迫应答的转录因子候选基因如Ms ERF110,Ms ERF071,Msb HLH36,Ms ZFP,Ms HSFB-3,Ms MYB,Ms NAC和Ms WRKY等。同时,也揭示了紫花苜蓿叶片对盐胁迫响应可能是多种转录因子家族共同参与的应答过程。 展开更多
关键词 南方型紫花苜蓿 转录因子 叶片转录组 盐胁迫
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Transcriptional and translational responses of rapeseed leaves to red and blue lights at the rosette stage
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作者 Sheng-xin CHANG Chu PU +2 位作者 Rong-zhan GUAN Min PU Zhi-gang XU 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2018年第8期581-595,共15页
Under different red (R):blue (B) photon flux ratios, the growth performance of rapeseed (Brassica napus L.) is significantly different. Rapeseed under high R ratios shows shade response, while under high B rati... Under different red (R):blue (B) photon flux ratios, the growth performance of rapeseed (Brassica napus L.) is significantly different. Rapeseed under high R ratios shows shade response, while under high B ratios it shows sun-type morphology. Rapeseed under monochromatic red or blue light is seriously stressed. Transcriptomic and proteomic methods were used to analyze the metabolic pathway change of rapeseed (cv. "Zhongshuang 11") leaves under different R:B photon flux ratios (including 100R:0B%, 75R:25B%, 25R:75B%, and 0R:100B%), based on digital gene expression (DGE) and two-dimensional gel electrophoresis (2-DE). For DGE analysis, 2054 differentially expressed transcripts (llog2(fold change)l〉1, q〈0.005) were detected among the treatments. High R ratios (100R:0B% and 75R:25B%) enhanced the expression of cellular structural components, mainly the cell wall and cell membrane. These components participated in plant epidermis development and anatomical structure morphogenesis. This might be related to the shade response induced by red light. High B ratios (25R:75B% and 0R:100B%) promoted the expression of chloroplast-related components, which might be involved in the formation of sun-type chloroplast induced by blue light. For 2-DE analysis, 37 protein spots showed more than a 2-fold difference in expression among the treatments. Monochromatic light (ML; 100R:0B% and OR: 100B%) stimulated accumulation of proteins associated with antioxidation, photosystem II (PSII), DNA and ribosome repairs, while compound light (CL; 75R:25B% and 25R:75B%) accelerated accumulation of proteins associated with carbohydrate, nucleic acid, amino acid, vitamin, and xanthophyll metabolisms. These findings can be useful in understanding the response mechanisms of rapeseed leaves to different R:B photon flux ratios. 展开更多
关键词 Brassica napus L. Light emitting diode (LED) light Comparative transcdptome and proteome Leaf morphogenesis Stress response
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